Vastutava töötleja luba (andmete väljastamine TÜ Geenivaramule

Ene Mölder Teie 09.03.2021 Tartu Ülikool Meie 18.03.2021 nr 1.5-20/840-2 [email protected] Vastutava töötleja luba (andmete väljastamine TÜ Geenivaramule) Lugupeetud Mait Metspalu Tartu Ülikooli Genoomika Instituut kui Eesti Geenivaramu (edaspidi EGV) vastutav töötleja on edastanud Sotsiaalministeeriumile tervise infosüsteemist andmete väljastamise taotluse pikendamise taotluse, et uuendada, täiendada ja kontrollida geenidoonorite andmeid EGV andmekogus. Sotsiaalministeerium andis 29.04.2020 loa Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramule andmete väljastamiseks tervise infosüsteemist. Nimetatud vastutava töötleja luba oli seotud taotlusega, millel oli andmete väljastamise lõpukuupäevaks 31.12.2020. Seoses COVID-19 pandeemia jätkumisega soovitakse taotlust pikendada kuni 31.12.2023. Sotsiaalministeerium annab loa tervise infosüsteemist taotluses toodud andmete väljastamiseks EGV-s olevate geenidoonorite andmete uuendamiseks, täiendamiseks ja kontrollimiseks eelneval loal toodud tingimustel (lisa 2). Käesoleva andmete väljastamise loa lahutamatud osad on lisad 1–3, sh 29.04.2020 tervise infosüsteemist andmete väljastamise luba nr 1.5-20/1350-2 (lisa 2). Tervise infosüsteemist väljastavate andmete koosseis ei muutu ja on märgitud eelmisel vastutava töötleja loal (lisa 2) ja taotlustel (lisad 1 ja 3). Andmed edastatakse Tartu Ülikooli Genoomika Instituudile Tervise ja Heaolu Infosüsteemide keskuse poolt kord kuus vastavalt taotluse lk 3 märgitud andmeedastuse protokollile. Lugupidamisega (allkirjastatud digitaalselt) Marika Priske kantsler Lisad: 1. Tartu Ülikooli Genoomika Instituudi 9.03.2021 taotluse pikendamine tervise infosüsteemist andmete väljastamiseks 2. Sotsiaalministeeriumi 29.04.2020 tervise infosüsteemist andmete väljastamise luba nr 1.5-20/1350-2 3. Tartu Ülikooli Genoomika Instituudi 24.04.2020 taotlus tervise infosüsteemist andmete väljastamiseks Lisaadressaadid: Tervise ja Heaolu Infosüsteemide Keskus Mai-Liis Kullama 6269 702 [email protected] Suur-Ameerika 1 / 10122 Tallinn / 626 9301 / [email protected] / www.sm.ee / registrikood 70001952 left 431800 0 0 Lp. Kalle Killar e-teenuste arengu ja innovatsiooni osakond Sotsiaalministeerium Suur-Ameerika 1, 10129 Tallinn 0 8 .03.2021 Tartu Ülikooli g enoomika i nstituudi taotlus Austatud Kalle Killar Käesolevaga soovib Tartu Ülikool, reg istri kood 74001073 saada andmeid tervise infosüsteemist . Varem on andmevahetused toimunud neljal korral – 2014., 2016. ning 2020. aastal kahel korral, millest üks oli seotud COVIDi uuringuga ning mille perioodi soovime antud taotlusega pikendada . TÜ genoomika uurimistöö pealkiri, mille raames andmeid kasutatakse on ” Ülegenoomne assotsiatsioonianalüüs SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2) infektsiooniga kaasnevate fenotüüpide mõistmiseks“. Uurimistööl e on saadud EBINi kooskõlastus nr. 1.1-12/1277, 13.04.2020 , loa kehtivus on kuni 31.12.2025. Taotluse eesmärk 24.04.2020 esitas TÜ genoomika instituut taotluse Sotsiaalministeeriumile andmete saamiseks tervise infosüsteemist kõikide geenidoonorite kohta (üle 200 000 isikut) . Soovisime saada andmeid suurema sagedusega ja piiratud mahus eesmärgiga uurida SARS-CoV-2 infektsioonist tingitud COVID-19 ravi ja viiruse leviku ohjamise võimalusi, s amuti selleks, et välja selgitada , kuidas mõjutavad viirusega nakatumist ja COVID-19 haiguse kulgu inimese geenid ja nende variandid. Taotluse lõpukuupäev oli 31.12.2020, kuna me ei osanud ette näha pandeemia kestust ja kulgu. Seoses pandeemia jätkumise ja Eestis valitseva kriitilise olukorraga soovime pikendada andmete saamise taotlust kuni 31.12.2023. Juhul, kui pandeemia vaibub enne seda tähtaega, esitame teatise andmete saamise lõpetamiseks. Kui eelmises taotluses oli andmete saamise maksimaalne sagedus üks kord nädalas, siis nüüd palume väljastada kõiki andmeid üks kord kuus. Andmete koosseisu ja hulga palume jätta samaks. Taotletavate andmete koosseis ja hulk Tartu Ülikool taotleb tervise infosüsteemist a ndmeid kõikide geenidoonorite kohta üks kord kuus. Käesolevalt on EGV andmebaasis üle 200 000 isiku andmed. Andmevahetuseks väljastatakse tervise infosüsteemi volitatud töötlejale Tervise ja Heaolu Infosüsteemide Keskusele (edaspidi TEHIK) kõikide geenidoonorite andmed (isikukood, nimi, eesnimi). Soovitud tervise andme te koosseis on j ä rgmine: 1) ambulatoorne epikriis; 2) statsionaarne epikriis; 3) saatekiri; 4) saatekirja vastus; 10) immuniseerimise teatis. Nimetatud andmete t ä pne koosseis on toodud Sotsiaalministri m ää ruse nr. 53 lisades nr. 1-4 ja 10 ( Tervise infos ü steemi edastatavate dokumentide andmekoosseisud ning nende s ä ilitamise tingimused ja kord, kehtiv redaktsioon https://www.riigiteataja.ee/akt/126112020006?leiaKehtiv ). Märkus: arvestades praegust epidemioloogilist olukorda on oluline koos muu informatsiooniga saada andmed SARS-CoV-2 testimise kohta sõltumata tulemusest (vajalikud on positiivsed ja negatiivsed testi tulemused), andmeid COVID-19 diagnoosi ning haiguskulu kohta , samuti diagnoosid U07.1 ja U07.2. Andmete kasutamise eesmärk Eesti Geenivaramu (edaspidi EGV) vastutav töötleja on Tartu Ülikool, kelle eesmärk EGV vastutava töötlejana on edendada geeniuuringute arengut, koguda teavet Eesti rahvastiku tervise ja pärilikkuse informatsiooni kohta ning rakendada geeniuuringute tulemused rahva tervise parandamiseks. EGV andmete kogumine algas 2002. aastal ning käesolevalt on EGV-s üle 200 000 eestimaalase andmed. EGV andmekogu põhjal tehtavad uuringud on jätkuvad ega ole piiratud käesoleva aja teaduse tasemega. EGV tegevus näeb ette kogutud andmete uuendamist, täiendamist ja kontrollimist teistest andmebaasidest ning vajadusel ka andmete parandamist. Andmete võrdlemine ja täiendamine võimaldab tõsta andmekogu usaldusväärsust ja selle kaudu ka EGV andmete põhjal läbiviidavate uurimustööde kõrget teaduslikku taset. Ilma laia ja võimalikult täpse fenotüübiandmestikuta ei ole võimalik usaldusväärselt hinnata geenide rolli haiguste kujunemisel ja seega ei saa täita EGV-le seadusega pandud eesmärke. Seaduslik alus EGV tegevust reguleerib Inimgeeniuuringute seadus (edaspidi IGUS), mis on vastu võetud 13.12.2000, RT I 2000, 104, 685 (praegu kehtiva redaktsiooni jõustumise kuupäev 15.03.2019). IGUS §24 lõike 2 punkt 3 sätestab, et depseudonüümimine on lubatud geenidoonori terviseseisundi kirjelduse uuendamiseks, täiendamiseks või kontrollimiseks ilma geenidoonoriga ühendust võtmata, kui geenidoonor ei ole keelanud andmete täiendamist, uuendamist või kontrollimist. Kõik geenidoonorid on allkirjastanud geenidoonoriks saamise nõusoleku vormi, milles geenidoonorit teavitatakse geenidoonoriks saamise tingimustest. Geenidoonorilt nõusoleku saamist reguleerib IGUS §12. Geenidoonoriks saamise kirjaliku nõusoleku vormi, selle täitmise ja säilitamise korra kehtestab valdkonna eest vastutav minister . „Geenidoonoriks saamise nõusolekuvorm, selle täitmise ja säilitamise kord“ on kinnitatud 17.12.2001 sotsiaalministri määrusega nr. 36 (praegu kehtiva redaktsiooni jõustumise kuupäev 20.04.2019, tervise- ja tööministri määrus nr. 39 ). Geenid oonoriks saamise nõusoleku vorm tutvustab geenidoonorile , et EGV võib saada andmeid geenidoonori kohta teistest andmebaasidest ja ta saab teha valiku, kas ta lubab või ei luba EGV vastutaval töötlejal täiendada, uuendada ja kontrollida tema kohta geenivaramus hoitavat terviseseisundi kirjeldust teistest andmebaasidest . Samuti teavitatakse nõusoleku vormi uues redaktsioonis, et kui geenidoonor ei luba geenivaramu vastutaval töötlejal terviseseisundi kirjeldust täiendada, uuendada ega kontrollida, siis ei ole geenivaramus hoitavate andmete põhjal võimalik teha täpset teadus- ja arendustööd ega tema haigusriske täpselt hinnata. Kui geenidoonor on keelanud andmete täiendamise teistest andmebaasidest, siis EGV tema andmeid linkimiseks ei väljasta. Andmete täiendamiseks tervise infosüsteemist o n EGV saanud kooskõlastuse Tartu Ülikooli inimuuringute eetika komiteelt, loa nr. 287M-26, 19.11.2018; loa kehtivuse lõpp 31.12.2023. Andmeedastuse protokoll: Algandmed (isikukood, eesnimi, perenimi) MS Excel formaadis krüpteeritakse TEHIK-u volitatud isiku nimele ID-kaardi sertifikaate kasutades; Vastav andmefail edastatakse TEHIK-u volitatud isiku e-posti aadressile; V astava geeni doonori andmete le lisatakse tervise infosüsteemis tema kohta leiduvad andmed ; TEHIKu poolt krüpteerit akse andmefai l ning edastatakse kokkulepitud turvaliste kanalite kaudu; Andmete vahetuse kohta vormistatakse üleandmise-vastuvõtmise akt. EGV volitatud isikuks andmevahetuse tehniliste üksikasjade täpsustamisel on IT arendusjuht Kristjan Metsalu , [email protected] Kinnitame, et saadud andmeid kasutatakse vaid taotletaval eesmärgil, viisil ja muudele andmete väljastamisel kindlaksmääratud tingimustele vastavalt. Taotluse kehtivuse aeg on kuni 31.12.202 3 . Lugupidamisega Mait Metspalu TÜ g enoomika instituudi direktor /allkirjastatud digitaalselt/ Kontaktisik Helene Alavere TÜ g enoomika instituut Andmekogumise osakonna juhataja, projek tijuht +372 5062542 h [email protected] Lisa 1. TÜ inimuuringute eetikakomitee kooskõlastus nr. 287M-26 Lisa 2. EBIN otsus nr. 1.1-12/1277, 13.04.2020 Tartu Ülikooli inimuuringute eetika komitee Protokolli number: 287/M-26 koosolek: 19.11.2018 Komitee koosseis: Esimees Kadri Tamme Tartu Ülikool, meditsiiniteaduste valdkond, anestesioloogia ja intensiivravi lektor Aseesimees Kristi Lõuk Tartu Ülikool, humanitaarteaduste ja kunstide valdkond, projektijuht / doktorant Liikmed Naatan Haamer Tartu Ülikooli Kliinikum, hingehoidja Ruth Kalda Tartu Ülikool, meditsiiniteaduste valdkond, peremeditsiini professor / õppetooli juhataja Malle Kuum Tartu Ülikool meditsiiniteaduste valdkond, farmakoloogia lektor / farmakoloogia teadur Maire Peters Tartu Ülikool, meditsiiniteaduste valdkond, geneetika vanemteadur Kärt Pormeister Tartu Ülikool, sotsiaalteaduste valdkond, doktorant Mare Remm Tartu Tervishoiu Kõrgkool, bioanalüütiku õppekava dotsent Pille Taba Tartu Ülikool, meditsiiniteaduste valdkond, neuroloogia professor Oivi Uibo Tartu Ülikool, meditsiiniteaduste valdkond, lastegastroenteroloogia professor Vahur Ööpik Tartu Ülikool, meditsiiniteaduste valdkond, spordifüsioloogia professor Otsus: Kooskõlastada uurimistöö jätkamine Uurimistöö nimetus: Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu andmete täiendamine E-tervise andmebaasist Vastutav uurija (asutus): Andres Metspalu (Tartu Ülikooli Genoomika Instituudi Eesti geenivaramu, Riia 23b, Tartu 51010) Komitee poolt läbivaadatud dokumendid: 1. Kaaskiri 2. Muudatustega uurimistöö avaldus kooskõlastuse saamiseks Tartu Ülikooli inimuuringute eetika komiteelt. Uurimistöö lõpp: 31.12.2023. Komitee esimees: Kadri Tamme /allkirjastatud digitaalselt/ Komitee sekretär: Kaire Kallak /allkirjastatud digitaalselt/ Väljastatud: /viimase digitaalallkirja kuupäev/ ________________________________________________________________________________ Tartu Ülikool tel 737 6215 grandikeskus e-post [email protected] Lossi 3 www.ut.ee/teadus/eetikakomitee 51003 Tartu  Eesti bioeetika ja inimuuringute nõukogu le, Avaldus Kinnitame, et võrreldes EBINile 27.03. 2020 esitatud uurimistöö „Ülegenoomne assotsiatsioonianalüüs SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2) infektsiooniga kaasnevate fenotüüpide mõistmiseks“ taotluses kirjeldatuga loobume uute geenidoonorite kaasamisest uuringusse. Oleme teadlikud, et geenidoonoriks hakkamine on praegusel karantiini ajal komplitseeritud ja vajaks paremat läbimõtlemist, kuidas tagada isikute informeerimine ja ohutus. Reedik Mägi 08.04.2020 TÜ genoomika instituudi juhtivteadur EESTI BIOEETIKA JA INIMUURINGUTE NÕUKOGU OTSUS 13 . aprill 20 20 nr 1.1-12/ 1277 Nõukogu koosseisus: Esimees: Liina Vahter Tallinna Ülikool Aseesimees: Aime Keis Tartu Ülikooli inimuuringute eetika komitee Teadussekretär: Aive Pevkur Tallinna Tehnikaülikool Liikmed: Kristi Rüütel Tervise Arengu Instituudi inimuuringute eetikakomitee Kärt Salumaa-Lepik Tallinna Tehnikaülikool Meego Remmel Eesti Kirikute Nõukogu Agne Velthut-Meikas Tallinna Tehnikaülikool Merike Sisask Tallinna Ülikool Ingeri Luik-Tamme TGS Baltic Advokaadibüroo Pärt Peterson Tartu Ülikool Kristjan Kask Tallinna Ülikool Arutas 7 . aprillil 20 20 .a Tartu Ülikooli Genoomika Instituudi projekti „ Ülegenoomne assotsiatsioonianalüüs SARS-CoV-2 ( Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 ) infektsiooniga kaasnevate fenotüüpide mõistmiseks “ . Uuringu viib läbi Tartu Ülikool . Uuringu taotluse menetlusest taandas ennast Maarja Kirss, Andmekaitse Inspektsioonist ja Irja Lutsar, Tartu Ülikool ist. Uuringu taotluse menetluses ei osalenud Priit Ennet, MTÜ Eesti Teadusajakirjanike Selts. Läbivi idava uuringu üldine eesmärk on viia läbi ülegenoomne assotsiatsioonianalüüs, et mõista kas ja kuidas on SARS-CoV-2 viiruse põhjustatud COVID-19 ( Coronavirus Disease 2019 ) nakatumise tõenäosus ning nakatumisega kaasuvad terviseprobleemid mõjutatud inimese geneetikast. Saadud infot kasutatakse rahvusvahelises biopankade koostöö raames läbiviidavas meta -analüüsis. See uuring aitab kaasa haiguse geneetilise tausta mõistmisele ning annab sisendit farmaatsiafirmadele uute ravimikandidaatide leidmiseks. Uuringus töödeldakse järgmise andmekategooriaid ja –koosseis on toodud Eesti bioeetika ja inimuuringute nõukogule esitatud taotluse punktis 11 . Valimi moodustab kuni 2 15 0 00 geenidoonorit . Andmeandja te ks on Eesti Geenivaramu , Tervise Infosüsteem ja Eesti Nakkushaiguste Register . Otsus: anda luba uuringu läbiviimiseks. Otsuse lahutamatu lisad on Tartu Ülikooli Genoomika Instituudi „ Ülegenoomne assotsiatsioonianalüüs SARS-CoV-2 ( Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 ) infektsiooniga kaasnevate fenotüüpide mõistmiseks “ uuringutaotlus koos lisadega, mis on allkirjastatud vastutava uurija Reedik Mägi poolt . /allkirjastatud digitaalselt/ Liina Vahter Eesti bioeetika ja inimuuringute nõukogu esimees UURIMISTÖÖ AVALDUS KOOSKÕLASTUSE SAAMISEKS EESTI BIOEETIKA JA INIMUURINGUTE NÕUKOGULT 1. UURIMISTÖÖ ANDMED Uurimistöö täielik nimetus: Ülegenoomne assotsiatsioonianalüüs SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2) infektsiooniga kaasnevate fenotüüpide mõistmiseks. Uurimustöö peamine eesmärk: Uuringu eesmärk on viia läbi ülegenoomne assotsiatsioonianalüüs, et mõista kas ja kuidas on SARS-CoV-2 viiruse põhjustatud COVID-19 (Coronavirus Disease 2019) nakatumise tõenäosus ning nakatumisega kaasuvad terviseprobleemid mõjutatud inimese geneetikast. Saadud infot kasutatakse rahvusvahelises biopankade koostöö raames läbiviidavas meta-analüüsis. See uuring aitab kaasa haiguse geneetilise tausta mõistmisele ning annab sisendit farmaatsiafirmadele uute ravimikandidaatide leidmiseks. Uurimistöö toimumiskoht: Eesti Vabariik (EV), Tartu linn, Tartu Ülikool (edaspidi TÜ), Genoomika instituut (edaspidi GI) 2. UURIMISTÖÖ TEOSTAJAD JA UURINGUKESKUSED 2.1. Vastutavad uurijad ees- ja perekonnanimi: Reedik Mägi amet: juhtivteadur töökoht: TÜ GI töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] 2.2. Kaastöötajad ees- ja perekonnanimi: Lili Milani amet: juhtivteadur töökoht: TÜ GI töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] ees- ja perekonnanimi: Ene Reimann amet: teadur töökoht: TÜ GI töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] ees- ja perekonnanimi: Triin Laisk amet: teadur töökoht: TÜ GI töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] 1 ees- ja perekonnanimi: Urmo Võsa amet: teadur töökoht: TÜ GI töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] ees- ja perekonnanimi: Kelli Lehto amet: vanemteadur töökoht: TÜ GI töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] ees- ja perekonnanimi: Maarja Lepamets amet: spetsialist töökoht: TÜ GI töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] ees- ja perekonnanimi: Viktorija Kukuškina amet: spetsialist töökoht: TÜ GI töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] ees- ja perekonnanimi: Steven Smit amet: vastutav laborant töökoht: TÜ GI töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] ees- ja perekonnanimi: Mari-Liis Tammesoo amet: bioinformaatik töökoht: TÜ GI töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] 2.3. Vastutava uurija asutuse esindaja on uurimistöö korraldamisega nõus: ees- ja perekonnanimi: Mait Metspalu amet: TÜ GI direktor töökoht: TÜ GI töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] 2 Käesoleva taotluse on läbi vaadanud ja heaks kiitnud TÜ andmekaitse peaspetsialisti poolt volitatud isikud, kelleks on Eesti Geenivaramu (EGV) andmekogumise osakonna juhataja ja projektijuht Helene Alavere ning analüütik Evelin Tali. ees- ja perekonnanimi: Helene Alavere amet: EGV andmekogumise osakonna ees- ja perekonnanimi: Evelin Tali juhataja ja projektijuht amet: EGV analüütik töökoht: TÜ GI töökoht: TÜ GI töökoha aadress: Riia 23b, Tartu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] e-post: [email protected] Taotlus on allkirjastatud digitaalselt. 3. UURIMISTÖÖ FINANTSEERIMINE Uurimustöö finantsallikad: PRG687 „Suuremahuliste genoomika andmete kasutus ja metoodika arendus geneetiliste haigusriskide hinnangute väljatöötamiseks“ (01.01.2020−31.12.2020) MP1GI20003R „Südame-veresoonkonna haiguste ja vaimsete häirete komorbiidsuse ennustamine“ (01.01.2020-31.12.2023) Uuritavatele kompensatsiooni ei maksta. 4. LÜHIÜLEVAADE SIIANI SAMAL TEEMAL LÄBIVIIDUD UURIMISTÖÖDEST Koroonaviiruse haigus 2019 (Coronavirus disease 2019; COVID-19), mida põhjustab ägeda raskekujulise respiratoorse sündroomi viirus 2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2; SARS-CoV-2) on praeguseks põhjustanud ülemaailmse tervisega seotud kriisiolukorra. [1] 26.03.2020 seisuga on Maailma Tervise Organisatsiooni (World’s Health Organization, WHO) andmetel haigestunud 462684 inimest (Eestis 404 inimest), kellest 20834 (4.5 %) on haigusest tingitud komplikatsioonide tagajärjel surnud. [2] Kuna hetkel on ressursid SARS-CoV-2 nakkuse testimiseks piiratud, siis ei suudeta kõiki haiguse sümptomitega ja haigetega kokku puutunud inimesi testida. Samas on hinnatud, et tõenäoliselt on nakatunute arv kordades suurem ja numbrid kasvavad igapäevaselt. [2, 3] Mitmed riigid on haiguspuhangu kontrolli alla saamiseks erirežiimil ja tervishoiuasutused on haigetest ülerahvastatud. SARS-CoV-2 põhjustab alumiste hingamisteede haigust, mida on hakatud nimetama koroonaviiruse kopsupõletikuks, samas on haigust seostatud ka seedeelundkonna häiretega. [1, 4] On tõestatud SARS-CoV-2 levik inimeselt inimesele lähikontakti (hingamisteedest vabanenud piiskade) ja pindade kaudu (viiruse kandmine kätega näo piirkonda), kuid kahtlustatakse levikut ka fekaalse-oraalse ülekande teel. [4] Lisaks on näidatud, et viirus võib kanduda edasi asümptomaatiliselt indiviidilt. [5] Käesolevalt puuduv spetsiifiline SARS-CoV-2 infektsioonist tingitud COVID-19 ravi [6] ja tegeletakse sümptomite (kõrge palavik, köha, hingamisraskused) leevendamisega ja kontrolli all hoidmisega. Samuti puudub SARS-CoV-2 vastane vaktsiin. Seega on teadlastel koostöös meditsiinitöötajate ja ravimifirmadega vaja kiiremas korras välja arendada vahendid COVID-19 ohjeldamiseks ja raviks. Kuna SARS-CoV-2 on uus viiruse tüvi, millega inimesel teadaolevalt varasem kokkupuude puudub [7], siis ei tunta ka COVID-19 patogeneesi ega teata täpselt, milliseid organeid, rakke, signaaliradu ja geenide ekspressiooni see inimeses võiks mõjutada. Samuti ei teata, kuidas 3 mõjutavad viirusega nakatumist ja COVID-19 haiguse kulgu inimese geenid ja nende variandid. Praeguseks on näidatud, et SARS-CoV-2 kasutab rakku sisenemiseks angiotensiini-konverteerivat ensüümi 2 (ACE2) ja transmembraanset seriini proteaasi 2 (TMPRSS2). [8] Ülegenoomsed assotsiatsioonianalüüsid (Genome Wide Association Study, GWAS), on laialt kasutuses olev meetod, mis võimaldab geneetilisi variante seostada fenotüübiga. [9] Kuna piisava statistilise jõu saavutamiseks on vajalik suur uuritavate hulk, siis on levinud GWAS analüüside läbiviimine konsortsiumite tasandil. Global Biobank Meta-analysis Initiative konsortsium [10, 11] koondab endas ülemaailmselt mitmeid biopankasid (kaasa arvatud EGV), sealhulgas üle 2 miljoni genotüpeeritud proovi. 5. KAVANDATAVA UURIMISTÖÖ EESMÄRK, KOKKUVÕTE JA PÕHJENDUS Hetkel puudub spetsiifiline COVID-19 ravi ja on võimalik leevendada vaid sümptomeid. Ravimifirmad koostöös teadlastega üritavad välja töötada nii ravimeid kui ka SARS-CoV-2 vastast vaktsiini, kuid kõik on veel algstaadiumis. Samas on selle arendustööga erakorraliselt kiire, sest COVID-19 haigusest tingitud olukord halveneb iga tunniga. Tänapäeval baseerub ravimite väljatöötamine paljuski varasematel teadusuuringutel, kus on välja selgitatud erinevad geenid ja signaalirajad, millel on roll haiguste patogeneesis. [12] Meie hüpotees on, et SARS-CoV-2 infektsiooniga kaasnevad erinevad fenotüübid on mõjutatud inimese genoomi järjestusest. Meie eesmärk on kasutada võimalike seoste leidmiseks ülegenoomseid assotsiatsiooniuuringuid. Antud meetod on üks kiiremaid, mida hetkeolukorras COVID-19 patogeneesi uurimiseks on võimalik läbi viia. Selleks soovib TÜ GI Eesti geenivaramu (EGV) rahvusvahelise koostöö raames (Global Biobank Meta-analysis Initiative konsortsiumiga) [10, 11] kaasata Eesti geenidoonoreid (GD). 6. UURIMISTÖÖ TEOSTAMISE AEG Uurimistöö algus: aprill 2020 Uurimistöö lõpp: märts 2025 7. UURITAVATE JA NENDE VÄRBAMISVIISI TÄPNE KIRJELDUS Uuringu koguvalim koosneb kahest erinevast uuritavate kohordist: ● Kõik EGV GD, kelle andmed on juba varem kogutud geenivaramusse ja kes pole keelanud oma andmete täiendamist ning kes on EGV-s olevate viimaste andmete põhjal elus. Hinnanguliselt on kohordi suurus üle 200 000 isiku. ● SARS-CoV-2 suhtes testitud indiviidid, kes kaasatakse GD-ks uuringu käigus. Kohordi suurus sõltub Eestis testitud indiviidide arvust ja inimeste soovist hakata GD-ks. Hetkel (27.03.2020 hommiku seisuga) on Eestis koroonaviirus test tehtud 9371 inimesele ja see on osutunud positiivseks 672 inimesel. [13] 7.1 EGV-ga juba liitunud geenidoonorid Valimi aluseks on üle 200000 EGV-s praegu oleva GD andmed. Selle rühma puhul kasutatakse analüüsides EGV-st saadud geno- ja fenotüübiandmeid. Selleks, et tuvastada SARS-CoV-2 suhtes testitud doonoreid võimalikult kiiresti, saadetakse GD-le e-kirja vahendusel kutse. 4 7.2 SARS-CoV-2 suhtes testitud indiviide informeeritakse võimalusest saada geenidoonoriks. Valimi aluseks on kõik indiviidid, kes vastavad GD-ks saamise kriteeriumitele [14] ja kellele on tehtud SARS-CoV-2 test, sõltumata selle tulemusest. Antud valimi kaasamiseks informeerime testitud inimesi võimalusest liituda geenivaramuga. Selleks kasutame erinevaid meediakanaleid. Valimi võimalikku suurust ei oska me hetkel hinnata, kuna see sõltub testimise ulatusest ja testitavate soovist liituda EGV-ga. 8. DEPSEUDONÜÜMIMISE TAOTLUS Antud uurimustöö raames teostatakse geenidoonorite andmete depseudonüümimine, milleks palume Eesti bioeetika ja inimuuringute nõukogu luba. Soovime depseudonüümida üle 200 000 GD andmed, kes vastavad punktis 7.1. kirjeldatud kriteeriumitele. Depseudonüümimine toimub GD kontaktandmete saamiseks. Uuritavad isikud on allkirjastanud GD-ks saamise nõusoleku vormi, millega nad on andnud nõusoleku oma andmete täiendamiseks. Vastavalt Inimgeeniuuringute Seadusele (IGUS) § 24, lg 2, p 4 on depseudonüümimine lubatud vastutava töötleja ettepanekul ja eetikakomitee nõusolekul GD tuvastamiseks, temaga ühenduse võtmiseks ning tema kirjalikul nõusolekul terviseseisundi kirjelduse uuendamiseks, täiendamiseks või kontrollimiseks. Uuringusse ei kaasata GD, kes on keelanud oma andmete täiendamise, uuendamise ja kontrollimise. 9. UURIMISMETOODIKA TÄPNE KIRJELDUS Uuring koosneb neljast alategevusest. - Tervise Infosüsteemist (TIS) ja Nakkushaiguste Registrist (registrid) SARS-CoV-2 testi tulemuste ja COVID-19 diagnoosi ning haiguskulu kohta käiva info sidumine GD-ga. - GD-le kutse saatmine uuringu küsimustiku täitmiseks (annavad selleks eraldi nõusoleku). - SARS-CoV-2 testi teinud inimeste informeerimine võimalusest saada GD-ks. - GWAS analüüsi läbiviimine vastavalt rahvusvahelise koostöö juhistele. 9.1. Registritest geenidoonori info taotlemine SARS-CoV-2 testi tulemuste ja COVID-19 diagnoosi kohta Antud uuringu läbiviimisel on oluline ajafaktor, seetõttu on vajalik COVID-19 kohta käiva info kiire ja efektiivne kättesaamine registritest. Arvestades COVID-19 olukorra kiiret muutumist, soovime andmeid uuendada võimalusel kord nädalas. Selleks on vaja antud uuringu käigus välja töötada meetod andmete kiireks kättesaamiseks registritest. Plaanis on küsida geenidoonorite terviseandmeid TIS-ist ja Nakkushaiguste Registrist (sealhulgas informatsioon GD-te SARS-CoV-2 testi tulemuste ja COVID-19 diagnoosi kohta), mis on vajalik uuringu käigus teostatavaks GWAS analüüsiks. Registrite ja GI vahel lepitakse kokku minimaalne vajalik andmekoosseis. Vastavatest registritest andmete täiendamist lubanud uuringus osalejate nimekiri saadetakse GI-st krüpteeritult registrisse, kus liidetakse sinna juurde kokkulepitud andmekoosseis ja tulemus tagastatakse GI-sse krüpteeritult. Andmed pseudonüümitakse enne teadustöös kasutusele võtmist. 9.2. Kutse geenidoonoritele osaleda uuringus ja täita uuringu küsimustik Eesmärk on tuvastada SARS-CoV-2 suhtes testitud GD-d, kutsuda nad koroonaviiruse uuringusse ning koguda neilt uuringu küsimustiku abil uuringu jaoks vajalikku täiendavat informatsiooni. Selleks saadetakse GD-le e-kirja vahendusel kutse (Lisa 13.2) osaleda antud uuringus. Eraldi kutse saatmine GD-le on vajalik, et tuvastada SARS-CoV-2 suhtes testitud doonoreid võimalikult kiiresti, kuna registritesse võib antud info jõuda hilinemisega või osutub sealt info kättesaamine aeglaseks. Kuna antud uuringus on väga oluline ajafaktor, siis usume, et eraldi kutse saatmine 5 nimetatud eesmärgil on vajalik. Kutsete saatmise korduste arv sõltub eriolukorra pikkusest, kuid mitte sagedamini kui üks kord kuus. Kutse sisaldab veebilinki, mis viib doonori uuringu nõusolekuvormini (Lisa 13.3). Uuringus osalemiseks ja küsimustiku täitmiseks peab GD eelnevalt andma vabatahtliku informeeritud nõusoleku, allkirjastades selle digitaalselt, kasutades ID-kaarti, Smart-ID-d või Mobiil-ID-d. Doonor saab allkirjastatud uuringu nõusoleku vormi soovi korral alla laadida. Pärast nõusoleku andmist avaneb GD-le uuringu küsimustik (Lisa 13.4). Uuringu küsimustik baseerub Biobank Meta-analysis Initiative konsortsiumi poolt kokkulepitud küsimustikul. GD-lt küsitakse nende praeguste antropomeetriliste näitude, hiljutise tervisekäitumise, võimaliku SARS- CoV-2 infektsiooni allika, COVID-19 sümptomite ja haiguse kulu, võetud ravimite ja kaasuvate haiguste kohta ning koroonaviirusest tingitud eriolukorraga kaasnevate emotsioonide kohta. Kui GD-t testitakse korduvalt, siis on tal võimalik anda vastused iga testimise kohta eraldi. Küsimustikuga kogutud info säilitatakse tähtajatult nagu teisi geenivaramusse kogutud andmeid (IGUS § 18 lg (1)). Toome eraldi välja, et uuringu kutsel ja uuringu nõusolekuvormil on toodud uuringu kontaktiks TÜ GI juhtivteadur Reedik Mägi. Uuritavate, sealhulgas GD-de, küsimused on suunatud e-maili aadressile [email protected]. Seda seetõttu, et GD-l on õigus GD-ks olemise fakti salajas hoida kolmandate isikute, sh Reedik Mägi eest. Suhtluse suunamine [email protected] aadressile võimaldab GD-l esitada küsimus Geenivaramule, kes edastab selle isikustamata kujul vastutavale uurijale. Reedik Mägi vastus edastatakse geenidoonorile läbi Geenivaramu. 9.3. SARS-CoV-2 testi teinud inimeste meedia vahendusel informeerimine võimalusest saada geenidoonoriks. Eesmärk on suurendada valimit ja seeläbi uuringu statistilist võimsust. Uurija annab meedia kaudu teada, et testi teinud inimesed saavad vabatahtlikkuse alusel allkirjastada geenidoonoriks saamise nõusolekuvormi [15] elektroonselt veebilehe geenidoonor.ee kaudu. Seejärel saab inimene minna koroonaviiruse uuringu lehele ja anda seal vabatahtliku uuringus osalemise nõusoleku, mille järel saab ta täita uuringu küsimustiku. Oluline on täita koroonaviiruse küsimustik esimesel võimalusel, kui kõik testimisega ja võimaliku haigusega seonduv on värskelt meeles. On oluline märkida, et geenidoonoriks saab inimene alles siis, kui ta on andnud koeproovi. Hetkeolukorras pole see aga võimalik ja koeproovid kogume esimesel võimalusel, kui see ei põhjusta enam suurenenud nakatumise riski koeproovi võtjatele. Sellekohane informatsioon paigutatakse veebilehele, kus soovijad saavad allkirjastada geenidoonoriks saamise nõusoleku vormi. Neid isikuid, kellelt koeproovi pole laekunud, ei loeta GD-ks ja neid andmeid ei kasutata kuni koeproovi laekumiseni teistes teadusuuringutes. 9.4. Ülegenoomsed assotsiatsiooniuuringud Eesmärk on leida geenivariante, mis on seotud haigestumise tõenäosusega ja haiguse kulu ja tüsistuste tekkega. Ülegenoomsed assotsiatsiooniuuringud (GWAS) viiakse läbi vastavalt rahvusvahelist koostööd koordineeriva konsortsiumi Biobank Meta-analysis Initiative Consortium juhistele. Kokkuvõtvalt tehakse järgnevat: iga geneetilist varianti testitakse seoses haiguse staatuse ning muude alafenotüüpidega, kohandades analüüsi uuritava vanuse, soo ning muude kovariaatide osas (näiteks geneetilised peakomponendid). Ülegenoomne seoseanalüüs viiakse läbi kasutades SAIGE tarkvara. [16] GWAS analüüsi esialgne plaan on esitatud eraldi ingliskeelse dokumendina Lisa 13.5. Andmete ja kudede kasutamine Uuringu käigus kogutud andmete (uuringu küsimustik, andmed registritest) ja koematerjali kasutamiseks peab teadlane neid taotlema EGV-st, järgides EGV andmeväljastamise tavaprotseduure. Uurijad kasutavad DNA ja andmete analüüsimisel pseudonüümitud andmeid. Uuringu käigus teostatakse ülegenoomseid assotsiatsiooniuuringuid, mille koondstatistikuid (efekti suuruse ning statistilise olulisuse hinnang iga geneetilise variandi kohta) jagatakse Biobank 6 Meta-analysis Initiative Consortium meta-analüüsi grupiga vastavalt analüüsiplaanile. Koondstatistikute fail ei sisalda indiviidi tasemel infot ning ei võimalda osalejate taasidentifitseerimist. 10. UURIMISTÖÖ EETILISTE ASPEKTIDE KIRJELDUS Uuritavate autonoomia respekteerimine – uuritavad, kes juba on GD annavad oma vabatahtliku nõusoleku koroonaviiruse uuringu küsimustiku täitmiseks. Isikud, kes pole liitunud EGV-ga kaasatakse uuringusse, kui nad on nõus vabatahtlikult allkirjastama geenidoonoriks saamise nõusoleku vormi, uuringu nõusoleku vormi ja täitma koroonaviiruse uuringu küsimustiku. Uurimistöös osalevad uuritavad on oma otsustes sõltumatud ning võivad igal hetkel selgitusi andmata uuringust lahkuda. Vastava tahteavalduse saab esitada TÜ GI vastutavale töötlejale tema asukohas või digitaalselt allkirjastatuna. Mittekahjustamise printsiip – antud uurimistöös esinevad riskid on seotud peamiselt andmekaitseliste aspektidega. Riskide maandamiseks kasutatakse andmete töötlemiseks turvalisi kanaleid. Vahepealseid andmebaase väljaspool EGV-d ei looda, vaid andmed liidetakse EGV andmebaasiga. Pabervorme ei kasutata, et vähendada nakkuse leviku riski. Samuti ei koguta uute GD koeproove epideemia ajal. Pärast kriisiolukorra möödumist teavitatakse isikuid, kes on allkirjastanud geenidoonoriks saamise nõusoleku e-maili teel võimalusest anda koeproov. Heategemine – sellest tööst uuritavad otsest kasu ei saa, kuna alustatakse baasteadmiste loomisega ja otsene – kliinilises praktikas rakendatav kasu haigusega tegelemiseks võib tekkida hiljem. Seega saavad antud tööst kasu pigem tulevased patsiendid. Arvestades viiruspuhangu kordumise võimalust on väga oluline teha kõik võimalik, et edaspidi oleksime paremini valmis haigust tõrjuma ja haigestunuid abistama. Õigluse printsiip – uuringus osalemisega seotud võimalikud ebameeldivused uuritavale (ajakulu küsimustiku täitmisel, kartus isiklike andmete väärkasutusest) on väiksema kaaluga kui uuringu tulemusena saadav uus teave, mis on kasulik tulevastele patsientidele. Uuringus osalemine või sellest keeldumine ei mõjuta mingil määral saadavat arstiabi mahtu ega kvaliteeti. 11. UURIMISTÖÖ ANDMEKAITSE KIRJELDUS 11.1. Uuringu andmekaitseaspektide kirjeldus EGV-s 11.1.1. Andmete kogumine EGV-sse Geenidoonoriks saamise protseduur ja andmete kogumine selle raames on reguleeritud IGUS-ga ja EGV protseduurijuhistega. Kogutud andmeid hoitakse EGV-s. Teadusuuringuteks väljastatakse neid andmeid tavapärast andmete väljastamise protseduuri järgides ainult pseudonüümitud kujul. Andmeid säilitatakse tähtajatult nagu kõiki geenivaramusse kogutud andmeid (IGUS § 18 lg (1)). 11.1.2. Seaduslik alus geenivaramust andmete väljastamiseks Geenivaramust väljastatakse uurimistööks koeproove, DNA kirjeldusi või terviseseisundi kirjeldusi ainult pseudonüümituna, hulgana ja tingimusel, et väljastatavaid proove või andmeid on üheaegselt vähemalt viie geenidoonori kohta (IGUS § 22, lg (4)). Andmekoosseis. Valimi aluseks on kogu GD kohort. Nende seast valitakse uuringukriteeriumite alusel sobivad GD. Andmed väljastatakse vaid uuringusse valitud GD kohta (nende arvu pole hetkel võimalik hinnata), vajatakse fenotüübiandmeid, geneetilisi andmeid ning huvipakkuvate tunnuste, haiguste ning ravimi kasutamise kohta käivaid andmeid. Kõiki andmeid kasutatakse pseudonüümitud kujul. Andmete geenivaramust väljastamise protseduur. Andmete väljastamisel järgib EGV kõiki IGUSest tulenevaid nõudeid. ● Väljastuse eelduseks on Eesti bioeetika ja inimuuringute nõukogu hinnang. 7 ● TÜ GI direktori korraldusega määratakse nimeliselt väljastustoimingute teostamise eest vastutavad isikud. ● TÜ GI direktor annab korralduse andmete väljastamiseks. ● Koostatakse väljastamisprotokolli, kuhu märgitakse väljastatud andmed ning üleandmise viis ja kuupäev. Väljastatud andmeid hoitakse TÜ Teaduspilves, mis on läbinud infosüsteemide kolmeastmeline etalonturbe (ISKE) auditi 2017. a detsembris ja vastab ISKE M taseme nõuetele (turvaklass T1K1S2). Ligipääs väljastatud andmetele on ainult taotluses nimetatud uurijatel ja uuringu kaastöötajatele, keda on informeeritud kohalduvatest andmekaitsenõuetest. Uurimistöö teostaja kohustused andmete töötlemisel. Uurimistöö läbiviija on kohustatud järgima kõiki seadusest tulenevaid ja väljastamise korralduses toodud andmekaitse põhimõtteid. ● Uurimistöö teostaja kasutab andmeid ainult uurimistöö eesmärkidel ja ulatuses. ● Uurimistöö teostaja garanteerib andmete konfidentsiaalsuse. ● Peale uuringu lõppu andmete käitlemisele kohalduvad nõuded on sätestatud andmete väljastamise korralduses (nt ligipääsude tõkestamine, andmete hävitamine). 11.2. Uuringu andmekaitseaspektide kirjeldus pärast andmete väljastamist EGV-st teadlastele Isikuandmete töötlemine ja kaitse - teadlastele väljastatakse pseudonüümitud geno- ja fenotüübi andmed vastavalt andmete väljastustaotlusele. Neile ei väljastata infot, mis võimaldab tuvastada doonori isikut (nimi, isikukood, elukoha aadress, muud kontaktandmed). Andmete publitseerimine – andmeid kasutatakse teaduslike artiklite avaldamiseks vastavalt rahvusvahelistele artiklite avaldamise nõuetele. Kooskõlas Helsinki deklaratsiooniga (Eesti Arst 2011; 90(7):344–346). Andmed avaldatakse viisil, mis ei võimalda konkreetse isiku tuvastamist. 12. TEAVE SAMA UURINGU VARASEMATEST VÕI SAMAAEGSETEST HINDAMISTEST VÕI HEAKSKIITMISTEST MUJAL. Käesolevale uuringule ei ole varasemalt taotletud eetikakomitee luba. 13. LISAD: 13.1. Vastutava uurija ja kaastöötajate CVd 13.2. Kutse osaleda uuringus ja täita uuringu küsimustik (EST) 13.3. Nõusolekuvorm koroonaviiruse uuringus osalemiseks (EST) 13.4. Uuringu küsimustik (EST) 13.5. Esialgne GWAS plaan (ENG) Lisad 13.2, 13.3 ja 13.4 on hetkel esitatud vaid eestikeelsena. Uuringu jaoks valmistatakse ette ka venekeelsed dokumendid pärast EBIN-ilt kooskõlastuse saamist. 8 KASUTATUD KIRJANDUS 1. Yuen, K.S., et al., SARS-CoV-2 and COVID-19: The most important research questions. Cell Biosci, 2020. 10: p. 40. 2. WHO. WHO COVID-19 Report, 26.03.2020. 2020 https://www.who.int/docs/default- source/coronaviruse/situation-reports/20200326-sitrep-66-covid-19.pdf?sfvrsn=81b94e61_2]. 3. WHO. WHO COVID-19 Report 21.03.2020. 2020 https://www.who.int/docs/default- source/coronaviruse/situation-reports/20200322-sitrep-62-covid-19.pdf?sfvrsn=f7764c46_2]. 4. Chan, J.F., et al., A familial cluster of pneumonia associated with the 2019 novel coronavirus indicating person-to-person transmission: a study of a family cluster. Lancet, 2020. 395(10223): p. 514-523. 5. Bai, Y., et al., Presumed Asymptomatic Carrier Transmission of COVID-19. JAMA, 2020. 6. CDC_COVID-19. 2020 https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/hcp/therapeutic- options.html]. 7. Andersen, K.G., et al., The proximal origin of SARS-CoV-2. Nature Medicine, 2020. 8. Hoffmann, M., et al., SARS-CoV-2 Cell Entry Depends on ACE2 and TMPRSS2 and Is Blocked by a Clinically Proven Protease Inhibitor. Cell, 2020. 9. GWAS. 2020 https://www.genome.gov/about-genomics/fact-sheets/Genome-Wide- Association-Studies-Fact-Sheet]. 10. Global Biobank Meta-analysis Initiative. 2020 https://www.globalbiobankmeta.org]. 11. COVID-19 Host Genetics Initiative. 2020 https://www.covid19hg.com/]. 12. Mohs, R.C. and N.H. Greig, Drug discovery and development: Role of basic biological research. Alzheimers Dement (N Y), 2017. 3(4): p. 651-657. 13. Koroonaviirus 2019-nCoV levik Eestis. 2020 https://www.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html#/9213122b42fd47b9bf60320a43c290a6]. 14. Inimgeeniuuringute seadus. 2020 https://www.riigiteataja.ee/akt/72581?leiaKehtiv]. 15. Geenidoonoriks saamise nõusolekuvorm. 2019 https://www.riigiteataja.ee/akt/117042019016]. 16. Zhou, W., et al., Efficiently controlling for case-control imbalance and sample relatedness in large-scale genetic association studies. Nat Genet, 2018. 50(9): p. 1335-1341. 9  Viktorija Kukuškina Sünniaeg 31.03.1988 Telefon 737 4045 E-post [email protected] Töökohad ja ametid 01.09.2019–... Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut, spetsialist (1,00) 01.01.2019– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut, spetsialist (0,50) 31.08.2019 01.12.2018– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut, spetsialist (1,00) 31.12.2018 01.01.2018– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut, spetsialist (0,50) 30.11.2018 01.08.2016– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, spetsialist (0,50) 31.01.2018 01.09.2015– Tervisetehnoloogiate Arenduskeskus AS (endine 31.07.2016 Reproduktiivmeditsiini TAK AS) , spetsialist (0,50) 01.05.2014– Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Biomeditsiini instituut, projekti 31.07.2015 spetsialist (0,50) 01.09.2012– Eesti Biokeskus, Programmeerija (0,50) 31.08.2015 Haridustee 31.08.2015–... Doktoriõpe 29.08.2011– Magistriõpe 17.06.2013 03.09.2007– Bakalaureuseõpe 16.06.2011 Teaduskraadid Viktorija Kukuškina, doktorant, (juh) Reedik Mägi; Andres Metspalu; Andres Salumets, Gene expression patterns in population and association with diseases (Geeniekspressioonimustrite varieeruvus populatsioonis ja seos haigustega), Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu. Teadustöö põhisuunad ETIS KLASSIFIKAATOR: 3. Terviseuuringud; 3.11. Terviseuuringutega seotud uuringud, näiteks biokeemia, geneetika, mikrobioloogia, biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika ja bioinformaatika; CERCS KLASSIFIKAATOR: B110 Bioinformaatika, meditsiiniinformaatika, biomatemaatika, biomeetrika Jooksvad projektid • SLTMR16142T (TK142) "Genoomika ja Siirdemeditsiini Tippkeskus (TK142) (1.01.2016−1.03.2023)", Andres Metspalu, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu. • PP1GI19935 "Koopiaarvu muutuste mõju komplekshaigustele (7.08.2019−30.06.2020)", Reedik Mägi, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut. • IUT20-60 "Oomiksi põhised meetodid terviseuuringutes: integreeritud lähenemine haiguste tekkeprotsesside mõistmiseks ja prognoosimiseks (1.01.2014−31.12.2019)", Andres Metspalu, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut. Juhendatud väitekirjad • Ustina Põnova, magistrikraad, 2017, (juh) Tarmo Annilo; Viktorija Kukuškina, Meditsiiniliselt oluliste geenivariantide tõlgendamine RNA ekspressiooniandmete abil, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu. Publikatsioonid 2019 Puurand, Tarmo; Kukuškina, Viktoria; Pajuste, Fanny-Dhelia; Remm, Maido (2019). AluMine: alignment- free method for the discovery of polymorphic Alu element insertions. Mobile DNA , 10, 31−31.10.1186/s13100-019-0174-3. Linner, Richard Karlsson; Biroli, Pietro; Kong, Edward; Meddens, Fleur W.; Wedow, Robbee; Fontana, Mark Alan; Lebreton, Mael; Tino, Stephen P.; Abdellaoui, Abdel; Hammerschlag, Anke R.; Nivard, Michel G.; Okbay, Aysu; Rietveld, Cornelius A.; Timshel, Pascal N.; Trzaskowski, Maciej; de Vlaming, Ronald; Zund, Christian L.; Bao, Yanchun; Buzdugan, Laura; Caplin, Ann H. ... Beauchamp, Jonathan P. (2019). Genome-wide association analyses of risk tolerance and risky behaviors in over 1 million individuals identify hundreds of loci and shared genetic influences. Nature Genetics, 51 (2), 245−261.10.1038/s41588-018-0309-3. Timmers, Paul Rhj; Mounier, Ninon; Lall, Kristi; Fischer, Krista; Ning, Zheng; Feng, Xiao; Bretherick, Andrew D; Clark, David W; ,; Agbessi, M; Ahsan, H; Alves, I; Andiappan, A; Awadalla, P; Battle, A; Bonder, M J; Boomsma, D; Christiansen, M; Claringbould, A; Deelen, P ... Joshi, Peter K (2019). Genomics of 1 million parent lifespans implicates novel pathways and common diseases and distinguishes survival chances. eLife, 8.10.7554/eLife.39856. Porcu, Eleonora; Rueger, Sina; Lepik, Kaido; Agbessi, Mawusse; Ahsan, Habibul; Alves, Isabel; Andiappan, Anand; Arindrarto, Wibowo; Awadalla, Philip; Battle, Alexis; Beutner, Frank; Bonder, Marc Jan; Boomsma, Dorret; Christiansen, Mark; Claringbould, Annique; Deelen, Patrick; Esko, Tonu; Fave, Marie-Julie; Franke, Lude; Frayling, Timothy ... Kutalik, Zoltan (2019). Mendelian randomization integrating GWAS and eQTL data reveals genetic determinants of complex and clinical traits. Nature Communications, 10, ARTN 3300.10.1038/s41467-019-10936-0. 2018 Suhorutshenko, Marina; Kukushkina, Viktorija; Velthut-Meikas, Agne; Altmäe, Signe; Peters, Maire; Mägi, Reedik; Krjutškov, Kaarel; Koel, Mariann; Codoñer, Francisco; Martinez-Blanch, Juan; Vilella, Felipe; Simón, Carlos; Salumets, Andres; Laisk, Triin (2018). Endometrial receptivity revisited: endometrial transcriptome adjusted for tissue cellular heterogeneity. Human Reproduction, 33 (11), 2074−2086.10.1093/humrep/dey301. Laisk, Triin; Kukuškina, Viktorija; Palmer, Duncan; Laber, Samantha; Chen, Chia-Yen; Ferreira, Teresa; Rahmioglu, Nilufer; Zondervan, Krina; Becker, Christian; Smoller, Jordan W; Lippincott, Margaret; Salumets, Andres; Granne, Ingrid; Seminara, Stephanie; Neale, Benjamin; Mägi, Reedik; Lindgren, Cecilia M (2018). Large scale meta-analysis highlights the hypothalamic-pituitary-gonadal (HPG) axis in the genetic regulation of menstrual cycle length. Human Molecular Genetics, 27 (24), 4323−4332.10.1093/hmg/ddy317. Teder, Hindrek; Koel, Mariann; Paluoja, Priit; Jatsenko, Tatjana; Rekker, Kadri; Laisk-Podar, Triin; Kukuškina, Viktorija; Velthut-Meikas, Agne; Fjodorova, Olga; Peters, Maire; Kere, Juha; Salumets, Andres; Palta, Priit; Krjutškov, Kaarel (2018). TAC-seq: targeted DNA and RNA sequencing for precise biomarker molecule counting. npj Genomic Medicine, 3, ARTN 34.10.1038/s41525-018-0072-5. Pervjakova, N.; Kukushkina, V.; Haller, T.; Kasela, S.; Joensuu, A.; Kristiansson, K.; Annilo, T.; Perola, M.; Salomaa, V.; Jousilahti, P.; Metspalu, A.; Magi, R. (2018). Genome-wide analysis of nuclear magnetic resonance metabolites revealed parent-of-origin effect on triglycerides in medium very low-density lipoprotein in PTPRD gene. Biomarkers in medicine, 12 (5), 439−446.10.2217/bmm-2018-0020. 2017 Rekker, Kadri; Saare, Merli; Eriste, Elo; Tasa, Tõnis; Kukuškina, Viktorija; Roost, Anne Mari; Anderson, Kristi; Samuel, Külli; Karro, Helle; Salumets, Andres; Peters, Maire (2017). High-throughput mRNA sequencing of stromal cells from endometriomas and endometrium. Reproduction, 154 (1), 93−100.10.1530/REP-17-0092. Lepik, Kaido; Annilo, Tarmo; Kukuškina, Viktorija; eQTLGen Consortium; Kisand, Kai; Kutalik, Zoltán; Peterson, Pärt; Peterson, Hedi (2017). C-reactive protein upregulates the whole blood expression of CD59 - an integrative analysis. PLoS Computational Biology, 13 (9), e1005766−e1005766.10.1371/journal.pcbi.1005766. Kukushkina, Viktorija; Modhukur, Vijayachitra; Suhorutšenko, Marina; Peters, Maire; Mägi, Reedik; Rahmioglu, Nilufer; Velthut-Meikas, Agne; Altmäe, Signe; Esteban, Francisco J; Vilo, Jaak; Zondervan, Krina; Salumets, Andres; Laisk-Podar, Triin (2017). DNA methylation changes in endometrium and correlation with gene expression during the transition from pre-receptive to receptive phase. Scientific Reports, 7 (1), 3916−3916.10.1038/s41598-017-03682-0. Altmäe, Signe; Koel, Mariann; Võsa, Urmo; Adler, Priit; Suhorutšenko, Marina; Laisk-Podar, Triin; Kukushkina, Viktorija; Saare, Merli; Velthut-Meikas, Agne; Krjutškov, Kaarel; Aghajanova, Lusine; Lalitkumar, Parameswaran G; Gemzell-Danielsson, Kristina; Giudice, Linda; Simón, Carlos; Salumets, Andres (2017). Meta-signature of human endometrial receptivity: a meta-analysis and validation study of transcriptomic biomarkers. Scientific Reports, 7 (1), 10077−10077.10.1038/s41598-017-10098-3. Suhorutshenko, M.; Kukushkina, V.; Velthut-Meikas, A.; Altmae, S.; Maire, P.; Magi, R.; Codoner, F.; Vilella, F.; Simon, C.; Salumets, A.; Laisk-Podar, T. (2017). Transcriptomic profile of early and mid- secretory endometrium revealed by RNA-seq: a paired sample cohort study. FEBS Journal, 284, 134−134.  Elulookirjeldus I. Üldandmed Ees- ja perekonnanimi: Triin Laisk Sünniaeg: 31.07.1985 Kodakondsus: Eesti Aadress, telefon, e-post: Sangla 44-1, 50407 Tartu, Tel. 5133527, [email protected] Haridus (õppeasutus, lõpetamise aeg, hariduse astme (kraadi) andmise aasta): Kõrgem, TÜ, PhD 2015 Keelteoskus: Eesti (emakeel), inglise keel, saksa keel Teenistuskäik, sh praegune ametikoht: 01.03.2019 - ... Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut, teadur (1,0) 01.03.2018–28.02.2019 Tartu Ülikool, Meditsiiniteaduste valdkond, kliinilise meditsiini instituut, geneetika teadur (0,80) 01.03.2018 – 31.12.2018 Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut, spetsialist (0,20) 2010–...Tervisetehnoloogiate Arenduskeskus AS (endine Reproduktiivmeditsiini TAK AS), teadur (0,1) 01.10.2016–31.12.2018 Tartu Ülikool, Meditsiiniteaduste valdkond, kliinilise meditsiini instituut, geneetika teadur (0,60) 01.01.2016–30.06.2016 Tartu Ülikool, Meditsiiniteaduste valdkond, kliinilise meditsiini instituut, spetsialist (0,20) 01.06.2014–31.12.2015 Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Naistekliinik, spetsialist (0,20) 01.09.2012–31.05.2014 Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Naistekliinik, spetsialist (0,40) 01.02.2009–31.08.2012 Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Naistekliinik, spetsialist (0,30) 01.11.2007–31.12.2007 Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, spetsialist (0,30) 2007–2007 Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Biotehnoloogia õppetool, spetsialist (0,30) II. Teadustöö ja arendustegevus Peamised uurimisvaldkonnad. Iga uurimisvaldkonna tulemuste lühikokkuvõte koos viidetega publikatsioonidele teadustööde nimekirjas. Kui tulemused on avaldatud koos kaasautoritega, tuua välja enda poolt tehtu. Professori, dotsendi, juhtivteaduri ja vanemteaduri ametikohale kandideerimisel esitada peamised uurimisvaldkonnad teadustööde pealkirjastatud tsüklitena, milledest igaüks võiks kokku anda potentsiaalse doktoritöö. Viimasel viie aastal olen osalenud peamiselt naise viljakuse ning viljatusega seotud tunnuste geneetiliste ja genoomika uuringute kontseptsiooni väljatöötamises, katsete disainis, läbiviimises ja analüüsis ning käsikirjade kirjutamises. Allpool on toodud  uuringute olulisemad teemad, vastavad publikatsioonid ja minu roll mainitud publikatsioonides. Naise loomuliku viljakuse geneetika Selleks, et mõista, millised geneetilised faktorid mõjutavad eelsoodumust erinevatele günekoloogilistele haigustele, on meil kõigepealt vaja piisavalt teadmisi faktoritest, mis mõjutavad naise viljakuse loomulikku varieeruvust. Naise viljakuse määrab suuresti munasarjades olevate munarakkude arv ning kvaliteet, ning kaudselt on seda võimalik hinnata naise reproduktiivse eluea pikkusega (mida rohkem on munarakke ning mida parema kvaliteediga need on, seda hiljem saabub menopaus, mis märgib reproduktiivse eluea lõppu). Et leida geneetilised faktorid, mis mõjutavad reproduktiivse eluea pikkust, kasutame suurtes biopankades olevaid andmeid (Laisk-Podar jt 2016; artikli planeerimine ning kirjutamine) ja oleme koostöös TÜ Geenivaramuga osalenud rahvusvahelise ReproGen konsortsiumi töös, ning iseloomustanud menopausi algusaega mõjutavaid geneetilist variante (Stolk jt 2013; andmeanalüüs). Selle töö jätkuna leidsime, et samad geneetilised variandid on seotud ka kehavälise viljastamise käigus kasutatava munasarjade hormonaalse stimulatsiooni tulemuslikkusega (Laisk-Podar jt 2015; uuringu disain, andmeanalüüs, tõlgendamine, artikli kirjutamine). Viimase selleteemalise uuringuga iseloomustasime geneetilisi variante, mis mõjutavad menstruaaltsükli pikkust, ning näitasime, et tsükli pikkust mõjutavad nii süsteemsed tegurid (variatsioon hüpotaalamus- ajuripats-munasari telje komponentide geenides) kui võimalikud koe-spetsiifilised tegurid (näiteks IGF2 munasarjades) (Laisk jt 2018; uuringu disain, andmeanalüüs, tõlgendamine, artikli kirjutamine). Endomeetriumi retseptiivsuse regulatsioon Teise olulise suunana olen tegelenud endomeetriumi ehk emaka sisemise limaskesta retseptiivsuse regulatsiooni uurimisega ülegenoomsel tasandil. Eelnevad uuringud on näidanud, et endomeetriumi retseptiivsusega käivad kaasas ulatuslikud muutused endomeetriumi geeniekspressiooni profiilis. Viisime läbi uuringu, et hinnata kas geeniekspressiooni regulatsiooni taga võiks olla muutused endomeetriumi ülegenoomses metülatsiooniprofiilis, ning leidsime, et ülegenoomses metülatsioonimustris sarnaseid ulatuslikke muutusi näha ei ole (Kukushkina et al 2017; uuringu disain, andmeanalüüs, tulemuste tõlgendamine, artikli kirjutamine). Seejärel kasutasime uudseid analüüsimeetodeid, et hinnata, mil määral võiks menstruaaltsükli faasist tingitud koelised muutused mõjutada endomeetriumi täiskoe geeniekspressiooniprofiili. Leidsime, et koe rakulise koostise arvessevõtmine mõjutab tulemusi oluliselt, ning et edasised sarnased uuringud peaksid seda andmeanalüüsi planeerimisel kindlasti arvestama (Suhorutšenko et al 2018; uuringu disain, andmeanalüüsi planeerimine, tulemuste tõlgendamine, artikli kirjutamine). Lisaks eelpool mainitud peamistele uurimissuundadele olen panustanud ka teistesse naise reproduktiivbioloogiaga seotud genoomikauuringutesse (Altmäe jt. 2012, Krjutskov jt. 2016, Altmäe jt. 2017, Rahmioglu jt 2017 ) ning osalenud veebipõhise tööriista MethSurv väljatöötamises, mis võimaldab teadlastel analüüsida avalikus andmebaasis olevaid metülatsiooniandmeid (Modhukur jt 2018). Teaduspublikatsioonide üldarv ja viimase viie aasta publikatsioonide arv. 24/16  Olulisemad publikatsioonid. On soovitav (professori, dotsendi, juhtivteaduri ja vanemteaduri ametikohale kandideerimisel aga nõutav) nimetatud publikatsioonid lisada konkursimaterjalidele. Suhorutshenko M, Kukushkina V, Velthut-Meikas A, Altmäe S, Peters M, Mägi R, Krjutshkov K, Koel M, Martinez-Blanch JF, Codoner F, Vilella F, Simon C, Salumets A, Laisk T (2018). Endometrial receptivity revisited: endometrial transcriptome adjusted for tissue cellular heterogeneity. Hum Reproduction 33(11):2073-2086. (PMID:30295736) Laisk T, Kukuškina V, Palmer D, Laber S, Chen CY, Ferreira T, Rahmioglu N, Zondervan K, Becker C, Smoller JW, Lippincott M, Salumets A, Granne I, Seminara S, Neale B, Mägi R, Lindgren CM (2018). Large scale meta-analysis highlights the hypothalamic-pituitary- gonadal (HPG) axis in the genetic regulation of menstrual cycle length. Hum Mol Genet. doi: 10.1093/hmg/ddy317. (PMID:30202859) Modhukur, V; Iljasenko, T; Metsalu, T; Lokk, K; Laisk-Podar, T & Vilo, J (2018). MethSurv: a web tool to perform multivariable survival analysis using DNA methylation data. Epigenomics.10.2217/epi-2017-0118. (PMID: 29264942) Kukushkina, V; Modhukur, V; Suhorutšenko, M; Peters, M; Mägi, R; Rahmioglu, N; Velthut- Meikas, A; Altmäe, S; Esteban, FJ; Vilo, J; Zondervan, K; Salumets, A; Laisk-Podar, T (2017). DNA methylation changes in endometrium and correlation with gene expression during the transition from pre-receptive to receptive phase. Scientific Reports, 7(1), 3916. (PMID: 28634372) Laisk-Podar, T; Lindgren, CM; Peters, M; Tapanainen, JS; Lambalk, CB; Salumets, A; Mägi, R (2016). Ovarian Physiology and GWAS: Biobanks, Biology, and Beyond. Trends in endocrinology and metabolism: Trends Endocrinol Metab, 27 (7), 516−528. (PMID: 27221566) Saadud uurimistoetused ja lepingud (finantseerija, programm, maksumus, tähtaeg). Järeldoktori grant Eesti haridus- ja teaduministeeriumilt projekti "Raseduskatkemiste geneetilise komponendi selgitamine suuremahuliste biopankade andmete abil”; 1.03.2018−28.02.2019; 36,000EUR MOBTP155 "DNA harvad variandid ja koopiaarvu variandid ning platsenta histoloogia muutused raseduskatkemiste korral (1.11.2019−31.10.2021)"; 81 359,42 EUR Muu teaduslik organisatsiooniline ja erialane tegevus (konverentside korraldamine, osavõtt toimetuskolleegiumide tööst, osalemine erinevates nõukogudes, erialastes seltsides, seadusloome, töö eksperdina jms.). European Society of Human Reproduction and Embryology liige Eesti Inimesegeneetika Ühingu liige Ajakirja Scientific Reports toimetuskolleegiumi liige geneetika ja genoomika valdkonnas III. Õppetöö  Andmed ülikoolis tehtud õppetöö kohta viimasel töölepingu perioodil või tähtajatu töölepingu korral viimase viie aasta jooksul (õppeainete, sh uute õppeainete loetelu, koormus, õppetöös osalenud üliõpilaste arv, üliõpilaste tagasiside tulemused, õppematerjalide, sh e-kursuste koostamine). Reproduktiivbioloogia- ja meditsiin ARMP.01.036 raames loengute/seminaride korraldamine Juhendamine. Näidata juhendatavate arv, nimetada kaitsmiseni jõudnud juhendatavad (professorite puhul eelkõige magistrandid ja doktorandid).  Anette Kalnapenkis, magistritöö (kaitstud 06/2016). “Naiste viljakusega seotud tunnuste geneetilised korrelatsioonid”. Kaasjuhendaja: Dr. R. Mägi (Eesti Geenivaramu, Tartu Ülikool).  Merlin Pajuva, magistritöö (kaitstud 09/2012). “Dopamiiniretseptorite ekspressioon endomeetriumis ja endometrioosikolletes”. Kaasjuhendaja: Prof. A. Salumets (kliinilise meditsiini instituut, Tartu Ülikool) Muu õppetööd toetav tegevus (osalemine üliõpilaste vastuvõtus, ainekavade ja õppekavade koostamine, arendamine ja uuendamine, programminõukogus osalemine, programmijuhtimine). IV. Administratiivtöö ja muud kohustused (sh osalemine komisjonide, nõukogude jms töös). V. Enesetäiendus Erialane enesetäiendus (sh välismaal). 1.03.2018−28.02.2019 järeldoktorantuur prof. Cecilia Lindgreni töögrupi juures (Big Data Institute, University of Oxford, Oxford, Suurbritannia) oktoober 2018, Ameerika Inimesegeneetika Ühingu aastakonverents (American Society of Human Genetics), San Diego, USA juuli 2017 European Society of Human Reproduction and Embryology aastakonverents, Genf, Šveits 13.-14.06.17 Summer school "Single-cell and low-input methodologies in reproductive biology", Tartu mai 2017 Euroopa Inimesegeneetika Ühingu aastakonverents, Kopenhaagen, Taani  7-8.03.2017 Workshop "'Personalised Medicine in Practise - Advances in Reproductive Science" Oxford, Suurbritannia Õpetamisoskuste alane täienduskoolitus (sh välismaal). HTHT.TK.144 Õppimine ja õpetamine kõrgkoolis HTHT.TK.142 Üliõpilaste uurimistööde juhendamine ja tagasiside andmine Muu täienduskoolitus (sh välismaal). märts 2018 Programmeerimise alused II (LTAT.TK.001) Tartu Ülikool mai 2016 Programmeerimise alused (MTAT.TK.012) Tartu Ülikool VI. Ühiskondlik ja publitsistlik tegevus Osalus ürituste korraldamises, publikatsioonid ja sõnavõtud ajakirjanduses. Postimees, 11. oktoober 2018: “Tartu teadlaste nutikas andmeanalüüs parandab tulevikus viljatusravi kvaliteeti” Science, juuli 2018: “Broad interests reap benefiits for science” Postimees, 30. märts 2018: “Dr Triin Laisk: sünnitamine on naise isiklik valik, kuid lastetus ei tohiks olla paratamatus” Anne & Stiil, 21. detsember 2017: “Miks keegi meid ei hoiatanud?!” ETV Uudishimu Tippkeskus, 7. september 2017 “Personaalmeditsiinist viljatusravis” ETV Aktuaalne Kaamera, 1. august 2016: “Tartu teadlased töötasid välja ainulaadse geenitesti naise viljakuse hindamiseks” Teaduse populariseerimise alane tegevus. Loengud „Teadlaste öö 2016 ja 2018“ Tartu Biotehnoloogia Pargi (Tiigi 61b) ürituste raames 2016. aastal osalesin Eesti delegatsiooni koosseisus European Science Open Forum (ESOF) messil Suurbritannias, kus tutvustasime Eesti tervisetehnoloogiaid Avalikud esinemised. 4. detsember 2018 Innovatsioonipäev “Ideede raju tervishoius” Tartu Tervishoiu Kõrgkoolis 7-8 märts 2017, Workshop "'Personalised Medicine in Practise - Advances in Reproductive Science", Oxford, Suurbritannia: “Genetics of miscarriage” november 2016, konverents TEDx Tartu: “Millal kukub bioloogiline kell? ehk mis haigused mind ohustavad” oktoober 2016 Eesti Inimesegeneetika Ühingu aastakonverents: “Naiste viljakuspotentsiaali geneetiline testimine – uus abivahend pereplaneerimisel”  ELULOOKIRJELDUS Nimi: Kelli Lehto Telefon: +37253813218 E-post: [email protected] Töökohad ja ametid 01.01.2020-… Tartu Ülikool, Genoomika instituut, Vanemteadur (0,20) 01.01.2015–... Tervise Arengu Instituut, Teadur (1,00) 01.02.2016– Karolinska Institutet, Järeldoktor (1,00) 31.07.2019 01.01.2007– Tartu Ülikool, Sotsiaal- ja haridusteaduskond, Psühholoogia instituut, 31.12.2015 laborant (0,50) Haridustee 2008–2015 Tartu Ülikool, Sotsiaalteaduskond, Psühholoogia doktoriõpe 2006–2008 Tartu Ülikool, Sotsiaalteaduskond, Psühholoogia magistriõpe 2003–2006 Tartu Ülikool, Sotsiaalteaduskond, Psühholoogia bakalaureuseõpe Teadusorganisatsiooniline ja -administratiivne tegevus 2018−... Nordic Society for Precision Medicine liige 2018 Rahvusvaheline teadussümpoosium „Psychological stress, health, and potential biological mechanisms“, korraldaja, Karolinska Institutet 2017 Rahvusvaheline teadussümpoosium „Stress Research Seminar and Networking Event“, korraldaja, Karolinska Institutet 2017−... Behavioral Genetics Association liige 2017−... Eesti Psühholoogide Liit liige 2016−... International Society of Psychiatric Genetics liige 2017 Doktoriõppe vastuvõtukomisjoni liige ja esimees, Dept. Medical Epidemiology and Biostatistics, Karolinska Institutet 2010−2011 Käitumis-, sotsiaal- ja terviseteaduste doktorikooli nõukogu liige Teaduskraadid Kelli Lehto, doktorikraad, 2015, (juh) Jaanus Harro, Depression- and anxiety-related gene variants: effects on personality traits and health-related behaviour (Depressiooni ja ärevusega seotud geenivariandid: mõju isiksuseomadustele ja tervistmõjustavale käitumisele), Tartu Ülikool. Kelli Lehto, magistrikraad, 2008, (juh) Jaanus Harro, 5-HTT geeni 5-HTTLPR ja BDNF geeni val66met polümorfismide mõju depressiivsusele ning sellega seotud isiksuseomadustele, Tartu Ülikool, Sotsiaal- ja haridusteaduskond. Teaduspreemiad ja tunnustused 2019 ECIP Travel Award, World Congress of Psychiatric Genetics 2018 ECIP Poster Presentation Award, XXVI World Congress of Psychiatric Genetics 2016 European College of Neuropsychopharmacology Travel Award 2010 European College of Neuropsychopharmacology Travel Award 2009 European College of Neuropsychopharmacology Regional Travel Award Retsenseerimine teadusajakirjades JAMA Psychiatry, Translational Psychiatry, Psychological Medicine, Psychosomatic Medicine, American Journal of Medical Genetics Part B, Psychology and Aging, The Gerontologist, European Respiratory Journal, European Journal of Personality. Teadustöö põhisuunad ETIS KLASSIFIKAATOR: 2. Ühiskonnateadused ja kultuur; 2.8. Psühholoogia; CERCS KLASSIFIKAATOR: S260 Psühholoogia ETIS KLASSIFIKAATOR: 3. Terviseuuringud; 3.11. Terviseuuringutega seotud uuringud, näiteks biokeemia, geneetika, mikrobioloogia, biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika ja bioinformaatika; CERCS KLASSIFIKAATOR: B790 Kliiniline geneetika ETIS KLASSIFIKAATOR: 3. Terviseuuringud; 3.6. Rahvatervishoid; CERCS KLASSIFIKAATOR: B680 Rahvatervishoid, epidemioloogia Jooksvad projektid • MOBTP142 "Individuaalsete geeniandmete rakendamine depressiooni ja dementsuse diagnostikas vanemaealistel (1.09.2019−31.08.2021)", Kelli Lehto, Tervise Arengu Instituut. • IUT42-2 "Perekondlik agregatsioon, toitumisharjumused ja krooniliste haiguste longituudsed riskitegurite muutused ning riskeeriva tervisekäitumise mõjurid (1.01.2015−31.12.2020)", Toomas Veidebaum, Tervise Arengu Instituut. • 51-21/19 "Geriaatrilise depressiooni riskifaktorid läbi elu: psühholoogilise stressi, geneetilise riski ning epigeneetiliste modifikatsioonide koosmõju (1.11.2018−30.10.2020)", Kelli Lehto, Tervise Arengu Instituut. Juhendatud väitekirjad • Hilda Björk Daníelsdóttir, magistrikraad, 2018, (juh) Kelli Lehto; Miriam A. Mosing, Personality as a predictor of frailty in old age: a genetically informative approach, Karolinska Institutet, Dept. Medical Epidemiology and Biostatistics. • Victor Dahlström, magistrikraad, 2018, (juh) Miriam A. Mosing; Kelli Lehto, The relationship between loneliness, social isolation and mortality in two large, independent and genetically informative cohorts of older twins, Karolinska Institutet, Department of Medical Epidemiology and Biostatistics. • Robert de Meijere, magistrikraad, 2017, (juh) Miriam A. Mosing; Kelli Lehto; Andrea Foebel, The association between loneliness, self-rated health and chronic disease in older age: A Study of Swedish and Australian Twins, Karolinska Institutet, Dept. Medical Epidemiology and Biostatistics. Publikatsioonid 1. Lehto, Kelli; Hägg, Sara; Karlsson, Robert; Pedersen, Nancy L; Mosing, Miriam A (2019) Childhood adoption and mental health in adulthood: The role of gene- environment correlations and interactions in the UK Biobank. Biological Psychiatry, In Press. 2. Lehto, Kelli; Pedersen, Nancy L; Almqvist, Catarina; Lu, Yi; Brew, Bronwyn K (2019). Asthma and affective traits in adults: a genetically informative study. The European respiratory journal, 53 (5).10.1183/13993003.02142-2018. 3. Danielsdottir, Hilda Bjork; Jylhävä, Juulia; Hägg, Sara; Lu, Yi; Colodro-Conde, Lucía; Martin, Nicholas G; Pedersen, Nancy L; Mosing, Miriam A; Lehto, Kelli (2019). Neuroticism as a predictor of frailty in old age: a genetically informative approach. Psychosomatic Medicine.10.1097/PSY.0000000000000742. 4. Wang, Qi; Wang, Yunzhang; Lehto, Kelli; Pedersen, Nancy L; Williams, Dylan M; Hägg, Sara (2019). Genetically-predicted life- long lowering of low-density lipoprotein cholesterol is associated with decreased frailty: A Mendelian randomization study in UK biobank. EBioMedicine, 45, 487−494.10.1016/j.ebiom.2019.07.007. 5. Lehto, Kelli; Karlsson, Ida; Lundholm, Cecilia; Pedersen, Nancy L (2018). Genetic risk for neuroticism predicts emotional health depending on childhood adversity. Psychological Medicine, 1−8.10.1017/S0033291718000715. 6. Cesta, Carolyn E.; Kuja-Halkola, Ralf; Lehto, Kelli; Iliadou, Anastasia N.; Landén, Mikael (2017). Polycystic ovary syndrome, personality, and depression: A twin study. Psychoneuroendocrinology, 85, 63−68.10.1016/j.psyneuen.2017.08.007. 7. Lehto, Kelli; Mäestu, Jarek; Kiive, Evelyn; Veidebaum, Toomas; Harro, Jaanus (2016). BDNF Val66Met genotype and neuroticism predict life stress: A longitudinal study from childhood to adulthood. European Neuropsychopharmacology, 26 (3), 562−569.10.1016/j.euroneuro.2015.12.029. 8. Lehto, K.; Vaht, M.; Mäestu, J.; Veidebaum, T.; Harro, J. (2015). Effect of tryptophan hydroxylase-2 gene polymorphism G-703 T on personality in a population representative sample. Progress in Neuropsychopharmacology and Biological Psychiatry, 57, 31−35.10.1016/j.pnpbp.2014.10.005. 9. Kurrikoff, Triin; Hiio, Kelli; Täht, Karin; Harro, Jaanus; Veidebaum, Toomas (2013). The 5-HTTLPR genotype and depressiveness link: Contribution of aspects of environment and gender. Psychiatry Research, 209 (1), 126−127.10.1016/j.psychres.2013.06.022. 10. Lehto, Kelli; Akkermann, Kirsti; Parik, Jüri; Veidebaum, Toomas; Harro, Jaanus (2013). Effect of COMT Val158Met polymorphism on personality traits and educational attainment in a longitudinal population representative study. European Psychiatry, 28 (8), 492−498.10.1016/j.eurpsy.2013.06.008. 11. Harro, Jaanus; Kiive, Evelyn; Kurrikoff, Triin; Laas, Kariina; Lehto, Kelli (2013). Haridus kui individuaalse toimetuleku strateegia: vaade ülikooli astumise põhjustele sügaval ajus. Täht, Karin, Harro, Jaanus, Must, Olev, Realo, Anu (Toim.). Kõrgkool ja psühholoogia (15−33).. Tartu Ülikool. 12. Hiio, K.; Merenäkk, L.; Nordquist, N.; Parik, J.; Oreland, L.; Veidebaum, T.; Harro, J. (2011). Effects of serotonin transporter promoter and BDNF Val66Met genotype on personality traits in a population representative sample of adolescents. Psychiatric Genetics, 21 (5), 261−264.10.1097/YPG.0b013e32834371e8. 13. Akkermann, K.; Hiio, K.; Villa, I.; Harro, J. (2011). Food restriction leads to binge eating dependent upon the effect of the brain-derived neurotrophic factor Val66Met polymorphism. Psychiatry Research, 185, 39−43.10.1016/j.psychres.2010.04.024. 14. Passariello, C.; Gruodyte, R.; Hiio, K.; Mäestu, J.; Jürimäe, J.; Saar, M.; Cicchella, A.; Stefanelli, C.; Jürimäe, T. (2010). ADIPOQ SNP45 associated with lean body mass in physically active normal weight adolescent girls. American Journal of Human Biology, 22 (6), 813−818.  Maarja Lepamets Telefon 737 4035 E-post [email protected] Töökohad ja ametid 01.10.2018– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut, spetsialist (0,30) 31.08.2020 01.09.2016– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, spetsialist (0,50) 31.08.2020 01.01.2018– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut, spetsialist (0,50) 30.09.2018 01.07.2016– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, spetsialist (1,00) 31.08.2016 04.01.2016– Tervisetehnoloogiate Arenduskeskus AS (endine 30.06.2016 Reproduktiivmeditsiini TAK AS) , Bioinformaatik (1,00) 14.09.2015– Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli 22.12.2015 Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, programmeerija (0,80) 01.01.2013– Center for Integrative Bioinformatics Vienna (CIBIV), assistent 31.12.2014 (0.25) 01.11.2012– Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli 13.09.2015 Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, programmeerija (0,50) Haridustee 2016–... Tartu Ülikool, geenitehnoloogia, doktoriõpe 01.02.2017– Lausanne'i Ülikool, Integreeritud genoomika keskus, Prof 30.06.2017 Reymond' grupp, külalisdoktorant 01.02.2015– Oxfordi Ülikool, Wellcome Trusti Inimgeneetika keskus, prof 30.04.2015 Motti grupp, praktika 2013–2015 Tartu Ülikool, MSc Informaatika (cum laude) 01.07.2013– Center for Integrative Bioinformatics Vienna (CIBIV), Viini 31.08.2013 biokeskuse suvekool, praktika 2010–2013 Tartu Ülikool, BSc Matemaatiline statistika 2010–2014 Tartu Ülikool, BSc Geenitehnoloogia 2007–2010 Tallinna Reaalkool (lõpetanud kuldmedaliga) Teaduskraadid Maarja Lepamets, magistrikraad, 2015, (juh) Lauris Kaplinski, PCR-i praimerite kvaliteedimudeli integreerimine Primer3-e disainimetoodikasse, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, arvutiteaduse instituut. Maarja Lepamets, doktorant, (juh) Reedik Mägi; Andrew Paul Morris; Andres Salumets; Andres Metspalu, Imputation and analysis of gene expression data using reproductive health associated phenotypes (Reproduktiivtervisega seotud geenide ekspressiooni analüüs ja geeniekspressiooni imputeerimine), Tartu Ülikool. Teaduspreemiad ja tunnustused 2013 Skype'i ja IT akadeemia magistristipendium Teadustöö põhisuunad ETIS KLASSIFIKAATOR: 3. Terviseuuringud; 3.11. Terviseuuringutega seotud uuringud, näiteks biokeemia, geneetika, mikrobioloogia, biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika ja bioinformaatika; CERCS KLASSIFIKAATOR: B110 Bioinformaatika, meditsiiniinformaatika, biomatemaatika, biomeetrika Jooksvad projektid • SLTMR16142T (TK142) "Genoomika ja Siirdemeditsiini Tippkeskus (TK142) (1.01.2016−1.03.2023)", Andres Metspalu, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu. • IUT34-11 "Kiiremad ja usaldusväärsemad meetodid genoomijärjestuste analüüsimiseks (1.01.2015−31.12.2020)", Maido Remm, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut. • PP1GI19935 "Koopiaarvu muutuste mõju komplekshaigustele (7.08.2019−30.06.2020)", Reedik Mägi, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut. • IUT20-60 "Oomiksi põhised meetodid terviseuuringutes: integreeritud lähenemine haiguste tekkeprotsesside mõistmiseks ja prognoosimiseks (1.01.2014−31.12.2019)", Andres Metspalu, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut. Publikatsioonid 2019 Reisberg, Sulev; Krebs, Kristi; Lepamets, Maarja; Kals, Mart; Mägi, Reedik; Metsalu, Kristjan; Lauschke, Volker M.; Vilo, Jaak; Milani, Lili; (2019). Translating genotype data of 44,000 biobank participants into clinical pharmacogenetic recommendations: challenges and solutions. Genetics in medicine.10.1038/s41436-018-0337-5. Läll, Kristi; Lepamets, Maarja; Palover, Marili; Esko, Tõnu; Metspalu, Andres; Tõnisson, Neeme; Padrik, Peeter; Mägi, Reedik; Fischer, Krista (2019). Polygenic prediction of breast cancer: comparison of genetic predictors and implications for risk stratification. Bmc Cancer, 19, ARTN 557.10.1186/s12885-019-5783- 1. Lee, Arthur S.; Rusch, Jannette; Lima, Ana C.; Usmani, Abul; Huang, Ni; Lepamets, Maarja; Vigh- Conrad, Katinka A.; Worthington, Ronald E.; Magi, Reedik; Wu, Xiaobo; Aston, Kenneth, I; Atkinson, John P.; Carrell, Douglas T.; Hess, Rex A.; O'Bryan, Moira K.; Conrad, Donald F. (2019). Rare mutations in the complement regulatory gene CSMD1 are associated with male and female infertility. Nature Communications, 10, ARTN 4626.10.1038/s41467-019-12522-w. 2018 Kõressaar, Triinu; Lepamets, Maarja; Kaplinski, Lauris; Raime, Kairi; Andreson, Reidar; Remm, Maido (2018). Primer3_masker: integrating masking of template sequence with primer design software. Bioinformatics, 34 (11), 1937−1938.10.1093/bioinformatics/bty036. 2017 Pajuste, Fanny-Dhelia; Kaplinski, Lauris; Möls, Märt; Puurand, Tarmo; Lepamets, Maarja; Remm, Maido (2017). FastGT: an alignment-free method for calling common SNVs directly from raw sequencing reads. Scientific Reports, 7 (1), 2537−2537.10.1038/s41598-017-02487-5. Roosaare, Märt; Vaher, Mihkel; Kaplinski, Lauris; Möls, Märt; Andreson, Reidar; Lepamets, Maarja; Kõressaar, Triinu; Naaber, Paul; Kõljalg, Siiri; Remm, Maido (2017). StrainSeeker: fast identification of bacterial strains from raw sequencing reads using user-provided guide trees. PeerJ, 5, ARTN e3353−e3353.10.7717/peerj.3353. 2015 Kaplinski, Lauris; Lepamets, Maarja; Remm, Maido (2015). GenomeTester4: a toolkit for performing basic set operations - union, intersection and complement on k-mer lists. GigaScience, 4 (58), 1−8.10.1186/s13742-015-0097-y.  Reedik Mägi Sünniaeg 18.08.1978 Telefon 737 4045 ORCID 0000-0002-2964-6011 E-post [email protected] Töökohad ja ametid 19.08.2019–... Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut, bioinformaatika juhtivteadur (1,00) 01.09.2011–18.08.2019 Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, bioinformaatika vanemteadur (1,00) 2009–2011 University Of Oxford, Marie Curie Research Fellow in Wellcome Trust Centre for Human Genetics (1,00) 2008–2009 University Of Oxford, Senior Statistical Geneticist (1,00) 2004–2008 Tartu Ülikool, Tartu Ülikool, erak. teadur (0,50) 01.01.2002–2004 OÜ Biodata, OÜ Biodata, IT spetsialist (0,50) 01.01.2000–31.12.2002 AS Asper Biotech, IT spetsialist Haridustee 2003–2007 Tartu Ülikool bioinformaatika eriala doktoriõpe 2000–2003 Tartu Ülikool taimeökoloogia eriala magistriõpe 1996–2000 Tartu Ülikool botaanika ja ökoloogia eriala bakalaureuseõpe Teadusorganisatsiooniline ja -administratiivne tegevus 2016−... Igaaastase kursuse "Introduction to the statistical analysis of genome-wide association studies" Imperial College of London, UK kaasjuht 2017 Konverentsi "European Mathematical Genetics Meeting" organiseerija ja teaduskomitee liige Teaduskraadid Reedik Mägi, doktorikraad, 2007, (juh) Maido Remm, The Linkage Disequilibrium And The Selection of Genetic markers For Association Studies in European Populations, Tartu Ülikool, Bioloogia- geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut. Reedik Mägi, magistrikraad (teaduskraad), 2003, (juh) Kristjan Zobel, Rohu- ja puhmarinde võra struktuur 27 Eesti niidu- ja metsakoosluses, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Botaanika ja ökoloogia instituut. Teaduspreemiad ja tunnustused 2019 Riigi teaduspreemia keemia ja molekulaarbioloogia alal teadustöö „Geneetika- ja genoomikaalased alusuuringud personaalmeditsiini rakendamiseks Eestis“ eest (Esko, Mägi, Fischer, Milani) 2009 EC FP7 Marie Curie IEF (2009-2011) 2008 Järeldoktorantuuri grant Eesti Biokeskusest (ECOGENE) Teadustöö põhisuunad ETIS KLASSIFIKAATOR: 3. Terviseuuringud; 3.1. Biomeditsiin; CERCS KLASSIFIKAATOR: B100 Biomeditsiini ajalugu ja filosoofia, teoreetiline bioloogia, evolutsiooni üldised küsimused ; TÄPSUSTUS: Peamised teadusvaldkonnad on populatsioonigeneetika, genoomika ja geneetiline epidemioloogia. Jooksvad projektid • SLTMR16142T (TK142) "Genoomika ja Siirdemeditsiini Tippkeskus (TK142) (1.01.2016−1.03.2023)", Andres Metspalu, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu. • PRG243 "Looduslik valik ja migratsioonid inimese geneetilise varieeruvuse kujunemisel Ida Euroopa lauskmaal. Vana-DNA uurimus (1.01.2018−31.12.2022)", Mait Metspalu, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut. • LP1GI19450 "Polügeensete riskiskooride valideerimine Eesti Geenivaramu andmestikul (20.06.2019−20.06.2022)", Tõnu Esko, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut. • PP1GI19935 "Koopiaarvu muutuste mõju komplekshaigustele (7.08.2019−30.06.2020)", Reedik Mägi, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut. • LP1GI19572 "Geneetilist riskiskooride arendamine (2.09.2019−30.06.2020)", Tõnu Esko, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut. • IUT20-60 "Oomiksi põhised meetodid terviseuuringutes: integreeritud lähenemine haiguste tekkeprotsesside mõistmiseks ja prognoosimiseks (1.01.2014−31.12.2019)", Andres Metspalu, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut. Lõppenud projektid • MLTMR15148R (H2020-TWINN-2015 WIDENLIFE project #692056) "WIDENLIFE (1.01.2016−31.12.2018)", Ants Kurg, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut. • VP1GV17047 "Epidemioloogiline uuring toitainete ja rasvumise rolli tuvastamiseks atoopilise dermatiidi ja akne puhul (1.09.2017−31.12.2018)", Reedik Mägi, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu. • VP1GV13124 "Metaboloomika ja genoomika uuring kehakaalu mõjutavate faktorite identifitseerimiseks (5.07.2013−31.12.2016)", Andres Metspalu, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu. • ETF9353 "Põhjuslike seoste analüüsi metoodika uuringutes mis kasutavad tavalist või Mendeli  randomiseerimist (1.01.2012−31.12.2015)", Krista Fischer, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu. • SP1GVARENG "Siirdegenoomika keskus (1.01.2011−31.12.2015)", Ursel Soomets, Andres Metspalu, Tartu Ülikool, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu. • SP1GV15007T "Personaalse meditsiini pilootprojekt "Eestlaste genoomivarieeruvuse andmebaasi loomine" (1.01.2015−31.08.2015)", Andres Metspalu, Tartu Ülikool, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu. • SF0180026s09 "Bioinformaatika rakendamine genoomijärjestuste uurimiseks (1.01.2009−31.12.2014)", Maido Remm, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond. • SF0180026s09 "Bioinformaatika rakendamine genoomijärjestuste uurimiseks (1.01.2009−31.12.2014)", Maido Remm, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond. • SF0180142Cs08 "Geneetiline varieeruvus, elustiil ja keskkonnategurid kui peamised tervise mõjurid - EGV (1.01.2008−31.12.2013)", Andres Metspalu, Tartu Ülikool, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu. • SF0182649s04 "Inimese genoomi haplotüüpse struktuuri analüüs (0182649s04) (1.01.2004−31.12.2008)", Maido Remm, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond. • ETF6041 (ETF6041) "Konserveerunud järjestuselementide detekteerimine eukarüootsetes genoomides võrdleva genoomika abil (1.01.2005−31.12.2006)", Maido Remm, Eesti Biokeskus. • SBGMR06013 "Mobiilsustoetus Pacific Sypmosium of Biocomputing (1.01.2006−11.01.2006)", Reedik Mägi, Tartu Ülikool. Juhendamisel väitekirjad • Viktorija Kukuškina, doktorant, (juh) Reedik Mägi; Andres Metspalu; Andres Salumets, Gene expression patterns in population and association with diseases (Geeniekspressioonimustrite varieeruvus populatsioonis ja seos haigustega), Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu. • Maarja Lepamets, doktorant, (juh) Reedik Mägi; Andrew Paul Morris; Andres Salumets; Andres Metspalu, Imputation and analysis of gene expression data using reproductive health associated phenotypes (Reproduktiivtervisega seotud geenide ekspressiooni analüüs ja geeniekspressiooni imputeerimine), Tartu Ülikool. • Katri Pärna, doktorant, (juh) Luca Pagani; Toomas Kivisild; Reedik Mägi; Davide Marnetto; Krista Fischer, Genetic risk scores and functional prediction of ancestry-specific components in Estonian and Eurasian human genomes (Põlvnemispõhiste geneetiliste variantide ja geneetiliste riskiskooride funktsionaalsed uuringud Eesti ja Euroopa inimgenoomides), Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut. Juhendatud väitekirjad • Natalia Pervjakova, doktorikraad, 2018, (juh) Reedik Mägi; Andres Metspalu, Genomic imprinting in complex traits (Geneetilise vermimise mõju komplekstunnustele), Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut. • Kerti Alev, magistrikraad, 2019, (juh) Reedik Mägi; Andres Kütt, Disclosing Pharmacogenetic Feedback of Caffeine via eHealth Channels; Assessment of the Methods and Effects on Behavior Change (Farmakogeneetilise tagasiside andmine (kofeiin) läbi eTervise kanalite; meetodite hindamine ja mõju tervisekäitumisele), Tallinna Tehnikaülikool, Infotehnoloogia teaduskond, Tervisetehnoloogiate instituut. • Kaisa Aruaas, magistrikraad, 2016, (juh) Reedik Mägi, Endometrioosi harvade ja sagedaste variantide ülegenoomsed assotsiatsiooniuuringud Eesti populatsioonis, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut. • Anette Kalnapenkis, magistrikraad, 2016, (juh) Reedik Mägi; Triin Laisk, Naiste viljakusega seotud tunnuste geneetilised korrelatsioonid, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu. • Kreete Lüll, magistrikraad, 2016, (juh) Reedik Mägi, Harvade variantide analüüs polütsüstiliste munasarjade sündroomiga seotud geneetiliste variantide tuvastamiseks, Tartu Ülikool. • Kristjan Metsalu, magistrikraad, 2016, (juh) Reedik Mägi; Tatjana Iljašenko; Jaak Vilo, Web application to calculate genetic risk scores based on imputed data (Veebipõhine lahendus imputeeritud andmete põhjal geneetiliste riskiskooride arvutamiseks), Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu. • Kadi Rosenthal, magistrikraad, 2015, (juh) Reedik Mägi; Andres Metspalu, Ülegenoomne assotsiatsiooniuuring rasvumusega seotud sagedaste ja harvade geneetiliste variantide leidmiseks Eesti populatsioonis, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Biotehnoloogia õppetool. • Natalia Pervjakova, magistrikraad, 2012, (juh) Andres Metspalu; Evelin Mihailov; Reedik Mägi, Ülegenoomne assotsiatsiooniuuring kubemesonga geneetiliste markerite leidmiseks Eesti populatsioonis, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut. Seni väljastatud eetikakomitee load Tartu Ülikooli inimuuringute eetika komitee kooskõlastus 291/T-11 uurimistööle “Komplekshaiguste ja - tunnuste geneetika ja selle rakendatavus personaalmeditsiinis”  Üldandmed Isiku kontaktandmed Eesnimi Lili Azin Telefon 737 4039 Perenimi Milani E-post [email protected] Sünniaeg 27.11.1981 Teine telefon 5304 5400 (5400) Researcher ID C-8759-2011 Lisainfo Keeled: rootsi keel - emakeel, inglise keel - ORCID 0000-0002-5323-3102 väga hea, eesti keel - väga hea, pärsia keel - väga hea, prantsuse keel - hea, vene keel - vähe. Töökohad ja ametid Periood Kirjeldus 01.11.2018–... Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut, epi- ja farmakogenoomika juhtivteadur (1,00) 2017 -2018 Uppsala ülikool, meditsiiniteaduste teaduskond, Associate Senior Lecturer & SciLifeLab teadur 2013–01.06.2018 Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, Vanemteadur (1,00) 01.06.2018– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut, epi- ja 31.10.2018 farmakogenoomika juhtivteadur (0,50) 01.01.2018– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut, farmakogenoomika 31.05.2018 vanemteadur (0,50) 01.02.2016– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, farmakogenoomika 31.12.2017 vanemteadur (1,00) 01.01.2016– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, farmakogenoomika 31.01.2016 peaspetsialist (1,00) 01.04.2013– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, vanemteadur (1,00) 31.12.2015 01.01.2013– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, vanemteadur (0,60) 31.03.2013 01.12.2012– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, teadur (0,50) 31.12.2012 10.09.2012– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, direktori kohusetäitja 30.11.2012 01.09.2011– Eesti Biokeskus, Erakorraline vanemteadur (0,50) 31.12.2012 2011– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, Sekveneerimise ja 31.03.2017 genotüpiseerimise tuumiklabori juhataja (0,20) 01.12.2010– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, teadur (1,00) 30.11.2012 01.02.2010– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, teadur (0,20) 30.11.2010 2010–2012 Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, Järeldoktor (1,00) 01.01.2010– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, teadur (0,50) 31.01.2010 01.01.2009– Uppsala Ülikool, Lapsepuhkus (0.80) 31.12.2010 01.01.2009– Uppsala Ülikool, Teadur (0.20) 31.12.2010 01.01.2004– Uppsala Ülikool, doktorant 31.12.2009 01.01.2004– Uppsala Ülikooli WCN SNP genotüpiseerimise osakond, laborant 31.12.2004 2001–2003 Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Patoloogilise anatoomia ja kohtuarstiteaduse instituut, Patoloogilise anatoomia õppetool, laborant (0,50) Haridustee Periood Kirjeldus 2004–2009 Uppsala ülikool, Meditsiiniliste Teaduste Osakond, Molekulaarne Meditsiin; PhD 2000–2004 Tartu Ülikool, Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut; BSc 1994–2000 Tallinna Inglise Kolledz; keskkool Teadusorganisatsiooniline ja -administratiivne tegevus Periood Kirjeldus 2005−2007 WCN praktilise kursuse “Applied bioinformatics and methodologies in SNP genotyping” juhendaja, Uppsala Ülikool 2004−2006 EU/EMBO praktilise kursuse “Advanced techniques in molecular medicine” korraldaja ja juhendaja, Uppsala Ülikool Teaduskraadid Lili Azin Milani, doktorikraad, 2009, (juh) Ann-Christine Syvänen, Gene Expression in Cancer Cells: Detection of Splice Variants, Allele-specific Expression and DNA Methylation, Uppsala Ülikool. Teaduspreemiad ja tunnustused Aasta Kirjeldus 2015 Vabariigi Presidendi kultuurirahastu noore teadlase preemia 2012 Eesti Teadusfondi uurimistoetus (4 aastaks) 2011 MOBILITAS Järeldoktori uurimistoetus (3 aaastaks) 2008 Anna Lundins stipendium väljapaistvatele doktorantidele 2008 Keystone Symposia stipendium: Vähi genoomika ja epigenoomika konverentsiks 2008 Hedströms stipendium väljapaistavatele vanem doktorantidele 2007 Anna Lundins stipendium väljapaistvatele doktorantidele Teadustöö põhisuunad VALDKOND: 1. Bio- ja keskkonnateadused; 1.3. Geneetika VALDKOND: 1. Bio- ja keskkonnateadused; 1.3. Geneetika; PÕHISUUND: epigeneetika, geeniekspressioon, molekulaarne meditsiin VALDKOND: 3. Terviseuuringud; 3.11. Terviseuuringutega seotud uuringud, näiteks biokeemia, geneetika, mikrobioloogia, biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika ja bioinformaatika; CERCS ERIALA: B220 Geneetika, tsütogeneetika Lisainfo Osalemine WCN kursustel “Applied bioinformatics and methodologies in SNP genotyping”, Uppsala ja Stockholm, Rootsi 13-19 november, 2004 Osalemine J.D. Terwilliger kursustel “Study design issues for gene mapping in complex traits”, Tartu, Estonia 24-26 mai, 2004 Osalemine CSHL kursustel “Eukaryotic gene expression”, Cold Spring Harbor Laboratory, USA 25. juuni - 15. august, 2005 Jooksvad projektid SLTMR16142T "Genoomika ja Siirdemeditsiini Tippkeskus (TK142) (1.01.2016−1.03.2023)", Andres Metspalu, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu. PRG184 (PRG184) "Haruldaste ja sagedaste geenivariantide mõju ravimite kõrvaltoimetele (1.01.2018−31.12.2022)", Lili Azin Milani, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut. MP1GI18442R "Personaalne meditsiin parema elukvaliteedi tagamiseks insuldi ennetava modelleerimise kaudu (1.05.2018−30.04.2022)", Lili Azin Milani, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut. IUT20-60 "Oomiksi põhised meetodid terviseuuringutes: integreeritud lähenemine haiguste tekkeprotsesside mõistmiseks ja prognoosimiseks (1.01.2014−31.12.2019)", Andres Metspalu, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut. Lõppenud projektid MLTAT18497R "Ühistaristu loomine Euroopa, Kanada ja Aafrika rahvuslike kohortide jaoks (1.01.2019−31.12.2022)", Kaur Alasoo, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, arvutiteaduse instituut. ETF9293 "Ravimite metabolismiga seotud geenide põhjalik geneetiline ja epigeneetiline analüüs uue põlvkonna sekveneerimistehnoloogiaga (1.01.2012−31.12.2015)", Lili Azin Milani, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu. MJD71 "IN-DEPTH GENETIC AND EPIGENETIC ANALYSIS OF THE CYTOCHROME P450 SYSTEM BY NEXT-GENERATION SEQUENCING (1.03.2011−28.02.2014)", Lili Azin Milani, Tartu Ülikool, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu. SF0180142Cs08 "Geneetiline varieeruvus, elustiil ja keskkonnategurid kui peamised tervise mõjurid - EGV (1.01.2008−31.12.2013)", Andres Metspalu, Tartu Ülikool, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu. Juhendamisel väitekirjad Anu Tammiste, doktorant, (juh) Andres Metspalu; Eduard Maron; Lili Azin Milani, Genetic factors influencing antidepressant response (Antidepressantide toimet ennustavad geneetilised tegurid), Tartu Ülikool. Kristi Krebs, doktorant, (juh) Lili Azin Milani; Andres Metspalu, Genome wide analysis of genetic and epigenetic variants associated with drug metabolism using modern sequencing technology (Ravimite lagundamisega seotud geenide põhjalik geneetiline ja epigeneetiline analüüs uue põlvkonna sekveneerimisetehnoloogiaga), Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu. Epp Kaleviste, doktorant, (juh) Kai Kisand; Pärt Peterson; Lili Azin Milani, The impact of transcription factors STAT1 and AIRE on immune cells and cytokine signaling pathways (Transkriptsioonifaktorite STAT1 ja AIRE mõju immuunrakkudele ja tsütokiinide signaaliradadele), Tartu Ülikool, Meditsiiniteaduste valdkond, bio- ja siirdemeditsiini instituut. Kelli Grand, doktorant, (juh) Lili Azin Milani; Pärt Peterson; Andres Metspalu, Investigating immune related diseases using high-throughput methods (Immuunsüsteemiga seotud haiguste uurimine uue põlvkonna meetoditega), Tartu Ülikool. Tõnis Tasa, doktorant, (juh) Jaak Vilo; Lili Azin Milani, Management and analysis of massive full-scale genome data. (Suuremahuline täisgenoomsete andmete haldus ja analüüs), Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, arvutiteaduse instituut. Juhendatud väitekirjad Kaie Lokk, doktorikraad, 2017, (juh) Neeme Tõnisson; Lili Azin Milani, Comparative genome- wide DNA methylation studies of healthy human tissues and non-small cell lung cancer tissue (Inimese tervete kudede ja mitteväikerakulise kopsuvähi võrdlevad ülegenoomsed DNA metülatsiooni uuringud), Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut. Riin Tamm, doktorikraad, 2017, (juh) Andres Metspalu; Lili Azin Milani, In-depth analysis of factors affecting variability in thiopurine methyltransferase activity (Uute tiopuriinmetüültransferaasi aktiivsust mõjutavate biomarkerite otsingul), Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut. Silva Kasela, doktorikraad, 2017, (juh) Lili Azin Milani; Krista Fischer; Andres Metspalu, Genetic regulation of gene expression: detection of tissue- and cell type-specific effects, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Biotehnoloogia õppetool. Liis Haljasmägi, magistrikraad, 2018, (juh) Kai Kisand; Lili Azin Milani; Pärt Peterson, I tüüpi interferoonide vastased neutraliseerivad autoantikehad süsteemse erütematoosse luupuse patsientidel, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut. Marili Palover, magistrikraad, 2016, (juh) Lili Azin Milani; Silva Kasela, Telomeeride pikkuste seosed DNA metülatsiooniga, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut. Hanna Rein, magistrikraad, 2016, (juh) Kai Kisand; Lili Azin Milani, TaqMan tehnoloogia põhine metülatsioonimustri tuvastamine enneaegselt vananeva immuunsüsteemi monitoorimiseks, Tartu Ülikool, Meditsiiniteaduste valdkond, bio- ja siirdemeditsiini instituut. Kelli Grand, magistrikraad, 2016, (juh) Lili Azin Milani; Pärt Peterson, Funktsioonikaoga mutatsioonide analüüs 2300 inimese genoomi ja terviseandmete põhjal, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut. Epp Kaleviste, magistrikraad, 2015, (juh) Lili Azin Milani; Kai Kisand, STAT1 geeni uudikfunktsiooniga mutatsiooni mõju JAK-STAT signaalirajale, Tartu Ülikool. Liina Pappa, magistrikraad, 2014, (juh) Lili Azin Milani; Tiit Nikopensius, Eksoomide sekveneerimine kahel unilateraalse neeru hüpoplaasiaga patsiendil, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut. Mari-Liis Reim, magistrikraad, 2013, (juh) Riin Tamm; Lili Azin Milani; Andres Metspalu, Inimese tiopuriinmetüültransferaasi aktiivsust mõjutavad faktorid maksas, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Biotehnoloogia õppetool. Silva Kasela, magistrikraad, 2013, (juh) Krista Fischer; Lili Azin Milani, DNA metülatsioon: normaliseerimine ja analüüs, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Matemaatilise statistika instituut. Publikatsioonid 2019 Tasa, T,; Krebs, K.; Kals, M.; Mägi, R.; Lauschke, V.M.; Haller, T.; Puurand, T.; Remm, M.; Esko, T.; Metspalu, A.; Vilo, J.; Milani, L. (2019). Genetic variation in the Estonian population: pharmacogenomics study of adverse drug effects using electronic health records. European Journal of Human Genetics, 0−0.10.1038/s41431-018-0300-6 [ilmumas]. Virtanen, V.B.; Salo, P.P.; Cao, J.; Löf-Granström, A.; Milani, L.; Metspalu, A.; Rintala, R.J.; Saarenpää-Heikkilä, O.; Paunio, T.; Wester, T.; Nordenskjöld, A.; Perola, M.; Pakarinen, M.P. (2019). Noncoding RET variants explain the strong association with Hirschsprung disease in patients without rare coding sequence variant. European Journal of Medical Genetics.10.1016/j.ejmg.2018.07.019 [_isbeingpublished]. 2018 Sung, Yun J.; Winkler, Thomas W.; de las Fuentes, Lisa; Bentley, Amy R.; Brown, Michael R.; Kraja, Aldi T.; Schwander, Karen; Ntalla, Ioanna; Guo, Xiuqing; Franceschini, Nora; Lu, Yingchang; Cheng, Ching-Yu; Sim, Xueling; Vojinovic, Dina; Marten, Jonathan; Musani, Solomon K.; Li, Changwei; Feitosa, Mary F.; Kilpelainen, Tuomas O.; Richard, Melissa A. ... Chasman, Daniel I. (2018). A Large-Scale Multi-ancestry Genome-wide Study Accounting for Smoking Behavior Identifies Multiple Significant Loci for Blood Pressure. American Journal of Human Genetics, 102 (3), 375−400.10.1016/j.ajhg.2018.01.015. Lee, James J; Wedow, Robbee; Okbay, Aysu; Kong, Edward; Maghzian, Omeed; Zacher, Meghan; Nguyen-Viet, Tuan Anh; Bowers, Peter; Sidorenko, Julia; Karlsson Linnér, Richard; Fontana, Mark Alan; Kundu, Tushar; Lee, Chanwook; Li, Hui; Li, Ruoxi; Royer, Rebecca; Timshel, Pascal N; Walters, Raymond K; Willoughby, Emily A; Yengo, Loïc ... Cesarini, David (2018). Gene discovery and polygenic prediction from a genome-wide association study of educational attainment in 1.1 million individuals. Nature genetics, 50 (8), 1112−1121.10.1038/s41588-018-0147-3. Evangelou, Evangelos; Warren, Helen R; Mosen-Ansorena, David; Mifsud, Borbala; Pazoki, Raha; Gao, He; Ntritsos, Georgios; Dimou, Niki; Cabrera, Claudia P; Karaman, Ibrahim; Ng, Fu Liang; Evangelou, Marina; Witkowska, Katarzyna; Tzanis, Evan; Hellwege, Jacklyn N; Giri, Ayush; Velez Edwards, Digna R; Sun, Yan V; Cho, Kelly; Gaziano, J Michael ... Caulfield, Mark J (2018). Genetic analysis of over 1 million people identifies 535 new loci associated with blood pressure traits. Nature genetics, 50 (10), 1412−1425.10.1038/s41588-018-0205-x. Zhou, Yitian; Mägi, Reedik; Milani, Lili; Lauschke, Volker M (2018). Global genetic diversity of human apolipoproteins and effects on cardiovascular disease risk. Journal of lipid research, 59 (10), 1987−2000.10.1194/jlr.P086710. Feitosa, Mary F; Kraja, Aldi T; Chasman, Daniel I; Sung, Yun J; Winkler, Thomas W; Ntalla, Ioanna; Guo, Xiuqing; Franceschini, Nora; Cheng, Ching-Yu; Sim, Xueling; Vojinovic, Dina; Marten, Jonathan; Musani, Solomon K; Li, Changwei; Bentley, Amy R; Brown, Michael R; Schwander, Karen; Richard, Melissa A; Noordam, Raymond; Aschard, Hugues ... Levy, Daniel (2018). Novel genetic associations for blood pressure identified via gene-alcohol interaction in up to 570K individuals across multiple ancestries. PLoS ONE, 13 (6), e0198166−e0198166.10.1371/journal.pone.0198166. Reisberg, Sulev; Krebs, Kristi; Lepamets, Maarja; Kals, Mart; Mägi, Reedik; Metsalu, Kristjan; Lauschke, Volker M.; Vilo, Jaak; Milani, Lili; (2018). Translating genotype data of 44,000 biobank participants into clinical pharmacogenetic recommendations: challenges and solutions. Genetics in medicine.10.1038/s41436-018-0337-5. Lauschke, Volker M.; Milani, Lili; Ingelman-Sundberg, Magnus (2018). Pharmacogenomic Biomarkers for Improved Drug Therapy- Recent Progress and Future Developments. Aaps Journal, 20 (1), UNSP 4.10.1208/s12248-017-0161-x. Wray, Naomi R.; Ripke, Stephan; Mattheisen, Manuel; Trzaskowski, Maciej; Byrne, Enda M.; Abdellaoui, Abdel; Adams, Mark J.; Agerbo, Esben; Air, Tracy M.; Andlauer, Till M. F.; Bacanu, Silviu-Alin; Baekvad-Hansen, Marie; Beekman, Aartjan F. T.; Bigdeli, Tim B.; Binder, Elisabeth B.; Blackwood, Douglas R. H.; Bryois, Julien; Buttenschon, Henriette N.; Bybjerg- Grauholm, Jonas; Cai, Na ... Sullivan, Patrick F. (2018). Genome-wide association analyses identify 44 risk variants and refine the genetic architecture of major depression. Nature Genetics, 50 (5), 668−684.10.1038/s41588-018-0090-3. Wahl, Annika; Kasela, Silva; Carnero-Montoro, Elena; van Iterson, Maarten; Stambuk, Jerko; Sharma, Sapna; van den Akker, Erik; Klaric, Lucija; Benedetti, Elisa; Razdorov, Genadij; Trbojevic-Akmacic, Irena; Vuckovic, Frano; Ugrina, Ivo; Beekman, Marian; Deelen, Joris; van Heemst, Diana; Heijmans, Bastiaan T.; Wuhrer, Manfred; Plomp, Rosina; Keser, Toma ... Gieger, Christian (2018). IgG glycosylation and DNA methylation are interconnected with smoking. Biochimica et Biophysica Acta - General Subjects, 1862 (3), 637−648.10.1016/j.bbagen.2017.10.012. Lu, Y.; Pouget, J. G.; Andreassen, O. A.; Djurovic, S.; Esko, T.; Hultman, C. M.; Metspalu, A.; Milani, L.; Werge, T.; Sullivan, P. F. (2018). Genetic risk scores and family history as predictors of schizophrenia in Nordic registers. Psychological Medicine, 48 (7), 1201−1208.10.1017/S0033291717002665. Ruderfer, Douglas M.; Ripke, Stephan; McQuillin, Andrew; Boocock, James; Stahl, Eli A.; Pavlides, Jennifer M. Whitehead; Mullins, Niamh; Charney, Alexander W.; Ori, Anil P. S.; Loohuis, Loes M. Olde; Domenici, Enrico; Di Florio, Arianna; Papiol, Sergi; Kalman, Janos L.; Trubetskoy, Vassily; Adolfsson, Rolf; Agartz, Ingrid; Agerbo, Esben; Akil, Huda; Albani, Diego ... Kendler, Kenneth S. (2018). Genomic Dissection of Bipolar Disorder and Schizophrenia, Including 28 Subphenotypes. Cell, 173 (7), ARTN 1715.e16−1732.10.1016/j.cell.2018.05.046. Aru, Juhan; Espak, Peeter; Grossberg, Maarja; Heinsalu, Els; Karjust, Kristo; Kogermann, Karin; Kurig, Heisi; Köster, Kajar; Küngas, Rainer; Leijen, Äli; Liiv, Innar; Milani, Lili; Mõtus, Kerli; Näripea, Eva; Ojavee, Kärt; Oras, Ester; Preegel, Gert; Purge, Priit; Raju, Marju; Raudla, Ringa ... Voll, Hendrik (2018). Mis tunne on olla (noor) naisteadlane? Sirp : Eesti kultuurileht, 8−9. Turcot, Valerie; Lu, Yingchang; Highland, Heather M.; Schurmann, Claudia; Justice, Anne E.; Fine, Rebecca S.; Bradfield, Jonathan P.; Esko, Tonu; Giri, Ayush; Graff, Mariaelisa; Guo, Xiuqing; Hendricks, Audrey E.; Karaderi, Tugce; Lempradl, Adelheid; Locke, Adam E.; Mahajan, Anubha; Marouli, Eirini; Sivapalaratnam, Suthesh; Young, Kristin L.; Alfred, Tamuno ... Loos, Ruth J. F. (2018). Protein-altering variants associated with body mass index implicate pathways that control energy intake and expenditure in obesity (vol 50, pg 26, 2018). Nature Genetics, 50 (5), 766−767.10.1038/s41588-018-0082-3. Flannick, Jason; Fuchsberger, Christian; Mahajan, Anubha; Teslovich, Tanya M; Agarwala, Vineeta; Gaulton, Kyle J; Caulkins, Lizz; Koesterer, Ryan; Ma, Clement; Moutsianas, Loukas; McCarthy, Davis J; Rivas, Manuel A; Perry, John R B; Sim, Xueling; Blackwell, Thomas W; Robertson, Neil R; Rayner, N William; Cingolani, Pablo; Locke, Adam E; Tajes, Juan Fernandez ... McCarthy, Mark I (2018). Erratum: Sequence data and association statistics from 12,940 type 2 diabetes cases and controls. Scientific Data, 5, 180002−180002.10.1038/sdata.2018.2. 2017 Wahl, Simone; Drong, Alexander; Lehne, Benjamin; Loh, Marie; Scott, William R; Kunze, Sonja; Tsai, Pei-Chien; Ried, Janina S; Zhang, Weihua; Yang, Youwen; Tan, Sili; Fiorito, Giovanni; Franke, Lude; Guarrera, Simonetta; Kasela, Silva; Kriebel, Jennifer; Richmond, Rebecca C; Adamo, Marco; Afzal, Uzma; Ala-Korpela, Mika ... Chambers, John C (2017). Epigenome-wide association study of body mass index, and the adverse outcomes of adiposity. Nature, 541 (7635), 81−86.10.1038/nature20784. Hinney A, Kesselmeier M, Jall S, Volckmar AL, Föcker M, Antel J; GCAN; WTCCC3, Heid IM, Winkler TW; GIANT, Grant SF; EGG, Guo Y, Bergen AW, Kaye W, Berrettini W, Hakonarson H; Price Foundation Collaborative Group; Children’s Hospital of Philadelphia/Price Foundation, Herpertz-Dahlmann B, de Zwaan M, Herzog W, Ehrlich S, Zipfel S, Egberts KM, Adan R, Brandys M, van Elburg A, Boraska Perica V, Franklin CS, Tschöp MH, Zeggini E, Bulik CM, Collier D, Scherag A, Müller TD, Hebebrand J. (2017). Evidence for three genetic loci involved in both anorexia nervosa risk and variation of body mass index. Molecular Psychiatry, 22 (2), 192−201.10.1038/mp.2016.71. Guha M, Saare M, Maslovskaja J, Kisand K, Liiv I, Haljasorg U, Tasa T, Metspalu A, Milani L, Peterson P. (2017). DNA breaks and chromatin structural changes enhance the transcription of Autoimmune Regulator target genes. Journal of Biological Chemistry, 292 (16), 6542−6554.jbc.M116.764704. Guo, Michael H.; Nandakumar, Satish K.; Ulirsch, Jacob C.; Zekavat, Seyedeh M.; Buenrostro, Jason D.; Natarajan, Pradeep; Salem, Rany M.; Chiarle, Roberto; Mitt, Mario; Kals, Mart; Parn, Kalle; Fischer, Krista; Milani, Lili; Magi, Reedik; Palta, Priit; Gabriel, Stacey B.; Metspalu, Andres; Lander, Eric S.; Kathiresan, Sekar; Hirschhorn, Joel N. ... Sankaran, Vijay G. (2017). Comprehensive population-based genome sequencing provides insight into hematopoietic regulatory mechanisms. Proceedings Of The National Academy Of Sciences Of The United States Of America, 114 (3), E327−E336.10.1073/pnas.1619052114. R Tamm, R Mägi, R Tremmel, S Winter, E Mihailov, A Smid, A Möricke, K Klein, M Schrappe, M Stanulla, R Houlston, R Weinshilboum, Irena Mlinarič Raščan, A Metspalu, L Milani, M Schwab, E Schaeffeler. (2017). Polymorphic Variation in TPMT Is the Principal Determinant of TPMT Phenotype: A Meta-Analysis of Three Genome-Wide Association Studies. Clinical Pharmacology & Therapeutics, 101 (5), 684−695.10.1002/cpt.540. Nath, Artika P.; Ritchie, Scott C.; Byars, Sean G.; Fearnley, Liam G.; Havulinna, Aki S.; Joensuu, Anni; Kangas, Antti J.; Soininen, Pasi; Wennerstrom, Annika; Milani, Lili; Metspalu, Andres; Mannisto, Satu; Wurtz, Peter; Kettunen, Johannes; Raitoharju, Emma; Kahonen, Mika; Juonala, Markus; Palotie, Aarno; Ala-Korpela, Mika; Ripatti, Samuli ... Inouye, Michael (2017). An interaction map of circulating metabolites, immune gene networks, and their genetic regulation. Genome Biology, 18, ARTN 146.10.1186/s13059-017-1279-y. Robinson, Matthew R.; English, Geoffrey; Moser, Gerhard; Lloyd-Jones, Luke R.; Triplett, Marcus A.; Zhu, Zhihong; Nolte, Ilja M.; van Vliet-Ostaptchouk, Jana V.; Snieder, Harold; Esko, Tonu; Milani, Lili; Magi, Reedik; Metspalu, Andres; Magnusson, Patrik K. E.; Pedersen, Nancy L.; Ingelsson, Erik; Johannesson, Magnus; Yang, Jian; Cesarini, David; Visscher, Peter M. (2017). Genotype-covariate interaction effects and the heritability of adult body mass index. Nature Genetics, 49 (8), 1174−1186.10.1038/ng.3912. Mihailov, E.; Nikopensius, T.; Reigo, A.; Nikkolo, C.; Kals, M.; Aruaas, K.; Milani, L.; Seepter, H.; Metspalu, A. (2017). Whole-exome sequencing identifies a potential TTN mutation in a multiplex family with inguinal hernia. Hernia, 21 (1), 95−100.10.1007/s10029-016-1491-9. Manning, Alisa; Highland, Heather M.; Gasser, Jessica; Sim, Xueling; Tukiainen, Taru; Fontanillas, Pierre; Grarup, Niels; Rivas, Manuel A.; Mahajan, Anubha; Locke, Adam E.; Cingolani, Pablo; Pers, Tune H.; Vinuela, Ana; Brown, Andrew A.; Wu, Ying; Flannick, Jason; Fuchsberger, Christian; Gamazon, Eric R.; Gaulton, Kyle J.; Im, Hae Kyung ... Lindgren, Cecilia M. (2017). A Low-Frequency Inactivating AKT2 Variant Enriched in the Finnish Population Is Associated With Fasting Insulin Levels and Type 2 Diabetes Risk. Diabetes, 66 (7), 2019−2032.10.2337/db16-1329. Marshall, Christian R.; Marshall, Christian R.; Howrigan, Daniel P.; Merico, Daniele; Thiruvahindrapuram, Bhooma; Wu, Wenting; Greer, Douglas S.; Antaki, Danny; Shetty, Aniket; Holmans, Peter A.; Pinto, Dalila; Gujral, Madhusudan; Brandler, William M.; Malhotra, Dheeraj; Wang, Zhouzhi; Fajarado, Karin V. Fuentes; Maile, Michelle S.; Ripke, Stephan; Agartz, Ingrid; Albus, Margot ... Sebat, Jonathan (2017). Contribution of copy number variants to schizophrenia from a genome-wide study of 41,321 subjects. Nature Genetics, 1, 27−35.10.1038/ng.3725. Mandaviya PR, Aïssi D, Dekkers KF, Joehanes R, Kasela S, Truong V, Stolk L, Heemst DV, Ikram MA, Lindemans J, Slagboom PE, Trégouët DA, Uitterlinden AG, Wei C, Wells P, Gagnon F, van Greevenbroek MM, Heijmans BT, Milani L, Morange PE, van Meurs JB, Heil SG; BIOS Consortium. (2017). Homocysteine levels associate with subtle changes in leukocyte DNA methylation: an epigenome-wide analysis. Epigenomics, 9 (11), 1403−1422.10.2217/epi- 2017-0038. Kasela, Silva; Kisand, Kai; Tserel, Liina; Kaleviste, Epp; Remm, Anu; Fischer, Krista; Esko, Tõnu; Westra, Harm-Jan; Fairfax, Benjamin P; Makino, Seiko; Knight, Julian C; Franke, Lude; Metspalu, Andres; Peterson, Pärt; Milani, Lili (2017). Pathogenic implications for autoimmune mechanisms derived by comparative eQTL analysis of CD4(+) versus CD8(+) T cells. PLoS genetics, 13 (3, 3), ARTN e1006643.10.1371/journal.pgen.1006643. Flannick, Jason; Fuchsberger, Christian; Mahajan, Anubha; Teslovich, Tanya M.; Agarwala, Vineeta; Gaulton, Kyle J.; Caulkins, Lizz; Koesterer, Ryan; Ma, Clement; Moutsianas, Loukas; McCarthy, Davis J.; Rivas, Manuel A.; Perry, John R. B.; Sim, Xueling; Blackwell, Thomas W.; Robertson, Neil R.; Rayner, N. William; Cingolani, Pablo; Locke, Adam E.; Tajes, Juan Fernandez ... McCarthy, Mark I. (2017). Data Descriptor: Sequence data and association statistics from 12,940 type 2 diabetes cases and controls. Scientific Data, 4, ARTN 170179.10.1038/sdata.2017.179. Day, Felix R.; Thompson, Deborah J.; Helgason, Hannes; Chasman, Daniel I.; Finucane, Hilary; Sulem, Patrick; Ruth, Katherine S.; Whalen, Sean; Sarkar, Abhishek K.; Albrecht, Eva; Altmaier, Elisabeth; Amini, Marzyeh; Barbieri, Caterina M.; Boutin, Thibaud; Campbell, Archie; Demerath, Ellen; Giri, Ayush; He, Chunyan; Hottenga, Jouke J.; Karlsson, Robert ... Perry, John R. B. (2017). Genomic analyses identify hundreds of variants associated with age at menarche and support a role for puberty timing in cancer risk. Nature Genetics, 49 (6), 834−845.10.1038/ng.3841. Linner, R. Karlsson; Marioni, R. E.; Rietveld, C. A.; Simpkin, A. J.; Davies, N. M.; Watanabe, K.; Armstrong, N. J.; Auro, K.; Baumbach, C.; Bonder, M. J.; Buchwald, J.; Fiorito, G.; Ismail, K.; Iurato, S.; Joensuu, A.; Karell, P.; Kasela, S.; Lahti, J.; Mcrae, A. F.; Mandaviya, P. R. ... Benjamin, D. J. (2017). An epigenome-wide association study meta-analysis of educational attainment. Molecular Psychiatry, 22 (12), 1680−1690.10.1038/mp.2017.210. Gupta, R; Qaiser, B; He, L; Hiekkalinna, T S; Zheutlin, A B; Therman, S; Ollikainen, M; Ripatti, S; Perola, M; Salomaa, V; Milani, L; Cannon, T D; Madden, P A F; Korhonen, T; Kaprio, J; Loukola, A (2017). Neuregulin signaling pathway in smoking behavior. Translational psychiatry, 7 (8), e1212−e1212.10.1038/tp.2017.183. Kantojärvi, Katri; Liuhanen, Johanna; Saarenpää-Heikkilä, Outi; Satomaa, Anna-Liisa; Kylliäinen, Anneli; Pölkki, Pirjo; Jaatela, Julia; Toivola, Auli; Milani, Lili; Himanen, Sari- Leena; Porkka-Heiskanen, Tarja; Paavonen, Juulia; Paunio, Tiina (2017). Variants in calcium voltage-gated channel subunit Alpha1 C-gene (CACNA1C) are associated with sleep latency in infants. PLoS ONE, 12 (8), e0180652−e0180652.10.1371/journal.pone.0180652. Joshi, P. K., Pirastu, N., Kentistou, K. A., Fischer, K., Hofer, E., Schraut, K. E., Clark D.W., Nutile T., Barnes C.L.K., Timmers P.R.H.J., Shen X., Gandin I., McDaid A.F., Hansen T.F., Gordon S.D., Giulianini F., Boutin T.S., Abdellaoui A., Zhao W., Medina-Gomez C., Bartz T.M., Trompet S., Lange L.A., Raffield L., van der Spek A.,/.../,Bertram L., Pendleton N., Kardia S.L.R., Ciullo M., Becker D.M., Wong A., Psaty B.M., van Duijn C.M., Wilson J.G., Jukema J.W., Kiemeney L., Uitterlinden A.G, Franceschini N., North K.E., Weir D.R., Metspalu A., Boomsma D.I., Hayward C., Chasman D., Martin N.G., Sattar N., Campbell H., Esko T., Kutalik Z., Wilson J.F. (2017). Genome-wide meta-analysis associates HLA-DQA1/DRB1 and LPA and lifestyle factors with human longevity. Nature Communications, 8, 910.10.1038/s41467-017-00934-5. Aru, Juhan; Espak, Peeter; Grossberg, Maarja; Heinsalu, Els; Karjust, Kristo; Kogermann, Karin; Kurig, Heisi; Köster, Kajar; Küngas, Rainer; Leijen, Äli; Liiv, Innar; Milani, Lili; Mõtus, Kerli; Näripea, Eva; Ojavee, Kärt; Oras, Ester; Preegel, Gert; Purge, Priit; Raju, Marju; Raudla, Ringa ... Voll, Hendrik (2017). Teadlaste koostöö ettevõtetega – kellele seda vaja on? Sirp : Eesti kultuurileht, 37−37. Aru, Juhan; Espak, Peeter; Grossberg, Maarja; Heinsalu, Els; Karjust, Kristo; Kogermann, Karin; Kurig, Heisi; Köster, Kajar; Küngas, Rainer; Leijen, Äli; Liiv, Innar; Milani, Lili; Mõtus, Kerli; Näripea, Eva; Ojavee, Kärt; Oras, Ester; Preegel, Gert; Purge, Priit; Raju, Marju; Raudla, Ringa ... Voll, Hendrik (2017). Põlevkivist elektri tootmisest on kujunemas piinlik igand. Sirp : Eesti kultuurileht, 28−29. Aru, Juhan; Espak, Peeter; Grossberg, Maarja; Heinsalu, Els; Karjust, Kristo; Kogermann, Karin; Kurig, Heisi; Köster, Kajar; Küngas, Rainer; Leijen, Äli; Liiv, Innar; Milani, Lili; Mõtus, Kerli; Näripea, Eva; Ojavee, Kärt; Oras, Ester; Preegel, Gert; Purge, Priit; Raju, Marju; Raudla, Ringa ... Voll, Hendrik (2017). Teadus kui haridusuuenduse toetuspunkt, vundament, vaade ja garantii. Sirp : Eesti kultuurileht, 34−35. Aru, Juhan; Espak, Peeter; Grossberg, Maarja; Heinsalu, Els; Karjust, Kristo; Kogermann, Karin; Kurig, Heisi; Köster, Kajar; Küngas, Rainer; Leijen, Äli; Liiv, Innar; Milani, Lili; Mõtus, Kerli; Näripea, Eva; Ojavee, Kärt; Oras, Ester; Preegel, Gert; Purge, Priit; Raju, Marju; Raudla, Ringa ... Voll, Hendrik (2017). Teadlaste otselepingud ja vaesus. Sirp : Eesti kultuurileht, 33−35. Aru, Juhan; Espak, Peeter; Grossberg, Maarja; Heinsalu, Els; Karjust, Kristo; Kogermann, Karin; Kurig, Heisi; Köster, Kajar; Küngas, Rainer; Leijen, Äli; Liiv, Innar; Milani, Lili; Mõtus, Kerli; Näripea, Eva; Ojavee, Kärt; Oras, Ester; Preegel, Gert; Purge, Priit; Raju, Marju; Raudla, Ringa ... Voll, Hendrik (2017). Kuhu viib teadlaste karjääriredel? Sirp : Eesti kultuurileht, 7−8. Lokk, Kaie; Vooder, Tõnu; Kolde, Raivo; Välk, Kristjan; Võsa, Urmo; Roosipuu, Retlav; Milani, Lili; Fischer, Krista; Koltsina, Marina; Urgard, Egon; Annilo, Tarmo; Metspalu, Andres; Tõnisson, Neeme (2017). Correction: Methylation Markers of Early-Stage Non-Small Cell Lung Cancer. PLoS ONE, 12 (1), e0170833−e0170833.10.1371/journal.pone.0170833. Lokk, Kaie; Vooder, Tonu; Kolde, Raivo; Valk, Kristjan; Vosa, Urmo; Roosipuu, Retlav; Milani, Lili; Fischer, Krista; Koltsina, Marina; Urgard, Egon; Annilo, Tarmo; Metspalu, Andres; Tonisson, Neeme (2017). Methylation Markers of Early-Stage Non-Small Cell Lung Cancer (vol 7, e39813, 2012). PLoS ONE, 1, ARTN e0170833.10.1371/journal.pone.0170833. 2016 Lessard, Samuel; Manning, Alisa K; Low-Kam, Cécile; Auer, Paul L; Giri, Ayush; Graff, Mariaelisa; Schurmann, Claudia; Yaghootkar, Hanieh; Luan, Jian'an; Esko, Tonu; Karaderi, Tugce; Bottinger, Erwin P; Lu, Yingchang; Carlson, Chris; Caulfield, Mark; Dubé, Marie-Pierre; Jackson, Rebecca D; Kooperberg, Charles; McKnight, Barbara; Mongrain, Ian ... Lettre, Guillaume (2016). Testing the role of predicted gene knockouts in human anthropometric trait variation. Human Molecular Genetics, 25 (10), 1−11.10.1093/hmg/ddw055. Ivanov, Maxim; Kals, Mart; Lauschke, Volker; Barragan, Isabel; Ewels, Philip; Käller, Max; Axelsson, Tomas; Lehtiö, Janne; Milani, Lili; Ingelman-Sundberg, Magnus (2016). Single base resolution analysis of 5-hydroxymethylcytosine in 188 human genes: implications for hepatic gene expression. Nucleic acids research, 44 (14), 6756−6769.doi:10.1093/nar/gkw316. Franke, B; Stein, JL; Ripke, S; Anttila, V; Hibar, DP; van, Hulzen, KJ; Arias-Vasquez, A; Smoller, JW; Nichols, TE; Neale, MC; McIntosh, AM; Lee, P; McMahon, FJ; Meyer- Lindenberg, A; Mattheisen, M; Andreassen, OA; Gruber, O; Sachdev, PS; Roiz-Santiañez, R; Saykin, AJ ... Sullivan, PF . (2016). Genetic influences on schizophrenia and subcortical brain volumes: large-scale proof of concept. Nature Neuroscience, 19 (3), 420−433.10.1038/nn.4228. Pettai, Kristi; Milani, Lili; Tammiste, Anu; Võsa, Urmo; Kolde, Raivo; Eller, Triin; Nutt, David; Metspalu, Andres; Maron, Eduard (2016). Whole-genome expression analysis reveals genes associated with treatment response to escitalopram in major depression. European neuropsychopharmacology : the journal of the European College of Neuropsychopharmacology, 26 (9), 1475−1483.10.1016/j.euroneuro.2016.06.007. Limbach, Maia; Saare, Mario; Tserel, Liina; Kisand, Kai; Eglit, Triin; Sauer, Sascha; Axelsson, Tomas; Syvänen, Ann-Christine; Metspalu, Andres; Milani, Lili; Peterson, Pärt (2016). Epigenetic profiling in CD4+ and CD8+ T cells from Graves' disease patients reveals changes in genes associated with T cell receptor signaling. Journal of Autoimmunity, 67, 46−56.10.1016/j.jaut.2015.09.006. Thiéry, Odile; Vasar, Martti; Jairus, Teele; Davison, John; Roux, Christophe; Kivistik, Paula- Ann; Metspalu, Andres; Milani, Lili; Saks, Ülle; Moora, Mari; Zobel, Martin; Öpik, Maarja (2016). Sequence variation in nuclear ribosomal small subunit, internal transcribed spacer and large subunit regions of Rhizophagus irregularis and Gigaspora margarita is high and isolate- dependent. Molecular ecology, 25 (12), 2816−2832.10.1111/mec.13655. Fuchsberger, Christian; Flannick, Jason; Teslovich, Tanya M; Mahajan, Anubha; Agarwala, Vineeta; Gaulton, Kyle J; Ma, Clement; Fontanillas, Pierre; Moutsianas, Loukas; McCarthy, Davis J; Rivas, Manuel A; Perry, John R B; Sim, Xueling; Blackwell, Thomas W; Robertson, Neil R; Rayner, N William; Cingolani, Pablo; Locke, Adam E; Tajes, Juan Fernandez; Highland, Heather M ... McCarthy, Mark I (2016). The genetic architecture of type 2 diabetes. Nature, 536 (7614), 41−47.10.1038/nature18642. Okbay, Aysu; Beauchamp, Jonathan P; Fontana, Mark Alan; Lee, James J; Pers, Tune H; Rietveld, Cornelius A; Turley, Patrick; Chen, Guo-Bo; Emilsson, Valur; Meddens, S Fleur W; Oskarsson, Sven; Pickrell, Joseph K; Thom, Kevin; Timshel, Pascal; de Vlaming, Ronald; Abdellaoui, Abdel; Ahluwalia, Tarunveer S; Bacelis, Jonas; Baumbach, Clemens; Bjornsdottir, Gyda ... Benjamin, Daniel J (2016). Genome-wide association study identifies 74 loci associated with educational attainment. Nature, 533 (7604), 539−542.10.1038/nature17671. Gormley, Padhraig; Anttila, Verneri; Winsvold, Bendik S; Palta, Priit; Esko, Tonu; Pers, Tune H; Farh, Kai-How; Cuenca-Leon, Ester; Muona, Mikko; Furlotte, Nicholas A; Kurth, Tobias; Ingason, Andres; McMahon, George; Ligthart, Lannie; Terwindt, Gisela M; Kallela, Mikko; Freilinger, Tobias M; Ran, Caroline; Gordon, Scott G; Stam, Anine H ... Palotie, Aarno (2016). Meta-analysis of 375,000 individuals identifies 38 susceptibility loci for migraine. Nature genetics, 48 (8), 856−866.10.1038/ng.3598. Barban N, Jansen R, de Vlaming R, Vaez A, Mandemakers JJ, Tropf FC, Shen X, Wilson JF, Chasman DI, Nolte IM, Tragante V, van der Laan SW, Perry JR, Kong A; BIOS Consortium, Ahluwalia TS, Albrecht E, Yerges-Armstrong L, Atzmon G, Auro K, Ayers K, Bakshi A, Ben- Avraham D, Berger K, Bergman A, Bertram L, Bielak LF, Bjornsdottir G, Bonder MJ, Broer L, Bui M, Barbieri C, Cavadino A, Chavarro JE, Turman C, Concas MP, Cordell HJ, Davies G, Eibich P, Eriksson N, Esko T, Eriksson J, Falahi F, Felix JF, Fontana MA, Franke L, Gandin I, Gaskins AJ, Gieger C, Gunderson EP, Guo X, Hayward C, He C, Hofer E, Huang H, Joshi PK, Kanoni S, Karlsson R, Kiechl S, Kifley A, Kluttig A, Kraft P, Lagou V, Lecoeur C, Lahti J, Li- Gao R, Lind PA, Liu T, Makalic E, Mamasoula C, Matteson L, Mbarek H, McArdle PF, McMahon G, Meddens SF, Mihailov E, Miller M, Missmer SA, Monnereau C, van der Most PJ, Myhre R, Nalls MA, Nutile T, Kalafati IP, Porcu E, Prokopenko I, Rajan KB, Rich-Edwards J, Rietveld CA, Robino A, Rose LM, Rueedi R, Ryan KA, Saba Y, Schmidt D, Smith JA, Stolk L, Streeten E, Tönjes A, Thorleifsson G, Ulivi S, Wedenoja J, Wellmann J, Willeit P, Yao J, Yengo L, Zhao JH, Zhao W, Zhernakova DV, Amin N, Andrews H, Balkau B, Barzilai N, Bergmann S, Biino G, Bisgaard H, Bønnelykke K, Boomsma DI, Buring JE, Campbell H, Cappellani S, Ciullo M, Cox SR, Cucca F, Toniolo D, Davey-Smith G, Deary IJ, Dedoussis G, Deloukas P, van Duijn CM, de Geus EJ, Eriksson JG, Evans DA, Faul JD, Sala CF, Froguel P, Gasparini P, Girotto G, Grabe HJ, Greiser KH, Groenen PJ, de Haan HG, Haerting J, Harris TB, Heath AC, Heikkilä K, Hofman A, Homuth G, Holliday EG, Hopper J, Hyppönen E, Jacobsson B, Jaddoe VW, Johannesson M, Jugessur A, Kähönen M, Kajantie E, Kardia SL, Keavney B, Kolcic I, Koponen P, Kovacs P, Kronenberg F, Kutalik Z, La Bianca M, Lachance G, Iacono WG, Lai S, Lehtimäki T, Liewald DC; LifeLines Cohort Study, Lindgren CM, Liu Y, Luben R, Lucht M, Luoto R, Magnus P, Magnusson PK, Martin NG, McGue M, McQuillan R, Medland SE, Meisinger C, Mellström D, Metspalu A, Traglia M, Milani L, Mitchell P, Montgomery GW, Mook-Kanamori D, de Mutsert R, Nohr EA, Ohlsson C, Olsen J, Ong KK, Paternoster L, Pattie A, Penninx BW, Perola M, Peyser PA, Pirastu M, Polasek O, Power C, Kaprio J, Raffel LJ, Räikkönen K, Raitakari O, Ridker PM, Ring SM, Roll K, Rudan I, Ruggiero D, Rujescu D, Salomaa V, Schlessinger D, Schmidt H, Schmidt R, Schupf N, Smit J, Sorice R, Spector TD, Starr JM, Stöckl D, Strauch K, Stumvoll M, Swertz MA, Thorsteinsdottir U, Thurik AR, Timpson NJ, Tung JY, Uitterlinden AG, Vaccargiu S, Viikari J, Vitart V, Völzke H, Vollenweider P, Vuckovic D, Waage J, Wagner GG, Wang JJ, Wareham NJ, Weir DR, Willemsen G, Willeit J, Wright AF, Zondervan KT, Stefansson K, Krueger RF, Lee JJ, Benjamin DJ, Cesarini D, Koellinger PD, den Hoed M, Snieder H, Mills MC. (2016). Genome-wide analysis identifies 12 loci influencing human reproductive behavior. Nature Genetics, 48 (12), 1462−1472.10.1038/ng.3698. Ried JS, Jeff M J, Chu AY, Bragg-Gresham JL, van Dongen J, Huffman JE, Ahluwalia TS, Cadby G, Eklund N, Eriksson J, Esko T, Feitosa MF, Goel A, Gorski M, Hayward C, Heard- Costa NL, Jackson AU, Jokinen E, Kanoni S, Kristiansson K, Kutalik Z, Lahti J, Luan J, Mägi R, Mahajan A, Mangino M, Medina-Gomez C, Monda KL, Nolte IM, Pérusse L, Prokopenko I, Qi L, Rose LM, Salvi E, Smith MT, Snieder H, Stančáková A, Ju Sung Y, Tachmazidou I, Teumer A, Thorleifsson G, van der Harst P, Walker RW, Wang SR, Wild SH, Willems SM, Wong A, Zhang W, Albrecht E, Couto Alves A, Bakker SJ, Barlassina C, Bartz TM, Beilby J, Bellis C, Bergman RN, Bergmann S, Blangero J, Blüher M, Boerwinkle E, Bonnycastle LL, Bornstein SR, Bruinenberg M, Campbell H, Chen YI, Chiang CW, Chines PS, Collins FS, Cucca F, Cupples LA, D'Avila F, de Geus EJ, Dedoussis G, Dimitriou M, Döring A, Eriksson JG, Farmaki AE, Farrall M, Ferreira T, Fischer K, Forouhi NG, Friedrich N, Gjesing AP, Glorioso N, Graff M, Grallert H, Grarup N, Gräßler J, Grewal J, Hamsten A, Harder MN, Hartman CA, Hassinen M, Hastie N, Hattersley AT, Havulinna AS, Heliövaara M, Hillege H, Hofman A, Holmen O, Homuth G, Hottenga JJ, Hui J, Husemoen LL, Hysi PG, Isaacs A, Ittermann T, Jalilzadeh S, James AL, Jørgensen T, Jousilahti P, Jula A, Marie Justesen J, Justice AE, Kähönen M, Karaleftheri M, Tee Khaw K, Keinanen-Kiukaanniemi SM, Kinnunen L, Knekt PB, Koistinen HA, Kolcic I, Kooner IK, Koskinen S, Kovacs P, Kyriakou T, Laitinen T, Langenberg C, Lewin AM, Lichtner P, Lindgren CM, Lindström J, Linneberg A, Lorbeer R, Lorentzon M, Luben R, Lyssenko V, Männistö S, Manunta P, Leach IM, McArdle WL, Mcknight B, Mohlke KL, Mihailov E, Milani L, Mills R, Montasser ME, Morris AP, Müller G, Musk AW, Narisu N, Ong KK, Oostra BA, Osmond C, Palotie A, Pankow JS, Paternoster L, Penninx BW, Pichler I, Pilia MG, Polašek O, Pramstaller PP, Raitakari OT, Rankinen T, Rao DC, Rayner NW, Ribel-Madsen R, Rice TK, Richards M, Ridker PM, Rivadeneira F, Ryan KA, Sanna S, Sarzynski MA, Scholtens S, Scott RA, Sebert S, Southam L, Sparsø TH, Steinthorsdottir V, Stirrups K, Stolk RP, Strauch K, Stringham HM, Swertz MA, Swift AJ, Tönjes A, Tsafantakis E, van der Most PJ, Van Vliet-Ostaptchouk JV, Vandenput L, Vartiainen E, Venturini C, Verweij N, Viikari JS, Vitart V, Vohl MC, Vonk JM, Waeber G, Widén E, Willemsen G, Wilsgaard T, Winkler TW, Wright AF, Yerges-Armstrong LM, Hua Zhao J, Carola Zillikens M, Boomsma DI, Bouchard C, Chambers JC, Chasman DI, Cusi D, Gansevoort RT, Gieger C, Hansen T, Hicks AA, Hu F, Hveem K, Jarvelin MR, Kajantie E, Kooner JS, Kuh D, Kuusisto J, Laakso M, Lakka TA, Lehtimäki T, Metspalu A, Njølstad I, Ohlsson C, Oldehinkel AJ, Palmer LJ, Pedersen O, Perola M, Peters A, Psaty BM, Puolijoki H, Rauramaa R, Rudan I, Salomaa V, Schwarz PE, Shudiner AR, Smit JH, Sørensen TI, Spector TD, Stefansson K, Stumvoll M, Tremblay A, Tuomilehto J, Uitterlinden AG, Uusitupa M, Völker U, Vollenweider P, Wareham NJ, Watkins H, Wilson JF, Zeggini E, Abecasis GR, Boehnke M, Borecki IB, Deloukas P, van Duijn CM, Fox C, Groop LC, Heid IM, Hunter DJ, Kaplan RC, McCarthy MI, North KE, O'Connell JR, Schlessinger D, Thorsteinsdottir U, Strachan DP, Frayling T, Hirschhorn JN, Müller-Nurasyid M, Loos RJ. (2016). A principal component meta-analysis on multiple anthropometric traits identifies novel loci for body shape. Nature Communications, e13357, 1−11.10.1038/ncomms13357. Guerra, D.; Ghiselli, F.; Milani, L.; Breton, S.; Passamonti, M. (2016). Early replication dynamics of sex-linked mitochondrial DNAs in the doubly uniparental inheritance species Ruditapes philippinarum (Bivalvia Veneridae). Heredity, 116 (3), 314−322.10.1038/hdy.2015.105. Marioni RE, Ritchie SJ, Joshi PK, Hagenaars SP, Okbay A, Fischer K, Adams MJ, Hill WD, Davies G; Social Science Genetic Association Consortium, Nagy R, Amador C, Läll K, Metspalu A, Liewald DC, Campbell A, Wilson JF, Hayward C, Esko T, Porteous DJ, Gale CR, Deary IJ. (2016). Genetic variants linked to education predict longevity. PNAS, 113 (47), 13366−13371.10.1073/pnas.1605334113. Sekar, Aswin; Bialas, Allison R.; de Rivera, Heather; Davis, Avery; Hammond, Timothy R.; Kamitaki, Nolan; Tooley, Katherine; Presumey, Jessy; Baum, Matthew; Van Doren, Vanessa; Genovese, Giulio; Rose, Samuel A.; Handsaker, Robert E.; Daly, Mark J.; Carroll, Michael C.; Stevens, Beth; McCarroll, Steven A. (2016). Schizophrenia risk from complex variation of complement component 4. Nature, 530 (7589), 177−194.10.1038/nature16549. Tasa, Tonis; Metsvaht, Tuuli; Kalamees, Riste; Milani, Lili; Vilo, Jaak; Lutsar, Irja (2016). Personalised Bayesian Dose Adjustment of Vancomycin in Neonates. Human Heredity, 81 (4), 236−236. Peterson, P.; Tserel, L.; Kolde, R.; Limbach, M.; Tretyakov, K.; Kasela, S.; Kisand, K.; Saare, M.; Vilo, J.; Metspalu, A.; Milani, L. (2016). Age-related profiling of DNA methylation in CD8+T cells reveals changes in immune response and transcriptional regulator genes. European Journal of Immunology, 879−879. Kantojarvi, K.; Liuhanen, J.; Saarenpaa-Heikkila, O.; Satomaa, A. -L; Kylliainen, A.; Polkki, P.; Jaatela, J.; Milani, L.; Himanen, S. -L.; Porkka-Heiskanen, T.; Paavonen, J.; Paunio, T. (2016). Variants in CACNA1C are associated with sleep regulation in infants. European Neuropsychopharmacology, 192−192.WOS:000413843800345. Gormley, Padhraig; Anttila, Verneri; Winsvold, Bendik S; Palta, Priit; Esko, Tonu; Pers, Tune H; Farh, Kai-How; Cuenca-Leon, Ester; Muona, Mikko; Furlotte, Nicholas A; Kurth, Tobias; Ingason, Andres; McMahon, George; Ligthart, Lannie; Terwindt, Gisela M; Kallela, Mikko; Freilinger, Tobias M; Ran, Caroline; Gordon, Scott G; Stam, Anine H ... Palotie, Aarno. (2016). Corrigendum: Meta-analysis of 375,000 individuals identifies 38 susceptibility loci for migraine. Nature genetics, 48 (10), 1296−1296.10.1038/ng1016-1296c. Nikopensius, T.; Saag, M.; Jagomagi, T.; Annilo, T.; Kals, M.; Kivistik, P. A.; Milani, L.; Metspalu, A. (2016). A missense mutation in DUSP6 is associated with Class III malocclusion (vol 92, pg 893, 2013). Journal Of Dental Research, 8, 955−955.10.1177/0022034516651438. 2015 Westra, HJ; Arends, D; Esko, T; Peters, MJ; Schurmann, C; Schramm, K; Kettunen, J; Yaghootkar, H; Fairfax, BP; Andiappan, AK; Li, Y; Fu, J; Karjalainen, J; Platteel, M; Visschedijk, M; Weersma, RK; Kasela, S; Milani, L; Tserel, L; Peterson, P ... Franke, L. (2015). Cell Specific eQTL Analysis without Sorting Cells. Plos Genetics, 11 (5), e1005223.10.1371/journal.pgen.1005223. Bulik-Sullivan, BK.; Loh, PR.; Finucane, HK.; Ripke, S.; Yang, J.; Schizophrenia Working Group of the Psychiatric, Genomics Consortium; Patterson, N.; Daly, MJ.; Price, AL.; Neale, BM. (2015). LD Score regression distinguishes confounding from polygenicity in genome-wide association studies. Nature Genetics, 47 (3), 291−295.10.1038/ng.3211. Peyrot, WJ; Lee, SH; Milaneschi, Y; Abdellaoui, A; Byrne, EM; Esko, T; de, Geus, EJ; Hemani, G; Hottenga, JJ; Kloiber, S; Levinson, DF; Lucae, S; Martin, NG; Medland, SE; Metspalu, A; Milani, L; Noethen, MM; Potash, JB; Rietschel, M; Rietveld, CA ... SSGAC, Corporate, Collaborator. (2015). The association between lower educational attainment and depression owing to shared genetic effects? Results in ~25 000 subjects. Molecular Psychiatry, 20 (6), 735−743.10.1038/mp.2015.50. Huan, Tianxiao; Esko, Tõnu; Peters, Marjolein J; Pilling, Luke C; Schramm, Katharina; Schurmann, Claudia; Chen, Brian H; Liu, Chunyu; Joehanes, Roby; Johnson, Andrew D; Yao, Chen; Ying, Sai-Xia; Courchesne, Paul; Milani, Lili; Raghavachari, Nalini; Wang, Richard; Liu, Poching; Reinmaa, Eva; Dehghan, Abbas; Hofman, Albert ... Levy, Daniel. (2015). A Meta- analysis of Gene Expression Signatures of Blood Pressure and Hypertension. Plos Genetics, 11 (3), e1005035.10.1371/journal.pgen.1005035. Zhu, Z; Bakshi, A; Vinkhuyzen, AA; Hemani, G; Lee, SH; Nolte, IM; van, Vliet-Ostaptchouk, JV; Snieder, H; The, LifeLines, Cohort, Study; Esko, T; Milani, L; Mägi, R; Metspalu, A; Hill, WG; Weir, BS; Goddard, ME; Visscher, PM; Yang, J. (2015). Dominance Genetic Variation Contributes Little to the Missing Heritability for Human Complex Traits. American Journal of Human Genetics, 96 (3), 377−85.10.1016/j.ajhg.2015.01.001. Shungin, D; Winkler, TW; Croteau-Chonka, DC; Ferreira, T; Locke, AE; Mägi, R; Strawbridge, RJ; Pers, TH; Fischer, K; Justice, AE; Workalemahu, T; Wu, JM; Buchkovich, ML; Heard- Costa, NL; Roman, TS; Drong, AW; Song, C; Gustafsson, S; Day, FR; Esko, T ... Mohlke, KL. (2015). New genetic loci link adipose and insulin biology to body fat distribution. Nature, 518 (7538), 187−196.10.1038/nature14132. Putku, Margus; Kals, Mart; Inno, Rain; Kasela, Silva; Org, Elin; Kožich, Viktor; Milani, Lili; Laan, Maris (2015). CDH13 promoter SNPs with pleiotropic effect on cardiometabolic parameters represent methylation QTLs. Human Genetics, 134 (3), 291−303.10.1007/s00439- 014-1521-6. Milani, Lili; Leitsalu, Liis; Metspalu, Andres (2015). An epidemiological perspective of personalized medicine: the Estonian experience. Journal of Internal Medicine, 277 (2), 188−200.10.1111/joim.12320. The, Coffee, and, Caffeine, Genetics, Consortium; Cornelis, MC; Byrne, EM; Esko, T; Nalls, MA; Ganna, A; Paynter, N; Monda, KL; Amin, N; Fischer, K; Renstrom, F; Ngwa, JS; Huikari, V; Cavadino, A; Nolte, IM; Teumer, A; Yu, K; Marques-Vidal, P; Rawal, R; Manichaikul, A ... Chasman, DI. (2015). Genome-wide meta-analysis identifies six novel loci associated with habitual coffee consumption. Molecular Psychiatry, 20 (5), 647−656.10.1038/mp.2014.107. Joshi, PK; Esko, T; Mattsson, H; Eklund, N; Gandin, I; Nutile, T; Jackson, AU; Schurmann, C; Smith, AV; Zhang, W; Okada, Y; Stančáková, A; Faul, JD; Zhao, W; Bartz, TM; Concas, MP; Franceschini, N; Enroth, S; Vitart, V; Trompet, S ... Wilson, JF. (2015). Evidence for directional dominance on complex traits relating to size and cognition in a wide range of human populations. Nature, 46 (11), 1173−1186.10.1038/nature14618. Yang, J; Bakshi, A; Zhu, Z; Hemani, G; Vinkhuyzen, AAE; Lee, SH (; Robinson, MR; Perry, JRB; Nolte, IM; van Vliet-Ostaptchouk, JV; Snieder, H; Esko, T; Milani, L; Magi, R; Metspalu, A; Hamsten, A; Magnusson, PKE; Pedersen, NL; Ingelsson, E; Soranzo, N ... Visscher, PM. (2015). Genetic variance estimation with imputed variants finds negligible missing heritability for human height and body mass index. Nature Genetics, 47 (10), 1114−1120.10.1038/ng.3390. Peters, MJ; Joehanes, R; Pilling, LC; Schurmann, C; Conneely, KN; Powell, J; Reinmaa, E; Sutphin, GL; Zhernakova, A; Schramm, K; Wilson, YA; Kobes, S; Tukiainen, T; NABEC/UKBEC, Consortium; Ramos, YF; Göring, HH; Fornage, M; Liu, Y; Gharib, SA; Stranger, BE ... Johnson, AD. (2015). The transcriptional landscape of age in human peripheral blood. Nature Communications, 6 (8570), 1−14.10.1038/ncomms9570. Kato, N; Loh, M; Takeuchi, F; Verweij, N; Wang, X; Zhang, W; Kelly, TN; Saleheen, D; Lehne, B; Mateo, Leach, I; Drong, AW; Abbott, J; Wahl, S; Tan, ST; Scott, WR; Campanella, G; Chadeau-Hyam, M; Afzal, U; Ahluwalia, TS; Bonder, MJ ... Chambers, JC. (2015). Trans- ancestry genome-wide association study identifies 12 genetic loci influencing blood pressure and implicates a role for DNA methylation. Nature Genetics, 47 (11), 1282−1293.10.1038/ng.3405. Winkler, T.W.; Justice, A.E.; Graff, M.; Barata, L.; Feitosa, M.F.; Chu, S; Czajkowski, J.; Esko, T.; Fall, T.; Kilpeläinen, T.O.; Lu, Y.; Mägi, R.; Mihailov, E.; ... Milani, L.; Nelis, M.; Pervjakova, N.; Perola, M.; ... Loos, RJF. (2015). The Influence of Age and Sex on Genetic Associations with Adult Body Size and Shape: A Large-Scale Genome-Wide Interaction Study. Plos Genetics, 11 (10), e1005378−42.10.1371/journal.pgen.1005378. Locke, AE.; Kahali, B.; Berndt, SI.; Justice, AE.; Pers, TH.; Day, FR.; Powell, C.; Vedantam, S.; Buchkovich, ML.; Yang, J.; Croteau-Chonka, DC.; Esko, T.; Fall, T.; Ferreira, T.; Gustafsson, S.; Kutalik, Z.; Luan, J.; Mägi, R.; Randall, JC.; Winkler, TW. ... Speliotes, EK. (2015). Genetic studies of body mass index yield new insights for obesity biology. Nature, 518 (7538), 197−206.10.1038/nature14177. Day, Felix R; Ruth, Katherine S; Thompson, Deborah J; Lunetta, Kathryn L; Pervjakova, Natalia; Chasman, Daniel I; Stolk, Lisette; Finucane, Hilary K; Sulem, Patrick; Bulik-Sullivan, Brendan; Esko, Tõnu; Johnson, Andrew D; Elks, Cathy E; Franceschini, Nora; He, Chunyan; Altmaier, Elisabeth; Brody, Jennifer A; Franke, Lude L; Huffman, Jennifer E; Keller, Margaux F ... Murray, Anna (2015). Large-scale genomic analyses link reproductive aging to hypothalamic signaling, breast cancer susceptibility and BRCA1-mediated DNA repair. Nature Genetics, 47 (11), 1294−303.10.1038/ng.3412. Peters, Marjolein J; Joehanes, Roby; Pilling, Luke C; Schurmann, Claudia; Conneely, Karen N; Powell, Joseph; Reinmaa, Eva; Sutphin, George L; Zhernakova, Alexandra; Schramm, Katharina; Wilson, Yana A; Kobes, Sayuko; Tukiainen, Taru; ,; Ramos, Yolande F; Göring, Harald H H; Fornage, Myriam; Liu, Yongmei; Gharib, Sina A; Stranger, Barbara E ... Johnson, Andrew D (2015). The transcriptional landscape of age in human peripheral blood. Nature communications, 6, 8570−8570.10.1038/ncomms9570. Tserel, Liina; Kolde, Raivo; Limbach, Maia; Tretyakov, Konstantin; Kasela, Silva; Kisand, Kai; Saare, Mario; Vilo, Jaak; Metspalu, Andres; Milani, Lili; Peterson, Pärt (2015). Age-related profiling of DNA methylation in CD8+ T cells reveals changes in immune response and transcriptional regulator genes. Scientific Reports, 5 (13107), 1−11.10.1038/srep13107. Leitsalu, Liis; Haller, Toomas; Esko, Tõnu; Tammesoo, Mari-Liis; Alavere, Helene; Snieder, Harold; Perola, Markus; Ng, Pauline C; Mägi, Reedik; Milani, Lili; Fischer, Krista; Metspalu, Andres (2015). Cohort Profile: Estonian Biobank of the Estonian Genome Center, University of Tartu. International Journal of Epidemiology, 44 (4), 1137−1147.10.1093/ije/dyt268. Day, Felix R.; Ruth, Katherine S.; Thompson, Deborah J.; Lunetta, Kathryn L.; Pervjakova, Natalia; Chasman, Daniel I.; Stolk, Lisette; Finucane, Hilary K.; Sulem, Patrick; Bulik-Sullivan, Brendan; Esko, Tonu; Johnson, Andrew D.; Elks, Cathy E.; Franceschini, Nora; He, Chunyan; Altmaier, Elisabeth; Brody, Jennifer A.; Franke, Lude L.; Huffman, Jennifer E.; Keller, Margaux F. ... Murray, Anna (2015). Large-Scale Genomic Analyses Link Reproductive Aging to Hypothalamic Signaling, Breast Cancer Susceptibility, and BRCA1-Mediated DNA Repair EDITORIAL COMMENT. Obstetrical & Gynecological Survey, 12, 758−762.10.1097/01.ogx.0000473766.71624.99. Yang, Jian; Bakshi, Andrew; Zhu, Zhihong; Hemani, Gibran; Vinkhuyzen, Anna A E; Nolte, Ilja M; van Vliet-Ostaptchouk, Jana V; Snieder, Harold; , ; Esko, Tonu; Milani, Lili; Mägi, Reedik; Metspalu, Andres; Hamsten, Anders; Magnusson, Patrik K E; Pedersen, Nancy L; Ingelsson, Erik; Visscher, Peter M (2015). Genome-wide genetic homogeneity between sexes and populations for human height and body mass index. Human Molecular Genetics, 24 (25), 7445−7449.10.1093/hmg/ddv443. Joshi, Peter K; Esko, Tonu; Mattsson, Hannele; Eklund, Niina; Gandin, Ilaria; Nutile, Teresa; Jackson, Anne U; Schurmann, Claudia; Smith, Albert V; Zhang, Weihua; Okada, Yukinori; Stančáková, Alena; Faul, Jessica D; Zhao, Wei; Bartz, Traci M; Concas, Maria Pina; Franceschini, Nora; Enroth, Stefan; Vitart, Veronique; Trompet, Stella ... Wilson, James F (2015). Directional dominance on stature and cognition in diverse human populations. Nature, 523 (7561), 459−462.10.1038/nature14618. Milani, L. (2015). Toome geenid lauale. Sirp : Eesti kultuurileht. Benyamin, B; Esko, T; Ried, JS; Radhakrishnan, A; Vermeulen, SH; Traglia, M; Gögele, M; Anderson, D; Broer, L; Podmore, C; Luan, J; Kutalik, Z; Sanna, S; van, der, Meer, P; Tanaka, T; Wang, F; Westra, HJ; Franke, L; Mihailov, E; Milani, L ... Whitfield, JB. (2015). Novel loci affecting iron homeostasis and their effects in individuals at risk for hemochromatosis. Nature Communications, 6, 6542.10.1038/ncomms7542. Benyamin, Beben; Esko, Tonu; Ried, Janina S.; Radhakrishnan, Aparna; Vermeulen, Sita H.; Traglia, Michela; Goegele, Martin; Anderson, Denise; Broer, Linda; Podmore, Clara; Luan, Jianan; Kutalik, Zoltan; Sanna, Serena; van der Meer, Peter; Tanaka, Toshiko; Wang, Fudi; Westra, Harm-Jan; Franke, Lude; Mihailov, Evelin; Milani, Lili ... Whitfield, John B. (2015). Novel loci affecting iron homeostasis and their effects in individuals at risk for hemochromatosis (vol 5, 4926, 2014). Nature Communications, ARTN 6542.10.1038/ncomms7542. 2014 Benyamin, B; Esko, T; Ried, JS; Radhakrishnan, A; Vermeulen, SH; Traglia, M; Gögele, M; Anderson, D; Broer, L; Podmore, C; Luan, J; Kutalik, Z; Sanna, S; van, der, Meer, P; Tanaka, T; Wang, F; Westra, HJ; Franke, L; Mihailov, E; Milani, L ... Whitfield, JB. (2014). Novel loci affecting iron homeostasis and their effects in individuals at risk for hemochromatosis. Nature Communications, 5 (4926), 1−7.10.1038/ncomms5926. Knappskog, S.; Gansmo, L.B.; Dibirova, K.; Metspalu, A.; Cybulski, C.; Peterlongo, P.; Aaltonen, L.; Vatten, L.; Romundstad, P.; Hveem, K.; Devilee, P.; Evans, G.D.; Lin, D.; Van, Camp, G.; Manolopoulos, V.G.; Osorio, A.; Milani, L.; Ozcelik, T.; Zalloua, P.; Mouzaya, F. ... Lønning, P.E. (2014). Population, distribution, and, ancestry, of, the, cancer, protective, MDM2, SNP285, (rs117039649). Oncotarget, 5 (18), 8224−8234. Bonder, MJ; Kasela, S; Kals, M; Tamm, R; Lokk, K; Barragan, I; Buurman, WA; Deelen, P; Greve, J-W; Ivanov, M; Rensen, SS; van Vliet-Ostaptchouk, JV; Wolfs, MG; Fu, J; Hofker, MH; Wijmenga, C; Zhernakova, A; Ingelman-Sundberg, M; Lude Franke, L; Milani, L. (2014). Genetic and epigenetic regulation of gene expression in fetal and adult human livers. BMC Genomics, 15 (860), 1−28.10.1186/1471-2164-15-860. Dumas, O.; Laurent, E.; Bousquet, J.; Metspalu, A.; Milani, L.; Kauffmann, F.; Le Moual, N. (2014). Occupational irritants and asthma: an Estonian cross-sectional study of 34 000 adults. European Respiratory Journal, 44 (3), 647−656.10.1183/09031936.00172213. González, JR; Cáceres, A; Esko, T; Cuscó, I; Puig, M; Esnaola, M; Reina, J; Siroux, V; Bouzigon, E; Nadif, R; Reinmaa, E; Milani, L; Bustamante, M; Jarvis, D; Antó, JM; Sunyer, J; Demenais, F; Kogevinas, M; Metspalu, A; Cáceres, M ... Pérez-Jurado, LA. (2014). A Common 16p11.2 Inversion Underlies the Joint Susceptibility to Asthma and Obesity. American Journal of Human Genetics, 94 (3), 361−372.10.1016/j.ajhg.2014.01.015. Perry, J.R.B.; Day, F.; Elks, C.E.; Sulem, P.; Thompson, D.J.; Ferreira, T.; He, C.; Chasman, D.I.; Esko, T.; Thorleifsson, G.; Albrecht, E.; Ang, W.Q.; Corre, T.; Cousminer, D.L.; Feenstra, B.; Franceschini, N.; Ganna, A.; Johnson, A.D.; Kjellqvist, S.; Lunetta, K.L. ... Ong, K.K. (2014). Parent-of-origin-specific allelic associations among 106 genomic loci for age at menarche. Nature, 514 (7520), 92.10.1038/nature13545. Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium ... Metspalu, A; Milani, L; Nelis, M; Esko, T. (2014). Biological insights from 108 schizophrenia-associated genetic loci. Nature, 511 (7510), 421−427.10.1038/nature13595. Metsalu, Tauno; Viltrop, Triin; Tiirats, Airi; Rajashekar, Balaji; Reimann, Ene; Kõks, Sulev; Rull, Kristiina; Milani, Lili; Acharya, Ganesh; Basnet, Purusotam; Vilo, Jaak; Mägi, Reedik; Metspalu, Andres; Peters, Maire; Haller-Kikkatalo, Kadri; Salumets, Andres (2014). Using RNA sequencing for identifying gene imprinting and random monoallelic expression in human placenta. Epigenetics, 9 (10), 1397−1409.10.4161/15592294.2014.970052. Winkler, T.W.; Day, FR.; Croteau-Chonka, DC.; Wood, AR.; Locke, AE.; Magi, R.; Ferreira, T.; Fall, T.; Graff, M.; Justice, AE.; Luan, JA.; Gustafsson, S.; Randall, JC.; Vedantam, S.; Workalemahu, T.; Kilpelainen, TO.; Scherag, A.; Esko, T.; Kutalik, Z.; Heid, IM. ... Loos, RJF (2014). Quality control and conduct of genome-wide association meta-analyses. Nature Protocols, 9 (5), 1192−1212.10.1038/nprot.2014.071. Tserel, Liina; Limbach, Maia; Saare, Mario; Kisand, Kai; Metspalu, Andres; Milani, Lili; Peterson, Pärt (2014). CpG sites associated with NRP1, NRXN2 and miR-29b-2 are hypomethylated in monocytes during ageing. Immunity and Ageing, 11 (1), Article Number: 1 (1-5). Evangelou, E; Kerkhof, HJ; Styrkarsdottir, U; Ntzani, EE; Bos, SD; Esko, T; Evans, DS; Metrustry, S; Panoutsopoulou, K; Ramos, YF; Thorleifsson, G; Tsilidis, KK; arcOGEN, Consortium; Arden, N; Aslam, N; Bellamy, N; Birrell, F; Blanco, FJ; Carr, A; Chapman, K ... Valdes, AM. (2014). A meta-analysis of genome-wide association studies identifies novel variants associated with osteoarthritis of the hip. Annals of the Rheumatic Diseases, 73 (12), 2130−2136.10.1136/annrheumdis-2012-203114. Wood, AR; Esko, T; Yang, J; Vedantam, S; Pers, TH; Gustafsson, S; Chu, AY; Estrada, K; Luan, J; Kutalik, Z; Amin, N; Buchkovich, ML; Croteau-Chonka, DC; Day, FR; Duan, Y14; Fall, T; Fehrmann, R; Ferreira, T; Jackson, AU; Karjalainen, J ... Frayling, TM. (2014). Defining the role of common variation in the genomic and biological architecture of adult human height. Nature Genetics, 46 (11), 1173−1186.10.1038/ng.3097. Knappskog, Stian; Gansmo, Liv B.; Dibirova, Khadizha; Metspalu, Andres; Cybulski, Cezary; Peterlongo, Paolo; Aaltonen, Lauri; Vatten, Lars; Romundstad, Pal; Hveem, Kristian; Devilee, Peter; Evans, Gareth D.; Lin, Dongxin; Van Camp, Guy; Manolopoulos, Vangelis G.; Osorio, Ana; Milani, Lili; Ozcelik, Tayfun; Zalloua, Pierre; Mouzaya, Francis ... Lonning, Per E. (2014). Population distribution and ancestry of the cancer protective MDM2 SNP285 (rs117039649). Oncotarget, 5 (18), 8223−8234. Kretschmer, A.; Moeller, G.; Lee, H.; Laumen, H.; von Toerne, C.; Schramm, K.; Prokisch, H.; Eyerich, S.; Wahl, S.; Baurecht, H.; Franke, A.; Claussnitzer, M.; Eyerich, K.; Teumer, A.; Milani, L.; Klopp, N.; Hauck, S. M.; Illig, T.; Peters, A.; Waldenberger, M. ... Weidinger, S. (2014). A common atopy-associated variant in the Th2 cytokine locus control region impacts transcriptional regulation and alters SMAD3 and SP1 binding. Allergy, 69 (5), 632−642.10.1111/all.12394. Viltrop, T.; Metsalu, T.; Tiirats, A.; Rajashekar, B.; Reimann, E.; Koks, S.; Rull, K.; Milani, L.; Vilo, J.; Maegi, R.; Metspalu, A.; Peters, M.; Haller-Kikkatalo, K.; Salumets, A. (2014). Imprinting landscape of human placenta as discovered by whole transcriptome RNA-sequencing and exome variant data analysis. Human Reproduction, 29, 72−72. 2013 Ivanov, M; Kals, M; Kacevska, M; Barragan, I; Kasuga, K; Rane, A; Metspalu, A; Milani, L; Ingelman-Sundberg, M. (2013). Ontogeny, distribution and potential roles of 5- hydroxymethylcytosine in human liver function. Genome Biology, 14 (8), R83. Westra, HJ; Peters, MJ; Esko, T; Yaghootkar, H; Schurmann, C; Kettunen, J; Christiansen, MW; Fairfax, BP; Schramm, K; Powell, JE; Zhernakova, A; Zhernakova, DV; Veldink, JH; Van den Berg, LH; Karjalainen, J; Withoff, S; Uitterlinden, AG; Hofman, A; Rivadeneira, F; 't Hoen, PA ... Franke, L. (2013). Systematic identification of trans eQTLs as putative drivers of known disease associations. Nature Genetics, 45 (10), 1238−U195.10.1038/ng.2756. Nikopensius, T; Saag, M; Jagomägi, T; Annilo, T; Kals, M; Kivistik, P.A; Milani, L; Metspalu, A. (2013). A Missense Mutation in DUSP6 is Associated with Class III Malocclusion. Journal of Dental Research, 92 (10), 893−898.10.1177/0022034513502790. Rietveld, CA; Medland, SE; Derringer, J; Yang, J; Esko, T; Martin, NW; Westra, HJ; Shakhbazov, K; Abdellaoui, A; Agrawal, A; Albrecht, E; Alizadeh, BZ; Amin, N; Barnard, J; Baumeister, SE; Benke, KS; Bielak, LF; Boatman, JA; Boyle, PA; Davies, G ... Koellinger, PD. (2013). GWAS of 126,559 Individuals Identifies Genetic Variants Associated with Educational Attainment. Science, 340 (6139), 1467−1471.10.1126/science.1235488. den Hoed, M; Eijgelsheim, M; Esko, T; Brundel, BJ; Peal, DS; Evans, DM; Nolte, IM; Segrè, AV; Holm, H; Handsaker, RE; Westra, HJ; Johnson, T; Isaacs, A; Yang, J; Lundby, A; Zhao, JH; Kim, YJ; Go, MJ; Almgren, P; Bochud, M ... Loos, RJ. (2013). Identification of heart rate- associated loci and their effects on cardiac conduction and rhythm disorders. Nature Genetics, 45 (6), 621. Berndt, SI; Gustafsson, S; Mägi, R; Ganna, A; Wheeler, E; Feitosa, MF; Justice, AE; Monda, KL; Croteau-Chonka, DC; Day, FR; Esko, T; Fall, T; Ferreira, T; Gentilini, D; Jackson, AU; Luan, J; Randall, JC; Vedantam, S; Willer, CJ; Winkler, TW ... Ingelsson, E. (2013). Genome- wide meta-analysis identifies 11 new loci for anthropometric traits and provides insights into genetic architecture. Nature Genetics, 45 (5), 501−U69.10.1038/ng.2606. Ivanov, Mart; Kals, Mart; Kacevska, Marina; Metspalu, Andres; Ingelman-Sundberg, Magnus; Milani, Lili. (2013). In-solution hybrid capture of bisulfite-converted DNA for targeted bisulfite sequencing of 174 ADME genes. Nucleic Acids Research, 2013/01/15, 1−9. Perry, JR; Corre, T; Esko, T; Chasman, DI; Fischer, K; Franceschini, N; He, C; Kutalik, Z; Mangino, M; Rose, LM; Smith, AV; Stolk, L; Sulem, P; Weedon, MN; Zhuang, WV; Arnold, A; Ashworth, A; Bergmann, S; Buring, JE; Burri, A ... Murray, A (2013). A genome-wide association study of early menopause and the combined impact of identified variants. Human Molecular Genetics, 22(7) (1), 1465−1472.10.1093/hmg/dds551. 2012 Kacevska, Marina; Ivanov, Maxim; Wyss, Annika; Kasela, Silva; Milani, Lili; Rane, Anders; Ingelman-Sundberg, Magnus (2012). DNA methylation dynamics in the hepatic CYP3A4 gene promoter. Biochimie, 94 (11), 2338−2344.10.1016/j.biochi.2012.07.013. McQuillan, R.; Eklund, N.; Pirastu, N.; Kuningas, M.; McEvoy, BP.; Esko, T.; Corre, T.; Davies, G.; Kaakinen, M.; Lyytikäinen, LP.; Kristiansson, K.; Havulinna, AS.; Gögele, M.; Vitart, V.; Tenesa, A.; Aulchenko, Y.; Hayward, C.; Johansson, A.; Boban, M.; Ulivi, S. ... on behalf of the ROHgen, Consortium. (2012). Evidence of Inbreeding Depression on Human Height. Plos Genetics, 8 (7), e1002655.10.1371/journal.pgen.1002655. Lokk, Kaie; Vooder, Tõnu; Kolde, Raivo; Välk, Kristjan; Võsa, Urmo; Roosipuu, Retlav; Milani, Lili; Fischer, Krista; Koltšina, Marina; Urgard, Egon; Annilo, Tarmo; Metspalu, Andres; Tõnisson, Neeme (2012). Methylation Markers of Early-Stage Non-Small Cell Lung Cancer. PLoS ONE, 7 (6), e39813− .10.1371/journal.pone.0039813. Nordlund, J.; Milani, L.; Lundmark, A.; Lönnerholm, G.; Syvänen, AC. (2012). DNA methylation analysis of bone marrow cells at diagnosis of acute lymphoblastic leukemia and at remission. PLoS ONE, 7 (4), e34513. Tserel, L.; Saare, M.; Kisand, K.; Milani, L.; Metspalu, A.; Peterson, P. (2012). Patterns of DNA methylation in the T-cells and monocytes from the elderly and the young. Immunology, 137, 432−433. Tõnisson, N.; Lokk, K.; Vooder, T.; Kolde, R.; Välk, K.; Roosipuu, R.; Võsa, U.; Milani, L.; Fischer, K.; Koltšina, M.; Urgard, E.; Annilo, T.; Metspalu, A. (2012). Altered DNA methylation in early-stage non-small-cell lung cancer. European Journal of Human Genetics: European Human Genetics Conference; Nürnberg, Saksamaa; 23.–26. juuni, 2012. Nature Publishing Group, 174−174. (20; Suppl 1). Kaasik, Aidula-Taie; Keis, Aime; Metspalu, Andres; Allik, Annely; Mölder, Ene; Leego, Erkki; Alavere, Helene; Lilienthal, Kadri Fischer, Krista; Leitsalu-Moynihan, Liis; Milani, Lili; Tammesoo, Mari-Liis; Väli-Täht, Maris; Leego, Merike; Hass, Merli; Tamm, Riin; Nikopensius, Tiit; Esko, Tõnu; Haller, Toomas (2012). Estonian Genome Center : 2001-2011. Tartu: University of Tartu. 2011 Metspalu, A.; Leitsalu, L.; Milani, L.; Esko, T.; Allik, A.; Lilienthal, M.-L.; Haller, T.; Kaasik, A.-T.;Nelis, M.; Hass, M.; Fischer, K.; Krjutškov, K.; Leego, E.; Alavere, H.; Perola, M. (2011). The Estonian biobank - the gateway for the stratified medicine. In: Engelbrecht, J. (_EditorsAbbr). Research in Estonia. Present and future. (283−301).. Tallinn: Estonian Academy of Sciences. 2010 Milani, L.; Lundmark, A.; Kiialainen, A.; Nordlund, J.; Flaegstad, T.; Forestier, E.; Heyman, M.; Jonmundsson, G.; Kanerva, J.; Schmiegelow, K.; Söderhäll, S.; Gustafsson, M. G.; Lönnerholm, G.; Syvänen, A. C. (2010). DNA methylation for subtype classification and prediction of treatment outcome in patients with childhood acute lymphoblastic leukemia. Blood, 115 (6), 1214−1225.10.1182/blood-2009-04-214668. 2009 Mukonzo, J. K.; Roshammar, D.; Waako, P.; Andersson, M.; Fukasawa, T.; Milani, L.; Svensson, J. O.;Ogwal-Okeng, J.;Gustafsson, L. L.;Aklillu, E. (2009). A novel polymorphism in ABCB1 gene, CYP2B6*6 and sex predict single-dose efavirenz population pharmacokinetics in Ugandans. British Journal of Clinical Pharmacology, 68, 690−699. Ghotbi R, Gomez A, Milani L, Tybring G, Syvänen A-C, Bertilsson L, Ingelman-Sundberg M, Aklillu E (2009). Allele-specific expression and gene methylation in the control of CYP1A2 mRNA level in human livers. The pharmacogenomics journal, 9 (3), 208−217.10.1038/tpj.2009.4. Milani, L.; Lundmark, A.; Nordlund, J.; Kiialainen, A.; Flaegstad, T.; Jonmundsson, G.; Kanerva, J.; Schmiegelow, K.; Gunderson, K.L.; Lönnerholm, G.; Syvänen, A-C. (2009). Allele- specific gene expression patterns in primary leukemic cells reveal regulation of gene expression by CpG site methylation. Genome Research, 19 (1), 1−11.10.1101/gr.083931.108. Milani, Lili; Syvänen, Ann-Christine. (2009). Genotyping single nucleotide polymorphisms by multiplex minisequencing using tag-arrays. In: DNA Microarrays for Biomedical Research (215−229).. Humana Press. (Methods in Molecular Biology). 2008 Schnorrer, F.; Ahlford, A.; Chen, D.; Milani, L.; Syvänen, AC. (2008). Positional cloning by fast-track SNP-mapping in Drosophila melanogaster. Nature Protocols, 3 (11), 1751−1765.10.1038/nprot.2008.175. Kristjansdottir, G.; Sandling, JK.; Bonetti, A.; Roos, IM.; Milani, L.; Wang, C.; Gustafsdottir, SM.; Sigurdsson, S.; Lundmark, A.; Tienari, PJ.; Koivisto, K.; Elovaara, I.; Pirttilä, T.; Reunanen, M.; Peltonen, L.; Saarela, J.; Hillert, J.; Olsson, T.; Landegren, U.; Alcina, A. ... Syvänen, A-C. (2008). Interferon regulatory factor 5 (IRF5) gene variants are associated with multiple sclerosis in three distinct populations. Journal of Medical Genetics, 45 (6), 362−369. Sigurdsson, S.; Goring, HH.; Kristjansdottir, G.; Milani, L.; Nordmark, G.; Sandling, JK.; Eloranta, ML.; Feng, D.; Sangster-Guity, N.; Gunnarsson, I.; Svenungsson, E.; Sturfelt, G.; Jonsen, A.; Truedsson, L.; Barnes, BJ.; Alm, G.; Rönnblom, L.; Syvänen, A-C.. (2008). Comprehensive evaluation of the genetic variants of interferon regulatory factor 5 (IRF5) reveals a novel 5 bp length polymorphism as strong risk factor for systemic lupus erythematosus. Human Molecular Genetics, 17 (6), 872−881.10.1093/hmg/ddm359. Gupta M, Milani L, Hermansson M, Simonsson B, Markevarn B, Syvänen A-C, Barbany G. (2008). Expression of BCR-ABL1 oncogene relative to ABL1 gene changes overtime in chronic myeloid leukemia. Biochemical and Biophysical Research Communications, 366 (3), 848−851.10.1016/j.bbrc.2007.12.029. 2007 Dideberg, V; Kristjansdottir, G; Milani, L; Libioulle, C; Sigurdsson, S; Louis, E; Wiman, AC; Vermeire, S; Rutgeerts, P; Belaiche, J; Franchimont, D; Van Gossum, A; Bours, V; Syvänen, A- C. (2007). An insertion-deletion polymorphism in the interferon regulatory Factor 5 (IRF5) gene confers risk of inflammatory bowel diseases. Human Molecular Genetics, 16 (24), 3008−3016.10.1093/hmg/ddm259. Milani L, Gupta M, Andersen M, Dhar S, Fryknäs M, Isaksson A, Larsson R, Syvänen A-C. (2007). Allelic imbalance in gene expression as a guide to cis-acting regulatory single nucleotide polymorphisms in cancer cells. Nucleic Acids Research, 35, e34−e34.10.1093/nar/gkl1152. 2006 Milani L, Fredriksson M, Syvänen A-C. (2006). Detection of alternatively spliced transcripts in leukemia cell lines by minisequencing on microarrays. Clinical Chemistry, 52, 202−211.10.1373/clinchem.2005.062042. Tööstusomand Patentne leiutis: Marker BMP5 geenis SSRI klassi ravimite toimet ennustava tegurina; Omanikud: Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu; Autorid: Anu Tammiste, Lili Azin Milani, Krista Fischer, Tõnu Esko, Kristi Pettai, Kaarel Krjutškov, Reedik Mägi, Merike Leego, Eduard Maron, Andres Metspalu; Prioriteedi number: US61/546.607; Prioriteedi kuupäev: 13.10.2011.  Ene Reimann Researcher ID M-9912-2017 ORCID 0000-0002-5410-4433 E-post [email protected] Töökohad ja ametid 01.07.2019–... Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut, ortogenoomika teadur (1,00) 01.02.2017– Tartu Ülikool, Meditsiiniteaduste valdkond, bio- ja siirdemeditsiini 30.06.2019 instituut, kliinilise genoomika ja personaalmeditsiini teadur (1,00) 01.01.2016– Tartu Ülikool, Meditsiiniteaduste valdkond, bio- ja siirdemeditsiini 31.12.2016 instituut, laborijuhataja 01.01.2016– Tartu Ülikool, Meditsiiniteaduste valdkond, bio- ja siirdemeditsiini 31.12.2016 instituut, patofüsioloogia teadur (1,00) 13.02.2014– Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Biomeditsiini instituut, 31.12.2015 patofüsioloogia teadur (1,00) 01.02.2014– Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Bio- ja siirdemeditsiini instituut, 31.12.2016 patofüsioloogia osakond, teadur (1,00) 01.02.2014– Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Bio- ja siirdemeditsiini instituut, 31.12.2016 Kliinilise Genoomika Tuumiklabor, juhataja (1,00) 01.01.2014– Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Biomeditsiini instituut, 31.12.2015 laborijuhataja 01.01.2014– Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Biomeditsiini instituut, 12.02.2014 patofüsioloogia teadur (1,00) 21.11.2013– Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Biomeditsiini instituut, juhataja 31.12.2013 21.05.2013– Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Biomeditsiini instituut, juhataja 20.11.2013 01.01.2013– Eesti Maaülikool, Veterinaarmeditsiini ja loomakasvatuse instituut, 31.12.2016 sigimisbioloogia osakond, genoomika teadur (0,50) 16.03.2011– Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Füsioloogia instituut, juhataja 20.05.2013 01.03.2011– Eesti Maaülikool, Veterinaarmeditsiini ja loomakasvatuse instituut, 31.12.2012 sigimisbioloogia osakond, geenitehnoloogia peaspetsialist (0,50) 2011–31.01.2014 Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Füsioloogia instituut, Kliinilise  Genoomika Tuumiklabori juhataja (1,00) 01.01.2010– Tervisetehnoloogiate Arenduskeskus AS (endine 31.08.2015 Reproduktiivmeditsiini TAK AS) , Teadur (0,25) 01.04.2009– Eesti Maaülikool, Veterinaarmeditsiini ja loomakasvatuse instituut, 30.09.2009 sigimisbioloogia osakond, peaspetsialist (0,50) 01.02.2009– Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Nahahaiguste kliinik, Teadur 31.01.2014 (1,00) 01.02.2009– Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Nahahaiguste kliinik, spetsialist 31.12.2013 (1,00) 01.06.2007– Asper Biotech AS, Teadur (1,00) 31.01.2009 01.02.2007– Asper Biotech AS, laborant (1,00) 31.05.2007 Haridustee 2008–2012 Tartu Ülikool 2002–2007 Tartu Ülikool Lisainfo Liige ühingus "European Orthopaedic Research Society" Juhtkomitee liige - COST Action “Correlated Multimodal Imaging in Life Sciences” Juhtkomitee liige - COST Action” GEnomics of MusculoSkeletal traits TranslatiOnal Network” Liige - Eesti Inimesegeneetika Ühing Teaduskraadid Ene Reimann, doktorikraad, 2012, (juh) Külli Kingo; Sulev Kõks, Description of the cytokines and cutaneous neuroendocrine system in the development of vitiligo (Tsütokiinide ja neuroendokriinse süsteemi osalemine vitiliigo patogeneesis), Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Füsioloogia instituut. Ene Reimann, magistrikraad, 2007, (juh) Riho Teras; Külli Kingo; Sulev Kõks, Vitiliigo seosed interleukiin-10 perekonna tsütokiinide ning retseptorite alaühikute IL-10Ra ja IL- 10Rb mRNA ekspressiooniga, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond. Teaduspreemiad ja tunnustused 2019 Marie Sklodowska-Curie Actions individuaalse stipendiumi taotluse autasu "the  Marie Sklodowska-Curie Actions Seal of Excellence" 2006 Artur Linnu stipendium 2006 Eesti Üliõpilaste Toetusfond USA-s stipendium Teadustöö põhisuunad ETIS KLASSIFIKAATOR: 1. Bio- ja keskkonnateadused; 1.3. Geneetika; CERCS KLASSIFIKAATOR: B220 Geneetika, tsütogeneetika ETIS KLASSIFIKAATOR: 3. Terviseuuringud; 3.11. Terviseuuringutega seotud uuringud, näiteks biokeemia, geneetika, mikrobioloogia, biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika ja bioinformaatika; CERCS KLASSIFIKAATOR: B790 Kliiniline geneetika Jooksvad projektid • SMVBS16113T "Siirdegenoomika ja personaalmeditsiini ERA õppetool (1.01.2016−30.06.2020)", Kalju Paju, Tartu Ülikool, Meditsiiniteaduste valdkond, bio- ja siirdemeditsiini instituut. • MARBS15036R "Siirdegenoomika ja personaalmeditsiini õppetool (1.07.2015−30.06.2020)", Sulev Kõks, Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Bio- ja siirdemeditsiini instituut, Tartu Ülikool, Meditsiiniteaduste valdkond, bio- ja siirdemeditsiini instituut. • IUT20-46 "Luu- ja lihaspatoloogiate siirdeuuringud (1.01.2014−31.12.2019)", Aare Märtson, Tartu Ülikool, Meditsiiniteaduste valdkond, bio- ja siirdemeditsiini instituut. • PUT1160 (PUT1160) "Humaniinid - uued võimalused kardiovaskulaarsüsteemi haiguste ravis (1.01.2016−31.12.2019)", Joel Starkopf, Tartu Ülikool, Meditsiiniteaduste valdkond, kliinilise meditsiini instituut. • SMVBS16321 "Mapping the biomarkers: comprehensive evaluation of pathophysiology and nutraceutical intervention for improved knee Osteoarthritis (1.11.2016−31.10.2019)", Aare Märtson, Tartu Ülikool, Meditsiiniteaduste valdkond, bio- ja siirdemeditsiini instituut. Lõppenud projektid • P170052VLBS "Teadusteema "Süsteemibioloogiliste meetodite arendamine kaasaegsetes loomakasvatuslikes alusuuringutes kasutamiseks" (1.01.2017−31.12.2018)", Sulev Kõks, Eesti Maaülikool, veterinaarmeditsiini ja loomakasvatuse instituut. • MARTO13136R "HypOrth - Uus lähenemine hüpoallergilise implantaadi materjali arendamiseks ortopeedias. Sammud personaalse meditsiini suunas (1.08.2013−31.07.2018)", Aare Märtson, Sulev Kõks, Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Traumatoloogia ja ortopeedia kliinik, Tartu Ülikool, Meditsiiniteaduste valdkond, kliinilise meditsiini instituut. • PUT177 "VITILIIGO PATOGENEESI MOLEKULAARSED MEHHANISMID, T- RAKKUDE ROLL VITILIIGO PATOGENEESIS. (1.01.2013−31.12.2016)", Külli Kingo, Tartu Ülikool, Meditsiiniteaduste valdkond, kliinilise meditsiini instituut. • SARMP13001T "Interleukiinid psoriaasi diagnostikas (1.09.2012−31.08.2015)", Pärt Peterson, Tartu Ülikool. • 8-2/T12158VLBS "Efektiivsete reproduktiivtehnoloogiate väljatöötamine veiste jätkusuutlikuks aretustööks (1.10.2012−31.08.2015)", Ülle Jaakma, Eesti Maaülikool, Eesti Maaülikool, Veterinaarmeditsiini ja loomakasvatuse instituut. • SARFS12124T "Eesti ja Vietnami koostöö meditsiiniteaduste valdkonnas (1.05.2012−31.08.2015)", Sulev Kõks, Tartu Ülikool. • SARFS12025T "EATRISe liikmelisus (1.11.2012−31.08.2015)", Eero Vasar, Tartu Ülikool. • 3.2.1001.11- 0017 "Parkinsoni tõve epidemioloogia ja molekulaarne patogenees (1.01.2012−30.06.2015)", Pille Taba, Eesti Liigutushäirete Selts. • SF0180148s08 (SF0180148s08) "Uued sihtmärgid emotsionaalse käitumise regulatsioonis ja nende tähendus psühhiaatrilistes häiretes (1.01.2008−31.12.2013)", Eero Vasar, Tartu Ülikool, Arstiteaduskond. • SF0180043s07 (SF0180043s07) "Krooniliste dermatooside patogeneesi molekulaarsed mehhanismid (1.01.2007−31.12.2012)", Helgi Silm, Tartu Ülikool, Arstiteaduskond. • SARFS_2012 "Endokrinoloogiline profiil treeningu tulemuse ja efektiivsuse hindamiseks (1.04.2012−31.12.2012)", Ene Reimann, Tartu Ülikool. • ETF7479 "Wfs1 valgu (volframiini) funktsioon – molekulaarne ja süsteemibioloogiline lähenemine (1.01.2008−31.12.2011)", Sulev Kõks, Tartu Ülikool, Arstiteaduskond. • ETF7549 "Adipokiinide ja neuropeptiidide tähtsus psoriaasi patogeneesis (1.01.2008−31.12.2011)", Sirje Kaur, Tartu Ülikool, Arstiteaduskond. • ETF6576 (ETF6576) "Interleukiin-10 perekonna tsütokiinide geenide polümorfismide seosed vitiliigoga (1.01.2006−31.12.2009)", Külli Kingo, Tartu Ülikool, Tartu Ülikool, Arstiteaduskond. • SF0182128s02 (SF0182128s02) "Naha- ja suguhaiguste patogeneesi molekulaarsed mehhanismid ja epidemioloogilised aspektid Eestis (1.01.2002−31.12.2006)", Helgi Silm, Tartu Ülikool, Arstiteaduskond. Juhendamisel väitekirjad • Andreas-Christian Hade, doktorant, (juh) Marika Väli; Sulev Kõks; Ene Reimann, Substance abuse related molecular biologic changes in the human brain (Alkoholi ägedast ja kroonilisest ning narkootiliste ainete toimest põhjustatud molekulaarbioloogilised muutused peaajus), Tartu Ülikool, Meditsiiniteaduste valdkond, bio- ja siirdemeditsiini instituut. Juhendatud väitekirjad • Siiri Sarv, magistrikraad, 2014, (juh) Riho Teras; Ene Reimann, MikroRNAde ekspressiooni muutuste tuvastamine vitiliigohaigete perifeerse vere mononukleaarsetes rakkudes, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Geneetika õppetool. • Mika Petteri Asikainen, magistrikraad, 2012, (juh) Ülle Jaakma; Ene Reimann; Rutt Lilleoja, RNA purifying and gene expression analysis from fresh and frozen bovine blastocyst embryos (RNA eraldamine ja geeni ekspressiooni analüüs värsketest ja külmutatutest veise blastotsüsti staadiumi embrüotest), Eesti Maaülikool. Publikatsioonid 2019 Traks, Tanel; Keermann, Maris; Karelson, Maire; Rätsep, Ranno; Reimann, Ene; Silm, Helgi; Vasar, Eero; Kõks, Sulev; Kingo, Külli (2019). Polymorphisms in Corticotrophin-releasing Hormone- proopiomelanocortin (CRH-POMC) System Genes are Associated with Plaque Psoriasis. Acta dermato- venereologica.10.2340/00015555-3137. Billingsley, Kimberley J.; Lättekivi, Freddy; Planken, Anu; Reimann, Ene; Kurvits, Lille; Kadastik- Eerme, Liis; Kasterpalu, Kristjan M.; Bubb, Vivien J.; Quinn, John P.; Kõks, Sulev; Taba, Pille (2019). Analysis of repetitive element expression in the blood and skin of patients with Parkinson’s disease identifies differential expression of satellite elements. Scientific Reports, 9 (1), 1.10.1038/s41598-019- 40869-z. Lille Kurvits , Ene Reimann, Liis Kadastik-Eerme, Laura Truu, Külli Kingo, Triin Erm, Sulev Kõks, Pille Taba, Anu Planken (2019). Serum amyloid alpha is downregulated in peripheral tissues of Parkinson’s disease patients. Frontiers in Neuroscience.10.3389/fnins.2019.00013 [ilmumas]. Zhytnik, L; Maasalu, K;, Duy, BH; Pashenko, A; Khmyzov, S; Reimann, E; Prans, E; Kõks, S; Märtson, A. (2019). De novo and inherited pathogenic variants in collagen-related osteogenesis imperfecta. Molecular Genetics and Genomic Medicine, 1−11.10.1002/mgg3.559. Reimann, Ene; Lättekivi, Freddy; Keermann, Maris; Abram, Kristi; Kõks, Sulev; Kingo, Külli; Fazeli, Alireza (2019). Multicomponent Biomarker Approach Improves the Accuracy of Diagnostic Biomarkers for Psoriasis Vulgaris. Acta dermato-venereologica.10.2340/00015555-3337 [ilmumas]. Traks, T; Keermann, M; Karelson, M; Rätsep, R; Reimann, E; Silm, H; Vasar, E; Kõks, S; Kingo, K (2019). Polymorphisms in melanocortin system and MYG1 genes are associated with vitiligo. Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV, 33 (2), e65−e67.10.1111/jdv.15195. 2018 Jaakson, H.; Karis, P.; Ling, K.; Ilves-Luht, A.; Samarütel, J.; Henno, M.; Jõudu, I.; Waldmann, A.; Reimann, E.; Pärn, P.; Bruckmaier, R. M.; Gross, J. J.; Kaart, T.; Kass, M.; Ots, M. (2018). Adipose tissue insulin receptor and glucose transporter 4 expression, and blood glucose and insulin responses during glucose tolerance tests in transition Holstein cows with different body condition. Journal of Dairy Science, 101 (1), 752−766.10.3168/jds.2017-12877. Ivask, Marilin; Pajusalu, Sander; Reimann, Ene; Kõks, Sulev (2018). Hippocampus and Hypothalamus RNA-sequencing of WFS1-deficient Mice. Neuroscience, 374, 91−103.10.1016/j.neuroscience.2018.01.039. Lattekivi, Freddy; Kõks, Sulev; Keermann, Maris; Reimann, Ene; Prans, Ele; Abram, Kristi; Silm, Helgi; Kõks, Gea; Kingo, Külli (2018). Transcriptional landscape of human endogenous retroviruses (HERVs) and other repetitive elements in psoriatic skin. Scientific Reports, 8, ARTN 4358.10.1038/s41598-018- 22734-7. Blunder, Stefan; Kõks, Sulev; Kõks, Gea; Reimann, Ene; Hackl, Hubert; Gruber, Robert; Moosbrugger- Martinz, Verena; Schmuth, Matthias; Dubrac, Sandrine (2018). Enhanced Expression of Genes Related to Xenobiotic Metabolism in the Skin of Patients with Atopic Dermatitis but Not with Ichthyosis Vulgaris. The Journal of Investigative Dermatology, 138 (1), 98−108.10.1016/j.jid.2017.08.036. Kurvits L, Taba P, Planken A, Kadastik-Eerme L, Reimann E, Kõks S, Kingo K (2018). Parkinson’s disease as a multisystem disorder: whole transcriptome study in Parkinson’s disease patients’ skin and blood – finding the pathomechanistic link. European Journal of Neurology, 25 (Suppl2), 126. Karis, P.; Jaakson, H.; Ling, K.; Samarütel, J.; Waldmann, A.; Pärn, P.; Bruckmaier, R. M.; Gross, J. J.; Reimann, E.; Runin, M.; Henno, M.; Ots, M. (2018). Expression of lipid metabolism related genes in adipose tissue of transition Holstein cows with different body condition. Proceedings of the 10th International Symposium on the Nutrition of Herbivores, 9: 10th International Symposium on the Nutrition of Herbivores, Clermont-Ferrand, September 2-6, 2018. Ed. Baumont, René; Silberberg, Mathieu; Cassar- Malek, Isabelle. Advances in Animal Biosciences: Cambridge University Press,.10.1017/S2040470018000146. 2017 Ho Duy Binh; Maasalu, K; Dung, VC; Ngoc, CT; Hung, TT; Nam, TV; Nhan, LN; Prans, E; Reimann, E; Zhytnik, L; Kõks, S; Märtson, A (2017). The clinical features of osteogenesis imperfecta in Vietnam. International Orthopaedics, 41 (1, Int Orthop. 2016 Nov 2), 21−29.10.1007/s00264-016-3315-z. Maasalu, Katre; Laius, Ott; Zhytnik, Lidiia; Kõks, Sulev; Prans, Ele; Reimann, Ene; Märtson, Aare (2017). Transcriptional landscape analysis identifies differently expressed genes involved in follicle- stimulating hormone induced postmenopausal osteoporosis. Experimental Biology and Medicine, 242 (2), 203−2013.10.1177/1535370216679899. Kõks, Sulev; Keermann, Maris; Reimann, Ene; Prans, Ele; Abram, Kristi; Silm, Helgi; Kõks, Gea; Kingo, Kulli (2017). Psoriasis-Specific RNA Isoforms Identified by RNA-Seq Analysis of 173,446 Transcripts. Frontiers in Medicine, 3, 46.10.3389/fmed.2016.00046. Planken, A.; Kurvits, L.; Reimann, E.; Kadastik-Eerme, L.; Kingo, K.; Kõks, S.; Taba, P.; (2017). Looking beyond the brain to improve the pathogenic understanding of Parkinson's disease: Implications of whole transcriptome profiling of Patients' skin. BMC Neurology, 17 (6), 6−6.10.1186/s12883-016-0784-z. Ho, Xuan D.; Nguyen, Hoang G.; Trinh, Le H.; Reimann, Ene; Prans, Ele; Koks, Gea; Maasalu, Katre; Le, Van Q.; Nguyen, Van H.; Le, Nghi T. N.; Phuong Phung; Martson, Aare; Lattekivi, Freddy; Koks, Sulev (2017). Analysis of the Expression of Repetitive DNA Elements in Osteosarcoma. Frontiers in Genetics, 8, ARTN 193.10.3389/fgene.2017.00193. Ho, Xuan Dung; Phung, Phuong; Q Le, Van; H Nguyen, Van; Reimann, Ene; Prans, Ele; Kõks, Gea; Maasalu, Katre; Le, Nghi Tn; H Trinh, Le; G Nguyen, Hoang; Märtson, Aare; Kõks, Sulev (2017). Whole transcriptome analysis identifies differentially regulated networks between osteosarcoma and normal bone samples. Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.), 242 (18), 1802−1811.10.1177/1535370217736512. Zhytnik, L.; Maasalu, K.; Reimann, E.; Prans, E.; Kõks, S.; Märtson, A. (2017). Mutational analysis of COL1A1 and COL1A2 genes among Estonian osteogenesis imperfecta patients. Human Genomics, 11 (1), artikkel nr 19.10.1186/s40246-017-0115-5. Karis, P.; Jaakson, H.; Ling, K.; Ilves-Luht, A.; Samarütel, J.; Valdmann, A.; Reimann, E.; Pärn, P.; Bruckmaier, R.M.; Gross, J.J.; Kaart, T.; Ots, M. (2017). Insuliini retseptori ja glükoosi transporter 4 avaldumine eesti holsteini tõugu lehmade rasvkoes sõltuvalt kinnisperioodi toitumushindest. Terve loom ja tervislik toit: "Terve loom ja tervislik toit 2017", 1.-2. märts, Tartu. Toim. Kass, Marko. Tartu: Ecoprint, 126−128. Lattekivi, F.; Reimann, E.; Keermann, M.; Abram, K.; Koks, S.; Kingo, K.; Fazeli, A. (2017). Multicomponent biomarkers: a novel method for accurate diagnosis of psoriasis. British Journal of Dermatology, 177 (5), E294−E295. Reemann, Paula; Reimann, Ene; Ilmjärv, Sten; Porosaar, Orm; Silm, Helgi; Jaks, Viljar; Vasar, Eero; Kingo, Külli; Kõks, Sulev (2017). Correction: Melanocytes in the Skin - Comparative Whole Transcriptome Analysis of Main Skin Cell Types. PLOS ONE, 12 (3), e0173792−e0173792.10.1371/journal.pone.0173792. 2016 Traks, Tanel; Karelson, Maire; Reimann, Ene; Rätsep, Ranno; Silm, Helgi; Vasar, Eero; Kõks, Sulev; Kingo, Külli (2016). Association analysis of class II cytokine and receptor genes in vitiligo patients. Human Immunology, 77 (5), 375−381.10.1016/j.humimm.2015.09.050. Binh Ho Duy; Zhytnik, Lidiia; Maasalu, Katre; Kandla, Ivo; Prans, Ele; Reimann, Ene; Martson, Aare; Koks, Sulev (2016). Mutation analysis of the COL1A1 and COL1A2 genes in Vietnamese patients with osteogenesis imperfecta. Human Genomics, 10 (27), 1−7.10.1186/s40246-016-0083-1. Tiirats, Airi; Viltrop, Triin; Nõukas, Margit; Reimann, Ene; Salumets, Andres; Kõks, Sulev (2016). C14orf132 gene is possibly related to extremely low birth weight. BMC Genetics, 17 (1), 132−132.10.1186/s12863-016-0439-5. Reimann, E; Kingo, K; Karelson, M; Reemann, P; Vasar, E; Silm, H; Kõks, S (2016). Whole Transcriptome Analysis (RNA Sequencing) of Peripheral Blood Mononuclear Cells of Vitiligo Patients. Dermatopathology (Basel, Switzerland), 1 (1), 11−23.10.1159/000357402. Jaakson, Hanno; Karis, Priit; Ling, Katri; Samarütel, Jaak; Ilves-Luht, Aire; Reimann, Ene; Pärn, Pille; Bruckmaier, Rupert; Gross, Jospef; Ots, Meelis (2016). Adipose tissue INSR and GLUT4 expression with reference to body condition score in Holstein cows. 16th International Conference on Production Diseases in Farm Animals – Book of abstracts: 16th International Conference on Production Diseases in Farm Animals, Wageningen, the Netherlands 20-23 June 2016. Wageningen Academic Publishers, 108−108.10.3920/978-90-8686-831-5. Koks, Sulev; Reimann, Ene; Maasalu, Katre; Koks, Gea; Xuan, Dung Ho; Prans, Ele; Martson, Aare (2016). Whole transcriptome analysis of osteosarcoma. The FASEB Journal, 30 (1), 515.6−515.6. 2015 Kõks, Gea; Uudelepp, Mari-Liis; Limbach, Maia; Peterson, Pärt; Reimann, Ene; Kõks, Sulev (2015). Smoking-Induced Expression of the GPR15 Gene Indicates Its Potential Role in the Chronic Inflammatory Pathologies. The American journal of pathology, 185 (11), 2898−2906.10.1016/j.ajpath.2015.07.006. Keermann, Maris; Kõks, Sulev; Reimann, Ene; Abram, Kristi; Erm, Triin; Silm, Helgi; Kingo, Külli (2015). Expression of IL-36 family cytokines and IL-37 but not IL-38 is altered in psoriatic skin. Journal of Dermatological Science, 80 (2), 150−152.10.1016/j.jdermsci.2015.08.002. Rakitin, Aleksei; Kõks, Sulev; Reimann, Ene; Prans, Ele; Haldre, Sulev (2015). Changes in the Peripheral Blood Gene Expression Profile Induced by 3 Months of Valproate Treatment in Patients with Newly Diagnosed Epilepsy. Frontiers in Neurology, 6, 188−188.10.3389/fneur.2015.00188. Traks T, Keermann M, Karelson M, Rätsep R, Reimann E, Silm H, Vasar E, Kõks S, Kingo K. (2015). Polymorphisms in Toll-like receptor genes are associated with vitiligo. Frontiers in Genetics, 6, x −x.10.3389/fgene.2015.00278. Karu I, Tahepold P, Ruusalepp A, Reimann E, Koks S, Starkopf J. (2015). Exposure to sixty minutes of hyperoxia upregulates myocardial humanins in patients with coronary artery disease - a pilot study. Journal of Physiology and Pharmacology, 899−906. Maasalu, K; Laius, O; Zhytnik, L; Koks, S; Prans, E; Reimann, E; Maertson, A (2015). POTENTIAL OSTEOPOROSIS MRNA BIOMARKERS DISCOVERED IN TRANSCRIPTOME STUDY OF ESTONIAN POSTMENOPAUSAL FEMALE PATIENTS. Osteoporosis International, 26, S305−S306. 2014 Reimann, Ene; Kõks, Sulev; Ho, Xuan; Maasalu, Katre; Märtson, Aare (2014). Whole exome sequencing of a single osteosarcoma case - integrative analysis with whole transcriptome RNA-seq data. Human Genomics, 8 (20), 20.10.1186/s40246-014-0020-0. Koks, S.; Reimann, E.; Lilleoja, R.; Lättekivi, F.; Salumets, A.; Reemann, P.; Jaakma, Ü. (2014). Sequencing and annotated analysis of full genome of Holstein breed bull. Mammalian genome, 25, 363−373.10.1007/s00335-014-9511-5. Metsalu, Tauno; Viltrop, Triin; Tiirats, Airi; Rajashekar, Balaji; Reimann, Ene; Kõks, Sulev; Rull, Kristiina; Milani, Lili; Acharya, Ganesh; Basnet, Purusotam; Vilo, Jaak; Mägi, Reedik; Metspalu, Andres; Peters, Maire; Haller-Kikkatalo, Kadri; Salumets, Andres (2014). Using RNA sequencing for identifying gene imprinting and random monoallelic expression in human placenta. Epigenetics, 9 (10), 1397−1409.10.4161/15592294.2014.970052. Reemann, P.; Reimann, E.; Ilmjärv, S.; Porosaar, O.; Silm, H.; Jaks, V.; Vasar, E.; Kingo, K.; Kõks, S. (2014). Melanocytes in the skin - comparative whole transcriptome analysis of main skin cell types. PLOS ONE, 9 (12), e115717.10.1371/journal.pone.0115717. Reemann, P.; Reimann, E.; Suutre, S.; Paavo, M.; Loite, U.; Porosaar, O.; Abram, K.; Silm, H; Vasar, E.; Kõks, S.; Kingo, K. (2014). Expression of Class II Cytokine Genes in Children's Skin. Acta Dermato- Venereologica, 94 (4), 386−392.10.2340/00015555-1717. Reimann, Ene; Kingo, Külli; Karelson, Maire; Reemann, Paula; Vasar, Eero; Silm, Helgi; Kõks, Sulev (2014). Whole Transcriptome Analysis (RNA Sequencing) of Peripheral Blood Mononuclear Cells of Vitiligo Patients. Dermatopathology, 1 (1), 11−23.10.1159/000357402. Planken, A.; Kadastik-Eerme, L.; Kurvits, L.; Reimann, E.; Kõks, S.; Taba, P. (2014). Transcriptomic profiling of Parkinson´s disease patients skin. Parkinsonism and Related Disorders, 20, 66−66. Kurvits, L.; Kasterpalu, KM.; Taba, P.; Planken, A.; Reimann, E.; Kõks, S. (2014). Parkinsoni tõbi ja nahk - geeniekspressiooni uuring. Eesti Arst, 93, 15. Planken, A.; Kadastik-Eerme, L.; Kurvits, L.; Reimann, E.; Kõks, S.; Taba, P. (2014). Transcriptomic profiling of Parkinson´s disease patients skin. Parkinsonism and Related Disorders, 20: XX World Congress on Parkinson’s Disease and Related Disorders, 8-11.12.2013, Geneva, Switzerland. Ed. R.F. Pfeiffer, Z.K. Wszolek. ELSEVIER, 66−66. Sulev Koks (2014). Planken, A.; Kadastik-Eerme, L.; Kurvits, L.; Reimann, E.; Kõks, S.; Taba, P. (2014). Transcriptomic profiling of Parkinson´s disease patients skin. Parkinsonism and Related Disorders, 20, 66−66. Parkinsonism and Related Disorders, 20, 66−66. 2013 Kõks, S.; Lilleoja, R.; Reimann, E.; Salumets, A.; Reemann, P.; Jaakma, Ü. (2013). Sequencing and annotated analysis of the Holstein cow genome. Mammalian genome, 24, 309−321.10.1007/s00335-013- 9464-0. Loite, U; Kingo, K; Reimann, E; Reemann, P; Vasar, E; Silm, H; Kõks, S. (2013). Gene Expression Analysis of the Corticotrophin-releasing Hormone-proopiomelanocortin System in Psoriasis Skin Biopsies. Acta Dermato-Venereologica, 93 (4), 400−405.10.2340/00015555-1524. Märtson, Aare; Kõks, Sulev; Reimann, Ene; Prans, Ele; Erm, Triin; Maasalu, Katre (2013). Transcriptome analysis of osteosarcoma identifies suppression of wnt pathway and up-regulation of adiponectin as potential biomarker. Genomics Discovery, 1−9.10.7243/2052-7993-1-3. Planken, Anu; Kadastik-Eerme, Liis; Kurvits, Lille; Reimann, Ene; Kõks, Sulev; Taba, Pille. (2013). Transcriptomic profiling of skin from Parkinson´s Disease patients. XX World Congress on Parkinson’s Disease and Related Disorders; Geneva, Swizerland; 8-11 december2013. Plass, Dietrich; Mangen, Marie-Josée; Havelaar, Arie H; Gibbons, Cheryl; Haagsma, Juanita; Jahn, Beate; Lai, Taavi; van Lier, Alies; Longhi, Silvia; McDonald, Scott A; Kraemer, Alexander; Kramarz, Piotr; Cassini, Alessandro; Kretzschmar, Mirjam E. (2013). The incidence-based and pathogen-based disability- adjusted life-years approach for measuring infectious disease burden in Europe: the Burden of Communicable Diseases in Europe (BCoDE) project. LANCET, 381: 3rd Global Health Metrics and Evaluation Conference, Seattle, WA, JUN 17-19, 2013. Elsevier, S114.10.1016/S0140-6736(13)61368-9. Planken, Anu; Kadastik-Eerme, Liis; Kurvits, Lille; Rinken, Siim; Pilv, Jaagup; Reimann, Ene; Kingo, Külli; Kõks, Sulev; Taba, Pille. (2013). Gene expression in skin of Parkinson's disease patients. Movement Disorders, 28 (S1): The MDS 17th International Congress of Parkinson's Disease and Movement Disorders, 16.-20.06.2013, Sydney, Australia. Wiley-Blackwell, S376−S377. 2012 Lilleoja, Rutt; Sarapik, Aili; Reimann, Ene; Reemann, Paula; Jaakma, Ülle; Vasar, Eero; Kõks, Sulev (2012). Sequencing and annotated analysis of an Estonian human genome. Gene, 493 (1), 69−76.10.1016/j.gene.2011.11.022. Douroudis, K.; Kingo, K.; Traks, T.; Reimann, E.; Raud, K.; Rätsep, R.; Mössner, R.; Silm, H.; Vasar, E.; Kõks, S. (2012). Polymorphisms in the ATG16L1 Gene are Associated with Psoriasis Vulgaris. Acta Dermato-Venereologica, 92 (1), 85−87.10.2340/00015555-1183. Reimann, E.; Kingo, K.; Karelson, M.; Reemann, P.; Loite, U.; Sulakatko, H.; Keermann, M.; Raud, K.; Abram, K.; Vasar, E.; Silm, H.; Kõks, S. (2012). The mRNA expression profile of cytokines connected to the regulation of melanocyte functioning in vitiligo skin biopsy samples and peripheral blood mononuclear cells. Human Immunology, 73 (4), 393−398.10.1016/j.humimm.2012.01.011. Reimann, E.; Kingo, K.; Karelson, M.; Reemann, P.; Loite, U.; Keermann, M.; Abram, K.; Vasar, E.; Silm, H.; Kõks, S. (2012). Expression profile of genes associated with the dopamine pathway in vitiligo skin biopsies and blood sera. Dermatology, 224 (2), 168−176.10.1159/000338023. 2011 Douroudis, K.; Kingo, K.; Karelson, M.; Silm, H.; Reimann, E.; Traks, T.; Vasar, E.; Kõks, S. (2011). The PRO2268 gene as a novel susceptibility locus for vitiligo. Acta Dermato-Venereologica, 91 (2), 189−191.10.2340/00015555-0999. 2010 Douroudis, K.; Kingo, K.; Silm, H.; Reimann, E.; Traks, T.; Vasar, E.; Kõks, S. (2010). The CD226 Gly307Ser gene polymorphism is associated with severity of psoriasis. Journal of Dermatological Science, 58, 160−161. Kõks, Sulev; Kingo, Külli; Mössner, Rotraut; Rätsep, Ranno; Krüger, Ullrich; Silm, Helgi; Vasar, Eero; Reich, Kristian; Raud, Kristi; Traks, Tanel; Reimann, Ene (2010). Further association analysis of chr 6q22-24 suggests a role of IL-20RA polymorphisms in psoriasis. Journal of Dermatological Science, 57 (1), 71−73.10.1016/j.jdermsci.2009.10.007. Kingo, K.; Reimann, E.; Karelson, M.; Rätsep, R.; Raud, K.; Vasar, E.; Silm, H.; Kõks, S. (2010). Association analysis of genes of the IL19 cluster and their receptors in vitiligo patients. Dermatology, 221 (3, 10), 261−266. Reimann, E.; Kingo, K.; Karelson, M.; Salum, T.; Aunin, E.; Reemann, P.; Abram, K.; Vasar, E.; Silm, H.; Kõks, S. (2010). Analysis of the expression profile of CRH-POMC system genes in vitiligo skin biopsies. Journal of Dermatological Science, 60 (2), 125−128. Philips, M-A; Kingo, K; Karelson, M; Rätsep, R; Aunin, E; Reimann, E; Reemann, P; Porosaar, O; Vikeså, J; Nielsen, F; Vasar, E; Silm, H; Kõks, S. (2010). Promoter polymorphism -119C/G in MYG1 (C12orf10) gene is related to vitiligo susceptibility and Arg4Gln affects mitochondrial entrance of Myg1. BMC Medical Genetics, 56.10.1186/1471-2350-11-56. Reimann, E.; Reemann, P.; Lilleoja, R.; Jaakma, Ü.; Kingo, K.; Vasar, E.; Silm, H.; Kõks, S. (2010). Whole transcriptome RNA-Seq of human dermal fibroblasts using SOLiD system. CRG Symposium: "Medical Genome Sequencing: Understanding the Genomes of Disease", Barcelona, Spain, 28.- 29.10.2010. 2009 Kingo, K.; Karelson, M.; Reimann, E.; Rätsep, R.; Vasar, E.; Silm, H.; Kõks, S. (2009). Association analysis of genes of IL19 cluster and their receptors in vitiligo patients. 18th Congress of the European Academy of Dermatology and Venereology (EADV); Berlin, Germany; 7-11 Oct 2009. 2008 Rätsep, R.; Kingo, K.; Karelson, M.; Reimann, E.; Raud, K.; Silm, H.; Vasar, E.; Kõks, S. (2008). Gene expression study of IL10 family genes in vitiligo skin biopsies, peripheral blood mononuclear cells and sera. British Journal of Dermatology, 159 (6), 1275−1281.10.1111/j.1365-2133.2008.08785.x. 0 Reimann, E.; Kingo, K.; Karelson, M.; Silm, H.; Aunin, E.; Raud, K.; Vasar, E.; Kõks, S. (0). Gene expression study of CRH-POMC system including endogenous opioids in vitiligo skin biopsies and peripheral blood mononuclear cells. Perspectives in Neuroimmunology; Tartu; October 26-28, 2009. Tööstusomand Invention: A method of producing biotechnological drugs using transgenic bovine; Owners: Competence Centre on Health Technologies; Authors: Sulev Kõks, Mario Plaas, Pille Pärn, Marilin Ivask, Monika Nõmm, Jevgeni Kurõkin, Riho Meier, Ülle Jaakma, Ene Reimann, Rutt Lilleoja, Aili Tagoma; Priority number: 14193488.5; Priority date: 17.11.2014.  Steven Smit Sünniaeg 14.07.1987 Telefon +372 5855 7900 E-post [email protected] Kodulehekülg https://genomics.ut.ee/et Töökohad ja ametid 01.10.2011–... Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut, Biopanga labori juhataja (1,00) 01.06.2010– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, laborant (1,00) 30.09.2011 01.10.2009– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, laborant (0,50) 31.05.2010 Haridustee 2016–2019 Grazi Meditsiiniülikool, Austria, MSc in Biobanking ("DNA quality control metrics for samples used for genotyping arrays") 2006–2010 Tartu Ülikool, Geenitehnoloogia ("Kvartskristall mikrokaalude kasutamine biosensorina") Publikatsioonid 2014 Fischer, K.; Kettunen, J.; Würtz, P.; Haller, T.; Aki S. Havulinna, A.S.; Kangas, A.J.; Soininen, P.; Esko, T.; Tammesoo, M-L.; Mägi, R.; Smit, S.; Palotie, A.; SRipatti, S.; Veikko Salmaa, V.; Ala-Korpela, M.; Perola, M.; Metspalu, A. (2014). Biomarker Profiling by Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy for the Prediction of All-Cause Mortality: An Observational Study of 17,345 Persons. PLOS Medicine, 11 (2), e1001606.10.1371/journal.pmed.1001606.  Üldandmed Isiku kontaktandmed Eesnimi Mari-Liis E-post [email protected] Perenimi Tammesoo Sünniaeg 22.04.1969 Töökohad ja ametid Periood Kirjeldus 01.11.2012–... Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, bioinformaatik (0,75) 01.10.2012– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, bioinformaatik 31.10.2012 (1,00) 01.01.2010– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, bioinformaatik 30.09.2012 (0,75) 01.02.2009– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, bioinformaatik 31.12.2009 (0,45) 07.04.2008– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, bioinformaatik 31.01.2009 (0,50) Haridustee Periood Kirjeldus 2009–2011 Magistriõpe, Arstiteaduskond, Rahvatervishoid (2625), REV 1988–1994 Tartu Ülikool 1976–1987 Viljandi 5. Keskkool Teaduskraadid Mari-Liis Tammesoo, magistrikraad, 2011, (juh) Mait Raag; Kersti Pärna, Alkoholi tarvitamine ja südame isheemiatõve levimus TÜ Eesti Geenivaramu andmete põhjal, Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Tervishoiu instituut. Mari-Liis Tammesoo, magistrikraad, 1994, (juh) Ene-Margit Tiit, Faktoranalüüsi ja korrelatsioonimaatriksi kumer-ekstremaalse lahutuse võrdlus statistilise modelleerimise abil, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Matemaatilise statistika instituut, Matemaatilise statistika õppetool. 1(2) Teadustöö põhisuunad VALDKOND: 3. Terviseuuringud; 3.11. Terviseuuringutega seotud uuringud, näiteks biokeemia, geneetika, mikrobioloogia, biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika ja bioinformaatika; PÕHISUUND: Statistiline fenotüüpide analüüs. Biopanga genotüüpide multifaktoriaaluuringud. Lisainfo Läbinud eetika kursuse magistriõppe raames. Seotud rahvusvahelise projektiga: ENGAGE – European Network for Genetic and Genomic Epidemiology Project duration: January 2008 – December 2012 Financial program: FP7-HEALTH CP Collaborative Project 2(2)  Urmo Võsa Sünniaeg 29.01.1986 Telefon +372 53844059 E-post [email protected] Töökohad ja ametid 01.09.2018–... Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut, funktsionaalse genoomika teadur (1,00) 01.05.2018– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut, funktsionaalse 31.08.2018 genoomika peaspetsialist (1,00) 01.06.2015– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, spetsialist (0,40) 31.12.2015 01.04.2015– Groningeni Ülikool, Groningeni Ülikooli Meditsiinikeskus, 01.04.2018 Järeldoktor (1,00) 01.06.2014– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, spetsialist (1,00) 31.05.2015 02.04.2012– Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, spetsialist (0,40) 31.05.2014 01.07.2010– Eesti Biokeskus, Spetsialist (0,60) 31.08.2010 Haridustee 31.08.2010– Tartu Ülikool molekulaar- ja rakubioloogia (doktorikraad) 23.08.2016 2008–2010 Tartu Ülikool molekulaar- ja rakubioloogia magistriõpe 2004–2007 Tartu Ülikool bioloogia bakalaureuseõpe Teaduskraadid Urmo Võsa, doktorikraad, 2016, (juh) Tarmo Annilo, MicroRNAs in disease and health: aberrant regulation in lung cancer and association with genomic variation (MikroRNAde roll haiguste kujunemisel: aberratsioonid kopsuvähis ning seosed genoomse varieeruvusega), Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Biotehnoloogia õppetool. Urmo Võsa, magistrikraad, 2010, (juh) Tarmo Annilo, MikroRNAde ekspressioonimustrid mitteväikerakulises kopsuvähis, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Biotehnoloogia õppetool. Teadustöö põhisuunad ETIS KLASSIFIKAATOR: 1. Bio- ja keskkonnateadused; 1.3. Geneetika; CERCS KLASSIFIKAATOR: B220 Geneetika, tsütogeneetika ; TÄPSUSTUS: Funktsionaalne genoomika Jooksvad projektid • SLTMR16142T (TK142) "Genoomika ja Siirdemeditsiini Tippkeskus (TK142) (1.01.2016−1.03.2023)", Andres Metspalu, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu. • MOBTP108 "Suuremahuliste eQTL andmete kasutamine põhjuslike geneetiliste variantide leidmiseks (1.09.2019−31.08.2021)", Urmo Võsa, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut. • IUT20-60 "Oomiksi põhised meetodid terviseuuringutes: integreeritud lähenemine haiguste tekkeprotsesside mõistmiseks ja prognoosimiseks (1.01.2014−31.12.2019)", Andres Metspalu, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut. Lõppenud projektid • SF0180142As08 "Geneetiline varieeruvus, elustiil ja keskkonnategurid kui peamised tervise mõjurid (1.01.2008−31.12.2013)", Neeme Tõnisson, Tartu Ülikool, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut. • SF0180142Cs08 "Geneetiline varieeruvus, elustiil ja keskkonnategurid kui peamised tervise mõjurid - EGV (1.01.2008−31.12.2013)", Andres Metspalu, Tartu Ülikool, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu. • ETF7473 "Geenide ekspressioonimustri, ja staatuse (epigeneetilised muutused, geenivariatsioon, koopiaarvu muutused) uurimine mitteväikserakulise kopsuvähi korral kasvajate molekulaarse klassifitseerimise ning varajase diagnostika ja ravi optimeerimise eesmärg (1.01.2008−31.12.2011)", Neeme Tõnisson, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond. • ETF6597 "Antisense transkriptide osa geenide avaldamise kontrollis (1.01.2006−31.12.2009)", Tarmo Annilo, Tartu Ülikool, Bioloogia- geograafiateaduskond, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond. Juhendamisel väitekirjad • Anette Kalnapenkis, doktorant, (juh) Tõnu Esko; Urmo Võsa; Andres Metspalu, Combined role of DNA sequence variation on gene expression, DNA methylation and cellular endophenotypes (DNA mutatsioonide kombineeritud efekt geeni ekspresioonile, metülatsioonile ning rakulistele endofenotüüpidele), Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut. Publikatsioonid 2019 Sanna, Serena; van Zuydam, Natalie R; Mahajan, Anubha; Kurilshikov, Alexander; Vich Vila, Arnau; Võsa, Urmo; Mujagic, Zlatan; Masclee, Ad A M; Jonkers, Daisy M A E; Oosting, Marije; Joosten, Leo A B; Netea, Mihai G; Franke, Lude; Zhernakova, Alexandra; Fu, Jingyuan; Wijmenga, Cisca; McCarthy, Mark I (2019). Causal relationships among the gut microbiome, short-chain fatty acids and metabolic diseases. Nature Genetics, 51 (4), 600−605.10.1038/s41588-019-0350-x. Schlicht, Kristina; Nyczka, Piotr; Caliebe, Amke; Freitag-Wolf, Sandra; Claringbould, Annique; Franke, Lude; Võsa, Urmo; ,; Kardia, Sharon L R; Smith, Jennifer A; Zhao, Wei; Gieger, Christian; Peters, Annette; Prokisch, Holger; Strauch, Konstantin; ,; Baurecht, Hansjörg; Weidinger, Stephan; Rosenstiel, Philip; Hütt, Marc-Thorsten ... Krawczak, Michael (2019). The metabolic network coherence of human transcriptomes is associated with genetic variation at the cadherin 18 locus. Human Genetics, 1−14.10.1007/s00439-019-01994-x [ilmumas]. van Arensbergen, Joris; Pagie, Ludo; FitzPatrick, Vincent D; de Haas, Marcel; Baltissen, Marijke P; Comoglio, Federico; van der Weide, Robin H; Teunissen, Hans; Võsa, Urmo; Franke, Lude; de Wit, Elzo; Vermeulen, Michiel; Bussemaker, Harmen J; van Steensel, Bas (2019). High-throughput identification of human SNPs affecting regulatory element activity. Nature Genetics, 51 (7), 1160−1169.10.1038/s41588- 019-0455-2. 2018 Bakker, Olivier B; Aguirre-Gamboa, Raul; Sanna, Serena; Oosting, Marije; Smeekens, Sanne P; Jaeger, Martin; Zorro, Maria; Võsa, Urmo; Withoff, Sebo; Netea-Maier, Romana T; Koenen, Hans J P M; Joosten, Irma; Xavier, Ramnik J; Franke, Lude; Joosten, Leo A B; Kumar, Vinod; Wijmenga, Cisca; Netea, Mihai G; Li, Yang (2018). Integration of multi-omics data and deep phenotyping enables prediction of cytokine responses. Nature immunology, 19 (7), 776−786.10.1038/s41590-018-0121-3. Zhernakova, Daria V.; Le, Trang H.; Kurilshikov, Alexander; Atanasovska, Biljana; Bonder, Marc Jan; Sanna, Serena; Claringbould, Annique; Võsa, Urmo; Deelen, Patrick; Franke, Lude; de Boer, Rudolf A.; Kuipers, Folkert; Netea, Mihai G.; Hofker, Marten H.; Wijmenga, Cisca; Zhernakova, Alexandra; Fu, Jingyuan (2018). Individual variations in cardiovascular-disease-related protein levels are driven by genetics and gut microbiome. Nature Genetics, 1524−1532.10.1038/s41588-018-0224-7. Ligthart, Symen; Vaez, Ahmad; Võsa, Urmo; Stathopoulou, Maria G; de Vries, Paul S; Prins, Bram P; Van der Most, Peter J; Tanaka, Toshiko; Naderi, Elnaz; Rose, Lynda M; Wu, Ying; Karlsson, Robert; Barbalic, Maja; Lin, Honghuang; Pool, René; Zhu, Gu; Macé, Aurélien; Sidore, Carlo; Trompet, Stella; Mangino, Massimo ... Alizadeh, Behrooz Z (2018). Genome Analyses of >200,000 Individuals Identify 58 Loci for Chronic Inflammation and Highlight Pathways that Link Inflammation and Complex Disorders. American Journal of Human Genetics, 103 (5), 691−706.10.1016/j.ajhg.2018.09.009. 2017 Tang, Alan T; Choi, Jaesung P; Kotzin, Jonathan J; Yang, Yiqing; Hong, Courtney C; Hobson, Nicholas; Girard, Romuald; Zeineddine, Hussein A; Lightle, Rhonda; Moore, Thomas; Cao, Ying; Shenkar, Robert; Chen, Mei; Mericko, Patricia; Yang, Jisheng; Li, Li; Tanes, Ceylan; Kobuley, Dmytro; Võsa, Urmo; Whitehead, Kevin J ... Kahn, Mark L (2017). Endothelial TLR4 and the microbiome drive cerebral cavernous malformations. Nature, 545 (7654), 305−310.10.1038/nature22075. van Dam, Sipko; Võsa, Urmo; van der Graaf, Adriaan; Franke, Lude; de Magalhães, João Pedro (2017). Gene co-expression analysis for functional classification and gene-disease predictions. Briefings in bioinformatics.10.1093/bib/bbw139. Koel, M.; Võsa, U.; Krjutškov, K.; Einarsdottir, E.; Kere, J.; Tapanainen, J.; Katayama, S.; Ingerpuu, S.; Jaks, V.; Stenman, U-H.; Lundin, K.; Tuuri, T.; Salumets, A (2017). Optimizing bone morphogenic protein 4-mediated human embryonic stem cell differentiation into trophoblast-like cells using fibroblast growth factor 2 and transforming growth factor-β/activin/nodal signalling inhibition. Reproductive BioMedicine Online, 1.10.1016/j.rbmo.2017.06.003. Altmäe, Signe; Koel, Mariann; Võsa, Urmo; Adler, Priit; Suhorutšenko, Marina; Laisk-Podar, Triin; Kukushkina, Viktorija; Saare, Merli; Velthut-Meikas, Agne; Krjutškov, Kaarel; Aghajanova, Lusine; Lalitkumar, Parameswaran G; Gemzell-Danielsson, Kristina; Giudice, Linda; Simón, Carlos; Salumets, Andres (2017). Meta-signature of human endometrial receptivity: a meta-analysis and validation study of transcriptomic biomarkers. Scientific Reports, 7 (1), 10077−10077.10.1038/s41598-017-10098-3. Lokk, Kaie; Vooder, Tõnu; Kolde, Raivo; Välk, Kristjan; Võsa, Urmo; Roosipuu, Retlav; Milani, Lili; Fischer, Krista; Koltsina, Marina; Urgard, Egon; Annilo, Tarmo; Metspalu, Andres; Tõnisson, Neeme (2017). Correction: Methylation Markers of Early-Stage Non-Small Cell Lung Cancer. PLOS ONE, 12 (1), e0170833−e0170833.10.1371/journal.pone.0170833. 2016 Pettai, Kristi; Milani, Lili; Tammiste, Anu; Võsa, Urmo; Kolde, Raivo; Eller, Triin; Nutt, David; Metspalu, Andres; Maron, Eduard (2016). Whole-genome expression analysis reveals genes associated with treatment response to escitalopram in major depression. European neuropsychopharmacology : the journal of the European College of Neuropsychopharmacology, 26 (9), 1475−1483.10.1016/j.euroneuro.2016.06.007. van Rheenen, Wouter; Shatunov, Aleksey; Dekker, Annelot M; McLaughlin, Russell L; Diekstra, Frank P; Pulit, Sara L; van der Spek, Rick A A; Võsa, Urmo; de Jong, Simone; Robinson, Matthew R; Yang, Jian; Fogh, Isabella; van Doormaal, Perry Tc; Tazelaar, Gijs H P; Koppers, Max; Blokhuis, Anna M; Sproviero, William; Jones, Ashley R; Kenna, Kevin P; van Eijk, Kristel R ... Veldink, Jan H (2016). Genome-wide association analyses identify new risk variants and the genetic architecture of amyotrophic lateral sclerosis. Nature Genetics, 48 (9), 1043−1048.10.1038/ng.3622. 2015 Võsa, U; Esko, T; Kasela, S; Annilo, T. (2015). Altered Gene Expression Associated with microRNA Binding Site Polymorphisms. PLOS ONE, 10 (10), e0141351.10.1371/journal.pone.0141351. 2014 Krjutškov, Kaarel; Koltšina, Marina; Grand, Kelli; Võsa, Urmo; Sauk, Martin; Tõnisson, Neeme; Salumets, Andres (2014). Tissue-specific mitochondrial heteroplasmy at position 16,093 within the same individual. Current Genetics, 60 (1), 11−16.10.1007/s00294-013-0398-6. Võsa, Urmo; Kolde, Raivo; Vilo, Jaak; Metspalu, Andres; Tarmo, Annilo (2014). Comprehensive meta- analysis of microRNA expression using a robust rank aggregation approach. In: M. Lucrecia Alvarez, MS, PhD (Ed.). Structural and functional RNA mapping (361−373).. Springer. (Methods in Molecular Biology; 1182).10.1007/978-1-4939-1062-5_28. 2013 Kumar, V; Westra, HJ; Karjalainen, J; Zhernakova, DV; Esko, T; Hrdlickova, B; Almeida, R; Zhernakova, A; Reinmaa, E; Võsa, U; Hofker, MH; Fehrmann, RS; Fu, J; Withoff, S; Metspalu, A; Franke, L; Wijmenga, C (2013). Human disease-associated genetic variation impacts large intergenic non-coding RNA expression. PLOS Genetics, 9 (1), e10032201−e10032201. Tammiste, Anu; Jiang, Tao; Fischer, Krista; Mägi, Reedik; Krjutškov, Kaarel; Pettai, Kristi; Esko, Tõnu; Li, Yingrui; Tansey, Katherine E; Carroll, Liam S; Uher, Rudolf; McGuffin, Peter; Võsa, Urmo; Tšernikova, Natalia; Saria, Alois; Ng, Pauline C; Eller, Triin; Vasar, Veiko; Nutt, David J; Maron, Eduard ... Metspalu, Andres (2013). Whole-exome sequencing identifies a polymorphism in the BMP5 gene associated with SSRI treatment response in major depression. Journal of Psychopharmacology, 27 (10), 915−920.10.1177/0269881113499829. 2012 Võsa, U; Vooder, T; Kolde, R; Vilo, J; Metspalu, A; Annilo, T (2012). Meta-analysis of microRNA expression in lung cancer. International Journal of Cancer, 132 (12), 2884−2893.10.1002/ijc.27981. Lokk, Kaie; Vooder, Tõnu; Kolde, Raivo; Välk, Kristjan; Võsa, Urmo; Roosipuu, Retlav; Milani, Lili; Fischer, Krista; Koltšina, Marina; Urgard, Egon; Annilo, Tarmo; Metspalu, Andres; Tõnisson, Neeme (2012). Methylation Markers of Early-Stage Non-Small Cell Lung Cancer. PLOS ONE, 7 (6), e39813− .10.1371/journal.pone.0039813. Tõnisson, N.; Lokk, K.; Vooder, T.; Kolde, R.; Välk, K.; Roosipuu, R.; Võsa, U.; Milani, L.; Fischer, K.; Koltšina, M.; Urgard, E.; Annilo, T.; Metspalu, A. (2012). Altered DNA methylation in early-stage non- small-cell lung cancer. European Journal of Human Genetics: European Human Genetics Conference; Nürnberg, Saksamaa; 23.–26. juuni, 2012. Nature Publishing Group, 174−174. (20; Suppl 1). 2011 Võsa, Urmo; Vooder, Tõnu; Kolde, Raivo; Fischer, Krista; Välk, Kristjan; Tõnisson, Neeme; Roosipuu, Retlav; Vilo, Jaak; Metspalu, Andres; Annilo, Tarmo (2011). Identification of miR-374a as a prognostic marker for survival in patients with early-stage nonsmall cell lung cancer. Genes, Chromosomes and Cancer, 50 (10), 812−822.10.1002/gcc.20902. Urgard, E.; Vooder, T.; Võsa, U.; Välk, K.; Liu, M.g; Luo, C.; Hoti, F.; Roosipuu, R.; Annilo, T.; Laine, J.; Frenz, C.M.; Zhang, L.; Metspalu, A. (2011). Metagenes associated with survival in non-small cell lung cancer. Cancer Informatics, 10, 175−183.dx.doi.org/10.4137/CIN.S7135. 2010 Annilo, Tarmo; Võsa, Urmo; Kolde, Raivo; Välk, Kristjan; Roosipuu, Retlav; Vooder, Tõnu; Metspalu, Andres (2010). Aberrantly expressed microRNAs indicate the pathways potentially associated with non- small cell lung cancer development. European Journal of Human Genetics: European Human Genetics Conference, Gothenburg, Sweden; June 12-15, 2010. Nature Publishing Group, 182−183. (18; Suppl 1).  Eesti Geenivaramu koroonaviiruse uuringusse kutsuv e-kiri Pealkiri: Kutse Eesti Geenivaramu koroonaviiruse uuringusse Sisu: Hea geenidoonor! Pöördume Teie poole, kuna olete liitunud Eesti Geenivaramuga (EGV) ja andnud nõusoleku ennast uuringutesse kutsuda. Teie kontaktandmed oleme saanud EGV-ga liitumise ajal või andmete täiendamisel rahvastikuregistrist. Kogu maailmas, sealhulgas Eestis, levib praegu koroonaviirus (SARS-CoV-2), põhjustades inimeste haigestumist ja suurt majanduslikku kahju. EGV teadlased soovivad uurida viiruse levimist ja selle tõvestavaid omadusi, et aidata panna piir nakkuse levikule ning panustada koroonaviiruse vastaste ravimite väljatöötamisse. Kutsume Teid täitma elektroonset koroonaviiruse uuringu küsimustikku, mis täiendab Teie andmeid EGV-s. Antud küsimustiku palume täita kõikidel geenidoonoritel, kellele on tehtud koroonaviiruse test, sõltumata sellest, kas tulemus oli positiivne või negatiivne. Küsimustiku täitmine võtab aega hinnanguliselt kuni 20 minutit. Kogutud andmed aitavad välja selgitada, kas ja kuidas võisid Teie geenivariandid mõjutada Teie nakatumist/mitte nakatumist koroonaviirusega või viiruse poolt põhjustatud haiguse (COVID-19) kulgu. Selle jaoks oleme välja töötanud koroonaviiruse uuringu küsimustiku, millega kogutakse andmeid Teie koroonaviiruse infektsiooni võimalike allikate, sümptomite ja ravimite tarvitamise kohta, samuti olukorraga kaasnevate emotsioonide kohta. Palume Teil siseneda koroonaviiruse veebikeskkonda vaid juhul, kui Teid on koroonaviiruse suhtes testitud. Rohkem infot uuringu, uuringus osalemise ja isikuandmete kaitse kohta saab EGV veebikeskkonnas: MÄRKUS: aadress täpsustub NB! Link on isiklikult Teile, palume seda teistele mitte jagada! Lugupidamisega Reedik Mägi TÜ genoomika instituut [email protected] (+372) 520 6959  Ülegenoomne assotsiatsiooni analüüs SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2) infektsiooniga kaasnevate fenotüüpide mõistmiseks. NÕUSOLEKU VORM UURINGUS OSALEMISEKS Uuringu nimetus: Ülegenoomne assotsiatsiooni analüüs SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2) infektsiooniga kaasnevate fenotüüpide mõistmiseks. Hea uuringus osaleja! Tartu Ülikooli Eesti geenivaramu pöördub Teie poole, kuna olete allkirjastanud geenidoonoriks saamise nõusolekuvormi ja geenivaramul on õigus Teid uuringusse kutsuda. Antud uuringusse sobite juhul, kui Teid on testitud koroonaviiruse (SARS-CoV-2) suhtes. Kui Teile nimetatud testi pole tehtud, siis hetkel me Teid uuringusse kaasata ei saa. Uuringusse ootame nii positiivse kui ka negatiivse testi tulemusega inimesi. Kui Teid on testitud, siis enne kui otsustate, kas soovite uuringus osaleda, lugege läbi all olev tekst, kus on välja toodud informatsioon uurimustöö eesmärgi, läbiviijate, kasutatava metoodika, andmete säilitamise ning uurimustööga kaasnevate võimalike riskide kohta. Eesmärk Kogu maailmas levib praegu koroonaviirus, põhjustades inimeste haigestumist ja suurt majanduslikku kahju. Tartu Ülikooli genoomika instituudi Eesti geenivaramu (edaspidi geenivaramu) teadlased soovivad uurida viiruse levimist ja tõvestavaid omadusi, et aidata panna piir nakkuse levikule ning panustada koroonaviiruse vastaste ravimite väljatöötamisse. Läbiviijad Uuringut viivad läbi geenivaramu andmete kogujad ja töötlejad ning teadlased. Antud uuringule on andnud kooskõlastuse Eesti bioeetika ja inimuuringute nõukogu. Uurimistööd rahastatakse TÜ genoomika instituudi finantsallikatest. Kontakti, kelle poole vajadusel pöörduda, leiate dokumendi lõpust. Metoodika Uuringusse kaasamise eelduseks on, et uuritavale on tehtud koroonaviiruse (SARS-CoV-2) test. Testi tulemuste alusel jagatakse uuritavad kahte gruppi: koroonaviirusega nakatunud ja nakkusevabad isikud. Uuringus osalemiseks on Teil vaja täita elektroonse koroonaviiruse uuringu küsimustik, mis võtab aega hinnanguliselt kuni 20 minutit. Küsimustikus palutakse Teil anda infot võimaliku nakkusallika, sümptomite, võetud ravimite, saadud muu ravi, haiguse kulu ja kaasuvate haiguste kohta, samuti olukorraga kaasnevate emotsioonide kohta. Kuna Teie haigussümptomid võivad aja jooksul muutuda ja võib juhtuda, et Te käite ennast korduvalt koroonaviiruse suhtes testimas, siis selleks on küsimustikus välja toodud võimalus vastata teatud väljadele korduvalt. Uuringu küsimustikust saadud informatsiooni ja geeniinfot kasutatakse ülegenoomsetes ehk inimese kogu DNA järjestust puudutavates geeniuuringutes, mille käigus analüüsitakse, kas inimese geenivariatsioonide ning viirusesse nakatumise, haiguse sümptomite ja kulu vahel esineb seoseid. Andmete säilitamine Koroonaviiruse küsimustikust saadud andmeid säilitatakse geenivaramu turvatud elektroonilises andmebaasis ning need on ligipääsetavad vaid andmetöötlejatele, kellega on sõlmitud konfidentsiaalsusleping. Uuringu andmete analüüsimisel kasutatakse pseudonüümitud ehk kodeeritud andmeid, seega andmeid uurivatel teadlastel ei ole võimalik Teie isikut tuvastada. Kõiki uuringus kogutud andmeid (kaasa arvatud isikuandmeid) säilitatakse tähtajatult geenivaramus. 1 Ülegenoomne assotsiatsiooni analüüs SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2) infektsiooniga kaasnevate fenotüüpide mõistmiseks. Uuringu tulemused avaldatakse isikustamata kujul teaduskirjanduses. Geenivaramu üldisi andmekaitse aspekte, mis puudutavad geenidoonorlust, kirjeldatakse geenidoonoriks saamise nõusoleku vormis https://geenidoonor.ee/et/nousoleku-vorm ja selle infolehel https://geenidoonor.ee/et/infoleht. Kui Teil tekivad uuringuga seotud andmekaitset ja isikuandmete töötlemist puudutavad küsimused, saatke need [email protected]. Võimalikud riskid ja kasu Uuringus osalemine ei too Teile kaasa täiendavaid kulutusi, ei tekita valu ega põhjusta lisariske haiguse ravimisele. Antud uuringust Te otsest kasu ei saa, kasu saavad tulevased koroonaviiruse nakkuse tagajärjel haigestunud patsiendid. Kokkuvõtvalt, Teil palutakse täita elektroonne koroonaviiruse uuringu küsimustik. Käesolevale dokumendile alla kirjutades kinnitate Te järgnevat: ● Olen teadlik, et uuringus osalemiseks on vajalik minu vabatahtlik nõusolek. ● Olen teadlik, et võin oma nõusoleku igal ajal tagasi võtta. Vastava tahteavalduse saan esitada geenivaramu vastutavale töötlejale tema asukohas (aadressile Riia 23b, 51010, Tartu) või digitaalselt allkirjastatuna (e-posti aadressile [email protected]). ● Olen saanud piisavalt informatsiooni uuringu eesmärkide, sisu ja riskide kohta. Mul oli võimalus esitada küsimusi ja piisavalt aega selleks, et otsustada, kas osaleda selles uuringus või mitte. Olen nõus, et minu koroonaviiruse uuringu küsimustiku infot säilitatakse tähtajatult kooskõlas inimgeeniuuringute seadusega (IGUS § 18). ● Uuringutulemuste avaldamisel tagatakse täielik andmete kodeeritus ning saadud andmete jagamisel koostööpartnerite vahel ei jagata uuringutes osalevate isikute nimesid, isikukoode ega kontaktandmeid. ● Olen teadlik, et ma ei või nõuda uurimise ja uurimistulemuste kasutamise eest tasu. ● Olen teadlik, et käesoleva uuringu raames täidetud küsimustiku infot ja analüüside tulemusi võidakse kasutada ka tulevikus muudes teadusprojektides. Tean, et ka neis muudes projektides kehtivad käesoleva uuringu andmete säilitamise reeglid ja teadlastel ei ole võimalik minu isikut tuvastada. ● Olen lugenud infolehte, saan sellest aru ja olen nõus vabatahtlikult osalema selles uuringus. Kelle poole pöörduda, kui Teil tekib uuringu kohta küsimusi: Reedik Mägi, Tartu Ülikooli genoomika instituudi bioinformaatika juhtivteadur, uuringu vastutav uurija [email protected] Allpool saate teha valiku, kas soovite uuringus osaleda. Selleks palume Teil teha märge sobiva valikuvariandi ees asuvasse kastikesse ning nõustumise korral sisestada oma nimi ja isikukood. Isikukood aitab meil tagada, et Teie uuringu küsimustiku vastused seostatakse just Teie geeniandmetega. JAH, OLEN NÕUS UURINGUS OSALEMA Olen teadlik läbiviidava uurimistöö eesmärgist ning metoodikast. Tean, et uuringu käigus tekkivate küsimuste korral saan endale vajalikku täiendavat informatsiooni: Reedik Mägi, Tartu Ülikooli genoomika instituudi bioinformaatika juhtivteadur, [email protected]. EI OLE NÕUS UURINGUS OSALEMA 2  COVID-19 uuringu küsimustik COVID-19 testimine ja diagnoos Kas teid on koroonaviiruse (SARS-CoV-2, mis põhjustab haigust COVID-19) suhtes 0 Ei laboratoorselt testitud? 1 Jah kuupäev või Testimise kuupäev -1 Ei tea -3 Ei soovi vastata 0 Negatiivne Testi tulemus 1 Positiivne Üldine Vanus 0 Mees Sugu 1 Naine 0 eestlane Rahvus 1 venelane 2 muu (täpsusta: ...) Rahvus (muu) Pikkus (cm) Kaal (kg) 0A 1B 2 AB Veregrupp 3O -1 Ei tea -3 Ei soovi vastata 0 Põhiharidus 1 Keskharidus 2 Kutseharidus/lõpetamata Haridustase kõrgharidus 3 Bakalaureuse kraad 4 Magistri/doktorikraad -1 Ei tea -3 Ei soovi vastata 1  COVID-19 uuringu küsimustik 0 olen töötu või mul on istuv töö 1 mu töö hõlmab kõndimist, aga mitte Kuivõrd on teie töö raskuste tõstmist füüsiliselt kurnav? Valige 2 mu töö hõlmab palju kõndimist sobivaim variant (sealjuures ülesmäge) ja/või ma pean tõstma keskmise raskusega objekte 3 mu töö nõuab suurt füüsilist jõudu (suurte raskuste tõstmine, kaevamine, ehitamine jne) -1 ei tea -3 ei soovi vastata 0 Ei 1 Jah Kas olete hetkel rase? -1 Ei ole kindel -3 Ei soovi vastata Mitmes raseduskuu COVID-19 sümptomid Kas teil on esinenud/esineb praegu 0 Ei COVID-19 sümptomeid (alates märtsist)? 1 Jah kuupäev või Esimeste sümptomite alguskuupäev -1 Ei tea -3 Ei soovi vastata kuupäev või 0 Sümptomid kestavad Süptomite lõppemise kuupäev -1 Ei tea -3 Ei soovi vastata 0 Ei Köha 1 Jah -1 Ei tea Hingamisraskused samad variandid Peavalu samad variandid Palavik samad variandid Jõuetus samad variandid Lihasvalu samad variandid Nohu samad variandid Kurguvalu samad variandid Maitse- või lõhnameele kadu samad variandid Kopsupõletik samad variandid Muu (täpsusta) 2  COVID-19 uuringu küsimustik päevade arv või Köha kestus päevades -1 Ei tea -3 Ei soovi vastata temperatuur (Celsius) või Kõrgeim mõõdetud kehatemperatuur -1 Ei tea -3 Ei soovi vastata päevade arv või Palaviku kestus päevades -1 Ei tea -3 Ei soovi vastata COVID-19 risk ja eelsoodumused 0 Ei Kas teil on olnud kokkupuude teadaoleva 1 Jah COVID19 kandjaga? -1 Ei tea -3 Ei soovi vastata 0 Ei 1 Jah, riigisiseselt Kas olete viiruse puhangu ajal (alates 2 Jah, rahvusvaheliselt jaanuarist) reisinud? 3 Jah, riigisiseselt ja rahvusvaheliselt -1 Ei tea -3 Ei soovi vastata 0 Ei Kas te töötate meditsiini valdkonnas (arst, 1 Jah õde jne)? -3 Ei soovi vastata 0 Ei Kas te olete suitsetanud oma elu jooksul 1 Jah, viimase aasta jooksul vähemalt 100 sigaretti (1 pakk = 20 2 Jah, aga enam kui aasta tagasi sigaretti)? -1 Ei tea -3 Ei soovi vastata 0 Ei suitseta regulaarselt 1 1-10 2 11-20 Mitu sigaretti päevas te keskmiselt 3 21-30 suitsetate? 4 31 või rohkem -1 Ei tea -3 Ei soovi vastata 0 Ei suitsetanud regulaarselt 1 1-10 2 11-20 Kui te suitsetasite, siis keskmiselt mitu 3 21-30 sigaretti päevas? 4 31 või rohkem -1 Ei tea -3 Ei soovi vastata 3  COVID-19 uuringu küsimustik 0 Mitte kunagi 1 Üks kord kuus või harvem 2 2-4 korda kuus Kui tihti te tarbite alkohoolseid jooke? 3 2-3 korda nädalas 4 4 või rohkem korda nädalas -1 Ei tea -3 Ei soovi vastata 0 Diabeet 1 Südameveresoonkonna haigused 2 Neerupuudulikkus 3 Hingamisteede haigused 4 Pahaloomuline kasvaja (vähk) Kas teil on varasemalt diagnoositud 5 Autoimmuunhaigused 6 Hüpertensioon/kõrgvererõhutõbi 7 Mitte ükski ülalmainitutest -1 Ei tea -3 Ei soovi vastata Hospitaliseerimine seoses COVID-19-ga 0 Ei Kas te olete viibinud seoses COVID19 1 Jah diagnoosiga haiglaravil? -1 Ei tea -3 Ei soovi vastata 0 Ei Kas te olete viibinud seoses COVID19 1 Jah diagnoosiga intensiivravil? -1 Ei tea -3 Ei soovi vastata kuupäev või Haiglaravi alguskuupäev -1 Ei tea -3 Ei soovi vastata kuupäev või Haiglaravi lõpp-kuupäev -1 Ei tea -3 Ei soovi vastata 0 Ei Kas te vajasite haiglas abistatud hingamist 1 Jah (hapnikumask/-sond, hapnikravi, -1 Ei tea intubatsioon, ECMO jne)? -3 Ei soovi vastata 4  COVID-19 uuringu küsimustik Ravimid Kas ja millal olete viimati võtnud järgmiseid ravimeid: 5 Mitte kunagi 0 Täna või eile 1 2-7 päeva tagasi 2 1-4 nädalat tagasi ACE inhibiitorid (nt Lisinopril) 3 1-12 kuud tagasi 4 Üle aasta tagasi -1 Ei tea -3 Ei soovi vastata Angiotensiin II retseptorite antagonistid (nt Losartaan) samad variandid Antibiootikumid samad variandid Antiviraalsed ravimid (nt klorokviin) samad variandid Allergiaravimid samad variandid Astma ravimid samad variandid Immunosupressiivsed ravimid (nt kortikos- teroidid) samad variandid Mitte-steroidsed põletikuvastased ravimid (nt ibuprofeen) samad variandid Muud valuvaigistid (nt aspiriin, paratseta- mool) samad variandid Verevedeldajad (nt Eliquis, Xarelto, Pradaxa) samad variandid Emotsionaalne enesetunne Kas te olete nõus lisaks vastama vabatahtlikule emotsionaalse enesetunde 0 Ei küsimustikule (EEK-2)? 1 Jah Emotsionaalse enesetunde küsimustik järgmisel lehel. 5  COVID-19 uuringu küsimustik Emotsionaalse enesetunde küsimustik EEK-2 Nimi________________________________ Sugu ____ Vanus____/____ Kuupäev _____/_____/_____ Lugege tähelepanelikult läbi alltoodud loetelu probleemidest ja vaevustest, mis võivad inimestel mõnikord esineda. Tõmmake ring ümber sellele vastusevariandile, mis kõige paremini kirjeldab seda, KUIVÕRD SEE PROBLEEM ON TEID HÄIRINUD VIIMASE KUU VÄLTEL. Üldse mitte Harva Mõnikord Sageli Pidevalt 1. Kurvameelsus 0 1 2 3 4 2. Huvi kadumine 0 1 2 3 4 3. Alaväärsustunne 0 1 2 3 4 4. Enesesüüdistused 0 1 2 3 4 5. Korduvad surma- või enesetapumõtted 0 1 2 3 4 6. Üksildustunne 0 1 2 3 4 7. Lootusetus tuleviku suhtes 0 1 2 3 4 8. Võimetus rõõmu tunda 0 1 2 3 4 9. Kiire ärritumine või vihastamine 0 1 2 3 4 10. Ärevuse või hirmutunne 0 1 2 3 4 11. Pingetunne või võimetus lõdvestuda 0 1 2 3 4 12. Liigne muretsemine paljude asjade pärast 0 1 2 3 4 13. Rahutus või kärsitus, nii et ei suuda paigal püsida 0 1 2 3 4 14. Kergesti ehmumine 0 1 2 3 4 Äkilised paanikahood, mille ajal esineb südamekloppimine, õhupuudus, minestamistunne vms 15. kehalised nähud 0 1 2 3 4 16. Kartus viibida üksi kodust eemal 0 1 2 3 4 17. Hirmutunne avalikes kohtades või tänavatel 0 1 2 3 4 18. Kartus minestada rahva hulgas 0 1 2 3 4 19. Kartus sõita bussi, trammi, rongi või autoga 0 1 2 3 4 20. Hirm olla tähelepanu keskpunktis 0 1 2 3 4 21. Hirm suhtlemisel võõraste inimestega 0 1 2 3 4 22. Loidus- või väsimustunne 0 1 2 3 4 23. Vähenenud tähelepanu ja keskendumisvõime 0 1 2 3 4 24. Puhkamine ei taasta jõudu 0 1 2 3 4 25. Kiire väsimine 0 1 2 3 4 26. Uinumisraskused 0 1 2 3 4 27. Rahutu või katkendlik uni 0 1 2 3 4 28. Liigvarajane ärkamine 0 1 2 3 4 6  Analysis plan COVID-19 Host Genetics Initiative March 27, 2020 Overview This is an analysis plan drawing from our ongoing discussions for Biobanks-based retrospective analysis. The main goal is to rapidly develop a genetic study on susceptibility and outcomes for COVID-19 from biobanks with existing significant genetic data and active connections to health systems. Different cohorts and collections offer different analysis opportunities, all of which are welcome in this initiative. Below is a description of the set of phenotypes and planned HLA and genome-wide association analyses. Phenotype Definitions Disease diagnosis broad Phenotype name: COVID_DX_BROAD How to derive it: -Cases (COVID_DX_BROAD=1) are those individuals who have received a laboratory-confirmed diagnosis of COVID-19. -Controls (COVID_DX_BROAD=0) are those individuals that have not received a diagnosis of COVID-19. Disease diagnosis strict Phenotype name: COVID_DX_STRICT How to derive it: -Cases (COVID_DX_STRICT=1) are those individuals who have received a laboratory-confirmed diagnosis of COVID-19. -Controls (COVID_DX_STRICT=0) are those individuals that 1) have been tested negative for COVID-19 OR 2) high risk workers (health care, transportation) who have not tested positive for COVID-19 3) family members of individuals with COVID-19 who have not tested positive for COVID-19. Disease severity broad Phenotype name: COVID_SEVERITY_BROAD How to derive it: Includes only individuals that have received a laboratory-confirmed diagnosis of COVID-19. -Cases (COVID_SEVERITY_BROAD=1) are those individuals who have been admitted at any time to the ICU. -Controls (COVID_SEVERITY_BROAD=0) are those individuals that have not been admitted to an ICU and have been diagnosed with COVID-19 for at least x days. Disease severity strict Phenotype name: COVID_SEVERITY_STRICT How to derive it: Includes only individuals that have received a laboratory-confirmed diagnosis of COVID-19. -Mild (COVID_SEVERITY_STRICT=0) are those individuals who have mild symptoms. The definition is study-specific. Here some guidelines: ADD -Moderate (COVID_SEVERITY_STRICT=1) are those individuals who have moderate symptoms. The definition is study-specific: ADD -Severe (COVID_SEVERITY_STRICT=2) are those individuals who have severe symptoms. The definition is study-specific. Here some guidelines: severe ARDS (PaO 2/FiO2 ratio < 100 mmHg) OR severe pneumonia OR death OR sepsis OR multiple organ failure. Disease severity continuous Phenotype name: COVID_SEVERITY_CONT How to derive it: Includes only individuals that have received a laboratory-confirmed diagnosis of COVID-19 and that have been hospitalized for at least x days. Define the phenotype as the lowest PaO2/FiO2 ratio (in mmHg) during hospitalization. Meta-analysis efforts Each biobank will run association analysis and upload their results. Joint meta-analysis will be performed periodically based on results each biobank has created and uploaded. Fixed effects meta-analysis will be performed across biobanks for each endpoint using inverse- variance weighting. In cases where endpoints or markers are missing from one biobank, meta- analysis will proceed without that biobank for that marker or endpoint. We will utilize the genetic association test results to test the validity of the GWAS in biobanks and biobank meta-analysis efforts. Both visualization and analytic approaches will be used to evaluate the heterogeneity of association studies among biobanks. We will create publicly available online browsing tools to visualize and access analysis results. These will be available via https://covid-19genehostinitiative.net/ These tools will be updated regularly as new data come in and analyses are rerun. HLA imputation HLA imputation will be carried out using a multi-ethnic HLA reference panel of ~21,000 individuals constructed based on deep-coverage whole genome sequencing data. Imputation will be implemented via the Michigan imputation server. HLA association study Three association studies will be carried: 1) A linear regression model under the assumption of additive effects with all post-imputed variants in the MHC region (SNPs, amino acids (AAs) and classical HLA alleles): Phenotype ~ variant (SNPs/AAs/Classical alleles) + age + gender + PCs + other_covariates 2) A omnibus P-value for each amino acid position. We will test a multiallelic association between the phenotype and a haplotype matrix with the same covariates included in (1). 3) We will then perform stepwise conditional analysis to identify additional independent signals by adjusting for the most significant amino acid position identified in (2). GWAS model All GWAS in each biobank should be based on the following model: Phenotype ~ variant + age + gender + PCs + covariates Please see APPENDIX for instructions on how to run GWAS using the SAIGE R library. Summary level statistics for meta-analysis of variant associations The following summary level statistics for GWAS based on an additive genetic model will be generated by each biobank and shared as text files for meta-analysis of variant associations. 1. Basic variant metrics, including chromosome positions (GRCh37 (hg19)), reference and alternative alleles (on the forward strand), and allele frequency (for binary traits, allele frequencies in cases and in controls).  Indels: Please list specific nucleotides for indels instead of using I and D and chromosome position for the leftmost nucleotide. 2. Single variant association test statistics, including the effect size and the standard error of effect size for each variant The following header is recommended for the sharing summary statistics CHR POS Allele1 Allele2 AC_Allele2 AF_Allele2 imputationInfo AF.Cases AF.Controls N.Cases N.Controls BETA SE p.value Tstat varT CHR: chromosome POS: genome position Allele1: allele 1 Allele2: allele 2 (effect allele) AC_Allele2: allele count of allele 2 AF_Allele2: allele frequency of allele 2 imputationInfo: imputation info AF.Cases: allele frequency of allele 2 in cases (only for binary trait) AF.Controls: allele frequency of allele 2 in controls (only for binary traits) N.Cases: number of cases N.Controls: number of controls BETA: effect size of allele 2 SE: standard error of BETA p.value: p value Tstat: score statistics of allele 2 (if available) varT: variance of score statistics (Tstat) (if available) The minimum set include CHR: chromosome POS: genome position Allele1: allele 1 Allele2: allele 2 (effect allele) AF_Allele2: allele frequency of allele 2 BETA: effect size of allele 2 SE: standard error of BETA p.value: p value Chromosome X can be represented by “X” or “23”. Chromosomes can have chr prefix or not (“chr1” or “1”). The file should be sorted by chromosome and base pair position. Please bgzip and rename your summary statistics file:  [biobank]_[last name].[phenotype].[ancestry].[n_cases].[n_controls].[gwas software].[YYYYMMDD].txt.gz (e.g., UKBB_Doe.COVID_DX_STRICT.EUR.154.1341.SAIGE.20200414.txt.gz) If n_cases and n_controls don’t apply, use [biobank]_[last name].[phenotype].[ancestry].[gwas software].[YYYYMMDD].txt.gz Ancestry abbreviations are (following the 1000 Genomes definition): African: AFR Admixed American: AMR European: EUR East Asian: EAS South Asian: SAS (Other: please indicate appropriate label and let us know!) Upload instructions Access to Google Cloud To submit or access data in the COVID-19-hg bucket, you will first need a Google Account. You don’t necessarily need to give up your current email address, you can link to a Google Account. Here are the instructions on the Google site. Once you have a Google Account, complete this form and we’ll give you access to the bucket. Google Cloud buckets for uploading and downloading data covid19-hg-upload - use this bucket to upload data. QC checks will be done with uploaded data and the data are then transferred to the analysis bucket. covid19-hg-analysis - use this bucket to read or download data provided by participants, as well as analysis results. To upload data, go to covid19-hg-upload in Google Cloud Console, and use the Upload files or Upload folder buttons. Upload times vary depending on the network at your institution. If you prefer to use a command line utility, use gsutil. Instructions for gsutil use can be found here. To download data, simply click the checkboxes next to the files or folders, click the 3 vertical periods (ellipses) at the far right and select Download APPENDIX Analysis instructions for conducting GWAS using SAIGE Here are instructions for using the SAIGE R library which we recommend for the single-variant association tests for biobanks. This approach provides robust statistics for scenarios such as rare variants and highly skewed case:control ratios that are commonly encountered in biobank analyses. SAIGE manages case-control imbalance, related samples and rare variant test statistic behavior and is computationally efficient. The current version of SAIGE is 0.36.4.2 If possible, we recommend the use of the Docker image finngen/saige:0.36.3.2.fg to run SAIGE without the need to install it separately. SAIGE contains two steps to perform single-variant association tests. In step 1, a null logistic mixed model (for binary phenotypes) or a null linear mixed model (for quantitative phenotypes) is fitted. In step 2, for each genetic variant, a score test is conducted based on the results from step 1. The detailed tutorial can be found for 1. installing the SAIGE R library (not necessary if using the Docker image): https://github.com/weizhouUMICH/SAIGE/wiki/Genetic-association-tests-using- SAIGE#installing-saige 2. running SAIGE for single-variant association tests and examples: https://github.com/weizhouUMICH/SAIGE/wiki/Genetic-association-tests-using- SAIGE#single-variant-association-tests The default setting of parameters are recommended. Below are the example commands (all data used here can be found in this folder https://github.com/weizhouUMICH/SAIGE/tree/master/extdata) Step 1: fitting a null mixed model In this step, a plink file with genetic markers to be used for constructing the genetic relationship matrix and a phenotype file with phenotypes and covariates are used as input. Rscript step1_fitNULLGLMM.R \ --plinkFile=./input/nfam_100_nindep_0_step1_includeMoreRareVariants_poly \ --phenoFile=./input/pheno_1000samples.txt_withdosages_withBothTraitTypes.txt \ --phenoCol=y_binary \ --covarColList=x1,x2 \ --sampleIDColinphenoFile=IID \ --traitType=binary \ --outputPrefix=./output/example_binary \ --nThreads=4 Step 2: single-variant association tests The input files in this step include 1. Dosage file contain dosages/genotypes for genetic variants to be tested. Several different formats can be used: plain text (gzipped file is supported), VCF, BCF, BGEN, and SAV. 2. sampleFile. This file contains one column for sample IDs corresponding to the sample order in the dosage file. No header is included. 3. GMMATmodelFile: Output file from step 1 that contains the null model fitting results (.rda) 4. varianceRatioFile: Output file from step 1 that contains the estimated variance ratio (.varianceRatio.txt) Rscript step2_SPAtests.R \ --bgenFile=./input/genotype_100markers.bgen \ --bgenFileIndex=./input/genotype_100markers.bgen.bgi \ --minMAF=0.0001 \ --minMAC=1 \ --sampleFile=./input/samplefileforbgen_10000samples.txt \ --GMMATmodelFile=./output/example.rda \ --varianceRatioFile=./output/example.varianceRatio.txt \ --SAIGEOutputFile=./output/example.SAIGE.bgen.txt \ --numLinesOutput=2 \ --IsOutputNinCaseCtrl=TRUE --IsOutputAFinCaseCtrl=TRUE \ --IsOutputAFinCaseCtrl=TRUE is specified to output the allele frequencies in cases and in controls --IsOutputNinCaseCtrl=TRUE is specified to output the sample sizes of cases and controls If you need assistance, do not hesitate to contact us. Helene Alavere Tartu Ülikooli Genoomika Instituut Teie 24.04.2020 nr 3-10/GI/11701 / [email protected] Meie 29.04.2020 nr 1.5-20/1350-2 Andmete väljastamine Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramule tervise infosüsteemist Lugupeetud Mait Metspalu Tartu Ülikooli Genoomika Instituut kui Eesti Geenivaramu (edaspidi EGV) vastutav töötleja on edastanud Sotsiaalministeeriumile taotluse andmete väljastamiseks tervise infosüsteemist, et uuendada, täiendada ja kontrollida geenidoonorite andmeid EGV andmekogus. Tervishoiuteenuste korraldamise seaduse (edaspidi TTKS) § 591 lg 2 alusel, on tervise infosüsteemi vastutav töötleja Sotsiaalministeerium. Volitatud töötlejad on määratletud tervise infosüsteemi (edaspidi TIS) põhimääruse §-s 3, mille alusel haldab, arendab ning töötleb tervise infosüsteemi andmeid Tervise ja Heaolu Infosüsteemide Keskus (edaspidi TEHIK). TIS-i andmetele juurdepääsu võimaldamine on reguleeritud TTKS § 593 alusel. Sama sätte lõige 6 sätestab, et juurdepääs TIS-is olevatele isikuandmetele on lubatud, kui see õigus tuleneb seadusest. Inimgeeniuuringute seaduse (edaspidi IGUS) § 14 lg 3 alusel koostab ja täiendab terviseseisundi kirjeldust vastutav või volitatud töötleja nii geenidoonori ütluste kui ka raviasutustes hoitavate andmete põhjal, kogudes andmeid vaid tema enda põetud haiguste kohta. Andmete kontrollimise õigus tuleneb IGUS § 22 lõikest 5 ning § 24 lg 2 punktist 3. IGUS § 12 lg 7 alusel kehtestatud tervise- ja tööministri 11.04.2019 määruse nr 39 „Geenidoonoriks saamise nõusoleku vorm“ alusel selle lisa – geenidoonoriks saamise nõusoleku vorm – punkt 111 alusel annab isik nõusoleku vastutavale töötlejale tema terviseseisundi kohta andmete saamiseks teistest andmekogudest. See kehtib eeldusel, et isik ei ole § 24 lg 2 p 3 alusel oma andmete kontrollimist hiljem keelanud. Seega eelnevast tulenevalt on vajalik Tartu Ülikooli Genoomika Instituudi poolt enne geenidoonorite andmete edastamist TEHIK-ule kontrollida, kas isik on nimetatud nõusoleku andnud või mitte või on ta hiljem selle keelanud. Vastavat isikuandmete kaitse seaduse § 20 lg 1 punktile 1 on eriliiki isikuandmete töötlemine lubatud ainult siis, kui see on rangelt vajalik ning töötlemise lubatavus on sätestatud õigusaktis. Tartu Ülikooli Genoomika Instituudil on Tartu Ülikooli inimuuringute eetika komitee 19.11.2018 luba nr 287/M-26 andmete täiendamiseks. Sotsiaalministeerium annab eeltoodule tuginedes loa tervise infosüsteemist teabenõudes soovitud andmete väljastamiseks Tartu Ülikooli Genoomika Instituudile Eesti Geenivaramus olevate geenidoonorite andmete uuendamiseks, täiendamiseks ja kontrollimiseks. Lähtuvalt COVID-19 tingitud eriolukorrast taotleb EGV andmeid tavapärasest suurema sagedusega, kuid mitte sagedamini kui üks kord nädalas. 1 Väljavõte nõusoleku vormilt: „Alljärgnevalt on mul võimalik teha valikud, tuginedes eelnevale teabele. Oma tahte väljendamiseks teen risti ühte mulle sobiva vastusevariandi ees olevasse kasti:  Luban geenivaramu vastutaval töötlejal täiendada, uuendada ja kontrollida minu kohta geenivaramus hoitavat terviseseisundi kirjeldust. Tean, et mul on õigus see luba hiljem tagasi võtta.  Ei luba geenivaramu vastutaval töötlejal minu kohta geenivaramus hoitavat terviseseisundi kirjeldust täiendada, uuendada ega kontrollida. Olen teadlik, et kui ma ei luba geenivaramu vastutaval töötlejal terviseseisundi kirjeldust täiendada, uuendada ega kontrollida, siis ei ole geenivaramus hoitavate andmete põhjal võimalik teha täpset teadus- ja arendustööd ega minu haigusriske täpselt hinnata.“ Suur-Ameerika 1 / 10122 Tallinn / 626 9301 / [email protected] / www.sm.ee / registrikood 70001952  2 Tervise infosüsteemist väljastatavate andmete koosseis on järgmine: 1. Andnud geenidoonori kohta: ambulatoorne epikriis, statsionaarne epikriis, saatekiri, saatekirja vastus ja immuniseerimise teatis2. 2. Geenidoonorite kohta, kellele on tehtud SARS-CoV-2 test (nii positiivsed kui ka negatiivsed testi tulemused), väljastatakse järgmised andmed perioodiliselt, kuid mitte sagedamini kui üks kord nädalas: a) SARS-CoV-2 testimise fakti ja testi tulemuse info. b) Kõikide testitud geenidoonorite kohta samad andmed, mis on loetletud punktis 1. c) Geenidoonorite kohta, kellel on andmebaasis diagnoos RHK-10 koodiga U 07.2 samad andmeid, mis on loetletud punktis 1. Väiksemas mahus andmete väljastamise koosseisu ja sageduse lepivad EGV ja TEHIK omavahel kokku seejuures mitte laiendades eelpool toodud andmekoosseisusid või andmete väljastamise sagedust. Andmevahetuseks väljastab EGV TEHIKule eelpool kirjeldatud nõusoleku andnud geenidoonorite andmed (isikukood, nimi, eesnimi). Andmed tuleb edastada vastavalt teabenõudes kirjeldatud andmeedastuse protokollile krüpteeritud kujul, kasutades selleks VeraCrypt tarkvara ning võttes aluseks Tartu Ülikooli Genoomika Instituudi poolt edastatud isikuandmed, mis krüpteeritud failina adresseeritakse Tervise ja Heaolu Infosüsteemide Keskuse kui volitatud töötleja nimele (reg kood 70009770). Krüptimise parooli edastab TEHIK Geenivaramule krüpteeritult Digidoc konteineris Helene Alavere (isikukood 46110032713) nimele. Krüpteeritud terviseandmed edastatakse Geenivaramule mööda turvalist kanalit Geenivaramu poolt ette valmistatud aadressile. Geenivaramu määrab ja edastab TEHIKule krüpteeritult kasutajatunnuse ja parooli aadressile ligipääsemiseks. Andmevahetuse kohta vormistatakse vastav akt. Lugupidamisega (allkirjastatud digitaalselt) Marika Priske kantsler Lisa: 1. Tartu Ülikooli Genoomika Instituudi 24.04.2020 taotlus tervise infosüsteemist andmete väljastamiseks Lisaadressaadid: Tervise ja Heaolu Infosüsteemide Keskus Mai-Liis Kullama 6269 755 [email protected] 2 Andmete kooseis on kirjeldatud TTKS § 592 lõike 2 alusel kehtestatud sotsiaalministri 17. septembri 2008. a. vastu võetud määruse nr 53 „Tervise infosüsteemi edastavate dokumentide andmekoosseisud ja nende esitamise tingimused ja kord“ lisades nr 1 - 4 ja 10 Lp. Kalle Killar e-teenuste arengu ja innovatsiooni osakond Sotsiaalministeerium 24.04.2020 Nr. 3-10/GI/11701 Suur-Ameerika 1, 10129 Tallinn Tartu Ülikooli genoomika instituudi taotlus Austatud Kalle Killar Käesolevaga soovib Tartu Ülikool, registrikood 74001073 saada andmeid E-tervise andmebaasist. Varem on andmevahetused toimunud kolmel korral – 2014., 2016. ja 2020. aastal. Andmete kasutamise eesmärk Eesti Geenivaramu (edaspidi EGV) vastutav töötleja on Tartu Ülikool, kelle eesmärk EGV vastutava töötlejana on edendada geeniuuringute arengut, koguda teavet Eesti rahvastiku tervise ja pärilikkuse informatsiooni kohta ning rakendada geeniuuringute tulemused rahva tervise parandamiseks. EGV andmete kogumine algas 2002. aastal ning käesolevalt on EGV-s üle 200 000 eestimaalase andmed. EGV andmekogu põhjal tehtavad uuringud on jätkuvad ega ole piiratud käesoleva aja teaduse tasemega. EGV tegevus näeb ette kogutud andmete uuendamist, täiendamist ja kontrollimist teistest andmebaasidest ning vajadusel ka andmete parandamist. Andmete võrdlemine ja täiendamine võimaldab tõsta andmekogu usaldusväärsust ja selle kaudu ka EGV andmete põhjal läbiviidavate uurimustööde kõrget teaduslikku taset. Ilma laia ja võimalikult täpse fenotüübiandmestikuta ei ole võimalik usaldusväärselt hinnata geenide rolli haiguste kujunemisel ja seega ei saa täita EGV-le seadusega pandud eesmärke. Seaduslik alus EGV tegevust reguleerib Inimgeeniuuringute seadus (edaspidi IGUS), mis on vastu võetud 13.12.2000, RT I 2000, 104, 685 (praegu kehtiva redaktsiooni jõustumise kuupäev 15.03.2019). IGUS §24 lõike 2 punkt 3 sätestab, et depseudonüümimine on lubatud geenidoonori terviseseisundi kirjelduse uuendamiseks, täiendamiseks või kontrollimiseks ilma geenidoonoriga ühendust võtmata, kui geenidoonor ei ole keelanud andmete täiendamist, uuendamist või kontrollimist. Kõik geenidoonorid on allkirjastanud geenidoonoriks saamise nõusoleku vormi, milles geenidoonorit teavitatakse geenidoonoriks saamise tingimustest. Geenidoonorilt nõusoleku saamist reguleerib IGUS §12. Geenidoonoriks saamise kirjaliku nõusoleku vormi, selle täitmise ja säilitamise korra kehtestab valdkonna Ülikooli 18, 50090 Tartu | 737 5100 | [email protected] | www.ut.ee | Registrikood 74001073 eest vastutav minister. „Geenidoonoriks saamise nõusolekuvorm, selle täitmise ja säilitamise kord“ on kinnitatud 17.12.2001 sotsiaalministri määrusega nr. 36 (praegu kehtiva redaktsiooni jõustumise kuupäev 20.04.2019, tervise- ja tööministri määrus nr. 39). Geenidoonoriks saamise nõusoleku vorm tutvustab geenidoonorile, et EGV võib saada andmeid geenidoonori kohta teistest andmebaasidest ja ta saab teha valiku, kas ta lubab või ei luba EGV vastutaval töötlejal täiendada, uuendada ja kontrollida tema kohta geenivaramus hoitavat terviseseisundi kirjeldust teistest andmebaasidest. Samuti teavitatakse nõusoleku vormi uues redaktsioonis, et kui geenidoonor ei luba geenivaramu vastutaval töötlejal terviseseisundi kirjeldust täiendada, uuendada ega kontrollida, siis ei ole geenivaramus hoitavate andmete põhjal võimalik teha täpset teadus- ja arendustööd ega tema haigusriske täpselt hinnata. Kui geenidoonor on keelanud andmete täiendamise teistest andmebaasidest, siis EGV tema andmeid linkimiseks ei väljasta. Andmete täiendamiseks E-tervise andmebaasisit on EGV saanud kooskõlastuse Tartu Ülikooli inimuuringute eetika komiteelt, loa nr. 287M-26, 19.11.2018; loa kehtivuse lõpp 31.12.2023. Taotletavate andmete koosseis ja hulk Käesolevalt taotleb EGV andmeid tavapärasest suurema sagedusega. Selle põhjenduseks on Eestis välja kuulutatud tervisega seotud kriisiolukord. Nimelt on ägeda raskekujulise respiratoorse sündroomi viirus 2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2; SARS-CoV-2) põhjustanud koroonaviiruse haigus 2019 (Coronavirus disease 2019; COVID-19) ülemaailmse pandeemia. Terviseameti andmetel on seisuga 20.04.2020 Eestis andnud positiivse testi 1535 inimest. Käesolevalt puudub spetsiifiline SARS-CoV-2 infektsioonist tingitud COVID-19 ravi ja tegeletakse sümptomite (kõrge palavik, köha, hingamisraskused) leevendamisega ja kontrolli all hoidmisega. Samuti puudub SARS-CoV-2 vastane vaktsiin. Seega on teadlastel koostöös meditsiinitöötajate ja ravimifirmadega vaja kiiremas korras välja arendada vahendid COVID-19 ohjeldamiseks ja raviks. Kuna SARS-CoV-2 on uus viiruse tüvi, millega inimesel teadaolevalt varasem kokkupuude puudub, siis ei tunta ka COVID-19 patogeneesi ega teata täpselt, milliseid organeid, rakke, signaaliradu ja geenide ekspressiooni see inimeses võiks mõjutada. Samuti ei teata, kuidas mõjutavad viirusega nakatumist ja COVID-19 haiguse kulgu inimese geenid ja nende variandid. Selleks, et teadlased saaksid maksimaalselt panustada selle aegkriitilise terviseprobleemi uurimisse ja lahendamisse soovib EGV saada andmeid koroonaviiruse suhtes testitud geenidoonorite kohta tavapärasest sagedamini, kuid mitte rohkem kui üks kord nädalas ja seda kuni 2020. aasta lõpuni. Sellega täienevad EGV geenidoonorite andmed kaasajastatud informatsiooniga COVID-19 kohta. Selline andmete täiendamine on kooskõlas EGV-le seadusega pandud ülesannetega ning annab võimaluse uurijatele käesolevas kriisiolukorras saada EGV-st täielikke ja aktuaalseid andmeid. Pärast nimetatud perioodi lõppu jätkab EGV andmete täiendamist E-tervise andmebaasist tavapärase sagedusega. 2 (4) Taotletavate andmete koosseis ja hulk 1. Tartu Ülikool taotleb E-tervise andmebaasist terviseandmeid kõikide geenidoonorite kohta. Käesolevalt on EGV andmebaasis üle 200 000 isiku andmed. Taotletavad andmed: a. ambulatoorne epikriis; b. statsionaarne epikriis; c. saatekiri; d. saatekirja vastus; e. immuniseerimise teatis. Nimetatud andmete täpne koosseis on toodud Sotsiaalministri määruse nr. 53 lisades nr. 1-4 ja 10 (Tervise infosüsteemi edastatavate dokumentide andmekoosseisud ning nende säilitamise tingimused ja kord, kehtiv redaktsioon RT I, 06.03.2020, 17, 41 jõustumise kpv. 09.03.2020). 2. Geenidoonorite kohta, kellele on tehtud SARS-CoV-2 test (nii positiivsed ja negatiivsed testi tulemused), soovib EGV eriolukorra tõttu saada järgmisi ajakohastatud andmeid perioodiliselt, kuid mitte sagedamini kui üks kord nädalas: a. SARS-CoV-2 testimise fakti ja testi tulemuse info b. Kõikide testitud geenidoonorite kohta samu andmeid, mis on loetletud punktis 1. Taotletavad andmed. c. Geenidoonorite kohta, kellel on diagnoositud koroonaviiruse haigus kliiniku ja epidemioloogilise anamneesi alusel (kokkupuude viirusega nakatunud isikuga) ning kellel on andmebaasis diagnoos RHK-10 koodiga U 07.2 samu andmeid, mis on loetletud punktis 1. Taotletavad andmed. Andmevahetuseks väljastatakse E-tervise volitatud töötlejale kõikide geenidoonorite andmed (isikukood, nimi, eesnimi). Taotletavate andmete koosseisu ja andmete väljastamise sagedust võib jooksvalt muuta ainult eelneva EGV ja E-tervise volitatud töötleja vahelise kokkuleppe alusel, kuid andmete saamise intervall ei saa olla sagedasem kui üks kord nädalas ning taotletavate andmete hulk ei saa olla suurem kui on loetletud ülal. Andmeedastuse protokoll: 1) Algandmed (isikukood, eesnimi, perenimi) MS Excel formaadis krüpteeritakse E-tervise volitatud isiku nimele ID-kaardi sertifikaate kasutades; 2) Vastav andmefail edastatakse E-tervise volitatud isiku e-posti aadressile; 3) Vastava geenidoonori andmetele lisatakse E-tervise andmebaasis tema kohta leiduvad andmed; 4) E-tervise poolt krüpteeritakse andmefail ning edastatakse kokkulepitud turvaliste kanalite kaudu; 3 (4)  5) Andmete vahetuse kohta vormistatakse üleandmise-vastuvõtmise akt. EGV volitatud isikuks andmevahetuse tehniliste üksikasjade täpsustamisel on IT arendusjuht Kristjan Metsalu, [email protected] Kinnitame, et saadud andmeid kasutatakse vaid taotletaval eesmärgil, viisil ja muudele andmete väljastamisel kindlaksmääratud tingimustele vastavalt. Taotluse kehtivuse aeg on kuni 31.12.2020. Lugupidamisega Mait Metspalu TÜ genoomika instituudi direktor /allkirjastatud digitaalselt/ Kontaktisik Helene Alavere TÜ genoomika instituut Andmekogumise osakonna juhataja, projektijuht +372 5062542 [email protected] Lisa 1. TÜ inimuuringute eetikakomitee kooskõlastus nr. 287M-26 4 (4)  Tartu Ülikooli inimuuringute eetika komitee Protokolli number: 287/M-26 koosolek: 19.11.2018 Komitee koosseis: Esimees Kadri Tamme Tartu Ülikool, meditsiiniteaduste valdkond, anestesioloogia ja intensiivravi lektor Aseesimees Kristi Lõuk Tartu Ülikool, humanitaarteaduste ja kunstide valdkond, projektijuht / doktorant Liikmed Naatan Haamer Tartu Ülikooli Kliinikum, hingehoidja Ruth Kalda Tartu Ülikool, meditsiiniteaduste valdkond, peremeditsiini professor / õppetooli juhataja Malle Kuum Tartu Ülikool meditsiiniteaduste valdkond, farmakoloogia lektor / farmakoloogia teadur Maire Peters Tartu Ülikool, meditsiiniteaduste valdkond, geneetika vanemteadur Kärt Pormeister Tartu Ülikool, sotsiaalteaduste valdkond, doktorant Mare Remm Tartu Tervishoiu Kõrgkool, bioanalüütiku õppekava dotsent Pille Taba Tartu Ülikool, meditsiiniteaduste valdkond, neuroloogia professor Oivi Uibo Tartu Ülikool, meditsiiniteaduste valdkond, lastegastroenteroloogia professor Vahur Ööpik Tartu Ülikool, meditsiiniteaduste valdkond, spordifüsioloogia professor Otsus: Kooskõlastada uurimistöö jätkamine Uurimistöö nimetus: Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu andmete täiendamine E-tervise andmebaasist Vastutav uurija (asutus): Andres Metspalu (Tartu Ülikooli Genoomika Instituudi Eesti geenivaramu, Riia 23b, Tartu 51010) Komitee poolt läbivaadatud dokumendid: 1. Kaaskiri 2. Muudatustega uurimistöö avaldus kooskõlastuse saamiseks Tartu Ülikooli inimuuringute eetika komiteelt. Uurimistöö lõpp: 31.12.2023. Komitee esimees: Kadri Tamme /allkirjastatud digitaalselt/ Komitee sekretär: Kaire Kallak /allkirjastatud digitaalselt/ Väljastatud: /viimase digitaalallkirja kuupäev/ ________________________________________________________________________________ Tartu Ülikool tel 737 6215 grandikeskus e-post [email protected] Lossi 3 www.ut.ee/teadus/eetikakomitee 51003 Tartu