Vastus pöördumisele

Kaaskiri Eesti b ioeetika ja i nimuuringute n õukogule projekti „ Põhjuslik seos respiratoorse süntsütiaalse viiruse ja krooniliste kopsuhaiguste vahel: terapeutiliste sihtmärkide tuvastamine ” uuringu meeskonda täiendava te kaastöötaja te lisamiseks ning bioloogilise materjali analüüsimiseks Jätkutaotlus nr 1 Uurimistöö peamine eesmärk (sama nagu põhitaotlusel): Kroonilised kopsuhaigused nagu astma sõltuvad inimese geneetikast ja keskkonnast, sealhulgas viirusnakkustest. Rahvusvahelise CLARITY projekti eesmärk on tuvastada geneetilisi riskitegureid ja RS-viirusega seotud mehhanisme, mis võivad viia krooniliste haigusteni. Kavatseme kaardistada kroonilistes kopsuhaigustes osalevates molekulaar-radades viirusnakkuste mõjul toimuvaid muutusi ning hinnata nende põhjal võimalikke raviviise. Vastutav uurija (sama nagu põhitaotlusel): ees- ja perekonnanimi: Erik Abner teaduslik kraad: PhD amet: funktsionaalse genoomika teadur töökoht: Genoomika instituut, Tartu Ülikool töökoha aadress: Riia 23b/2- 41 1 , Tartu, 51010 telefoninumber: 53 426 365 e-post: [email protected] Nimetatud uuringule on varem väljastatud järgmised Eesti bioeetika ja inimuuringute nõukogu l uba : Põhitaotlusele väljastatu d luba 8 . septembril 202 5 (otsus nr 1.1-12/2271 ). Taotluse sisu: Käesoleva jätkutaotluse eesmärk on saada luba kasutada Eesti geenivaramu geenidoonorite vereplasmat, et määrata respiratoorse süntsütiaalse viiruse (RSV) ning teiste nakkustega seotud antikehade tasemeid. Uuring võimaldab hinnata geenidoonorite varasemat kokkupuudet RSV- ga ja teiste levinud patogeenidega ning kirjeldada immuunreaktsioonide tugevust ja varieeruvust populatsioonis. Soovime analüüsida geenidoonoritelt varasemalt kogutud vereplasmat kahel meetodil: ELISA – et määrata RSV- ga seotud IgG , IgM ja IgA tasemeid ning hinnata humoraalse immuunvastuse dünaamikat PhIP-Seq – et kaardistada laialdasemat antikehapõhi st profiil i krooniliste kopsuhaigustega geenidoonorite hulgas ja tuvastada eri nevate patogeenide poolt suunatud immuunreaktsioonide mustreid RSV- ga seotud diagnoosid (nt RHK-10 koodid J21 ja B97.4) on Eesti geenivaramu andmestikus aladiagnoositud, mistõttu on täpsema fenotüpiseerimise jaoks vajalik hinnata RS-viirusele omaseid antikehi. Eelistatult analüüsime vereproove, mis on kogutud talve- ja kevadkuudel, mil RSV ja teised respiratoorsed viirused Eestis kõige aktiivsemalt levivad. Proovide valikul arvestame ka geenidoonorite varasemaid diagnoose, sealhulgas ülemiste hingamisteede infektsioonide ja korduvate viirushaiguste episoode ning krooniliste kopsuhaiguste diagnoose ( nt. astma, krooniline obstruktiivne kopsuhaigus). Vajadusel hindame ka muid näitajaid, mis võivad mõjutada antikehade analüüsi kvaliteeti (näiteks proovi võtmise kellaaeg, üldine IgG , IgM ja IgA antikehade tase, suitsetamiskäitumine) . Vere plasma - dest mõõdetud antikehade tasemed on sobivad instrumendid GWAS analüüsideks ning võimaldavad tuvastada RSV- le spetsiifilisi geneetilisi markereid. Võrdluseks kasutame ka teiste erinevate patogeenide antikehade ja põletikumarkerite tasemeid (näiteks CRP, IL-6, erythrocyte sedimentation rate ) , mis on geenivaramu andmebaasis kättesaadavad LOINC-koodide alusel. Erinevate antikehade mustrid võimaldavad eristada RSV-spetsiifilist immuunvastust üldis test nakkushaiguste vastusest ning hinnata immuunsüsteemi laiemat toimimist. Samuti võrdleme LOINC-koodidel põhinevaid seroloogilisi andmeid RHK-10 diagnoosidega, et hinnata kliiniliste ja laboratoorsete leidude kooskõla. Selline kontrollanalüüs on oluline, sest mitmete nakkushaiguste (nt borrelioos) puhul on teada, et geneetiline taust mõjutab nakatumise tõenäosust ning peaks seetõttu peegeldu ma antikehade tasemetes. Plasmaproove analüüsitakse Tartu Ülikooli g enoomika instituudi tuumiklaboris, kus on olemas sobiv aparatuur ja metoodiline võimekus geenidoonorite verep lasmade testimiseks. Proov id väljastatakse pseudonüümitult ning instituudist väljapoole neid ei saadeta . Proovide maht piirdub analüüside läbiviimiseks vältimatult vajalikuga ning ülejäänud plasma hävitatakse tuumiklaboris peale kasutamist või tagastatakse Eesti geenivaramule. Kuna antikehad on ühed stabiilsemad valgud inimorganismis, siis küsitakse Eesti geenivaramult vaid juba varasemalt sulatatud plasmasid, millel on madalam teaduslik väärtus teistes sarnastes projektides. Täpsed proovide mahud ja kasutatavate proovide koguarv selguvad pärast esmast pilootfaasi, mille käigus võrreldakse erinevate test - kittide kvaliteeti ja reprodutseeritavust. Seetõttu sõltub lõplik uuritavate proovide hulk analüüside maksumusest, proovide kättesaadavusest ning pilootkatsete tulemustest. Töö on rahastatud Euroopa Komisjoni CLARITY projekti vahenditest (projekti nr. 101137201 ). Geenidoonorite plasmaproovide väljastamise eelduseks on EBIN -i loa olemasolu. Enne p roovide väljastamis t sõlmitakse Eesti geenivaramuga väljastusleping . Analüüside tulemused töödeldakse pseudonüümitud kujul krüpteeritud tööarvutites ning andmetele ligipääsu omavad ainult projekti eetikaloal märgitud töötajad. Uuringu jaoks EGV poolt väljastatud pseudonüümitud andmed hoiustatakse Tartu Ülikooli teadusarvutuste klastrites kuni kolm aastat pärast projekti ametlikku lõppu, st. kuni 2033. aasta detsembrini, misjärel need kustutatakse. Geenidoonorite identifitseerimist võimaldavat teavet (vanus, sugu, geneetika jms) ei jagata tuumiklabori töötatejaga ning nende roll on piiritletud laboratoorsete mõõtmiste teostamisega. Võimalusel lisatakse PhIP-Seq analüüside individuaaltasandi tulemused pärast eelretsenseeritud ajakirjas avaldamist Eesti geenivaramu andmebaasi pseudonüümitud kujul, vastavalt väljastuslepingule ja geenivaramu andmestandarditele. Uuringust saadav informatsioon võimaldab täpsemalt mõista RSV ja teiste hingamisteede viirustega seotud immuunvastuseid ning nende võimalikku rolli krooniliste kopsuhaiguste kujunemises. Saadud teadmised on sisendiks CLARITY projekti järgnevatele tööpakettidele, mis keskenduvad viirusinfektsioonide molekulaarsete mehhanismide uurimisele. Analüüside läbiviimiseks soovime lisada taotlusele juurde ka ühe teaduri: Kreete Lüll on Tartu Ülikooli genoomika instituudi mikrobioomika teadur ning ta hakkab läbi viima analüüse CLARITY projekti raames funktsionaalse genoomika töörühmas teadur Erik Abneri juhendamisel . Kreete Lüll analüüsib Eesti geenivaramu nakkushaigustega ja antikehade tasemetega seotud tunnuseid ning ta vajab juurdepääsu andmetele kuni projekti lõpuni 31.12.2028. Muudatused on põhitaotlusesse sisse viidud ning kollase taustaga eristuvalt märgistatud . Projekti CLARITY v astutav uurija: Erik Abner Funktsionaalse genoomika teadur G enoomika instituut, Tartu Ülikool /allkirjastatud digitaalselt/ Vastused Eesti b ioeetika ja i nimuuringute n õukogule projekti s „ Põhjuslik seos respiratoorse süntsütiaalse viiruse ja krooniliste kopsuhaiguste vahel: terapeutiliste sihtmärkide tuvastamine ” Küsimus nr 1 “Palume täiendada metoodika osa - kirjeldage lisanduvaid uurimismeetodeid ning palume põhjendada nende kasutuselevõttu. Täpsustada andmekoosseisu.” Täiendame metoodika osa järgmiselt. Käesolevas jätkutaotluses lisandub põhitaotluses kirjeldatud GWAS- ja post-GWAS-analüüsidele ELISA meetod, mille eesmärk on mõõta geenidoonorite vereplasmas RS-viirusele omaste antikehade tasemeid. ELISA meetodit kasutatakse RSV-ga seotud IgG, IgM ja IgA antikehade kvantitatiivseks määramiseks. See võimaldab hinnata geenidoonorite varasemat kokkupuudet RSV-ga ning kirjeldada humoraalse immuunvastuse tugevust. Meetodi kasutamine on vajalik, sest RSV-ga seotud diagnoosid on Eesti geenivaramu andmestikus aladiagnoositud ning ainult RHK-10 koodide põhjal ei ole võimalik RSV-ga seotud fenotüüpe piisava täpsusega määratleda. Antikehade mõõtmine võimaldab defineerida fenotüüpe kliinilistest diagnoosidest sõltumatumalt ning kasutada neid kvantitatiivsete tunnustena ülegenoomsetes assotsiatsioonianalüüsides. Eetikaloa saamise korral kooskõlastame PhIP-seq meetodi lisamise uuringusse ka Euroopa Komisjoni CLARITY projekti projektijuhiga, mille järel alustame vastava tööprotokolli ettevalmistamist. PhIP-seq võimaldab määrata laiapõhjalisemat antikehaprofiili ja tuvastada erinevate patogeenide vastu kujunenud immuunreaktsioonide mustreid. See on oluline, sest aitab hinnata indiviidi immuunvastuse üldist tugevust, tuvastada erinevusi nakkushaigustele vastuvõtlikkuses ning eristada RSV-spetsiifilisi signaale laiemast infektsioonitaustast. Nii saab kinnitada, kas esialgsed leiud peegeldavad tõepoolest RSV-ga seotud bioloogiat või üldisemat immuunsüsteemi aktiivsust. Analüüs id viiakse läbi Eesti geenivaramu tuumiklaboris. Metoodika juurutamisel toetab meid olemasolev koostööpartner Thomas Vogl Viini ülikoolist . ELISA ja PhIP-seq abil saadud antikehade tasemed ning immuunprofiilid kasutatakse kvantitatiivsete sisendtunnustena GWAS-analüüsides ja standardsetes regressioonanalüüsides, mille metoodika on juba kirjeldatud põhitaotluses. Samuti aitavad need andmed paremini mõista krooniliste kopsuhaiguste etioloogiat ning hinnata RSV võimalikku rolli nende haiguste kujunemises. Plasmaproove ei koguta selle uuringu jaoks uuesti ning uuritavatega ühendust ei võeta. Proove analüüsitakse Tartu Ülikooli genoomika instituudi tuumiklaboris ning neid ei väljastata instituudist välja. Täpsed proovimahud ja lõplik uuritavate arv selguvad pärast pilootfaasi, mille käigus hinnatakse kasutatavate testide kvaliteeti ja reprodutseeritavust. LOINC-koodidel põhinevaid laboriandmeid kasutame täiendava andmekihina, et kirjeldada geenidoonorite immuunsüsteemi aktiivsust, nakkushaigustega kokkupuudet ning meditsiinisüsteemi jõudmise mustreid. Need andmed hõlmavad ühelt poolt üldisi hematoloogilisi ja põletikunäitajaid, nagu hemogrammi parameetrid, C-reaktiivne valk ja IL-6, ning teiselt poolt immunoloogilisi näitajaid, nagu IgA, IgG, IgM, IgE ja muud antikehadega seotud marker e id. Lisaks sisaldavad LOINC-andmed erinevate viirus-, bakteri- ja teiste sagedaste patogeenidega seotud laboriteste, sealhulgas RSV, gripi, rinoviiruse, S ARS-CoV-2, adenoviiruse, enteroviiruse ja muude nakkustekitajate RNA-, DNA-, antigeeni- või antikehamääranguid. Nende andmete abil saame võrrelda laboratoorseid nakkusnäitajaid RHK-10 diagnoosidega, hinnata kliiniliste ja laboratoorsete leidude kooskõla ning eristada RSV-spetsiifilist immuunvastust üldisemast nakkus- ja põletikutaustast. Ühtlasi saavad need laboratoorsed näitajad toimida kovariaatidena regressioonanalüüsides, võimaldades arvesse võtta üldist põletikutaset, immuunsüsteemi aktiivsust ja varasemat kokkupuudet erinevate nakkustekitajatega. Täpsem kasutatavate LOINC-koodide loetelu on toodud käesoleva dokumendi lõpus. Muudatused on põhitaotlusesse sisse viidud ning kollase taustaga eristuvalt märgistatud . Projekti CLARITY v astutav uurija: Erik Abner Funktsionaalse genoomika teadur G enoomika instituut, Tartu Ülikool /allkirjastatud digitaalselt/ Uuringusse kaasatakse järgnevad 68 laboratoorsete mõõtmiste andmed : LOINC T-lühend 704-7 B-Baso# 718-7 B-Hb 731-0 B-Lymph# 742-7 B-Mono# 751-8 B-Neut# 777-3 B-Plt 785-6 B-MCH 786-4 B-MCHC 787-2 B-MCV 788-0 B-RDW-CV 789-8 B-RBC 1988-5 S,P-CRP 2458-8 S,P-IgA 2465-3 S,P-IgG 2472-9 S,P-IgM 4544-3 B-Hct 4993-2 XXX-C trachomatis rRNA 6690-2 B-WBC 7993-9 XXX-Rhinovirus RNA A-2997 XXX-C trachomatis LGV DNA A-5417 XXX-HPV HR group A DNA A-5418 XXX-HPV HR group B DNA 11011-4 S,P-HCV RNA QN 11259-9 S,P-HCV RNA 19113-0 S,P-IgE 21363-7 XXX-L pneumophila DNA 21613-5 XXX-C trachomatis DNA/RNA 23826-1 XXX-B pertussis DNA 24111-7 XXX-N gonorrhoeae DNA 26881-3 S,P-IL-6 29257-3 XXX-M pneumoniae DNA 29591-5 XXX-Enterovirus RNA 29723-4 XXX-B parapertussis DNA 30183-8 S,P-mx2 IgE 32623-1 B-MPV 33944-0 S-Ig fLambda 34487-9 XXX-Influenza A virus RNA 34645-2 XXX-C pneumoniae DNA 36916-5 S-Ig fKappa 38917-1 XXX-Metapneumovirus RNA 39528-5 XXX-Adenovirus DNA 40982-1 XXX-Influenza B virus RNA 40988-8 XXX-RSV RNA 41742-8 S,P-mx1 IgE 43305-2 XXX-N gonorrhoeae rRNA 49672-9 XXX-S pneumoniae DNA 49732-1 XXX-IL-6 49896-4 XXX-HPV high risk DNA 51481-0 U-YLC Fc 56888-1 S,P-HIV1,2 Ag+Ab 61365-3 XXX-Parainfluenza virus RNA 61366-1 XXX-H influenzae DNA 61372-9 XXX-HPV 16 DNA 61373-7 XXX-HPV 18 DNA 61380-2 XXX-HPV 45 DNA 62462-7 XXX-Influenza A, B RNA 62859-4 XXX-Rotavirus RNA 63379-2 S,P-dsDNA IgG 68546-1 XXX-M hominis DNA 69002-4 XXX-HPV high risk RNA 69935-5 XXX-M genitalium DNA/RNA 69937-1 XXX-T vaginalis DNA/RNA 69938-9 XXX-Astrovirus RNA 71431-1 XXX-HPV high risk DNA excl 16,18 72111-8 XXX-Sapovirus RNA 94309-2 XXX-SARS-CoV-2 RNA 94558-4 XXX-SARS-CoV-2 Ag strip 96119-3 XXX-SARS-CoV-2 Ag UURINGU EETILISE HINDAMISE TAOTLUS EESTI BIOEETIKA JA INIMUURINGUTE NÕUKOGULE 1. Uuringu nimetus (ingliskeelsete taotluse puhul tuleb uuringu nimetus ära tuua ka eesti keeles) Põhjuslik seos respiratoorse süntsütiaalse viiruse ja krooniliste kopsuhaiguste vahel: terapeutiliste sihtmärkide tuvastamine (akronüüm: CLARITY) 2. Uuringu põhieesmärk kuni 450 tähemärki (0,25 lk) (ingliskeelsete taotluse puhul tuleb uuringu põhieesmärk ära tuua ka eesti keeles) Kroonilised kopsuhaigused nagu astma sõltuvad inimese geneetikast ja keskkonnast, sealhulgas viirusnakkustest. Rahvusvahelise CLARITY projekti eesmärk on tuvastada geneetilisi riskitegureid ja RS-viirusega seotud mehhanisme, mis võivad viia krooniliste haigusteni. Kavatseme kaardistada kroonilistes kopsuhaigustes osalevates molekulaar-radades viirusnakkuste mõjul toimuvaid muutusi ning hinnata nende põhjal võimalikke raviviise. 3 . Uuringu läbiviimise aeg (algus ja lõpp kuu ja aasta täpsusega) Juuni 2025 - detsember 20 30 4 . Vastutava(d) uurija(d) ning tema (nende) kontaktandmed Eesnimi: Erik Perekonnanimi: Abner Ametikoht: Funktsionaalse genoomika teadur Organisatsioon: Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, genoomika instituut Telefon: 53 426 365 e-post: [email protected] 5 . Uuringu läbiviijad (lisada juurde vajalik arv ridu) 1. Eesnimi: Tarmo Perekonnanimi: Annilo Ametikoht: Genoomika kaasprofessor Organisatsioon: Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, genoomika instituut 2. Eesnimi: Lehte Perekonnanimi: Türk Ametikoht: Bioinformaatika spetsialist Organisatsioon: Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, genoomika instituut 3. Eesnimi: Kanwal Perekonnanimi: Batool Ametikoht: Funktsionaalse genoomika nooremteadur Organisatsioon: Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, genoomika instituut 4. Eesnimi: Kreete Perekonnanimi: Lüll Ametikoht: Mikrobioomika teadur Organisatsioon: Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, genoomika instituut Koostööpartnerid, kellega jagatakse koondstatistikuid: 1. Eesnimi: Marianne Perekonnanimi: Boes Ametikoht: Associate professor in Pediatric Immunology Organisatsioon: University Medical Center Utrecht, Center for Translational Immunology , Holland 2. Eesnimi: Pascal Perekonnanimi: Falter-Braun Ametikoht: Professor of Microbe -Host Interactions Organisatsioon: Ludwig Maximilian University of Munich, Institute of Network Biology , Saksamaa 3. Eesnimi: Patrick Perekonnanimi: Aloy Ametikoht: Research Professor and Principal Investigator of the Structural Bioinformatics Lab Organisatsioon: Institute for Research in Biomedicine , Barcelona , Hispaania 6 . Uuringu finantseerimine Finantseerimise allikad Euroopa Komisjon, HORIZON Europe grant “CLARITY” (projekt nr. 101137201) Teadusasutusepoolne projekti number: MLTGI24033R Uuringu üldmaksumus (summa) Eesti geenivaramu andmetel viiakse läbi CLARITY projekti tööpaketi 1 tegevused ja selleks on olemas rahastus 994 370 EUR. Välispartneritega jagatakse eranditult vaid koondstatistikuid, analüüsimine toimub Tartu Ülikoolis. Uuritavale kompensatsiooni maksmine (jah, ei, põhjendus ja summa) Ei Uuritavate kindlustus (jah, ei, kindlustaja ja poliis) Ei 7. Teave sama uuringu projekti varasema või samaaegse hindamise kohta (sh teistes riikides) Uuringu projekti pole varem hinnatud. 8. Lühiülevaade siiani samal teemal tehtud uuringutest (kuni 900 tähemärki, 0,5 lk) Respiratoor-süntsütiaalne viirus (RSV) on laialt levinud hingamisteede viirus, mis nakatab igal hooajal hinnanguliselt kuni 10% elanikkonnast ning põhjustab raskeid alumiste hingamisteede infektsioone, eriti imikutel ja eakatel. RSV infektsioon võib käivitada hingamisteedes ulatuslikke põletikulisi mehhanisme, millel on pikaajaline mõju kopsufunktsioonile. Euroopas vajab RSV tõttu igal aastal haiglaravi ligikaudu 1% väike lastest. Viirus põhjustab sageli bronhioliiti , millel on seos hilisema astma ja krooniliste kopsuhaiguste tekkeriskiga. Senised kliinilised ja geneetilised uuringud on näidanud, et teatud osa inimestest on RSV suhtes haavatavamad, mis võib olla seotud nii geneetilise eelsoodumuse kui ka muude kaasuvate teguritega. Samuti kinnitavad mitmed kohortuuringud, et RSV läbipõdemine varajases eas suurendab tõenäosust hingamisteede kroonilisteks probleemideks hilisemas elus. 9. Planeeritava uuringu põhjendus ning uurimisküsimused ja/või hüpoteesid (kuni 1800 tähemärki, 1 lk) Kroonilis te kopsuhaigus te kujunemisel mängivad rolli nii keskkonnategurid kui ka geneetiline eelsoodumus. Lisaks allergiatele, ülekaalule, suitsetamiskäitumisele ja õhukvaliteedile peetakse oluliseks riskiteguriks ka hingamisteede viirusnakkusi. Eriti on tähelepanu pälvinud lapseeas raskekujuliselt põetud RSV-nakkus, mille põhjustatud bronhioliit on teadaolevalt üks riskitegur, mis võib põhjustada astma tekkimist hilisemas elus. Siiski pole veel selge, miks osadel inimestel kulgeb viirusinfektsioonidest paranemine komplikatsioonideta, samas kui teistel kujunevad välja kroonilised haigused. Üha enam uuringuid viitab sellele, et osad inimesed on geneetilise eelsoodumuse tõttu haavatavamad ning nende risk pikaajalisteks tagajärgedeks on suurem. Mitmed kroonilised kopsuhaigused, mida sageli käsitletakse sarnaste diagnoosidena, võivad olla geneetiliselt ja mehhanismide mõttes eri päritolu. CLARITY projekti keskse hüpoteesi kohaselt võivad viirusnakkused neid erinevusi geneetilise eelsoodumusega inimestel esile tuua või võimendada. Selliste mehhanismide uurimine loob aluse hingamisteede haiguste täpsemaks jaotamiseks, toetades sihitud ennetusstrateegiaid ja võimaldades tulevikus ka personaalsemat käsitlust. Käesoleva uuringu eesmärk on tuvastada geneetilisi ja fenotüübilisi tegureid, mis mõjutavad hingamisteede nakkustega seotud või sellest sõltumatute krooniliste kopsuhaiguste kujunemist. Selleks soovime kasutada Eesti geenivaramu andmeid, mis võimaldavad seostada geneetilist informatsiooni terviseandmetega. Uurimisküsimused - Millised geenivariandid seostuvad krooniliste hingamisteede haigustega? - Kas need seosed erinevad sõltuvalt haiguse alatüübist? - Millised geneetilised tegurid võivad suurendada bronhioliidi -järgsete krooniliste kopsuhaiguste tekke võimalust? - Kas RSV-spetsiifiline ja laiem seroprofiil seostuvad krooniliste kopsuhaiguste riski või alatüüpidega? 10. Uurimismetoodika (kuni 1800 tähemärki, 1 lk) Uuringus kasutatakse Eesti geenivaramu geenidoonorite pseudonüümitud andmeid ning nende analüüsimiseks kasutatakse bioinformaatilisi meetodeid. Eesmärk on hinnata, kuidas on omavahel seotud geneetilise taustaga hingamisteede kroonilised haigused ja viirusinfektsioonid. Geneetili sed analüüs id põhineb tavapärastel ülegenoomsetel assotsiatsiooniuuringutel (GWAS). Uuritavate rühmad koostatakse geenivaramu andmebaasis olemasolevate terviseandmete põhjal. Kasutame RHK-10 kategooriaid ja ala koode, keskendudes hingamisteede haigustele (J-koodid) ning seotud seisunditele (A-, B-, H-, R- ja U-koodid). Kasutame ka ATC retseptiravimite andmeid astmaravimite kasutuse hindamiseks ning NOMESCO protseduurikoode hingamisteede sekkumiste tuvastamiseks. Kasutame ka geenivaramuga küsitlusest saadud kopsuhaigustega seotud riskifaktoreid ja fenotüüpe, näiteks sünniaasta, sugu, kehakaal, pikkus ja suitsetamisharjumused. Eraldi käsitleme vanusegruppe ja võrdleme viirushaiguste rühmi, näiteks RSV, gripp, herpesviiruseid, COVID-19. Täpsem andmekoosseis on leitav dokumendist “ Lisa1_CLARITY_Andmekoosseis.docx ” . Lisaks terviseandmetele kasutame valikulisel alamvalimil geenivaramus talletatud vereplasma proove, et määrata RSV ja teiste respiratoorsete patogeenide vastaste antikehade tasemeid ning kaardistada laiem antikehapõhine seroprofiil . Seroloogilised mõõtmised aitavad täpsustada varasema viiruskokkupuute ja immuunvastuse tugevuse hinnangut olukorras, kus RSV- ga seotud diagnoosid võivad olla aladiagnoositud. Saadud antikehade tasemed integreeritakse geneetiliste analüüsidega endofenotüüpidena ning neid kasutatakse täpsemaks rühmade moodustamiseks ja kontrollanalüüsideks. Täpsem andmekoosseis vereplasma proovide analüüsimiseks on leitav dokumen tidest “Lisa2_CLARITY_Andmekoosseis.docx” ja „CLARITY_Vastused.docx“. Järgmiseks sammuks on bioloogilise tähenduse tõlgendamine standardsete post-GWAS meetoditega. Teeme GWAS koondstatistikute peal bioloogiliste radade analüüse, tuvastame võimalikke põhjuslikke geene ja hindame genoomset korrelatsiooni erinevate haiguste vahel. Kausaalsuse hindamiseks bronhioliidi ja krooniliste kopsuhaiguste vahel kasutame Mendeli randomiseerimist . Tulemusi valideerime võrdlevalt avalikult kättesaadavate rahvusvaheliste GWAS andmestikega . Need andmed pakuvad sisendit CLARITY rahvusvahelistele partneritele, kes arendavad edasi funktsionaalseid ja bioinformaatilisi analüüse. Jagatakse vaid analüüside tulemusi koondstatistikutena, mis ei võimalda geenidoonoreid tuvastada. 11. Uuritavate valim ja värbamise viisi kirjeldus. U uritavate informeerimise ja nõusoleku vormid, ankeetide, küsitluste ja testide vormid esitada taotluse lisadena . Valimi suurus ja kontrollgruppide olemasolu GWAS uuringud viiakse läbi kas binaarsel kujul (juhud vs kontrollrühm, näiteks geenidoonor on elus saanud astmadiagnoosi vs tal ei ole seda diagnoosi) või kvantitatiivsete väärtustega (näiteks kehamassiindeks). Nii juhud kui ka kontrollgrupp valitakse Eesti geenivaramuga (EGV- ga ) liitunud ~212 000 geenidoonori seast. Täpse valimi lõplik suurus sõltub uurimismetoodikas määratletud tunnuste esinemisest või puudumisest. ELISA ja PhIP- Seq antikehade analüüsideks valitakse alamvalim geenidoonoritest terviseandmete ja hooajalisuse alusel, ning kontrollrühm moodustatakse samast grupist, võrreldava vanuse, soo, proovivõtu aja ja tervisenäitajate järgi. Kes värbab uuritavaid ja kuidas/kus/kelle poolt võetakse informeeritud nõusolek? (kui on asjakohane) Uuringus kasutatakse üksnes EGV- ga juba liitunud isikute andmeid; uusi uuritavaid ei kaasata. Geenidoonoriks saades on osalejad allkirjastanud nõusolekuvormi, millega nad on andnud loa oma terviseandmete pseudonüümitud kujul geenivaramusse kandmiseks ning kasutamiseks geeniuuringutes, rahvastiku tervise uurimiseks ja statistilistel eesmärkidel. Kuidas ja kelle hulgast toimub uuritavate valik? Millised on uuritavate kaasamise või väljajätmise kriteeriumid? Uuritavad valitakse EGV- ga liitunud ligikaudu 212 000 geenidoonori hulgast. Kuna kõik osalejad on geenidoonorid, ei kaasata uuringusse alla 18-aastaseid isikuid. Valimi moodustamine põhineb uurimismetoodikas ja Lisas 1 kirjeldatud tunnuste esinemisel või puudumisel. Uuringusse ei kaasata geenidoonoreid, kes on keelanud oma andmete täiendamise, uuendamise ja kasutamise. Sekkumiste liik (füüsiline, vaimne või andmed, sh eriliiki isikuandmed) Uuringus kasutatakse EGV andmebaasis säilitatavaid andmeid (geeniandmed, terviseandmed) kooskõlas Eesti inimgeeniuuringute seaduse ja teiste õigusaktidega (Euroopa Liidu isikuandmete kaitse üldmäärus , isikuandmete kaitse seadus). Uuritavatega ei võeta andmete kogumise eesmärgil ühendust. Bioloogilise materjali (vereplasma) laboratoorsed mõõtmised tehakse Tartu Ülikooli genoomika instituudi Genoomika tuumiklaboris ning eetikaloal nimetatud uurijad ise proove ei käsitle. Uurijad töötlevad ja analüüsivad üksnes tuumiklaborist saadud mõõtmisandmeid pseudonüümitud kujul. Koormus uuritavale (kontaktivõtmise viisid, visiitide arv, uuringute tüüp ja arv, kutsete saatmise kordus jms) Käesoleva projekti raames ei toimu uuritavate värbamist ega uute bioloogiliste proovide võtmist. Geenidoonorite andmeid ei depseudonüümita ning nendega ei võeta ühendust. 12. Koeproovide väljastamine kolmandatele osapooltele (RNA, DNA, plasma vms) Mitme geenidoonori koeproove ja mis tüüpi koeproove väljastatakse? Seroprofiili loomiseks kasutatakse Eesti geenivaramu hoiustatud vereplasma proove valitud geenidoonoritelt. Täpne geenidoonorite arv selgub pärast pilootfaasi, lähtudes proovide kättesaadavusest, analüüside maksumusest ning mõõtmiste kvaliteedist. Hinnanguliselt kaasatakse kuni 20 000 geenidoonorit antikehade (ELISA) analüüsideks ning kuni 1 000 geenidoonorit PhIP- Seq analüüsideks; lõplik arv täpsustub pilootfaasi tulemuste alusel. Kui palju ühe geenidoonori kohta koeproove väljastatakse? Ü he geenidoonori kohta väljastatakse minimaalselt vajalik kogus vereplasmat, mis on piisav ELISA ja vajadusel PhIP- Seq analüüside teostamiseks (hinnanguliselt 100 µl). Väljastatava materjali maht täpsustub pilootfaasi käigus. Kuhu koeproov väljastatakse (riik, asutuse nimetus, aadress)? Proove ei saadeta instituudist väljapoole ning neid käideldakse vaid Tartu Ülikooli genoomika instituudi Genoomika tuumiklaboris. Mida tehakse järelejäänud koeproovidega (kas ülejääk hävitatakse või saadetakse tagasi)? Ülejäänud vereplasma hävitatakse pärast analüüse tuumiklaboris või tagastatakse Eesti geenivaramule . 13. Uuringu eetiliste aspektide analüüs (3600 tähemärki, kuni 2 lk). Kõik uuringud, mille objektiks on inimesed, peavad olema läbi viidud, arvestades eetilisi nõudeid, eelkõige autonoomia austamise, heategemise ja kahju vältimise ning õigluse printsiipe. vt ka https://etag.ee/wp-content/uploads/2023/01/HE-eetikano%CC%83uded-juhendmaterjal.-Final.pdf https://ec.europa.eu/info/funding-tenders/opportunities/docs/2021-2027/common/guidance/how-to-complete-your-ethics-self-assessment_en.pdf Uuring viiakse läbi kooskõlas Inimgeeniuuringute seaduse ja teiste õigusaktidega (Euroopa Liidu isikuandmete kaitse üldmäärus , isikuandmete kaitse seadus). Isiku autonoomia respekteerimise printsiip on tagatud sellega, et kõik geenidoonorid on EGV- ga liitunud vabatahtlikult ja allkirjastanud teadliku nõusoleku vormi, millega nad nõustuvad, et nende pseudonüümitud andmeid võib kasutada teadusuuringutes. Geenidoonoritel on õigus ja võimalus oma nõusolek igal ajal tagasi võtta. Privaatsuse ja konfidentsiaalsuse respekteerimise printsiibist lähtuvalt avaldatakse ainult analüüside koondstatistikuid, mis ei võimalda uuringus osalejate depseudonüümimist . Uuring viiakse läbi teadusuuringute ja andmetöötluse parimaid tavasid järgides. Uurimistöö läbiviijad on kohustatud järgima kõiki seadusest tulenevaid ja andmete väljastamise korralduses toodud andmekaitse põhimõtteid. Geenivaramust väljastatakse uurimistööks geeniandmeid või terviseseisundi kirjeldusi ainult pseudonüümituna, hulgana ja tingimusel, et väljastatavaid proove või andmeid on üheaegselt vähemalt viie geenidoonori kohta (IGUS §22, lg (4)). Andmete väljastamisel järgib EGV kõiki IGUS-est tulenevaid nõudeid. Uuringus osalevate koostööpartneritega ei jagata andmeid üksikisiku tasemel ning väljaspool Tartu Ülikooli arvutustaristut jagatakse ainult koondandmeid. See tähendab, et nii osalejate privaatsuse kui ka andmete väärkasutusega seotud riskid on äärmiselt madalad, hästi juhitud ja kaaluvad üles selle uuringu potentsiaalse kasu. Haavatavate populatsioonide kaitsmise printsiip on tagatud teadusliku uudsusega: projekti raames välja töötatav metoodika ning eeldatavad tulemused võimaldavad turvaliselt kasutada biopankades kogutud andmete potentsiaali ja kasutada neid terviseuuringute läbiviimisel. Projekti käigus omandatud teadmised (nt krooniliste kopsuhaiguste täiustatud riskimudelid) toovad eeldatavat kasu rahva tervisele, kuna võimaldavad kroonilisi kopsuhaigusi paremini ennetada ja diagnoosida. Võrdse kohtlemise printsiip on tagatud sellega, et käesolev uuring ei diskrimineeri kedagi rahvuse, soo ega muu kuuluvuse alusel. Kõikide ühiskonna- ja vanusegruppide puhul on eesmärk toetada elukvaliteedi parandamist ja tervena elatud aastate arvu suurendamist. Uuringusse kaasatakse nii mehi kui naisi. Heategemise ja õigluse printsiibist lähtuvalt toovad uurimistööst saadavad tulemused kasu mitte ainult võrdselt kõikidele geenidoonoritele, vaid ka teistele Eesti ja ka teiste riikide elanikele. Käesolev uurimistöö aitab edendada teaduse arengut ning geenianalüüside koonstatistikute jagamine väärindab geenivaramut kui teaduse infrastruktuuri. Uurimistöö tulemused on eelduseks geenidoonorite ootuste täitmisele ehk personaalse tagasiside andmiseks vajaliku teadusliku osa loomisele. Töö üldistatud tulemusi jagatakse laiema avalikkusega ning publitseeritakse rahvusvahelistes eelretsenseeritud ajakirjades, et edendada vastava valdkonna teadmisi. Mittekahjustamise printsiibist lähtuvalt toimub andmete analüüs ainult tänapäeva teaduse tipptasemel metoodikat kasutades. Uurimistöösse on kaasatud oma eriala rahvusvaheliselt tunnustatud teadlased, et tagada töö võimalikult kõrge kvaliteet ja töövoos vigade esinemise tõenäosuse vähendamine. 13 a Inimesed Abiküsimused Ei Jah Kas uurimisobjektiks on inimesed? Jah Vajadusel kirjeldada, kuidas tagatakse uuringus osalemise vabatahtlikkus ja välditakse uuringus osalejate mistahes lubamatut mõjutamist uuringus osalemiseks. Uuringus osalejad on EGV- ga liitudes allkirjastanud geenidoonoriks saamise nõusoleku, millega nad on andnud loa oma terviseseisundi kirjelduse pseudonüümitud kujul geenivaramusse kandmiseks ning nende andmete kasutamiseks geeniuuringutes, rahvastiku tervise uurimisel ja statistilistel eesmärkidel. Kas uurimisobjektiks on haavatavad isikud või isikute grupid? Ei Nimetada, millisesse haavatavate gruppi uuritavad kuuluvad ning milles seisneb nende haavatavus. Vajadusel, st kui uuring viiakse läbi tuginedes isiku nõusolekule, kirjeldada informeeritud nõusoleku saamise protseduuri. Kui uuring tugineb nõusolekule, lisada nõusoleku vorm. Need tegevused peavad tagama, et isikud saavad aru uuringus osalemisega kaasnevatest riskidest. Kas uurimisobjektiks on isikud, kes ei saa ise anda teadlikku nõusolekut uuringus osalemiseks (sh piiratud teovõimega isikud)? Ei Kirjeldada, kuidas informeeritakse ja saadakse eestkostjalt või seaduslikult esindajalt nõusolek piiratud teovõimega, sh laste uuringus osalemiseks. Kas üheks uurimisobjektiks on alaealised? Ei Esitada osalejate vanust puudutav info. Kirjeldada alaealise vanematelt osalemisnõusoleku saamise protseduuri. Kirjeldada, kuidas küsitakse alaealise nõusolekut või arvestatakse alaealise arvamust võrdeliselt tema ea ja küpsusastmega. Kirjeldada, kuidas tagatakse alaealiste heaolu. Selgitada, mis põhjusel kaasatakse uuringusse alaealisi. Kas uurimisobjektiks on patsiendid? Ei Selgitada, missugune haigus/seisund/puue on uuritavatel. Kirjeldada värbamise, kaasamise ja väljajätmise kriteeriume ning informeeritud nõusoleku saamise protseduuri. Kirjeldada, mida tehakse juhuleiu juhusliku tulemuse korral ja kuidas informeeritakse sellest uuritavaid. Kas uurimistöös kogutakse inimestelt bioloogilisi proove? Kas inimestelt võetud bioloogiliisi proove kavatsetakse eksportida kolmandasse riiki ( https://www.aki.ee/isikuandmed/andmetootlejale/isikuandmete-edastamine-valisriiki ) või importida neid teisest riigist Eestisse? Ei Kirjeldada, missuguseid proove kogutakse. Kirjeldada proovide kogumiseks kasutatavaid protseduure sh kas kasutatakse varem kogutud proove. Selgitada, kuidas tagatakse uuritavate õigused. Selgitada, mida tehakse proovidega pärast uuringu lõppemist. 13 b Isikuandmed ja andmestikud Ei Jah Kas uurimistöö käigus kogutakse või analüüsitakse isikuandmeid, sh eriliiki isikuandmeid? Jah Täpne andmete koosseis, mis on vajalik uuringu läbiviimiseks (võib esitada lisana). Täpsem andmekoosseis on leitav dokumendist “Lisa1_CLARITY_Andmekoosseis.docx” Kinnitada, et informeeritud nõusolek on olemas või saadakse enne uuringu algust, kui uuring põhineb nõusolekul. Geenidoonorid on liitunud EGV- ga vabatahtlikult ning andnud teadliku nõusoleku oma pseudonüümitud andmete kasutamiseks teadusuuringutes. Selgitada, miks on kõik töödeldavad andmed asjakohased ja vajalikud (lähtudes andmete minimeerimise põhimõttest). Uuringu eesmärk on tuvastada krooniliste kopsuhaiguste geneetilised riskitegurid ja molekulaarsed mehhanismid. Statistilise võimsuse tagamiseks on vajalik esinduslik ja suur valim, mida võimaldab EGV andmete täies mahus kasutamine. Teiseks uuringu õnnestumise eelduseks on haigusjuhtude võimalikult täpne määratlemine. Seetõttu taotleme luba kasutada erinevaid EGV andmebaasis sisalduvaid andmekihte (nt geeniandmed, elektroonilised terviseandmed, küsimustik ud ), mis aitavad krooniliste kopsuhaiguste diagnoose täpsustada. Erinevate andmekihtide kasutamise eesmärk on tuvastada riskitegurid ning molekulaarsed mehhanismid, mida varasemates uuringutes (kus sellised andmekihid puudusid) leitud ei ole. Lisaks kasutatakse vereplasmast määratud antikehade tasemeid ja PhIP- Seq seroprofiile ainult valitud alamvalimis ning ainult ulatuses, mis on vajalik varasema nakkushaigustega kokkupuute ja immuunvastuse objektiivseks hindamiseks ja fenotüpiseerimise täpsustamiseks, arvestades RSV aladiagnoosimist terviseandmetes. Väljastatava materjali kogus ühe geenidoonori kohta on minimaalne (hinnanguliselt kuni 100 µl). Andmetöötluses kasutatakse üksnes analüüsideks vältimatuid tunnuseid ning kontrollmuutujad piiratakse minimaalselt vajalikuga. Kas andmesubjektid on tuvastatavad? Kui jah, siis kirjeldada, kuidas on täidetud järgmised tingimused: pärast tuvastamist võimaldavate andmete eemaldamist ei ole andmetöötluse eesmärgid enam saavutatavad või neid oleks ebamõistlikult raske saavutada; teadus- või riikliku statistika tegija hinnangul on selleks ülekaalukas avalik huvi; töödeldavate isikuandmete põhjal ei muudeta andmesubjekti kohustuste mahtu ega kahjustata muul viisil ülemäära andmesubjekti õigusi. Andmed on pseudonüümitud ning uuritavate isikud ei ole tuvastatavad. Bioloogilise materjali (vereplasma) laboratoorsed mõõtmised tehakse Tartu Ülikooli genoomika instituudi Genoomika tuumiklaboris ning eetikaloal nimetatud uurijad ise proove ei käsitle. Uurijad töötlevad ja analüüsivad üksnes tuumiklaborist saadud mõõtmisandmeid pseudonüümitud kujul. Kas uurimistöö hõlmab üksikisiku süsteemset jälgimist, tema andmeprofiili kogumist või töödeldakse suures ulatuses eriliiki ja/või tundlikke andmeid või kasutatakse (sekkuvaid) andmete töötlemise meetodeid varjatud viisil (nt elulemuse uuringud, jälgimine, järelevalve, audio ja video salvestamine, geo - positsioneerimine jne) või mistahes andmete töötlemise protsessi, mis võib kahjustab uuritavate õigusi ning vabadust? Ei Selgitada, missuguseid meetodeid kasutatakse uuritavate jälgimiseks, järelevalveks ja vaatlemiseks. Selgitada uuritavate profiili loomise meetodeid. Selgitada, kuidas informeeritakse uuritavaid nende õigustest ja võimalikest riskidest, mida andmete töötlemine võib kaasa tuua. Selgitada, kuidas toimub uuritavate profiili jaoks andmete kogumine ning nende teavitamine võimalikest tagajärgedest ja kaitsemeetmetest. Kas uurimistöös analüüsitakse eelnevalt kogutud isikuandmeid? Jah Selgitada, missugusest andmebaasist (registrist, andmekogust) või allikast andmed pärinevad. Andmed pärinevad EGV andmebaasist. Selgitada, kuidas informeeritakse uuritavaid nende õigustest ja võimalikest riskidest, mida andmete töötlemine võib kaasa tuua. Geenidoonorid on liitunud EGV- ga vabatahtlikult ning andnud teadliku nõusoleku oma pseudonüümitud andmete kasutamiseks teadusuuringutes. Selgitada, miks on kõik töödeldavad andmed asjakohased ja vajalikud (lähtudes andmete minimeerimise põhimõttest). Uuringu eesmärk on tuvastada krooniliste kopsuhaiguste geneetilised riskitegurid ja molekulaarsed mehhanismid. Statistilise võimsuse tagamiseks on vajalik esinduslik ja suur valim, mida võimaldab EGV andmete täies mahus kasutamine. Teiseks uuringu õnnestumise eelduseks on haigusjuhtude võimalikult täpne määratlemine. Seetõttu taotleme luba kasutada erinevaid EGV andmebaasis sisalduvaid andmekihte (geeniandmed, elektroonilised terviseandmed, küsimustik ud ), mis aitavad krooniliste kopsuhaiguste diagnoose täpsustada. Erinevate andmekihtide kasutamise eesmärk on tuvastada riskitegurid ning molekulaarsed mehhanismid, mida varasemates uuringutes (kus sellised andmekihid puudusid) leitud ei ole. Selgitada, miks ei ole võimalik uurida uurimisobjekte nii, et saadud andmed oleksid anonüümsed või pseudonüümsed (kui on asjakohane). Uuringus kasutatakse ainult pseudonüümitud andmeid. Kas uurimistöös analüüsitakse avalikult kättesaadavaid andmeid? Jah Selgitada, kas andmed on avalikult kättesaadavad (avatud andmete registrid ja andmekogud) ja neid võib uurimistöös vabalt kasutada. Uurimistöös kasutatakse avatud juurdepääsuga teadusandmebaasidest pärinevaid mittetundlikke ja mitteisikulisi andmeid (nt polügeensete riskiskooride kataloog www.pgscatalog.org või varasemate rahvusvaheliselt avaldatud GWAS- ide tulemusi platform.opentargets.org ja www.ebi.ac.uk/gwas ) . Kas kavatsetakse edastada isikuandmeid või võimaldada neile juurdepääs kolmandast riikidest ( https://www.aki.ee/isikuandmed/andmetootlejale/isikuandmete-edastamine-valisriiki )? Ei Selgitada, missuguseid isikuandmeid eksporditakse või imporditakse. Kui jah, siis millistesse ja millistest riikidest. Isikuandmeid koostööpartneritele ei edastata. Teaduskoostöö raames jagatakse ainult uuringu käigus saadud koondstatistikat ning selle põhjal saadud analüüsitulemusi. Selgitada, milliseid kaitsemeetmeid rakendatakse, millisetel alustel (leping vms) andmeid edastatakse ning kuidas tagatakse uuritavate õigused. Isikuandmeid koostööpartneritele ei edastata. Teaduskoostöö raames jagatakse ainult uuringu käigus saadud koondstatistikat. Kas uurimistöö lõppedes toimub isikuandmete hävitamine/ anonüümimine ? Ei Kui analüüs põhineb jooksvalt andmesubjekte tuvastada võimaldaval kujul kirjeldada, kuidas pärast uuringu läbiviimist ja eesmärkide saavutamist isikuandmed hävitatakse/ anonüümitakse; Kasutatavad andmed on osa EGV-st ja jäävad EGV- sse ka pärast uuringu lõppu. Uuringu jaoks EGV poolt väljastatud pseudonüümitud andmed hoiustatakse ja töödeldakse Tartu Ülikooli teadusarvutuste klastrites kuni kolm aastat pärast projekti ametlikku lõppu, st. kuni 2033. aasta detsembrini, misjärel need kustutatakse. Pärast laboratoorsete analüüside lõpetamist hävitatakse allesjäänud vereplasma tuumiklaboris või tagastatakse Eesti geenivaramule. lisada hinnang, kuidas on välistatud andmesubjektide kaudne tuvastamine pärast isikut otseselt tuvastada võimaldavate andmete hävitamist. Käesolevas uuringus kasutatakse ainult pseudonüümitud andmeid. EGV on kehtestanud täiendavad reeglid geenivaramu andmekogu erivajadustest lähtudes ning Inimgeeniuuringute seaduse nõuete täitmiseks. Lisaks õigusaktidele reguleerib EGV andmekogu kasutamist TÜ genoomika instituudi direktori poolt kehtestatud infoturbe poliitika, millega on kehtestanud kõrgendatud turvameetmed andmekogu kasutamisele (andmetele ligipääs, töötlemine, hoiustamine, depseudonüümimine , koostöö raames jagamine ja andmete hävitamine). Infoturbe regulatsioonide eesmärgiks on tagada EGV andmekogu kasutatavus teadusuuringute läbiviimiseks, kindlustades seejuures geenidoonorluse vabatahtlikkuse ja geenidoonori isiku privaatsuse, ning kaitsta inimesi geeniandmete kuritarvitamise ja nende DNA ülesehituse ning sellest tulenevate pärilikkusriskide põhjal diskrimineerimise eest. Turvakontseptsiooni aluseks on E-ITS ja ISO 27001 infoturvastandardid. 13 c Teised eetilised küsimused Kas uurimistöö läbiviimine võib kaasa tuua eelpool kirjeldamata eetilisi riske? Vajadusel selgitada eetilisi lisariske, mis võivad tuleneda asjaoludest nagu tehisintellekt, personaalmeditsiin, sõjaliste partnerite kaasamine, uued arengud neurobioloogias, geenitehnoloogias, nanotehnoloogias, inimese-masina suhtluses, androidide ja küborgide loomisel jne. Uurimistöös ei kasutata geenidoonorite individuaalsete andmete analüüsimisel tehisintellektil või masinõppel põhinevaid meetodeid. Tehisintellekti tööriistu, nagu masinõpe või valkude struktuuriennustusmudelid (nt AlphaFold ), võidakse kasutada uuringu hilisemas etapis, üksnes koondstatistiliste tulemite tõlgendamiseks ja bioloogilise tähenduse selgitamiseks. Need meetodid töötavad ainult agregeeritud andmetega ega võimalda geenidoonorite tuvastamist. Vajadusel kasutatakse ka tekstipõhiste materjalide koostamisel keelemudeleid (nt ChatGPT ), kuid need ei puutu kokku tundlike andmetega. Projekti käigus hinnatakse regulaarselt masinõppe ja tehisintellekti kasutamisega seotud riske ning rakendatakse rahvusvaheliselt tunnustatud parimaid praktikaid, sealhulgas tulemuste kontrolli ja analüüside korratavust. 1 4 . Tehisintellekti kasutamise eetiliste aspektide analüüs vt ka https://digital-strategy.ec.europa.eu/en/library/ethics-guidelines-trustworthy-ai Abiküsimused Ei Jah Kas uurimistöö läbiviimine hõlmab tehisintellektil põhinevate süsteemide arendamist, juurutamist ja/või kasutamist? Ei K irjeldada, kuidas tagatakse põhiõiguste ja -vabaduste (nt inimeste autonoomia, privaatsus ja andmekaitse) austamine . Üksikasjalik selgitus võimalike eetiliste riskide ja riskide vähendamise meetmete kohta : K avandatava AI-süsteemi/tehnika võimekused, piirangud, riskid ja eelised; Teave selle kohta, milliseid meetmeid kasutatakse , et vältida algoritmilist kallutatust. Kas tehisintellektil põhinev süsteem võib potentsiaalselt inimesi stigmatiseerida või diskrimineerida? Ei K irjeldada eelarvamusi, diskrimineerimist ja stigmatiseerimist vältivaid meetmeid. Kas tehisintellekt mõjutab , suunab või asendab inimest otsustusprotses sis ? Ei Kirjeldada meetmeid, kuidas inimesed säilitavad kontrolli otsustusprotsessi üle . Kirjeldada, kuidas s elgit akse tehisintellekti roll i mõjutatud isikutele. Kas tehisintellekt i rakendamine võib põhjustada negatiivseid tagajärgi ühis konnale ja/või keskkonna le ? Ei Põhjendada tehnoloogia arendamise/kasutamise vajadus t. Kirjeldada meetmeid võimalike negatiivsete mõjude leevendamiseks teadusuuringu, arenduse, kasutuselevõtu ja kasutuselevõtujärgse s faasi s . 1 5 . Täita, kui uuring põhineb andmekogu ja/või andmeallika andmetel. Andmekogu ja/või andmeallika nimetus Eesti geenivaramu andmekogu Isikuandmete töötlemise eesmärk Uuringu eesmärgiks on tuvastada krooniliste kopsuhaiguste geneetilisi riskitegureid ning molekulaarseid mehhanisme. Andmekoosseis ja periood, mille kohta andmed kogutakse (vajadusel lisana) Kasutame olemasolevaid Eesti geenivaramu andmekogu erinevaid andmekihte, mis koosnevad pseudonüümitud genotüüpidest, RHK-10 diagnoosidest, ATC ravimikasutuse andmetest, NOMESCO protseduurikoodidest ning fenotüübilistest ja küsitluspõhistest tunnustest, et uurida krooniliste kopsuhaiguste ja viirusinfektsioonide geneetilisi seoseid. Täpsem andmekoosseis on leitav dokumendist “Lisa1_CLARITY_Andmekoosseis.docx” Lisaks kasutame valitud alamvalimis Eesti geenivaramus hoiustatud vereplasma proove antikehade tasemete ja seroprofiili määramiseks. Täpsem andmekoosseis selleks on leitav dokumen tidest “Lisa2_CLARITY_ Andmekoosseis.docx” ja „ CLARITY_Vastused .docx“. 1 6 . Isikuandmete kaitse meetmete kirjeldus, sealhulgas andmete hoidmise, säilitamise, turvalisuse ja kustutamise kohta, sh andmete ja/või koodivõtme kustutamise kuupäev (kuni 1800 tähemärki, 1 lk). Kirjeldada ja põhjendada uuringu vajaduseks kogutud andmete säilitamist ja tähtaega. Käesoleva uuringu käigus uusi isikuandmeid ei koguta. Me kasutame uurimistöös ainult olemasolevaid EGV andmekogusid (elektroonilised terviseandmed, geeniandmed, küsimustik ud ) ja andmekogude uuendusi, mis saadakse erinevate registritega perioodilise võrdlemise ja EGV-s olevate andmete täiendamise teel. EGV andmekogus säilitatakse koonstatistikuid tähtajatult vastavalt Inimgeeniuuringute seaduse §18 lõikele 1. CLARITY projekti käigus saadud tulemused (koondstatistikud) ei sisalda isikuandmeid ning need avaldatakse teadusartiklites ja säilitatakse tähtajatult, et võimaldada tulevasi teadusuuringuid. Kirjeldada isikuandmete pseudonüümimise protsessi ja vahendeid. Andmed on juba pseudonüümitud geenidoonori lisamisel EGV andmebaasi. Andmete vastutav töötleja on Tartu Ülikool. Kas kavatsetakse geenidoonorite isikuandmeid depseudonüümida ? Geenidoonorite andmeid ei depseudonüümita . Kas toimub isikuandmete transportimine ning kirjeldada, kuidas on tagatud andmete turvalisus. Isikuandmeid ei transpordita. Kirjeldada, kuidas on andmed kaitstud loata või ebaseadusliku töötlemise eest. Uuring viiakse läbi vastavalt EGV töökorrale ja asjakohastele õigusaktidele. EGV on kehtestanud täiendavad reeglid geenivaramu andmekogu erivajadustest lähtudes ning Inimgeeniuuringute seaduse nõuete täitmiseks. Lisaks õigusaktidele reguleerib EGV andmekogu kasutamist TÜ genoomika instituudi direktori poolt kehtestatud infoturbe poliitika, millega on kehtestanud kõrgendatud turvameetmed andmekogu kasutamisele (andmetele ligipääs, töötlemine, hoiustamine, depseudonüümimine , koostöö raames jagamine ja andmete hävitamine). Infoturbe regulatsioonide eesmärgiks on tagada EGV andmekogu kasutatavus teadusuuringute läbiviimiseks, kindlustades seejuures geenidoonorluse vabatahtlikkuse ja geenidoonori isiku privaatsuse, ning kaitsta inimesi geeniandmete kuritarvitamise ja nende DNA ülesehituse ning sellest tulenevate pärilikkusriskide põhjal diskrimineerimise eest. Kinnitan, et kõik uuringu läbiviijad on teadlikud projekti läbiviimisega kaasnevatest eetilistest ja isikuandmete kaitsega kaasnevatest nõuetest. Vastutava uurija allkiri / digiallkiri / Taotluse esitamise kuupäev 20.05.2025 Taotluse EBIN ID (täidab hindaja) Lisadokumentide loetelu: Vastutava uurija CV Andmekoosseis (Lisa1_CLARITY_Andmekoosseis.docx) Andmekoosseis (Lisa2_CLARITY_Andmekoosseis.docx) Vastused jätkutaotluse küsimustele (CLARITY_Vastused.docx) Saatja: Erik Abner <[email protected]> Saaja: Käthrine Kompus - SOM, Helene Alavere Teema: Re: EBIN tagasiside Tähelepanu! Tegemist on välisvõrgust saabunud kirjaga. Tundmatu saatja korral palume linke ja faile mitte avada. Tervist, saadan vastused küsimustele, leiate vajalikud failid manusest. Kena kevadet, Erik Abner 53 426 365 ----- Erik Abner, PhD Research fellow of functional genomics Estonian Genome Centre, Institute of Genomics University of Tartu Riia Street 23b, 51010, Tartu, Estonia https://genomics.ut.ee/en/content/research-group-functional-genomics ________________________________ From: Käthrine Kompus - SOM <[email protected]> Sent: Thursday, 19 March 2026 10:03 To: Helene Alavere <[email protected]> Cc: Erik Abner <[email protected]> Subject: EBIN tagasiside Tere Vabandan väga viibinud vastuse pärast. Tagasiside Erik Abneri taotlusele „Põhjuslik seos respiratoorse süntsütiaalse viiruse ja krooniliste kopsuhaiguste vahel: terapeutiliste sihtmärkide tuvastamine (akronüüm: CLARITY)“: 1. Palume täiendada metoodika osa - kirjeldage lisanduvaid uurimismeetodeid ning palume põhjendada nende kasutuselevõttu. Täpsustada andmekoosseisu. Palun edastada nendele küsimustele vastused ning saame seejärel väljastada järgmisel nädala positiivse otsuse. Selleks palun saata 2 faili: ühes toote eraldi välja nendele küsimustele vastused ning teises on esialgne avaldus koos kollasega välja toodud muudatused. Tähtaeg 20.03 õhtu. Siis jõuab nõukogu parandustega tutvuda 24.03 toimuvaks koosolekuks. Lugupidamisega Käthrine Kompus juhiabi [email protected] Sotsiaalministeerium Suur-Ameerika 1 10122 Tallinn www.sm.ee <https://www.sm.ee/>