Taotlus

Saatja: "Tartu Ülikool" <[email protected]> Saaja: "SM Info" Teema: Teiega on jagatud dokumenti Kuupäev: 2024-08-06 14:55 Tere EBINile esitatakse jätkutaotlus nr 1 uurimistööle "Süsteemne endotokseemia kui kroonilise põletiku põhjustaja – artriidi biomarkerid ja uued ravieesmärgid (ENDOTARGET)" kooskõlastuse saamiseks. Teiega on jagatud Webdesktop-i dokumenti vaatamiseks/allkirjastamiseks, mis asub järgneval aadressil: https://dok.ut.ee/sharing/?page=view_shared_item <https://dok.ut.ee/sharing/?page=view_shared_item&item_id=2498284504&key=e5fef9de5f534e3c2cffcf1df0dcd2aa72a0f6c3&lang=et> &item_id=2498284504&key=e5fef9de5f534e3c2cffcf1df0dcd2aa72a0f6c3&lang=et -- Helene Alavere [email protected] +372 506 2542 APPLICATION TO THE ESTONIAN C OMMITTEE ON BIOETHICS AND HUMAN RESEARCH FOR ETHICAL EVALUATION OF THE RESEARCH PROJECT 1. Name of the study ( in case of a n application in English, the name of the study in Estonian is required in parallel ) Systemic Endotoxemia as a driver of chronic inflammation: Searching novel biomarkers and therapeutic targets for Arthritis (ENDOTARGET). Süsteemne endotokseemia kui kroonilise põletiku põhjustaja – artriidi biomarkerid ja uued ravieesmärgid (ENDOTARGET). 2. The main purpose of the study (up to 450 characters / 0.25 pages) ( in case of a n application in English, the main purpose of the study should be provided in Estonian , too ) In this project, we aim to explore the relationship between gut microbiota, intestinal permeability, and systemic endotoxemia ( SE ) . Further we aim to understand their role as drivers of disease onset and disease activity in osteoarthritis (OA), rheumatoid arthritis (RA), and spondylarthritis (SA), as well as targets of preventive and therapeutic approaches. We will study the events leading to disease onset by taking advantage of the data and blood plasma and feces samples already available in Estonian Biobank , and also collect additional data and samples to add another timepoint to the analyses and confirm our hypotheses . We will evaluate the associations between genetic variation , metabolome , microbiome, blood markers, different clinical traits and defined outcomes of interest (SE, OA, RA, SA) to identify potential predictors. This data will be further used to construct risk prediction models for studied RD diseases. Selle projekti eesmärk on uurida seoseid soolestiku mikrobioota , soolestiku läbilaskvuse ja süsteemse endotokseemia (SE) vahel . Lisaks püüame mõista nende mõju osteoartriiti (OA) , reumatoidartriiti (RA) ja spondüloartriiti haigestumisele (SA) ning haiguse aktiivusele , samuti nende mõju haiguste ennetamise ja ravimeetodite valikutele . Uurime haigestumiseni viivaid sündmusi , kasutades Eesti geenivaramus olemasolevaid vere plasma ja väljaheiteproov e ning kogume ka täiendavaid andmeid ja proove , et saada teine ajapunkt ning kinnitada meie hüpoteese . Projektis tahetakse leida meid huvitavate reumaatiliste haiguste ja süsteemse endotokseemia varajasi markereid , selleks hinnatakse nende seoseid geneetiliste variatsioonide , metaboloomi , mikrobioomi , veremarkerite , erinevate kliiniliste näitajat ega . Seejärel , kasutatakse n eid andmeid uuritud reumaatiliste haiguste riskiennustusmudelite koostamiseks . For the storage and research of tissue samples outside the territory of the Republic of Estonia, we request the corresponding permission from the Senate of the University of Tartu. We submit the application in English, as many partners are from abroad and do not speak Estonian. 3. Principal investigator(s) and their contact details Given name(s): Reedik Last name: Mägi Position: Professor in Bioinformatics Institution: University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Genomics (UTARTU) Phone: 7374045 e-mail: [email protected] Skype: reedik_m 4. Other researchers involved in the study ( add lines as necessary ) Researchers from University of Tartu Given name(s): Ene Last name: Reimann Position: Research Fellow of Orthogenomics Institution: University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Genomics (UTARTU) Given name(s): Kristi Last name: Läll Position: Research Fellow of Statistical Genetics Institution: University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Genomics (UTARTU) Given name(s): Helene Last name: Alavere Position: Head of the Data Collection Office Institution: University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Genomics (UTARTU) Given name(s): Karoliina Last name: Kruusmaa Position: Specialist Institution: University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Genomics (UTARTU) Given name(s): Triin Last name: Laisk Position: Associate Professor of Genomics and Reproductive Genetics Institution: University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Genomics (UTARTU) Given name(s): Kristjan Last name: Metsalu Position: Head of IT Development Unit Institution: University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Genomics (UTARTU) 9 . Given name(s): Elin Last name: Org Position: Professor Institution: University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Genomics (UTARTU) 1 0 . Given name(s): Oliver Last name: Aasmets Position: Research Fellow of Statistical Metagenomics Institution: University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Genomics (UTARTU) 11. Given name(s): Kertu-Liis Last name: Krigul Position: Junior Research Fellow , PhD Student Institution: University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Genomics (UTARTU) 1 2 . Given name(s): Kreete Last name: Lüll Position: Specialist Institution: University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Genomics (UTARTU) 1 3 . Given name(s): Annabel Last name: Klemets Position: MSc student in GI Research Group of Microbiome Institution: University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Genomics (UTARTU) 14. Given name(s): Kater y na Last name: Pa n tiuk h Position: MSc student in GI Research Group of Microbiome Institution: University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Genomics (UTARTU) 1 5 . Given name(s): Galadriel Luzia Last name: Velazquez Silva Position: PhD student in GI, Junior Research Fellow in Genomics Institution: University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Genomics (UTARTU) 1 6 . Given name(s): Nele Last name: Taba Position: Research Fellow of Statistical Metabolomics Institution: University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Genomics (UTARTU) Researchers from the partner institutions: 1. Given name(s): Aare Last name: Märtson Position: Orthopaedist, Professor of Orthopedics Institution: Tartu University Hospital, Traumatology and Orthopaedics Clinic (TUH) and University of Tartu, Institute of Clinical Medicine (UTARTU) 2 . Given name(s): Kaspar Last name: Tootsi Position: Orthopaedist, Research Fellow in Orthopedics Institution: Tartu University Hospital, Traumatology and Orthopaedics Clinic (TUH) and University of Tartu, Institute of Clinical Medicine (UTARTU) 3. Given name(s): Egon Last name: Puuorg Position: Orthopaedist Institution: Tartu University Hospital, Traumatology and Orthopaedics Clinic (TUH) 4 . Given name(s): Katrin Last name: Ulst Position: Rheumatologist Institution: Tartu University Hospital, Internal Medicine Clinic (TUH) 5 . Given name(s): Raili Last name: Müller Position: Rheumatologist , Rheumatology lecturer Institution: Tartu University Hospital, Internal Medicine Clinic (TUH) and University of Tartu , Institute of Clinical Medicine (UTARTU) NOTE! Partners from Tartu University Hospital will support the ENDOTARGET project with the clinical know-how and do not meet the BPs or get to know their identity. They will see only the pseudonymised health records and analysis data. 6 . Given name(s): Goncalo Last name: Barreto Position: Principal investigator Institution: Helsinki University Hospital, Department of Rheumatology, Helsinki, Finland (HUS) 7 . Given name(s): Jukka Last name: Parantainen Position: PhD student Institution: Helsinki University Hospital, Department of Rheumatology, Helsinki, Finland (HUS) 8 . Given name(s): Kari Last name: Eklund Position: Professor, rheumatologist Institution: Helsinki University Hospital, Department of Rheumatology, Helsinki, Finland (HUS) 9 . Given name(s): Johanna Last name: Ferrero Position: Postdoctoral researcher Institution: Helsinki University Hospital, Department of Rheumatology, Helsinki, Finland (HUS) 10. Given name(s): Sirkku Peltonen Last name: Peltonen Position: Head Physician Institution: Helsinki University Hospital, Department of Rheumatology, Helsinki, Finland (HUS) NOTE! Partners from Helsinki University Hospital will support the ENDOTARGET project with the clinical know-how and do not meet the BPs or get to know their identity. They will also receive pseudonymized blood plasma samples for measuring the endotoxemia markers and summary statistics from the Estonian Biobank ( EstBB ) data analyses. They will not receive any individual level data. 11. Medical service provider. As the procurement has not been conducted yet, we cannot give the e xact name of the service provider and its contact person. NOTE! The medical service provider to collect the samples and carry out the blood marker analyses will be chosen through a procurement process among service providers accredited by the Estonian Accreditation Centre and holding the necessary permits, licenses and certificates for the provision of the laboratory services. Since we will be recruiting BP-s for the study from across Estonia, the service provider will be chosen based on the extent of coverage of their medical clinics and ability to receive study subjects and collect samples at a collection point as close to the individuals as possible. T he service provider will support the ENDOTARGET project by collecting and transferring the blood samples, transferring the feces and saliva samples to GI, and performing RD blood marker analyses. In order to do so, the medical staff at the clinics must meet the BPs and validate their identity via passport or ID card. They will not receive any additional individual level data. 5. Financing of the study Sources of funding HORIZON-HLTH-2022-STAYHLTH-02-01, No: 101095084 (01.01.2023-31.12.2026) Total cost of the study ( amount ) Total cost of the ENDOTARGET project is 6,997,891.00 €, allotment of the University of Tartu is 598,000 € https://www.etis.ee/Portal/Projects/Display/0d03c4f7-493a-4f03-93f0-cb16b1d842ae Financial compensation for the study participants ( yes, no , explanation and amount ) There will be no financial compensation offered for the study participants. The feces collection kit will be sent to participants via post, and they can leave the collected samples to the blood collection centre they prefer (e.g. closest to their home ) . The blood and saliva samples can be taken also at the blood collection centre . Insurance provided for the study participants ( yes, no, name of the insur ance company and the certificate of insurance (COI)) No 6. Study period ( the beginning and end dates (MM/YYYY ) ) 01.01.202 4 – 31.12.20 30 The study period is longer than the period of ENDOTARGET project with EU funding as the data analysis will take place also after the official end of the ENDOTARGET project . 7. Information about previous or parallel evaluation of the same study project ( incl in other countries) The project has been evaluated by EBIN and the decision has been given in 21.st of December 2023 (No 1.1-12 /4564). 8. Brief overview of previous studies on the same topic ( up to 900 characters / 0.5 pages) Rheumatic diseases (RD) affect more than 5 % of Europe's population and cause significant disability, pain, and reduced lifespan. Rheumatoid arthritis (RA), s pondyloarthritis ( SA ) and osteoarthritis (OA) are the most common causes of articular destruction in Western societies. 1,2 Although there has been during recent years significant progress in the treatment of RA and AS still signifi c ant proportion of patients do not respond to treatment, which can lead into significant morbidity, loss of function, inability to work and human suffering. There are no effective targeted drugs available for treatment of OA and only efficacious treatment is the surgical replacement of the arthritic joints. The pathogenesis of these diseases is incompletely understood. Dysbiosis of intestinal microbiota i.e. deleterious alterations of the composition and/or function of the gut microbiota has been implicated in the pathogenesis RA, AS and OA. 3 However, the mechanisms through which intestinal dysbiosis contributes to disease pathogenesis are largely unknown. Leakage of harmful compounds from intestinal bacteria in particular immunologically highly active bacterial wall lipopolysaccharides (LPS) is a significant source of systemic inflammation posing a high proinflammatory burden on the body. High systemic levels of LPS are referred to as “systemic endotoxemia (SE)”. It is promoted by intestinal dysbiosis, compromised intestinal barrier function and lifestyle factors. Increased gut permeability facilitates the translocation of gut bacteria and bacterial effector moleculs across the gut-blood-barrier to reach systemic circulation. LPS stimulates the innate immune system and cells of the target organs via the activation of Toll like receptors (TLRs). They can also promote autoimmunity by activating adaptive immunity. Our recent study showed that blood LPS biological activity correlates with the activity of RA and is also a significant independent predictor of the treatment response. 4 1 https://cordis.europa.eu/article/id/97231-ep-calls-to-recognise-the-extraordinary-burden-of-rheumatism-and-arthritis 2 European Alliance Of Associations For Rheumatology (EULAR), position paper, November 2011 (H2020 Framework Action: (eular.org) 3 Wang Y, Wei J, Zhang W, Doherty M, Zhang Y, Xie H, Li W, Wang N, Lei G, Zeng C. Gut dysbiosis in rheumatic diseases: A systematic review and meta-analysis of 92 observational studies. EBioMedicine . 2022 Jun;80: Epub 2022 May 17. 4 Parantainen J, Barreto G, Koivuniemi R, Kautiainen H, Nordström D, Moilanen E, Hämäläinen M, Leirisalo -Repo M, Nurmi K, Eklund KK. The biological activity of serum bacterial lipopolysaccharides associates with disease activity and likelihood of achieving remission in patients with rheumatoid arthritis. Arthritis Res Ther . 2022 Nov 21;24(1):256. 9. Rationale for the planned study and research questions and / or hypotheses (up to 1800 characters, 1 page) In this project, we will explore the role of chronic systemic inflammation caused by intestinal microbiota derived immunologically active compounds, as a driver in the transition from health to disease with a special focus on three rheumatic diseases (RDs); osteoarthritis (OA), rheumatoid arthritis (RA), and spondylarthritis ( SpA ). RDs affect more than 5 % of Europe's population and cause significant disability, pain, and reduced lifespan. 3 As per EULAR, in Europe, rheumatic and musculoskeletal conditions represent an economic burden of estimated 240B€/year. 4 Dysbiosis of intestinal microbiota i.e. deleterious alterations of the composition and/or function of the gut microbiota has been implicated in the pathogenesis of a number of diseases. However, the mechanisms through which intestinal dysbiosis contributes to disease pathogenesis are largely unknown. Leakage of harmful compounds from intestinal bacteria in particular immunologically highly active bacterial wall lipopolysaccharides (LPS) is a significant source of systemic inflammation posing a high proinflammatory burden on the body. High systemic levels of LPS are referred to as “ systemic endotoxemia ( SE) ”. It is promoted by intestinal dysbiosis, compromised intestinal barrier function and lifestyle factors. Increased gut permeability facilitates the translocation of gut bacteria and specific bacterial structures across the gut-blood-barrier to reach systemic circulation. The more general idea of ENDOTARGET project is to use t he extensive data collected from large cohort studies on the composition of intestinal microbiota, degree of intestinal permeability, SE, genetic risk profiles, and biomarkers from mechanistic studies involving the target tissue; and from interventional studies to validate predictive artificial intelligence (AI) algorithms in order to understand the role of microbiota in intestinal permeability and SE, and in the risk of developing the target RDs. By combining all this data, machine learning ( ML) and AI-informed rheumatic disease prediction tool (RDPT) will be developed for clinicians to help them identify patients with increased risk of developing the target diseases. It will thus assist in the choice of personalized blueprint intervention to reduce the risk of these diseases and disease activity in RA and SpA and to slow down the progression of OA. Using similar approaches we will develop recommendations, which will enable people to assess their own personal disease risk and provide them with the means to reduce their personal risk by modification of diet and/or other lifestyle factors. The role of EstBB in th i s project is to participate in (1) Population cohort analysis to explore biomarkers &amp; lifestyle factors influencing health to disease transition by running whole genome association analyses for r h eumat ic diseases using EstBB cohort ; (2) Developing Novel Strategies to prevent and control arthritis by interfering with the gut-joint axis (3) Data management, multiomics modelling and AI by perform unsupervised and supervised analysis combining standardized and harmonised clinical, genomic, metabolomic and microbiome data. ______________________________________________________________________________ __________________________ 3 https://cordis.europa.eu/article/id/97231-ep-calls-to-recognise-the-extraordinary-burden-of-rheumatism-and-arthritis 4 European Alliance Of Associations For Rheumatology (EULAR), position paper, November 2011 (H2020 Framework Action: (eular.org) 10. Research methodology (up to 1800 characters, 1 page) To i dentif y drivers of chronic inflammation that determine the transition from health to pre-symptomatic and early stages of RDs , we will explor e systemic endotoxemia in population level together with host genetic and gut microbiome analysis . ENDOT A RGET will combine dif f erent molecular phenotypes to model the arthriti s . For that we have defined three different cohorts we would use in ENDOTARGET study. Whole Estonian Biobank cohort (n&gt;200,000 biobank participants, BPs ) W e will identify individuals from the whole Estonian Biobank cohort (n&gt;200,000) who have been diagnosed with RA, OA or SpA or individuals with no such diagnosis as healthy controls (Please see the detailed inclusion and exclusion criteria from Appendix 1 ). Using the EstBB whole cohort, we will generate the risk prediction models for RDs and calculate the polygenic risk scores for RA, OA and SpA . For that the genotype and phenotype data already available in EstBB will be applied. C ohort 6 000 (n = 6 , 000 BPs ) From the whole EstBB cohort, we will choose up to 6 000 BPs with or without the arthritis diagnosis for the further endotoxemia bio marker analyses (Appendix 2 .) . We will choose these 6 000 BPs based on the availability of the plasma samples in EstBB and the criteria listed in Appendix 1 . W e will include BPs into Cohort6000 based on three additional criteria: (1) BPs with high or low risk for RDs (considering the risk scores calculated on whole Estonian Bi o bank cohort ) , but with no such diagnosis or (2) have the diagnosis during recruitment into EstBB (prevalent cases) or ( 3 ) BPs, who have received the RDs diagnosis after joining the EstBB (incident cases). For that the genotype and phenotype data and plasma samples already available in EstBB will be applied. Cohort1000 or Call-Back Cohort (n=1,000 BPs) This cohort will be chosen based on the endotoxemia biomarker analyses (Appendix 2 .) results from the Cohort6000. The call-back cohort will be chosen amongst the Whole EstBB Cohort (n&gt;200,000), the BPs will be with or without the arthritis diagnosis. We would call-back up to 1000 BPs to participate in ENDOTARGET study to collect additional samples (venous blood, feces and saliva samples) and data (Please see Appendix 6 for the study questionnaire). Blood samples will be used for additional analyses (Appendix 2 ) and feces and saliva samples for gut and oral metagenome (microbiome) analysis. With the data and samples from these three cohorts, we plan to conduct the following analyses: Genome-wide association study (GWAS) between molecular traits and clinical outcomes using regression-based models. For GWAS genome-wide genetic information is needed along with metabolomics data and clinical data. We already have all this information for over 200 000 BPs in EstBB , thus we do not need to collect additional data or samples for these analyses. We would in cl ude all the OA, RA and SpA ( currently ~70 500 BPs) cases from EstBB cohort and the rest will be applied as controls to achieve the maximum power for the calculations (Appendix 1 ) . Analysis of endotoxemia markers from blood plasma . Blood markers will be measured from blood plasma (List of markers in Appendix 2 ). We will use blood plasma from BPs chosen into Cohort6000 and Cohort1000 . We will analyse the blood plasma collected during the recruitment into EstBB and/or during the recruitment into EstMB cohort* and/or during recruitment into ENDOTARGET study Cohort1000 . Thus, for some BPs we might analyse plasma samples taken from different timepoints. Analysis of rheumatic diseases markers from blood samples. RD markers will be measured from blood samples (List of markers in Appendix 2) from BPs chosen into Cohort1000. Blood samples are collected during recruitment into ENDOTARGET study. Risk prediction models using genomic, metabolomic, lifestyle and other predictive factors for SE. We will use EstBB dataset and GWAS meta-analysis summary statistics from the leave-one-out meta-analysis to generate genetic risk scores (GRS) for the outcomes of interest. For this, we will use the GRS pipeline in place at the EstBB , which incorporates PRScs software, a Python-based tool that infers SNP effect sizes using GWAS summary statistics and an external LD reference panel. We will test the generated GRSs for associations with outcomes of interest and will measure the prediction accuracy using the R 2 parameter. We will then move on to test the joint effect of best-performing genetic, metabolomic and other predictive factors. PRS will be calculated using a variety of methods (such as prscs , ldpred2, megaprs , bayesR or prsice2), to best accommodate different possible genetic architectures. We will also consider different base inputs ( gwases from pan ukb ) or finngen project for selecting weights of GRSs. We will make use of available pipelines and scripts from genopred to aid analysis of the PRS validation and predictive ability. Gut and Oral Metagenome data analysis. Gut and oral microbiome composition and functionality will be characterized using shotgun metagenomic sequencing (&gt;3 Gb data per sample). We will use community clusters as a tool to assess disease risks and identify subphenotypes . All models will be additionally adjusted for other relevant covariates (BMI, age, gender, stool quality and history of antibiotic usage). The metagenomics analyses will be conducted using bacterial DNA extracted from the stool and saliva samples collected from Cohort1000 BPs. Additionally, we would use the existing metagenomics data gained from the EstMB * cohort study. * EstMB This population-based cohort that was established in 2017 with the aim of enriching Estonian Biobank with microbiome data (The Estonian Committee on Bioethics and Human Research license No 266/T-10 (16.01.2027)) . The data collected during the MB project have been merged with the EstBB´s database. Stool, oral, and blood samples were collected from 2509 EstBB participants (1764 females and 745 males), aged 23-89 years. The gut metagenome data was analysed with paired-end metagenomic shotgun sequencing using Illumina, Novaseq 6000 platform (on average 4.62 ± 0.44 Gb of data per sample). All subjects from EstMB cohort have rich clinical data (ICD-10 diagnosis and drug prescriptions from electronic health records, EHRs) and lifestyle data (dietary, mental health etc.) available from special questionnaires. 11. S tudy sample and description of recruitment method. Information and consent forms, questionnaires and tests should be submitted as annexes to the application. Sample size , inclusion of control groups In this study we have three different study cohorts : (1) Whole EstBB Cohort (n&gt;200,000 BPs), (2) Cohort 6 000 (n= 6 ,000 BPs) , (3) Cohort1000 (n=1,000 BPs) . In each cohort, there will be four study groups : BPs with RA, OA, SA and healthy controls (Appendix 1 ). In case of Whole EstBB Cohort and Cohort 6 000 we will use plasma and genotype data already available in EstBB . For Cohort1000 (Call-Back Cohort), we will invite up to 1000 BPs to participate in the ENDOTARGET study and collect new data (blood , fecal and saliva samples). As currently the response rate to study invitations has decreased to ~20 %, we would need to send invitations to up to 5000 BPs, to collect samples from 1000 BPs. The invitations will be sent out until we have recruited the 1000 BPs into ENDOTARGET study. For Cohort1000 we will use genotype data already available in EstBB . Who recruits and how/where/ by whom is informed consent obtained? (if applicable) Cohort1000 No new BPs will be recruited for current study; all the study subjects will be chosen from the current EstBB cohort. Prior to participating in the study, the BPs must voluntarily sign the ENDOTARGET study consent form (Appendix 5), which will be done online. The exact guidelines will be sent to the BPs within the study invitation (Appendix 4). How and from whom are the subjects selected (sampling frame)? What are inclusion or exclusion criteria of subjects? Cohort1000 Sampling frame is all BPs (as of the 11.06.2023 211,728 BPs). We will apply the International Statistical Classification of Diseases and Related Health Problems 10 (ICD-10) codes to decide which BPs are suitable for ENDOTARGET study. Please see the Appendix 1 for the detailed inclusion and exclusion criteria applied in the study. Type of interventions (physical, mental or data, including special categories of personal data) Cohort1000 The following samples and data will be collected: Stool samples Saliva samples Blood samples (fasting blood) Study questionnaire (Appendix 6) Burden on the subject (methods of contact, number of visits, type and number of procedures, repetition of invitations, etc.) Cohort1000 The BPs will be invited to participate in the study via e-mail (Appendix 4 ). If we receive no answer, we send out another invitation in two weeks. We will consider the answer to our invitation as “no”, if we are not able to reach the BP via two e-mails. If the BP is willing to participate in the study, he/she needs to sign the informed consent form and answer the study questionnaire online. Answering the questionnaire might take approximately between 16 minutes (for healthy controls) to 45 minutes (for OA patients with left and right hip and knee joints affected). After that a feces sample collection kit will be sent to BP via post. After BP has collected the feces sample, he/she can go to the preferred blood collection centre to give the blood and saliva samples and leave the feces sample there. The blood samples in 2x 6 ml EDTA tubes and feces and saliva sample s will be sent to GI by the blood collection centre. The blood samp l es in 2 x serum tubes and 1 x EDTA tube (altogether 10 ml) will be analysed on site in the medical laboratory of the service provider and will be discarded immediately after the analysis. As we would need a fasting sample for our study, the BP should consume no food and drink nothing except pure water at least 9 hours before giving the blood samples. It would be good, if the blood samples are given between 8.00-12.00 as also the circadian cycle affect the blood composition. Altogether up to 22 ml of venous blood will be collected possibly with a single needle stick by professional staff at the blood collection centre . 12. Issuing of tissue samples to third parties (RNA, DNA, plasma etc) The number of gene donors whose tissue samples will be issued and the types of tissue samples to be issued Endotoxemia markers from blood plasma : For measuring endotoxemia markers from blood: The blood plasma samples collected at different time points from the BPs will be analysed: (1) samples collected during the recruitment into the EstBB and/or (2) during the recruitment into the EstMB cohort (3) during recruitment into the ENDOTARGET study Cohort1000. We will use blood plasma from BPs chosen into Cohort6000 and Cohort1000 . Plasma from venous blood has been extracted and stored in the Core Facility of Genomics at the University of Tartu and the blood marker analyses will be conducted in HUS (Finland). The plasma samples will be sent to HUS two times: We will send the blood plasma samples of up to 6000 BPs (all Cohort6000 BPs) to HUS for endotoxemia marker analysis. We will use the left-over plasmas from other projects (have gone through some freeze-thaw cycles) from the first ~50,000 BPs and plasmas from EstMB project. Additionally, we will send blood plasma samples of up to 1000 BPs (all Cohort 1000 BPs) to HUS for endotoxemia marker analysis. We will send the plasma samples collected during ENDOTARGET project . RD markers from blood: From Cohort1000 we’ll collect additional blood samples (2 x serum tube and 1 x EDTA tube, altogether 10 ml of blood) for the additional blood marker analyses, which will be conducted in by medical service provider (Appendix 2 ) Metagenomics: Bacterial DNA will be extracted from the Cohort1000 (1000 BPs) stool and saliva samples in the Core Facility of Genomics at the University of Tartu. The metagenomics sequencing will be conducted in EU; however the final service provider will be decided after the samples have been collected. In order to store and study tissue samples outside the territory of the Republic of Estonia, we request the appropriate permission from the Senate of the University of Tartu. For sending out the plasma samples for Cohort6000 we have already received the approval from the Tartu University Senate ( 01.03.2024 nr 5 ) . A dditional approval will be applied for sending out the Cohort1000 samples. The amount of tissue sample to be issued per one gene donor Endotoxemia markers from blood plasma: Up to 500 ul (or as much as possible, if the available sample amount is smaller) of blood plasma per timepoint per BP will be sent to HUS (Finland). RD markers from blood: 2 x serum tubes and 1 x EDTA tube (altogether up to 10 ml of venous blood) will be collected in medical service provider and analysed there immediately. These samples will not be sent to GI and the leftovers will be discarded on site after the analysis. Metagenomics: Up to 2 ug of DNA per sample type (stool and saliva samples) will be sent for sequencing to service provider in EU. The entity to whom tissue samples will be issued (country, institution, address)? Blood plasma samples for endotoxemia marker analysis: Helsinki University Hospital, Department of Rheumatology, Helsinki, Finland (HUS) Contact person s : Goncalo Baretto HYPERLINK "mailto: goncalo.barreto@h us.fi " goncalo.barreto@h us.f i +358458538110 Biomedicum Helsinki 1 Haartmaninkatu 8, room C403b 00290 Helsinki , Finland Sirkku Peltonen [email protected] Biomedicum Helsinki 1 Haartmaninkatu 8 00290 Helsinki, Finland Blood serum and EDTA samples: The medical service provider will be determined through the procurement procedure. DNA from stool and saliva samples: The metagenomics sequencing service provider in EU will be decided after sample collection. What will be done with the residue samples (will the residue samples be destroyed or sent back to Gene Bank)? The residue samples in HUS will be sent back to EstBB after conducting the analyses. At the EstBB the remaining stool and saliva (and DNA extracted from it) and blood plasma samples will be stored indefinitely as a part of the EstBB . Long-term preservation is important as it is a valuable biological material that can be used in future research. The relevant information is provided in the consent form. The residue samples (DNA) in metagenomics sequencing service provider in EU will be destroyed on site according to the local laboratory protocols after up to 6 months of conducting the analyses. The blood samples collected for analyse s in medical laboratory service provider will be destroyed immediately after finishing the analyses. 13. Analysis of the ethical aspects of the study (3600 characters, up to 2 pages). All research involving human subjects must be carried out in compliance with ethical requirements, in particular the principles of respect for autonomy, charity and the prevention of harm, and justice. ( https://www.coe.int/en/web/bioethics/guide-for-research-ethics-committees-members ). The project is carried out on the basis of the Human Genes Research Act (HGRA https://www.riigiteataja.ee/en/eli/ee/Riigikogu/act/508042019001/consolide) and other legislation concerning the work of the EBB. The principles of bioethics have been taken into account when planning activities. 1. The principle of respect for individual autonomy The main features of the first principle are the voluntary nature of participation in the trial, the existence of written consent and the protection of privacy and personal data. This study will include data from volunteer biobank participants (BP) of Estonian Biobank . BP have signed a consent form for joining the Estonian Biobank, allowing to use their data for different research purposes. The consent form to become a gene donor and the following execution and maintenance procedures are set out by the Minister of Health and Labour (https://www.riigiteataja.ee/akt/117042019016). According to HGRA § 12 by signing the consent a gene donor agrees to provide a tissue sample, to have a description of the state of health or the genealogy of the person prepared, to entry of the description of the state of health or the genealogy in the Estonian Biobank in pseudonymised form and to use thereof for genetic research, assessment of personal health risks and prevention of diseases, public health research and statistical purposes. Scientists analysing data will use only pseudonymised data and no data re-encoding by partners will be permitted. No genomics data of BPs will be sent abroad and will be analysed by scientists of the Institute of Genomics. Therefore, the threat to the gene donors’ privacy is low. 2. The principle of not doing harm The present study has a research design developed by competent scientists and has the latest technology for performing analyzes . Implementing high-level technology ensures the accuracy and high quality of the research. 3. The principle of charity From this study EstBB will provide the gene donor no direct charity. Social charity is manifested through scientific innovation and the improvement of the health system. In the long term, the application of research results will be towards more personalized treatment, prevention and diagnosis. 4. The principle of justice This research creates a prerequisite for more effective, safer and better access to healthcare in society. Estonian Biobank is a population-based biobank, where different social and age groups are represented, the distribution of gender and other demographic features in the Estonian Biobank quite well reflect the composition of the entire Estonian population. Thus, in the long run, all members of society benefit from research. Remarks: According to the Human Gene Research Act (HGRA) EstBB all tissue samples shall be preserved in the territory of the Republic of Estonia. The University of Tartu senate may, if good reasons therefor become evident, grant permission for tissue samples to be preserved and studied outside the territory of the Republic of Estonia if the tissue sample is issued in unpersonalised form and the controller ensures effective control over the tissue samples and that the tissue samples cannot be used in a manner prohibited by legislation. The samples will be issued from the EstBB in accordance with the requirements established in sections of HGRA § 20 (1) and § 22 (4) respectively in pseudonymised form and as a set of data, which means they cannot be used as a basis for characterizing a particular gene donor and that they can only be used for scientific research. An agreement will be concluded with the institution receiving the tissue samples pursuant to §18 (3) of the HGRA. The tissue samples must be issued in accordance with a regulation of the minister responsible for the area “Procedure for Issuing Tissue Samples, DNA Description and Health Description of Gene Donors” (https://www.riigiteataja.ee/akt/86997?leiaKehtiv). Please see also https://ec.europa.eu/research/participants/data/ref/h2020/grants_manual/hi/ethics/h2020_hi_ethics-self-assess_en.pdf 13 a Human subjects Assistance questions No Yes Are people the object of research? If applicable, describe how voluntary participation in the study is ensured and any undue influence on study participants to participate in the study is avoided. Yes, we will not recruit new biobank participants with this study. The participation in the Estonian Biobank is strictly voluntary and based on signing an informed consent form. The participant rights (incl. obtaining consent and consent withdrawal) are regulated by the Human Genes Research Act. The participants are aware of the use of their data for research purposes based on HGRA §16 and the informed consent. The participants may withdraw their consent of participation and the data of these individuals will not be used in future studies. To participate in the ENDOTARGET study, gene donors invited into Cohort1000 voluntarily sign a separate study consent form. There is no fee offered to participate in the study to avoid bias. Participants have the right to withdraw from the study at any time. Are the study participants vulnerable individuals or groups? No Indicate to which vulnerable group the study participants belong and what their vulnerability lies in (details of the type of vulnerability). In case the inclusion in the study is based on informed consent, please describe the procedure for obtaining informed consent and include a consent form. These activities must ensure that individuals understand the risks involved in participating in the study. Does the study include persons who cannot themselves give informed consent to participate in the research (incl. persons with limited active legal capacity)? No Describe how the guardian or legal representative is informed and how the consent from them is obtained for partipation of the individuals with limited active legal capacity, including children/minors. Are the study participants children/minors? No Please provide age range. Describe the procedure of obtaining consent from the parents of the child. Describe how the consent of the minor is sought or the opinion of the minor is taken into account in proportion to his or her age and degree of maturity. Describe how the well-being of minors is ensured. Explain the reason for including minors in the study. Are the study participants patients? What disease/condition/disability do they have? The BPs have been diagnosed with OA, RA or SpA or have no such diagnoses (healthy controls). There is no doctor-patient relationship in this study. Details of the recruitment, inclusion and exclusion criteria and informed consent procedures. Cohort1000 During the recruitment into the ENDOTARGET study the BPs are not patients; however, it is possible that the EstBB database contains data, which is collected at the time the BPs were patients. The BPs with arthritis diagnosis are patients; however, the data and sample collection does not take place at their doctor’s office but at their home (self-collecting the feces samples ) or at preferred blood collection centre. Thus, the doctor’s- patient’s relationship is not inclining the BP to participate in the ENDOTARGET study. The BPs are informed that their participating or not participating in ENDOTARGET study does not affect the quality of their healthcare services. Detailed informed consent form (Appendix 5), notifying the subject about his or her rights, potential risks and benefits of participation is provided together with the invitation to the study. Invitation is sent via e-mail (Appendix 4). The signed informed consent is obtained from all subjects prior to inclusion into the ENDOTARGET study. The inclusion and exclusion criteria of the study participants are listed in Appendix 1. What is your policy on incidental findings? How the participants will be informed about incidental findings? Within this project, no additional genotyping nor sequencing targeting human DNA will be done and therefore there cannot be any incidental findings from genetic data. Does the research involve collection of biological samples? Are human biological samples intended for export to a third country ( https://www.aki.ee/et/teenused-poordumisvormid/andmete-edastamine-valisriiki ) ( https://www.aki.ee/en/guidelines/transfer-personal-data-foreign-country-0 ) or import them from another country to Estonia? Yes Yes What type of biological samples will be collected? Stool , saliva and venous blood samples. What are your procedures for collecting biological samples, including use of previously collected samples? Cohort6000 The previously collected blood plasma samples will be aliquoted and transported to HUS. GDPR requirements apply in Finland. Cohort1000 The BPs will collect the stool samples at home prior to the appointment at blood collection centre. For that they will be sent a sample collection kit via post, which contains all the necessary for the samples collection and detailed instructions (Appendix 7). Drawing venous blood samples applying vacuum tubes at blood collection centres by experienced specialist. Saliva sample (~2 ml of saliva) will be collected at blood collection centre after collecting blood sample s . For that , a saliva sample collection tube (sterile 15 ml falcon tube) will be provided for the study participant and the collection method will be explained on site . The saliva sample in tube will be given to blood collection centre specialist. Explain how the rights of the subjects are ensured. The participation in the Estonian Biobank is strictly voluntary and based on signing an informed consent form. The participant rights (incl. obtaining consent and consent withdrawal) are regulated by the Human Genes Research Act. The participants are aware of the use of their data for research purposes based on HGRA §16 and the informed consent. The participants may withdraw their consent of participation and the data of these individuals will not be used in future studies. Cohort1000 Prior to agreeing to participate in the ENDOTARGET study and signing the study consent the BP will be informed about the burden and potential risks of the study in the informed consent form online. If they have any additional questions regarding participating in the study, they can find the contact to turn to from the consent form and ask for additional information before deciding, if they want to participate in the study. In case of positive decision to participate in the study, the BP needs to voluntarily sign the IC. The BP has the right to withdraw the consent to participate by sending a simple notification without providing a reason. The procedures for termination of consent are provided in the consent form. Explain what will be done with the biological samples after the end of the study. The remaining plasma , stool and saliva samples (incl. DNA extracted from it) collected during the study and not sent out during the ENDOTARGET project for further analysis will be stored in EstBB indefinitely. The leftover plasma samples in HUS will be sent back to EstBB after conducting the analyses. The remaining plasma samples will be stored in EstBB indefinitely. The blood samples collected for analyse s by medical service provider will be destroyed immediately after finishing the analyses. The residue samples (DNA) in metagenomics sequencing service provider in EU will be destroyed on site according to the local laboratory protocols after up to 6 months of conducting the analyses. Please see further explanation in point 12. 13 b Personal data and datasets No Yes Are personal data collected or analyzed in the study, including special categories of personal data? The full list of variables collected in the study (may be provided as an annex). Please see the Appendix 2, 3 , 6, 7, 8 . Confirm that informed consent exists or is obtained before the start of the study if the study is based on consent. Objects of research are participants of EstBB . All participants have signed the consent to become a gene donor before joining the EstBB . Cohort1000 All BP-s, who agree to participate in the study will need to voluntarily sign the additional ENDOTARGET study consent form. Explain why all data processed are relevant and necessary (based on the principle of data minimization). The ENDOTARGET study applies the following data: genotype data to evaluate the genetic associations with different phenotypic and clinical traits; blood markers to evaluate associations with genetic and clinical data; health data from EstBB database to evaluate associations with genetics, other phenotypic traits and clinical data. Additional points for Cohort1000 personal data is needed to contact BPs and invite them to the study; metagenomics data from stool and saliva samples to evaluate associations with microbiome, phenotypic traits and clinical data; study questionnaire to evaluate associations with genetics, other phenotypic traits and clinical data; Are the data subjects identifiable? All the data and tissue samples in this study is pseudonymised prior to sending to the EstBB scientists or partners. For study scientists the data will be pseudonymised so that there is no ability to link data to individuals. Additional points for Cohort1000 The tissue samples are marked with codes. The key to the codes is kept in the EstBB coding center indefinitely a nd the remaining tissues will be stored as a part of EstBB . In blood collection centres the BPs need to be identified prior to collecting their blood and saliva samples and accepting their feces samples (collected at home). Medical service provider is a licensed blood collection and analysis institute, which also collaborates with different hospitals in Estonia. It has licensed and trained specialists to work with customers personal data and samples. If yes, please describe how the following conditions are met: after the removal of the personal identifiers, the purposes of data processing are no longer achievable or would be unreasonably difficult to achieve; ?? in the opinion of the persons conducting scientific or official statistics, there is an overriding public interest therein; the scope of obligations of the data subject is not changed based on the processed personal data or the rights of the data subject are not excessively damaged in any other manner . Does the research involve systematic monitoring of an individual, the collection of his or her data profile, or a large-scale processing of data of special categories and /or sensitive data, or the use of (intrusive) data processing techniques in a covert way ( eg survival surveys, monitoring, surveillance, audio and video recording, geolocation, etc.) or any data processing that may harm the rights and freedoms of the data subject? Explain which methods are used for surveillance, monitoring and observation of subjects. Cohort1000 After signing the IC the BPs will be asked to fill the study questionnaire online (Appendix 6). After that they will be sent a feces sample collection kit via post to their preferred location. After collecting the feces sample s , they can go to preferred blood collection centre , ha ve the blood samples collected and collect the saliva sample on site and give collected feces samples to the specialist in the centre. Explain the methods of creating the profile of the subjects. The BP profile will be put together from the following data sources: genotype data from EstBB phenotype data from EstBB (Appendix 1, 3) data from questionnaires including anthropometric measurements (Appendix 3) blood plasma analyses (endotoxemia markers, Appendix 2) Cohort1000 Study questionnaire (Appendix 6) Microbiome data (m etagenomics data ) from stool and saliva samples (Appendix 7) Additional blood markers (Appendix 2 ) Explain how subjects are informed about their rights and the potential risks that data processing may entail. Cohort1000 The BPs are fully informed of all aspects of the study during invitation (detailed informed consent form notifying the subject about his or her rights, potential risks and benefits of participation is linked to the e-mail together with the invitation). If the BPs have additional questions prior to signing the informed consent, answering the study questionnaire, collecting the feces sample or going to the blood collection centre, they can turn to EstBB via e-mail or telephone given in the invitation and informed consent form and guidelines for collecting stoo l samples . Explain how data will be collected for the profile of the subjects and how the study participants will be informed about possible consequences and safeguards. Whole EstBB Cohort, Cohort6000 and Cohort1000 genotype data is taken from EstBB , and has been created before the ENDOTARGET study; phenotype data from EstBB has been collected before the ENDOTARGET study; study questionnaire including anthropometric measurements will be filled only by Cohort1000 and online. endotoxemia markers from blood (Cohort6000 and Cohort1000), will be measured from the blood samples collected at blood collecting centres or stored in EstBB . RD markers from blood (Cohort1000), will be measured from the blood samples collected at blood collecting centres. Metagenomics sequencing targeting bacterial DNA will be conducted from DNA extracted from feces and saliva samples for Cohort1000 only ( f eces samples are collected at home, and saliva samples at the blood collection center , transferred to GI and DNA is extracted in GI). The BPs in Cohort1000 will be informed about possible consequences and safeguards during invitation and in informed consent form , prior to signing the consent form. Is there a plan to analyze previously collected personal data? Yes Explain from which database (register) or source the data are obtained. Yes, previously collected data about BP already collected into EstBB servers will be used. Explain how subjects are informed about their rights and the potential risks that data processing may entail. Cohort1000 The BP will be informed about possible consequences and safeguards during the invitation and via phone or e-mail if they have additional questions. Explain why all data processed are relevant and necessary (based on the principle of data minimization). The ENDOTARGET study applies the following data obtained from EstBB : genotype data to evaluate the genetic associations with different phenotypic and clinical traits. phenotype data to evaluate associations with genetic and clinical data (Appendix 3). Additional points for Cohort1000 personal data (name, ID number, e-mail address, home address) is needed to contact BPs and invite them to the study and send them the stool sample s collection kit prior to the appointment, ID number is necessary to ensure person's identity, which will be checked in the process of signing consent form online; also the ID is needed to confirm the identity at the blood collection centre . Explain why it is not possible to study the participants in such a way that the data obtained were anonymous or pseudonymous (if applicable). Cohort1000 We need to depseudonymize the BPs as we need to invite them to the ENDOTARGET study for collecting additional samples (blood and saliva at blood collection center and stool sample collected at home) and fill the study questionnaire. Prior to making the data accessible for the study scientists it will be again pseudonymized. Is there a plan to analyze publicly available data? No Explain that the data are publicly available (open data registers and databases) and can be used freely in research. Is there an intention to transfer personal data or provide access to personal data to third countries ( https://www.aki.ee/et/teenused-poordumisvormid/andmete-edastamine-valisriiki )? (https://www.aki.ee/en/guidelines/transfer-personal-data-foreign-country-0) No Explain what personal data are exported or imported. If so, to which and from which countries. Personal data (name, contacts etc.) will not be transferred or made accessible to third countries. HUS will analyse the blood plasma samples, thus they will generate the analysis results, which will be pseudonymized data. They will forward the analyses results to EstBB , thus will not receive any other individual level data. Medical service provider will collect and transfer and analyse the blood samples and transfer the feces and saliva samples to GI. For that they need to identify the BP prior to collecting the samples. BPs personal information (name, ID code) together with information about the needed samples to be collected and analyses to be conducted will be sent to blood collection center after the BP has signed the informed consent of the ENDOTARGET study and answered the questionnaire (both done online). Service provider in EU will analyse the DNA extracted from stool and saliva samples targeting the bacterial DNA. They will generate the analysis results, which will be pseudonymized data. They will forward the analyses results to EstBB , thus will not receive any other individual level data. Genotype data will not be made accessible for partners. It will be made available for EstBB researchers via a server of the University of Tartu. Additionally, summary statistics gained from the analyses of indivi d ual level data will be shared with the ENDOTARGET study partners. The data will be deleted up to 10 years after receiving the data. Explain what protection measures are applied, on what grounds (contract, etc.) the data are transferred and how the rights of the subjects are ensured. Will personal data be destroyed / anonymised at the end of the research? In case the analysis uses data in a form which enables identification the study participants, please 1) describe how personal data will be destroyed / anonymised after the research has been finished and the objectives have been achieved; In blood collection center , the personal data (list of BPs names and ID codes and analysis results) will be destroyed after conducting the analyses and transferring all samples and data to GI (not later than 31.12.2025) . 2) add an assessment of how the possibility of indirect identification of data subjects is managed after the destruction of data enabling direct identification of a person. The blood plasma samples sent to HUS will be sent back after conducting the analyses (if there are any leftovers). The analysis results data (at individual level) will be sent from HUS to GI via secure servers and will be destroyed at HUS servers not later that at the end of the ENDOTARGET study (31.12.2026). The blood samples collected and analysed in medical service provider will be destroyed immediately after finishing the analyses. The analysis results data (at individual level) will be sent to GI via secure servers and will be destroyed at after conducting the analysis and transferring all samples and data to GI (not later than 31.12.2025). The leftovers of the DNA samples sent to partner in EU for metagenomics sequencing, will be destroyed up to 6 months after conducting the analyses. The analysis results data (at individual level) will be sent to GI via secure servers and will be destroyed at service provider servers not later that at the end of the ENDOTARGET study (31.12.2026). The data obtained during the project and biological samples at EstBB will be added to the EstBB database and stored indefinitely. 13 c Other ethical issues Can conducting research involve ethical risks not described above? No Explain, if necessary, the additional ethical risks that may arise from factors such as artificial intelligence, personal medicine, involvement of military partners, new developments in neurobiology, genetic engineering, nanotechnology, human-machine interaction, android and cyborg creation, etc. 14. Complete in case the research is based on data from a database and/or register Name of database and/or register EstBB Purpose of the processing of personal data Processing of personal data is necessary to conduct a study and administrate the recalling of the EstBB donors . List of variables and period for which data are collected (in annex if necessary) The data is collected between 01.01.2024 to 31.12.2030. The collected data is listed in Appendices 1, 2 , 3 , 6 and 7 . 15. Description of personal data protection measures, including data storage, security and erasure, including date of erasure of data and / or code key (up to 1800 characters, 1 page). Describe and justify the storage of data collected for the study and the deadline for storage. For information on biological samples collected please refer to point 12. At the EstBB the remaining biological samples and other collected data such as results from the blood measurements will be stored indefinitely (integrated to the gene donor data stored at the EstBB ). Researchers of EstBB listed on the application will have access to the collected data until the end of the study (31.12.2030) through the secure server of University of Tartu. The residue plasma samples sent to partners will be sent back to EstBB , if there is any leftovers from the endotoxemia marker analyses. Additional points for Cohort1000 The residue DNA extracted from stool and saliva samples sent to partner will be destroyed up to 6 months after conducting the analyses . Blood collection centre , who collects the serum and EDTA samples for RD markers analyses will destroy the samples after finishing the analyses on site. The personal data of BPs (name, ID code) will be deleted from the service providers database after conducting the analysis and transferring all samples and data to GI (not later than 31.12.2025) . The study participants in Cohort1000 have been provided with the information in the informed consent to the purposes, uses and retention of the data collected. The consent forms are stored at the EstBB coding center indefinitely, to ensure that in the event of any inquiry from the gene donor, it is possible to establish his/her declaration of intent. Describe the process and means of pseudonymisation of personal data. The data collected on gene donors has been pseudonymized during their accession to the EstBB . For the purpose of the study the subjects are pseudonymized through using a numbered study code, the key of the code is kept at the EstBB coding center . Is there a plan to de-pseudonymise gene donors’ data? Please specify the number of gene donors whose data will be de-pseudonymised. Prerequisite for de-pseudonymisation is to obtain EBIN approval. Contact with a gene donor takes place based on consent to become a gene donor and the Human Gene Research Act. Further activities will take place with the additional consent of the gene donor. Institute of Genomics hereby requests permission from EBIN to de-pseudonymise data of BPs. Up to 5000 BPs will receive the invitation (via e-mail) to the ENDOTARGET study, for that purpose they need to be de-pseudonymized. Please explain the reason for de-pseudonymisation. We need to de- pseudonymise the BP’s as we need to invite them into the ENDOTARGET study to fill the study questionnaire, donate blood , feces and saliva samples. Prior to making the data accessible for the study scientists it will be again pseudonymised . Is there a plan to transport personal data? Please describe how data protection is ensured. No Describe how the data are protected against unauthorized or unlawful processing. Data on human participants will be generated (sample analysis results) and processed for purposes relevant to accomplish the ENDOTARGET objectives. Only necessary data that are adequate and relevant will be generated and that will not include information that can be regarded as superfluous (‘data minimization principle’). The collection, maintenance and release of the genetic and health data at the Estonian biobank are conducted in accordance with the Human Genes Research Act (HGRA, https://www.riigiteataja. ee / en / eli /508042019001/ consolide ), which ensures that the identity of participants remains confidential. It also specifies the conditions for sample processing, restrictions on the use of samples and conditions for research activities. All processes have been reviewed and updated in light of the GDPR. All Estonian Biobank participants, aged 18 and up, have signed an informed consent allowing broad genetic research, as well as all activities described in the Estonian Human Genes Research Act (HGRA). For EstBB researchers who perform data analysis data from participants will only be accessible in pseudonymised form. The data are stored securely on a secure server of University of Tartu with a back-up function. ENDOTARGET partners will take adequate measures to ensure data protection and confidentiality. The latest local, national and international rules on data protection (in particular, Directive 95/46/EC of the European Parliament and of the Council of 24 October 1995 on the protection of individuals with regard to the processing of personal data and on the free movement of such data) will be followed and no information on the personal details of the study participant will be transferred. I confirm that all researchers are aware of the ethical and personal data protection requirements of the project. Signature of the principal investigator Date of application : 06.08.2024 Digitally signed EBIN ID of the application (fills by the assessor) List of additional documents: CV of the principal investigator The CV of the Principal Investigator, professor Reedik Mägi, can be found on the link below: https://www.etis.ee/CV/Reedik_M%C3%A4gi/est?tabId=CV_ENG Appendix 1 . Detailed inclusion and exclusion criteria Appendix 2 . List of additional markers measured from blood Appendix 3 . List of variables and samples Appendix 4. Study Invitation (EST) Appendix 5 . Informed Con s ent (EST) Appendix 6 . Study Questionnaire Appendi x 7. Guidelines for collecting the stool sample s and Bristol Scale Appendix 1. Detailed inclusion and exclusion criteria For inclusion and exclusion criteria the International Statistical Classification of Diseases and Related Health Problems 10 (ICD10) codes will be used. Osteoarthritis cases Inclusion criteria: Has at least one of the following ICD10 codes: M15*, M16*, M17*, M18*, M19* Rheumatoid Arthritis cases Inclusion criteria: Has at least one of the following ICD10 codes: M05*, M06* Spondylarthritis cases Inclusion criteria: Has at least one of the following ICD10 codes: M45*, M46* Arthritis free controls Exclusion criteria Has at least one of the following ICD10 codes: M05*, M06*, M15*, M16*, M17*, M18*, M19*, M45*, M46* NOTE! * refers to all subcodes under the given main code. Appendix 2. List of additional markers measured from blood plasma Measured in samples from Cohort6000 and Cohort1000 -Endotoxemia markers: lipopolysaccharides (LPSs), zonulin , inflammation cytokines (e.g. TNFalpha , IL1, IL6, IL8) (measured in HUS, Finland) Measured in samples from Cohort1000 -Rheumatic Diseases (RD) markers from blood: C-reactive protein, rheumatoid factor, cyclic citrullinated peptide IgG Appendix 3 . List of variables and samples 1. Data obtained from Estonian Biobank ( EstBB ) 1.3 Genotype data from EstBB Phenotype data from EstBB General information: Sex Age at recruitment into EstBB Current age Year of birth Age, year and cause of death (if applicable) Additional information about the blood plasma samples Age at sample collection Date of sample collection Medical history and information about medications Information (age at diagnosis, date of diagnosis, number of diagnosis mentioned, exact ICD10 code ( subcode ) of diagnosis, the source of diagnosis information), about the diseases of interest and comorbidities: M0 5*, M06*, M07*, M15*, M16*, M17*, M18*, M19*, M45*, M46*, M03*, L40*, M0*, M3*, M07*, M08*, M09*, M60*, M1*, M32*, M07*, K50*, K51*, K90*, K74*, F0*, F2*, F3*, F4*, F7*, F8*, F1*, E10*, E11*, E12*, E13*, E66*, E78*, I70*, I20*-25*, I73*, I79*, I63-69*, G63*, G59*, H28*, H36* O24*, I5*, N17*, N18*, N19*, Information (age at prescription, d ate of prescription, number of prescriptions, exact ACT code), about the medications associated to the rheumatic diseases and comorbidities listed in 1.4.3.1. Blood and urine analyses results conducted during before and after getting the diagnosis listed in 1.4.3.1. 1.4.2 . Self-reported and data collected from the subjects during recruitment process and later via additional questionnaires (age at the time and date of collecting the information) 1.4.2.1 Anthropometry Weight Height BMI Hip and waist circumference 1.4.2.2 Measured health data Blood pressure Pulse Lifestyle interventions / history Smoking Physical activity Dietary data Mental health Place of residence : City or municipality 2. Data generated during the study 2.1 Biomarkers measured from blood plasma (Appendix 2 ) 2.2. Metagenomics data (microbiome) from stool and saliva samples 3. Samlpes used for the study 3.1. Blood plasma samples collected during recruitment into EstBB 3.2. Blood plasma samples collected during recruitment into EstBB Microbiome study ( EstMB ) 3.3. Blood samples ( serum and EDTA samples ) collected during recruitment into ENDOTARGET study . 3.4. Stool and saliva samples (and DNA extracted from these samples ) collected during recruitment into ENDOTARGET study . 3.3. For the plasma all samples , we also need the BPs age and time of collection . NOTE! For some BPs there might be plasma samples from three different timepoints applied in this study . NOTE! We acknowledge, that there might be BPs, who have forbidden us to update their data from different databases. We will exclude these BSs from the study cohort. Juhud 1 a) Kutse uuringusse (esimene e-kiri) Pealkiri: Kutse Eesti geenivaramu artriidi uuringusse Hea [nimi]! Pöördume Teie poole, kuna olete liitunud Eesti geenivaramuga ning soovime pakkuda Teile võimalust osaleda teadusuuringus. Teie kontaktandmed oleme saanud geenivaramuga liitumise ajal või andmete täiendamisel rahvastikuregistrist. Tegemist on rahvusvahelise artriidi uuringuga , mille eesmärk on parandada paljude artriiti põdevate inimeste heaolu ning elukvaliteeti nii Eestis kui kogu maailmas. Erinevat tüüpi artriidid on kujunenud ülemaailmseks pandeemiaks ning mõjutab kogu maailmas enam kui 350 miljonit inimest. Arvatavasti kasvab see arv järgmistel aastakümnetel veelgi. Uuringus keskendutakse reumatoid-, osteo - ja spondüloartriidile , ning sellesse kaasatakse nii neid geenidoonoreid, kellel on artriit kui ka neid, kellel seda haigust pole. Eesti geenivaramu andmetel on Teil diagnoositud artriit . Seega oleksite selles uuringus juhtude grupis. Uuringu käigus soovime leida võimalusi artriidi kulu paremaks jälgimiseks ja tüsistuste tekkimise prognoosimiseks. Samuti soovime mõista artriitide patogeneesi seoseid suu ja soolestiku mikrobioomi kooslusega (soolestikus ja suus elavate mikroobide kooslusega). Selleks palutakse uuritavatel täita veebi vahendusel uuringuküsimustik, samuti loovutada väljaheite, sülje ja vere proovid. Väljaheite ja süljeproovidest analüüsitakse mikroobide kooslust j a vereproovidest analüüsitakse erinevaid artriitide aktiivsust näitavad markereid. Samuti uuritakse, missugune roll on pärilikel teguritel artriidi kulus. Kui Te olete nõus uuringus osalema, palume Teil minna {{link}} lehele ning logida sisse, et saaksite allkirjastada uuringus osalemise nõusoleku vormi. Sisse logida ja vormi digiallkirjastada saate kas ID-kaardi, mobiil-ID või Smart -ID abil. Nõusoleku vormis palume Teil täpsustada oma kontaktandmeid (e-posti ja postiaadress), et saaksime Teile saata väljaheite proovi kogumise katsuti ning vajadusel Teiega ühendust võtta. Teiega võetakse vajadusel ühendust e-maili teel, kui Te pole kahe nädala jooksul pärast uuringu nõusoleku allkirjastamist lõpetanud uuringuküsimustiku vastamist või Te pole kahe nädala jooksul pärast uuringuküsimustiku vastamist loovutanud proove Teile sobivas ve revõtupunktis. Järgmisena palume Teil täita veebipõhise elustiili ja terviseseisundi küsimustiku, mis avaneb täitmiseks peale nõusoleku vormi digitaalselt allkirjastamist. Küsimustiku täitmisele kulub hinnanguliselt 25 - 45 minutit (sõltuvalt, millisesse uuringugruppi Te kuulute ja kui palju liigeseid on Teil haiguse tõttu kahjustunud). Pärast nõusoleku andmist ja küsimustiku täitmist saadame Teile koju väljaheite proovi võtmise juhendi ja kogumise k omplekti . Palume teil esmalt koguda kodus (või Teile sobivas kohas) väljaheiteproov ning seejärel loovutada see koos vereproovi ja süljeprooviga Teile lähimas (või Teile sobivas) vereproovi kogumise punktis. 9 tundi enne vere loovutamist palume mitte süüa ja joogiks tarvitada vaid puhast vett (ilma maitse- ja muude lisanditeta). Proovivõtukohta palume võtta kaasa ka isikut tõendav dokument (pass või ID-kaart ). Meie uuringu jaoksproove koguvad verevõtu punktid leiate kutse lõpust. Oma otsusest uuringus osaleda või mitte palume meile teada anda vastates käesolevale e -kirjale . Kui Te kahe nädala jooksul pole meile oma otsusest teada andnud, saadame Teile ühe meeldetuletuse e-kirjaga. Täiendavat teavet uuringu kohta on võimalik saada, kirjutades aadressile {{email}} või helistades tööpäevadel kell 10-15 telefonil 520 6959. Soovin Teile kõike head ja tänan koostöö eest Tartu Ülikooli Eesti geenivaramuga! Lugupidamisega Reedik Mägi Eesti geenivaramu teaduskeskus Bioinformaatika professor Uuringu vastutav uurija [email protected] 737 4045 Verevõtu punktid: 1) 2) 3) 1 b) Kutse uuringusse (teine e-kiri) Pealkiri: Kutse Eesti geenivaramu artriidi uuringusse Hea [nimi]! Pöördume Teie poole, kuna olete liitunud Eesti geenivaramuga ning soovime pakkuda Teile võimalust osaleda teadusuuringus. Teie kontaktandmed oleme saanud geenivaramuga liitumise ajal või andmete täiendamisel rahvastikuregistrist. Tegemist on rahvusvahelise artriidi uuringuga , mille eesmärk on parandada paljude artriiti põdevate inimeste heaolu ning elukvaliteeti nii Eestis kui kogu maailmas. Erinevat tüüpi artriidid on kujunenud ülemaailmseks pandeemiaks ning mõjutab kogu maailmas enam kui 350 miljonit inimest. Arvatavasti kasvab see arv järgmistel aastakümnetel veelgi. Uuringus keskendutakse reumatoid-, osteo - ja spondüloartriidile , ning sellesse kaasatakse nii neid geenidoonoreid, kellel on artriit kui ka neid, kellel seda haigust pole. Eesti geenivaramu andmetel on Teil diagnoositud artriit. Seega oleksite selles uuringus juhtude grupis. Uuringu käigus soovime leida võimalusi artriidi kulu paremaks jälgimiseks ja tüsistuste tekkimise prognoosimiseks. Samuti soovime mõista artriitide patogeneesi seoseid suu ja soolestiku mikrobioomi kooslusega (soolestikus ja suus elavate mikroobide kooslusega). Selleks palutakse uuritavatel täita veebi vahendusel uuringuküsimustik, samuti loovutada väljaheite, sülje ja vereproovid. Väljaheite ja süljeproovidest analüüsitakse mikroobide kooslust ja vereproovidest analüüsitakse erinevaid artriitide aktiivsust näitavad markereid. Samuti uuritakse, missugune roll on pärilikel teguritel artriidi kulus. Kui Te olete nõus uuringus osalema, palume Teil minna {{link}} lehele ning logida sisse, et saaksite allkirjastada uuringus osalemise nõusoleku vormi. Sisse logida ja vormi digiallkirjastada saate kas ID-kaardi, mobiil-ID või Smart -ID abil. Nõusoleku vormis palume Teil täpsustada oma kontaktandmeid (e-posti ja postiaadress), et saaksime Teile saata väljaheite proovi kogumise katsuti ning vajadusel Teiega ühendust võtta. Teiega võetakse vajadusel ühendust e-maili teel, kui Te pole kahe nädala jooksul pärast uuringu nõusoleku allkirjastamist lõpetanud uuringuküsimustiku vastamist või Te pole kahe nädala jooksul pärast uuringuküsimustiku vastamist loovutanud proove Teile sobivas verevõtupunktis. Järgmisena palume Teil täita veebipõhise elustiili ja terviseseisundi küsimustiku, mis avaneb täitmiseks peale nõusoleku vormi digitaalselt allkirjastamist. Küsimustiku täitmisele kulub hinnanguliselt 25 - 45 minutit (sõltuvalt, millisesse uuringugruppi Te kuulute ja kui palju liigeseid on Teil haiguse tõttu kahjustunud). Pärast nõusoleku andmist ja küsimustiku täitmist saadame Teile koju väljaheite proovi võtmise juhendi ja kogumise komplekti. Palume teil esmalt koguda kodus (või Teile sobivas kohas) väljaheiteproov ning seejärel loovutada see koos vereproovi ja süljeprooviga Teile lähimas (või Teile sobivas) vereproovi kogumise punktis. 9 tundi enne vere loovutamist palume mitte süüa ja joogiks tarvitada vaid puhast vett (ilma maitse- ja muude lisanditeta). Proovivõtukohta palume võtta kaasa ka isikut tõendav dokument (pass, ID-kaart ). Meie uuringu jaoksproove koguvad verevõtu punktid leiate kutse lõpust. Oma otsusest uuringus osaleda või mitte palume meile teada anda vastates käesolevale e -kirjale . Kui Te kahe nädala jooksul pole meile oma otsusest teada andnud, saadame Teile ühe meeldetuletuse e-kirjaga. Täiendavat teavet uuringu kohta on võimalik saada, kirjutades aadressile {{email}} või helistades tööpäevadel kell 10-15 telefonil 520 6959. Soovin Teile kõike head ja tänan koostöö eest Tartu Ülikooli Eesti geenivaramuga! Lugupidamisega Reedik Mägi Eesti geenivaramu teaduskeskus Bioinformaatika professor Uuringu vastutav uurija [email protected] 737 4045 Verevõtu punktid: 1) 2) 3) Kontrollid 2a) Kutse uuringusse (esimene e-kiri) Pealkiri: Kutse Eesti geenivaramu artriidi uuringusse Hea [nimi]! Pöördume Teie poole, kuna olete liitunud Eesti geenivaramuga ning soovime pakkuda Teile võimalust osaleda teadusuuringus. Teie kontaktandmed oleme saanud geenivaramuga liitumise ajal või andmete täiendamisel rahvastikuregistrist. Tegemist on rahvusvahelise artriidi uuringuga , mille eesmärk on parandada paljude artriiti põdevate inimeste heaolu ning elukvaliteeti nii Eestis kui kogu maailmas. Erinevat tüüpi artriidid on kujunenud ülemaailmseks pandeemiaks ning mõjutab kogu maailmas enam kui 350 miljonit inimest. Arvatavasti kasvab see arv järgmistel aastakümnetel veelgi. Uuringusse kaasatakse nii neid geenidoonoreid, kellel on teist tüüpi diabeet kui ka neid, kellel seda haigust pole. Eesti geenivaramu andmetel ei ole Teil diagnoositud teist tüüpi diabeeti. Seega oleksite selles uuringus tervete kontrollide grupis. Kontrollgrupi uuritavate kaasamine on oluline, et saaksime võrrelda haigete ja tervete inimeste andmeid. Uuringu käigus soovime leida võimalusi artriidi kulu paremaks jälgimiseks ja tüsistuste tekkimise prognoosimiseks. Samuti soovime mõista artriitide patogeneesi seoseid suu ja soolestiku mikrobioomi kooslusega (soolestikus ja suus elavate mikroobide kooslusega). Selleks palutakse uuritavatel täita veebi vahendusel uuringuküsimustik, samuti loovutada väljaheite, sülje ja vereproovid. Väljaheite ja süljeproovidest analüüsitakse mikroobide kooslust ja vereproovidest analüüsitakse erinevaid artriitide aktiivsust näitavad markereid. Samuti uuritakse, missugune roll on pärilikel teguritel artriidi kulus. Kui Te olete nõus uuringus osalema, palume Teil minna {{link}} lehele ning logida sisse, et saaksite allkirjastada uuringus osalemise nõusoleku vormi. Sisse logida ja vormi digiallkirjastada saate kas ID-kaardi, mobiil-ID või Smart -ID abil. Nõusoleku vormis palume Teil täpsustada oma kontaktandmeid (e-posti ja postiaadress), et saaksime Teile saata väljaheite proovi kogumise katsuti ning vajadusel Teiega ühendust võtta. Teiega võetakse vajadusel ühendust e-maili teel, kui Te pole kahe nädala jooksul pärast uuringu nõusoleku allkirjastamist lõpetanud uuringuküsimustiku vastamist või Te pole kahe nädala jooksul pärast uuringuküsimustiku vastamist loovutanud proove Teile sobivas verevõtupunktis. Järgmisena palume Teil täita veebipõhise elustiili ja terviseseisundi küsimustiku, mis avaneb täitmiseks peale nõusoleku vormi digitaalselt allkirjastamist. Küsimustiku täitmisele kulub hinnanguliselt 16 minutit. Pärast nõusoleku andmist ja küsimustiku täitmist saadame Teile koju väljaheite proovi võtmise juhendi ja kogumise komplekti. Palume teil esmalt koguda kodus (või Teile sobivas kohas) väljaheiteproov ning seejärel loovutada see koos vereproovi ja süljeprooviga Teile lähimas (või Teile sobivas) vereproovi kogumise punktis. 9 tundi enne vere loovutamist palume mitte süüa ja joogiks tarvitada vaid puhast vett (ilma maitse- ja muude lisanditeta). Proovivõtukohta palume võtta kaasa ka isikut tõendav dokument (pass, ID-kaart ). Meie uuringu jaoksproove koguvad verevõtu punktid leiate kutse lõpust. Oma otsusest uuringus osaleda või mitte palume meile teada anda vastates käesolevale e -kirjale . Kui Te kahe nädala jooksul pole meile oma otsusest teada andnud, saadame Teile ühe meeldetuletuse e-kirjaga. Täiendavat teavet uuringu kohta on võimalik saada, kirjutades aadressile {{email}} või helistades tööpäevadel kell 10-15 telefonil 520 6959. Soovin Teile kõike head ja tänan koostöö eest Tartu Ülikooli Eesti geenivaramuga! Lugupidamisega Reedik Mägi Eesti geenivaramu teaduskeskus Bioinformaatika professor Uuringu vastutav uurija [email protected] 737 4045 Verevõtu punktid: 1) 2) 3) 2b) Kutse uuringusse (teine e-kiri) Pealkiri: Kutse Eesti geenivaramu artriidi uuringusse Hea [nimi]! Pöördume Teie poole, kuna olete liitunud Eesti geenivaramuga ning soovime pakkuda Teile võimalust osaleda teadusuuringus. Teie kontaktandmed oleme saanud geenivaramuga liitumise ajal või andmete täiendamisel rahvastikuregistrist. Tegemist on rahvusvahelise artriidi uuringuga , mille eesmärk on parandada paljude artriiti põdevate inimeste heaolu ning elukvaliteeti nii Eestis kui kogu maailmas. Erinevat tüüpi artriidid on kujunenud ülemaailmseks pandeemiaks ning mõjutab kogu maailmas enam kui 350 miljonit inimest. Arvatavasti kasvab see arv järgmistel aastakümnetel veelgi. Uuringusse kaasatakse nii neid geenidoonoreid, kellel on teist tüüpi diabeet kui ka neid, kellel seda haigust pole. Eesti geenivaramu andmetel ei ole Teil diagnoositud teist tüüpi diabeeti. Seega oleksite selles uuringus tervete kontrollide grupis. Kontrollgrupi uuritavate kaasamine on oluline, et saaksime võrrelda haigete ja tervete inimeste andmeid. Uuringu käigus soovime leida võimalusi artriidi kulu paremaks jälgimiseks ja tüsistuste tekkimise prognoosimiseks. Samuti soovime mõista artriitide patogeneesi seoseid suu ja soolestiku mikrobioomi kooslusega (soolestikus ja suus elavate mikroobide kooslusega). Selleks palutakse uuritavatel täita veebi vahendusel uuringuküsimustik, samuti loovutada väljaheite, sülje ja vereproovid. Väljaheite ja süljeproovidest analüüsitakse mikroobide kooslust ja vereproovidest analüüsitakse erinevaid artriitide aktiivsust näitavad markereid. Samuti uuritakse, missugune roll on pärilikel teguritel artriidi kulus. Kui Te olete nõus uuringus osalema, palume Teil minna {{link}} lehele ning logida sisse, et saaksite allkirjastada uuringus osalemise nõusoleku vormi. Sisse logida ja vormi digiallkirjastada saate kas ID-kaardi, mobiil-ID või Smart -ID abil. Nõusoleku vormis palume Teil täpsustada oma kontaktandmeid (e-posti ja postiaadress), et saaksime Teile saata väljaheite proovi kogumise katsuti ning vajadusel Teiega ühendust võtta. Teiega võetakse vajadusel ühendust e-maili teel, kui Te pole kahe nädala jooksul pärast uuringu nõusoleku allkirjastamist lõpetanud uuringuküsimustiku vastamist või Te pole kahe nädala jooksul pärast uuringuküsimustiku vastamist loovutanud proove Teile sobivas verevõtupunktis. Järgmisena palume Teil täita veebipõhise elustiili ja terviseseisundi küsimustiku, mis avaneb täitmiseks peale nõusoleku vormi digitaalselt allkirjastamist. Küsimustiku täitmisele kulub hinnanguliselt 16 minutit. Pärast nõusoleku andmist ja küsimustiku täitmist saadame Teile koju väljaheite proovi võtmise juhendi ja kogumise komplekti. Palume teil esmalt koguda kodus (või Teile sobivas kohas) väljaheiteproov ning seejärel loovutada see koos vereproovi ja süljeprooviga Teile lähimas (või Teile sobivas) vereproovi kogumise punktis. 9 tundi enne vere loovutamist palume mitte süüa ja joogiks tarvitada vaid puhast vett (ilma maitse- ja muude lisanditeta). Proovivõtukohta palume võtta kaasa ka isikut tõendav dokument (pass, ID-kaart ). Meie uuringu jaoksproove koguvad verevõtu punktid leiate kutse lõpust. Oma otsusest uuringus osaleda või mitte palume meile teada anda vastates käesolevale e -kirjale . Kui Te kahe nädala jooksul pole meile oma otsusest teada andnud, saadame Teile ühe meeldetuletuse e-kirjaga. Täiendavat teavet uuringu kohta on võimalik saada, kirjutades aadressile {{email}} või helistades tööpäevadel kell 10-15 telefonil 520 6959. Soovin Teile kõike head ja tänan koostöö eest Tartu Ülikooli Eesti geenivaramuga! Lugupidamisega Reedik Mägi Eesti geenivaramu teaduskeskus Bioinformaatika professor Uuringu vastutav uurija [email protected] 737 4045 Verevõtu punktid: 1) 2) 3) Juhud + kontrollid 3. Meeldetuletuse e-kiri nõusolekuvormi täitnud uuritavatele , kes pole lõpetanud uuringu küsimustiku täitmist. Saadetakse geenidoonorile, kui ta pole kahe nädala jooksul pärast nõusoleku andmist lõpetanud uuringuküsimustiku vastamist. Pealkiri: Meeldetuletus: osalemine Eesti geenivaramu artriidi uuringus Hea [nimi]! Täname Teid, et olete andnud nõusoleku osaleda Eesti geenivaramu artriidi uuringus. Käesoleva kirjaga tuletame Teile meelde, et uuringus osalemiseks on oluline uuringu küsimustik lõpuni täita. Juhul, kui Te pole alustanud või Teil on jäänud pooleli uuringu veebiküsimustikule vastamine, palume Teil see võimalusel täita ühe kuu jooksul. Küsimustikule saata vastata {{link}}. Kui Teil on probleeme uuringuküsimustiku täitmisel, siis palun andke sellest meile teada kirjuta des {{email}} või helistada numbril {{ phone }}. Lugupidamisega Reedik Mägi Eesti geenivaramu teaduskeskus Bioinformaatika professor Uuringu vastutav uurija [email protected] 737 4045 4. Meeldetuletuse e-kiri nõusolekuvormi ja küsimustik u täitnud uuritavatele , kes pole läinud verevõtupunkti Saadetakse geenidoonorile, kui ta pole kahe nädala jooksul pärast nõusoleku andmist ja uuringuküsimustiku täitmist läinud verevõtupunkti proove andma . Pealkiri: Meeldetuletus: osalemine Eesti geenivaramu artriidi uuringus Hea [nimi]! Täname Teid, et olete andnud nõusoleku osaleda Eesti geenivaramu artriidi uuringus. Käesoleva kirjaga tuletame Teile meelde, et pöörduksite endale sobivasse vereproovide kogumise punkti ning loovutaksite seal oma uuringuproovid. Oleme Teile koju saatnud komplekti väljaheite proovi võtmiseks ning ootame proove esimesel võimalusel, hiljemalt {{ sample_date }}. Palume Teil koguda väljaheiteproov kasutades selleks Teile saadetud väljaheite proovi kogumise komplekti. Ideaalne oleks koguda väljaheiteproov samal hommikul (või eelmisel õhtul) , kui Te plaanite minna verevõtupunkti . 9 h enne verevõtupunkti minekut palu me Teil mitte süüa ega j uua midagi peale puhta vee. Meie uuringu verevõtupunktid asuvad järgmistel aadressidel: ... ... ... Palume Teil verevõtu punkti kaasa võtta kodus kogutud väljaheiteproov ja isikut tõendav dokument (ID kaart, pass). Juhul, kui Teieni pole jõudnud v äljaheiteproovi kogumise komplekti, palume Teil kirjutada {{email}} või helistada numbril {{ phone }}. Lugupidamisega Reedik Mägi Eesti geenivaramu teaduskeskus Bioinformaatika professor Uuringu vastutav uurija [email protected] 737 4045 Uuritava informeerimise leht ja teadliku nõusoleku vorm Uuringu nimetus: Süsteemne endotokseemia kui kroonilise põletiku põhjustaja – artriidi biomarkerid ja uued ravieesmärgid . Uuringu lühike nimetus on ENDOTARGET . Hea geenidoonor! Tartu Ülikooli Eesti geenivaramu pöördub Teie poole, kuna olete geenidoonor. Kutsume Teid osalema rahvusvahelises teadusuuringus END OTARGET, m is käsitleb lii gesehaiguseid, täpsemalt art riiti. K äesolev dokument sisaldab olulist teavet uuringu kohta ja aitab Teil lõplikult otsustada, kas Te soovite uuringus osaleda. Uuritava informeerimise lehe ja nõusoleku vormiga tutvumisel võite esitada küsimusi uurijale, kui soovite midagi täpsustada või midagi on jäänud ebaselgeks. Uuringu eesmärk on leida võimalusi, mis aitaksid parandada artriitide käsitlust tervishoius. Selleks analüüsime Teie veres leiduvaid markereid ning väljaheiteproovis ja süljeproovis olevate mikroobide kooslust. O tsime artriitide tekkimise ja haiguse kulgemise seoseid pärilike teguritega ning mikrob ioomi kooslusega (Teie soolestikus ja suus elavate mikroobide kooslusega) . Me eeldame, et kõigi nimetatud uurimismeetodite kooskasutamisel saame haigust paremini jälgida ja tüsistuste tekkimist ennetada. Uuringu viivad läbi Tartu Ülikooli Eesti geenivaramu teadlased koostöös teadlastega Soome , Šveitsi, Hispaania, Itaalia, Portugali , Austria ja Saksamaa partnerinstituutidest. Eesti geenivaramu geenidoonorite hulgast kaasatakse uuringusse kuni 1000 uuritavat. Uuringu t on hinnanud Eesti bioeetika ja inimuuringute nõukogu ja andnud loa uuringu läbiviimiseks . Metoodika Uuringusse kaasatakse Eesti geenivaramu geenidoonorid, kellel on diagnoositud reumatoidartriit , osteoartriit , spondüloartriit või kellel eelpool nimetatud diagnoos puudub (terved kontrollid). Kontrollgrupi uuritavate kaasamine on oluline, et saaksime võrrelda haigete ja tervete inimeste andmeid. Teie kuulute ühte neist uuringugruppidest . Uuringu käigus palume Teil t järgnevat: T äita online uuringuküsimustik , mis võtab hinnanguliselt aega 16 - 45 min (sõltuvalt, millisesse uuringugruppi Te kuulute ja kui palju liigeseid on Teil haiguse tõttu kahjustunud) . Koguda kodus (või Teile sobivas kohas) väljaheiteproov . Loovutada vereproov ja süljeproov Teile lähimas (või Teile sobivas) vereproovi kogumise punkti s. Uuringu küsimustik u saate täita veebi keskkonnas kohe või hiljem Teile sobival ajal pärast vabatahtliku nõusoleku andmist uuringus osaleda. Küsimustiku pikkus on uuringugrupiti erinev . Artriidi diagnoosiga geenidoonoritel palume täita haiguse aktiivsust ja kulgu hindavaid alaküsimustikke, mis on tulen e valt haigusest erinevad. Kui Te olete ära täitnud uuringuküsimustiku, siis selle lõppu palume Teil lisada oma posti aadressi, kuhu me saame Teile saata väljaheite kogumise komplekti . Komplektis on olemas kõik vajalik (juhend ja tarvikud) kodus või Teile sobivas kohas väljaheiteproovi kogumiseks. Pärast uuringuküsimustiku täitmist saadame Teile e-kirja, kus on välja toodud juhised edasiseks proovide andmiseks. Samuti sisaldab see verevõtupunktide nimekirja ja aadresse. Kui Te olete väljaheiteproovi ära kogunud , palume Teil hiljemalt järgmise päeva ennelõunal minna Teile sobivasse verevõtu p unkti . Te ei pea selleks endale eraldi aega ette registreerima, kui d peate jälgima endale sobiva verevõtupunkti lahtioleku aegu. Verevõtupunkti palume Teil kaasa võtta isikut tõendav dokument (ID kaart, pass) ja kogutud väljaheite proov . Ku na me soovime Teilt koguda paastuverd, siis on oluline, et Te vähemalt 9 h enne vere loovutamist ei söö ega joo midagi peale puhta vee. Vereproov tuleks loovutada ennelõunal, et vältida öö-päevasest rütmist tulenevaid muutusi vere koostises. Teie proovidest tehtavad analüüsid Vereproovidest analüüsitakse erinevaid artriitide markereid. Osa analüüse tehakse verevõtukohas kohapeal . Osa analüüside tegemiseks peame me vere proovid saatma Soome uuringupartnerile , kuna meil puudub selleks vajalik kompetents ja varustus. Sülje- ja väljaheiteproovist analüüsitakse neis leiduvate mikroobide kooslust , Teie pärilikku sega seotud infot sealt ei vaadata. M ikroobide kooslu se analüüsimise teenuse tellime vastavat teenust pakkuv alt Euroopa Liidu s asuv alt labor ilt pärast kõigi uuringu proovide kokkukogumist . Proovide saatmiseks Soome partnerile ja E L- s asuvale teenust pakkuvale laborile taotletakse eelnevalt selleks luba Tartu Ülikooli Senatilt ja sõlmitakse Tartu Ülikooli ja partneri ja teenust pakkuva labori vahel leping ud . Lepingutes märgitakse detailselt ära kõik proovide analüüsimise, säilitamise ja hävitamisega seonduv, samuti saadud andmete edastamise, säilitamise ning hävitamisega seonduv. Lepingute täitmist kontrollib Tartu Ülikool (andmete vastutav töötleja). Selleks, et Teie vere-, sülje- ja väljaheiteproove välispartneritele saata, peate Te sellega vabatahtlikult nõustuma. Teie õigused uuringus osalemisel Uuringus osalemine on rangelt vabatahtlik. Uuringus osalemine või mitteosalemine ei mõjuta kuidagi Teile osutatavate raviteenuste kvaliteeti. Te võite igal ajal loobuda uuringus osalemisest loobumise põhjust nimetamata. Loobumiseks on vaja teavitada uurijat vabas vormis kirjaliku teatega (paberil avaldus saata postiaadressile: Reedik Mägi, TÜ genoomika instituut, Riia 23b, 51010, Tartu või saata e-kiri aadressile: [email protected] ). Juba kogutud andmeid ei kustutata ja kasutatakse uuringu kokkuvõtete tegemisel, kuid uusi andmeid enam juurde ei koguta. Uuringust loobumisel ei ole uuringus osaleja jaoks negatiivseid tagajärgi. Uuringu käigus on Teil õigus jätta vastamata küsimustele, mis tunduvad ebamugavad või millele Te ei soovi vastata. Kui Teil on küsimusi seoses enda kui uuritava õigustega, saate pöörduda Eesti bioeetika ja inimuuringute nõukogu poole, e-post [email protected]. Kui Teil on andmekaitset puudutavaid küsimusi, siis saate pöörduda Andmekaitse Inspektsiooni poole telefon 627 4135, e-post [email protected] . Võimalikud riskid ja kasu Uuringu käigus kogutakse Teilt veenivereproov kuni 2 2 ml. Vajaliku väljaõppe saanud ja kogenud personal teeb seda võimalusel ühe torkega, kasutades standardset ühekordset venoosse vere kogumise metoodikat. Veenivere võtmine võib olla valulik ( valu möödub tavaliselt kuni poole tunni jooksul ) ja s üstekohale võib tekkida verevalum ( kaob hiljemalt nädala jooksul ) . Uuringu käigus kogutud andmeid (uuringuküsimustik, verest mõõdetud markerid , väljaheite ning süljeproovi analüüsid ) ja geenivaramus olevaid andmeid (genotüübi ja terviseseisundi kirjelduse andmed) analüüsivad teadlased. Need andmed saavad nad pseudonüümitud ehk kodeeritud kujul, mis tähendab, et nad ei saa infot Teie isiku kohta ja neil pole võimalik Teie isikut tuvastada. Teie andmed kodeerib uuringu käigus TÜ Eesti geenivaramu ja säilitab koodi võtit oma turvalises kodeerimiskeskuses tähtajatult . See on vajalik, et oleks võimalik andmeid vaadata, kui selleks tekib vajadus hilisemal andmeanalüüsil ja teadusartiklite kirjutamisel. Uuringuga nõustumisel annate Te nõusoleku oma isikuandmete töötlemiseks. Uurijatele, kes kogutud andmeid analüüsivad väljastatakse ainult isikustamata andmeid. Teadusartiklites avaldatakse andmeid sellisel kujul, mis ei võimalda Teie isiku tuvastamist. Uuringust võite saada Te kaudset kasu. Uuringust saadud üldised tulemused Teile otsest kasu ei too , s amas saavad sellest kasu tulevased artriitide riskigruppi kuuluvad inimesed või artiidi diagnoosi saanud patsiendid. Andmete ja proovide jagamine uuringupartneritega ning nende säilitamine ENDOTARGETi uuringuküsimustikust ja vere -, sülje ja väljaheite proovide analüüsimisel saadud andmeid säilitatakse geenivaramu turvatud ja piiratud juurdepääsuga elektroonilises andmebaasis tähtajatult. Uuringust saadud andmed rikastavad geenivaramu andmekogu. Teadlastele väljastatakse vaid pseudonüümitud ehk kodeeritud andmeid. Ka Teilt verevõtupunktis kogutud proovid märgistatakse koodiga, mitte nime ega isikukoodiga. Osa u uringu käigus kogutud vereproove analüüsitakse verevõtupunktis kohapeal. Sealses laboris hävitatakse analüüsimisest üle jäänud proovid kohe pärast analüüsimist . Verest eraldatud väike kogus vereplasmat saadetakse Soome partnerile ning analüüsist järgi jäänud plasma saadetakse geenivaramule tagasi. Osa s ülje - ja väljaheiteproovidest eraldatud genoom sest materjal saadetakse analüüsimiseks E L- s asuvasse teenust pakkuvasse laborisse. Mikroobide uuringutest järgi jäänud genoomne materjal hävitatakse hiljemalt kuue kuu jooksul kohapeal pärast analüüside tegemist . Proovide saatmiseks väljaspoole Eesti Vabariiki taotletakse selleks eelnevalt l u ba Eesti bioeetika ja inimuuringute nõukogult ja Tartu Ülikooli senatilt . Osa vereplasmast, sülje- ja väljaheiteproovidest ja neist eraldatud genoomsest materjalist säilitatakse geenivaramus tähtajatult, et seda kasutada edasistes uuringutes. ENDOTARGETi uuringu raames jagatakse pseudonüümitud genotüübi, mikrobioomi ja fenotüübi (tervise andmed, veremarkerite analüüside tulemused, antropomeetrilised andmed, uuringuküsimustiku vastused) indiviidi tasandi andmeid partnerinstituutidega ENDOTARGET konsortsiumis. Vastavad andmed kustutatakse välispartnerite juures hiljemalt 10 aastat pärast nende saamist. Genotüübi ja mikrobioomi andmeid jagatakse partneritega vaid võimaldades neile ligipääsu Tartu Ülikooli turvalistesse serveritesse. Nõusoleku vorm Uuringu nimetus: Süsteemne endotokseemia kui kroonilise põletiku põhjustaja – artriidi biomarkerid ja uued ravieesmärgid . Uuringu lühike nimetus on ENDOTARGET. Mina, ......................................................................................................................................., ees- ja perekonnanimi / isikukood olen informeeritud ülalmainitud uuringust, olen teadlik läbiviidava uurimistöö eesmärgist, uuringu metoodikast ja uuringuga seotud võimalikest ohtudest ning kinnitan oma nõusolekut selles osalemiseks allkirjaga. Uuritava informeerimise leht ja teadliku nõusoleku vorm vormistatakse 2 eksemplaris, millest üks jääb mulle (uuritavale) ja teine uurijale. Minu (uuritava) allkiri: .............................................................................................................. Kuupäev (päev, kuu aasta): ....................................................................................................... Uuritavale informatsiooni andnud isiku nimi: ......................................................................... Uuritavale informatsiooni andnud isiku allkiri: ....................................................................... Kuupäev (päev, kuu aasta): ....................................................................................................... Tean, et uuringu käigus tekkivate küsimuste kohta saan mulle vajalikku täiendavat informatsiooni uuringu juhilt: Reedik Mägi, PhD , Bioinformaatika professor, uuringu vastutav uurija. Tartu Ülikooli g enoomika instituut , Eesti geenivaramu teaduskeskus , Riia 23b, Tartu 51010 , t elefon +372 737 4045 , e -post: [email protected] Appendix 6 . Study questionnaire in Estonian (will be filled online) Abbreviations: RDs- rheumatic diseases RA – rheumatoid arthritis (involves both seropositive and seronegative forms) SA - spondylarthritis (includes also ankylosing spondylitis) OA – osteoarthritis (includes both hip and knee osteoarthritis) C – control group, rheumatic diseases have not been diagnosed Content: General questionnaire: About supplements, food, allergies, lifestyle , mental health questions , r eplied by all Cohort1000 BPs , 56 questions. Takes 15-20 min to answer. Pain VAS: replied by all Cohort1000 BPs , 1 question. Takes 0.5 min to answer. Disease activity VAS: r eplied by Cohort1000 BPs with RA, OA and SA diagnosis , 1 question. Takes 0.5 min to answer. HAQ-DI: replied by Cohort1000 BPs with RA, OA and SA diagnosis, 14 questions. Takes 5-7 min to answer. BASDAI: replied by Cohort1000 BPs with SA diagnosis , 6 questions . Takes up to 3 min to answer. BASFI: replied by Cohort1000 BPs with SA diagnosis , 10 questions . Takes up to 5 min to answer. Oxford Knee Score and Oxford Hip Score : replied by Cohort1000 BPs with OA diagnosis , 12 questions per questionnaire . Takes up to 7 min per joint to answer. Thus answering the questionnaire might take approximately between 1 6 minutes (for controls) to 45 minutes (for OA patients with left and right hip and knee joints affected). Below, it the text for biobank participants. UURINGU NIMETUS: „ Süsteemne endotokseemia kui kroonilise põletiku põhjustaja – artriidi biomarkerid ja uued ravieesmärgid (ENDOTARGET).” Täitmise kuupäev: Sugu: Pikkus (cm): Kehakaal (kg): Postiaadress, kuhu saata väljaheiteproovi kogumise komplekt: Allolevas küsimustikus soovime saada informatsiooni Teie elustiili, toitumise, vaimse tervise, mõnede haigust e ja liigeste tervise kohta, mis kõik võivad mõjutada või olla mõjutatud Teie mikrobioomist ehk Teie kehas esinevate mirkoobide kooslusest. Märkus! Uuringuküsimustikule on lisatud erinevaid rahvusvaheliselt kasutatavaid liigeste seisukorra hindamise küsimustikke, mida kasutatakse haiguste aktiivsuse numbrilise hinnangu (skoori) arvutamiseks. Oleme teadlikud, et mõned neist küsimustest võivad tunduda korduvana, samas on oluline neile kõigile vastata, et saaksime vastustest tulenevalt Teile õige skoori arvutada. Palun märkige oma valik (ud) pakutud vastusevariantide hulgast . Kas Te tarvitate multivitamiine? Jah Ei Kui tihti Te tarvitate kompleks B-vitamiine, folaati, foolhapet? Mitte kunagi Harva (vahel harva/mõned korrad kuus) Aeg-ajalt (1-2 korda nädalas) Regulaarselt (3-5 korda nädalas) Igapäevaselt Kui tihti Te tarvitate D-vitamiini? Mitte kunagi Harva (vahel harva/mõned korrad kuus) Aeg-ajalt (1-2 korda nädalas) Regulaarselt (3-5 korda nädalas) Igapäevaselt Kui tihti Te tarvitate bakteritega rikastatud toiduaineid (näiteks Actimel, Hellus, jogurtid jms)? a. Mitte kunagi b. Harva (vahel harva/mõned korrad kuus) c. Aeg-ajalt (1-2 korda nädalas) d. Regulaarselt (3-5 korda nädalas) e. Igapäevaselt Kui tihti Te tarvitate probiootikume kui toidulisandeid (tabletid jne)? Mitte kunagi Harva (vahel harva/mõned korrad kuus) Aeg-ajalt (1-2 korda nädalas) Regulaarselt (3-5 korda nädalas) Igapäevaselt Kui tihti Te sõite viimasel nädalal järgmisi toite? Kui viimane nädal erineb toitumise osas oluliselt tavalisest, siis palun valige nädal, mis vastab Teie tavapärasele elustiilile. Mitte kordagi 1 päeval 2 päeval 3 päeval 4 päeval 5 päeval 6 päeval 7 päeval Kartul Riis M akaronid Pudrud Müslid, helbed Mitu leivaviilu (tk) Mitu s ai viilu ja saiatooted (tk) Piim Keefir, pett, hapupiim, hapukoor, kodujuust Juust Jogurt Kohupiim, kohukesed Kala Punane liha (nt veise, sea, lamba) Valge liha (linnu nt kana, küüliku) Lihaproduktid ( vorstid,viinerid ) Värske juurvili Töödeldud (nt keedetud, küpsetatud, aurutatud) juurvili Värsked puuviljad, marjad Kompotid, keedised Maiustused Karastusjoogid Muna Eeltöödeldud, poest ostetud toit Hapendatud toidud (nt hapukapsas, hapukurk, kimchi) Mitu tassi kohvi joote tavaliselt päevas? Mitu tassi teed joote tavaliselt päevas? Kuidas Te hindate oma toitumist? Söön kõike ilma eranditeta (kõigesööja, omnivoor) Kõigesööja välja arvatud punane liha (looma-, sea-, lamba- ja põdraliha) Kõigesööja välja arvatud kala Kõigesööja välja arvatud piim ja rõõsk koor Olen taimetoitlane, kuid mitte vegan (nt. söön muna, kala) Olen täistaimetoitlane (vegan) Muu- ükski eelnevatest vastustest ei sobinud 9 .A Palun täpsutage oma toitumist ........................................................................................................................................................................... Kas Te järgite erilist toitumist? Jah *A Kui jah, palun täpsustage erilist toitumist Ei 10 .A Palun täpsustage erilise toitumise põhjused a. Tervislikud põhjused b. Toidusobimatus c. Kehakaalu langetamine d. Kehakaalu tõstmine e. Muu *B Kui jah, palun täpsustage muud erilised toitumise põhjused 10 .B Muud erilise toitumise põhjused ........................................................................................................................................................................... Kas toidu valimisel eelistate teadlikult mahetooteid tavatoodetele ( mahetoit on kas ökomärgisega toode või toode, mis on pärit mahetootmise printsiipe järgivalt tootjalt või Teie enda kasvatud )? Jah Ei Ei soovi vastata Kas Teil on diagnoositud laktoositalumatus? Jah Ei Arst ei ole diagnoosinud, aga ise arvan, et olen piima suhtes tundlik. Ei soovi vastata Kas Te olete tundlik teraviljavalgu (gluteeni) suhtes? Mul on diagnoositud tsöliaakia (verest määratud antikehad ja tehtud soole biopsia) Mul on diagnoositud allergia gluteeni vastu (verest määratud antikehad), kuid pole diagnoositud tsöliaakiat Ma ei tarvita gluteeni sisaldavaid toiduaineid, sest nad põhjustavad enesetunde halvenemist Ma tarvitan gluteeni sisaldavaid toiduaineid harva, sest nad põhjustavad enesetunde halvenemist Ei Ei tea Ei soovi vastata Kas T eil esineb mõne toiduaine suhtes allergiaid? Pähklite vastu Koorikloomade vastu Mõne muu toiduaine vastu* Kui jah, palun täpsutage mille vastu olete veel allergiline Mul ei ole ühtegi allergiat, millest ise teadlik oleksin Ei soovi vastata * Palun täpsustage, milliste toiduainete vastu olete allergiline ........................................................................................................................................................................... Millist joogivett Te kodus tarvitate? Kraanivett Filtreeritud joogivett Pudelivett Kaevuvett Ei soovi vastata Kas Te olete oma elus suitsetanud (sigaretid, tubakas) enamaks kui proovimiseks? Jah Ei Ei soovi vastata Kas Te olete käesoleval hetkel regulaarne suitse taja (sigaretid, tubakas) ? Jah Ei Ei soovi vastata Kas Te käesoleval hetkel kasutate aktiivselt elektroonseid sigarette (veipimine)? Jah Ei Ei soovi vastata Kui sageli Te keskmiselt lahjasid alkohoolseid jooke (nt vein, siider, õlu) tarvitate? 4 või enamal korral nädalas 2-3 korda nädalas 2-4 korda kuus korra kuus mõned korrad aastas vähem kui kord aastas ei tarbi alkoholi ei soovi vastata Kui sageli Te keskmiselt kangeid alkohoolseid jooke (nt viin, viski, rumm) tarvitate 4 või enamal korral nädalas 2-3 korda nädalas 2-4 korda kuus korra kuus mõned korrad aastas vähem kui kord aastas ei tarbi alkoholi ei soovi vastata Kui sageli Te tarvitate 6 või rohkem alkoholiühikut järjest (nt. kolm 0.5 l õlut, kolm keskmise suurusega klaasi veini või 5 pitsi kanget alkoholi? Mitte kunagi Igakuiselt Iganädalaselt Igapäevaselt või peaaegu iga päev E i soovi vastata Kuidas T e kirjeldaksite füüsilist koormust oma põhiametis? Põhiliselt istuv Põhiliselt seismine või kõndimine ilma erilise füüsilise pingutuseta Põhiliselt seismine või kõndimine koos füüsilise pingutusega Töö nõuab suurt füüsilist pingutust Mitu tundi päevas keskmiselt tegelete mõõduka füüsilise aktiivsete tegevustega? (nt jalutamine, ostlemine, koristamine) Kas te olete viimase aasta jooksul tegelenud tervisespordiga? Jah * Kui jah, palun täpsustage kui sageli harrastasite viimase kuu jooksul tervisesporti Ei Ei soovi vastata * Kui sageli Te harrastasite viimase kuu jooksul tervisesporti? (vähemalt poole tunni vältel, nii et hakkasite kergelt higistama) Iga päev 4-6 korda nädalas 2-3 korda nädalas Kord nädalas 2-3 korda kuus või harvem Üldse mitte Ei soovi vastata Kus on Teie elukoht? a. Suurlinn (Tallinn, Tartu, Narva, Pärnu või Kohtla-Järve) b. Keskmise suurusega linn (Viljandi, Maardu, Rakvere, Kuressaare, Sillamäe, Valga, Võru, Jõhvi, Keila, Haapsalu) c. Väikelinn või alev d. Väike asula (alevik, küla) e. Elan väljaspool asulat Millal Te asusite elama oma praegusesse elukohta (linna, asulasse, maale jne) a. Eelmisel kuul b. Viimase 2 kuu jooksul c. Viimase 6 kuu jooksul d. Viimase aasta jooksul c. Olen elanud oma praeguses elukohas rohkem kui aasta 24) Kas Teil on koduloomi? a. Jah *A Palun täpsustage, milline(sed) koduloom(ad) b. Ei c. Ei soovi vastatata * 24.A Palun täpsustage, milline(sed) koduloom(ad) Teiega koos elavad ........................................................................................................................................................................... 25) Olen tarvitanud antibiootikume (v.a lokaalseid nt kreemid, silmatilgad): a. Viimasel nädalal b. Viimasel kuul c. Viimase 6 kuu jooksul d. Viimase aasta jooksul e. Viimase aasta jooksul mitte 2 6 ) Olen tarvitanud kõhulahtisteid : a. Viimasel nädalal b. Viimasel kuul c. Viimase 6 kuu jooksul d. Viimase aasta jooksul e. Viimase aasta jooksul mitte 27) Olen tarvitanud refluksivastaseid ravimeid ( prootonpumba inhibiitorid nt. Nexium, Omep, Gasec jne ): a. Viimasel nädalal b. Viimasel kuul c. Viimase 6 kuu jooksul d. Viimase aasta jooksul e. Viimase aasta jooksul mitte 2 8 ) Olen tarvitanud mittesteroidseid põletikuvastaseid ravimeid ( ibuprofen, diklofenak, indometatsiin, ketoprofen, jt) ): a. Viimasel nädalal b. Viimasel kuul c. Viimase 6 kuu jooksul d. Viimase aasta jooksul e. Viimase aasta jooksul mitte 2 9 ) Olen ennast lasknud vaktsineerida gripi vastu a. Viimasel nädalal b. Viimasel kuul c. Viimase 6 kuu jooksul d. Viimase aasta jooksul e. Viimase aasta jooksul mitte 3 0 ) Kas Te olete sündinud keisrilõike teel? a. Jah b. Ei c. Ei tea 3 1 ) Millega Teid imikuna esimesed elukuud toideti? a. Peamiselt rinnapiimaga b. Peamiselt rinnapiima asendajatega c. Nii rinnapiima kui rinnapiima asendajatega d. Ei tea 3 2 ) Kas Teil esineb liigseid kõhugaase (puhitust)? a. Ei esine b. Jah, mul esineb seda harva c. Jah, mul esineb seda regulaarselt d. Pole kindel e. Ei soovi vastata 33) Kas Teil on esinenud hooajalisi allergiaid? Jah Ei Ei soovi vastata 34) Kas Teil esineb mõni järgmistest allergiatest? a. Ravimite suhtes (näiteks antibiootikumid jne) b. Koduloomadest tingitud c. Mürgiste putukate (nt mesilaste, herilaste jne) suhtes d. Päikese suhtes e. Taimede ( k.a. õietolmu) suhtes f. Millegi muu suhtes * A palun täpsustage, mille suhtes g. Allergiaid ei esine h. Ei tea 34 .A Palun täpsustage, mis allergiaid Teil veel esineb ........................................................................................................................................................................... 35 ) Kui mitu korda Te keskmiselt päevas soolt tühjendate? a Vähem kui üks kord b. Üks kord c. Kaks korda d. Kolm korda e. Neli korda f. Viis või rohkem korda 36 ) Kirjeldage oma soole tühjendamise seisundit a. Mul on normaalne soole tühjenemine b. Mul esineb sageli kõhukinnisust b. Mul esineb sageli kõhulahtisust d. Ei soovi vastata 37 ) Palun kirjutage oma tavalist väljaheite tüüpi kasutades Bristoli skaala numbereid (1- kõht kinni kuni 7- kõht lahti). Tüüp 1 Eraldi seisvad kõvad tükid, nagu pähklid (raske väljutada) Tüüp 2 Vorsti kujuline, aga mügarik Tüüp 3 Nagu vorst, aga pinnal asetsevate pragudega Tüüp 4 Nagu vorst või madu, sile ja pehme Tüüp 5 Pehmed tükid selgete piirjoontega (kerge väljutada) Tüüp 6 Kohevad tükid säbruliste äärtega, kohev tekstuur Tüüp 7 Täiesti vedel, ilma kõvade tükkideta. Palun lugege tähelepanelikult läbi alltoodud loetelu probleemidest ja vaevustest, mis võivad inimestel mõnikord esineda. Valige vastus, mis kõige paremini kirjeldab seda, kuivõrd see probleem on T eid VIIMASE KUU jooksul häirinud C1.1 Kurvameelsus 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.2 Huvi kadumine 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.3 Alaväärsustunne 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.4 Enesesüüdistused 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.5 Korduvad surma- või enesetapumõtted 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.6 Üksildustunne 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.7 Lootusetus tuleviku suhtes 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.8 Võimetus rõõmu tunda 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.9 Kiire ärritumine või vihastamine 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.10 Ärevuse- või hirmutunne 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.11 Pingetunne või võimetus lõdvestuda 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.12 Liigne muretsemine paljude asjade pärast 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.13 Rahutus või kärsitus, nii et ei suuda paigal püsida 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.14 Kergesti ehmumine 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata Teie hinnang oma tervislikule seisundile Palun öelge, milline järgnevast iseloomustab Teie tervist täna kõige paremini? Liikumine 1-Käimine ei valmista mulle mingeid raskusi 2-Käimine valmistab mõningaid raskusi 3-Ma olen voodihaige Enesehooldus 1-Enesehooldamine ei valmista mulle mingeid raskusi 2-Pesemine või riidesse panek valmistab raskusi 3-Ma ei saa iseseisvalt pesta või riidesse panna Tavalised tegemised (nt. töö, õpingud, kodused tööd, perekondlikud või vaba aja tegemised) 1-Tööd ja tegemised ei valmista mulle raskusi 2-Tööd ja tegemised valmistavad mõningaid raskusi 3-Ma ei saa tööde ja tegemistega hakkama Valu/Ebamugavustunne 1-Mul ei ole mingeid valusid ega ebamugavustunnet 2-Mul on mõõdukas valu või ebamugavustunne 3-Mul on väga tugev valu või ebamugavustunne Ärevus/Masendus 1-Mul ei ole ärevust või masendust 2-Mul on mõõdukas ärevus või masendus 3-Mul on väga tugev ärevus või masendus Liigese olukorda ja haigusi hindavad küsimustikud: 1. Valu VAS: Palun hinnake oma valu tugevust skaalal nullist kümneni. Valu tuleb hinnata kogu oma keha ulatuses. Selleks märkige antud skaalal ära Teie hinnangu järgi sobiv punkt. 0- valu puudub 10 – maksimaalne valu 2. Haiguse aktiivsuse VAS Palun hinnake oma haiguse (reumatoidartriit või anküloseeriv spondüliit või osteoartroos) aktiivsust skaalal nullist kümneni. Haiguse tuleb hinnata kogu oma keha ulatuses. Selleks märkige antud skaalal ära Teie hinnangu järgi sobiv punkt. 0 - haigus ei ole aktiivne 10 – haigus on maksimaalselt aktiivne 3. HAQ-DI TERVISHINNANGU KÜSIMUSTIK HAQ Soovime teada, kuidas Teie haigus mõjutab Teid igapäevaste toimetuste tegemisel. Palun märkige vastus, mis kõige paremini kirjeldab Teie võimeid VIIMASE NÄDALA jooksul Ilma mingi raskuseta Mõningase raskusega Suure raskusega Ei ole võimeline Riietumine ja enda eest hoolitsemine Kas olete võimeline Riietuma, sealhulgas siduma kingapaelu ja kinni panema nööpe? FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX Juukseid pesema? FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX Tõusmine Kas olete võimeline Toolilt tõusma? FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX Voodisse heitma ja sealt tõusma? FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX Söömine Kas olete võimeline Liha lõikama? FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX Tõstma täis kruusi või klaasi suuni? FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX Avama tetrapakendit? FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX Kõndimine Kas olete võimeline Kõndima väljas tasasel pinnal? FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX Viiest trepiastmest üles minema? FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX Palun märkige, milliseid abivahendeid Te tavaliselt kasutate kõigi eelnevate tegevuste juures FORMCHECKBOX Kepp FORMCHECKBOX Riietumise abivahendid (n. pikk kingalusikas, tõmbluku pikendatud ots, nööpimiskonks ) FORMCHECKBOX Käimisraam FORMCHECKBOX Eriotstarbelised või kohandatud tarbeesemed FORMCHECKBOX Kargud FORMCHECKBOX Eriotstarbeline või kohandatud tool FORMCHECKBOX Ratastool FORMCHECKBOX Muu (täpsustage) …………………………….. Palun märkige kõik toimetused, mille juures Te tavaliselt vajate teiste inimeste abi FORMCHECKBOX Riietumine ja enda eest hoolitsemine FORMCHECKBOX Söömine FORMCHECKBOX Tõusmine FORMCHECKBOX Kõndimine Palun märkige vastus, mis kõige paremini kirjeldab Teie võimeid VIIMASE NÄDALA jooksul Ilma mingi raskuseta Mõningase raskusega Suure raskusega Ei ole võimeline Hügieen Kas olete võimeline Kogu keha pesema ja kuivatama? FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX Vannis käima? FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX Tualetipotile istuma ja sealt tõusma? FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX Ulatamine Kas olete võimeline Ulatuma oma pea kõrgusel riiulil oleva 2 kg jahupakini ja selle alla tõstma? FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX Kummarduma, et põrandalt riideeset üles tõsta? FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX Haaramine Kas olete võimeline Autouksi avama? FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX Avama purke, mida varem on avatud? FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX Kraani lahti ja kinni keerama? FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX Tegevused Kas olete võimeline Poes käima ja tegema muud vajalikud käigud? FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX Autosse istuma ja sealt väljuma? FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX Tegema majapidamistöid (nagu näiteks tolmuimejaga töötamine ja aiatööd)? FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX FORMCHECKBOX Palun märkige, milliseid abivahendeid Te tavaliselt kasutate kõigi eelnevate tegevuste juures FORMCHECKBOX Kõrgendatud tualetipoti iste FORMCHECKBOX Vannikäsipuu FORMCHECKBOX Vanniiste FORMCHECKBOX Pikendatud varrega pesemistarbed vannitoas FORMCHECKBOX Kaaneavaja eelnevalt avatud purkide avamiseks FORMCHECKBOX Abivahendid ulatumiseks FORMCHECKBOX Muu (täpsustage) ……………………………. Palun märkige kõik toimetused, mille juures Te tavaliselt vajate teiste inimeste abi FORMCHECKBOX Hügieen FORMCHECKBOX Haaramine ja asjade avamine FORMCHECKBOX Ulatumine FORMCHECKBOX Igapäevased toimetused ja majapidamistööd 4. BASDAI skoor: AS aktiivsuse indeks 1. Kuidas hindate oma kurnatust/väsimust 10-palli skaalal? 0 – puudub 10- väga tugev 2. Kuidas hindate anküloseerivast spondüliidist tingitud kaela-, selja- või puusavalu 10-palli skaalal? 0 – puudub 10- väga tugev 3. Kuidas hindate anküloseerivast spondüliidist tingitud valu/turset muudes liigestes (v.a kael, selg, puusad) 10-palli skaalal? 0 – puudub 10- väga tugev 4. Kuidas hindate 10-palli skaalal selliseid vaevusi, mis on tingitud valulike piirkondade puudutamisest või nendele vajutamisest? 0 – puudub 10- väga tugev 5. Kuidas hindate ärkamisjärgset hommikustt jäikust 10- palli skaalal? 0 – puudub 10- väga tugev 6. Kui kaua kestab ärkamisjärgne hommikune jäikus? 0 tundi 1 tund 2 või rohkem tundi 5. BASFI skoor: SA funktsionaalsuse indeks Märkige ära kastike, mis kirjeldab eelmise nädala kohta kõige paremini Teie suutlikkust sooritada nimetatud toiminguid. NB! Abivahend on ese, mis aitab tegevust või liigutust sooritada. 1. Sokkide või sukkade jalgapanek kõrvalise abi või abivahendita (nt abivahend sokkide jalgatõmbamiseks). 0 - lihtne 10 – võimatu 2. Kummardamine pliiatsi põrandalt ülesvõtmiseks abivahenditeta. 0 - lihtne 10 – võimatu 3. Kõrge riiulini ulatumine kõrvalise abi või abivahenditeta (nt haarats). 0 - lihtne 10 – võimatu 4. Käetugedeta köögitoolist püstitõusmine, seejuures kätele toetumata või kõrvalist abi kasutamata. 0 - lihtne 10 – võimatu 5. Põrandalt selili lamangust püstitõusmine kõrvalise abita. 0 - lihtne 10 – võimatu 6. Seismine 10 minutit tugedeta, ilma et see põhjustaks vaevusi. 0 - lihtne 10 – võimatu 7. Ülesminek 12-15 trepiastmest, asetades igale astmele vaid ühe jala ja toetamata seejuures käsipuule või kõndimistoele. 0 - lihtne 10 – võimatu 8. Üle õla vaatamine keha pööramata. 0 - lihtne 10 – võimatu 9. Füüsilist pingutust nõudvate toimingute sooritamine (nt füsioteraapia, võimlemine, aiatööd, sportimine). 0 - lihtne 10 – võimatu 10. Terve päeva jooksul tegutsemine, ükskõik kas kodus või tööl. 0 - lihtne 10 – võimatu 6. Oxfordi puusavalu hindamise küsimustik Kummal ku ̈ ljel on haige puus, mille jaoks Te ravi saate ? Paremal ❑  Vasakul ❑  Mõlemal ❑  Kui vastasite „mõlemal”, palun täitke esimene küsimustik, vastates parempoolse puusa kohta. Sellele ja ̈ rgneb teine ku ̈ simustik, mis on vasaku puusa kohta. 7. Oxfordi põlvevalu hindamise küsimustik Kummal kü l jel on haige põlv, m ille jaoks Te ravi saate? Paremal ❑  Vasakul ❑  Mõlemal❑ Kui vastasite „mõlemal”, palun täitke esimene küsimustik, vastates parempoolse põlve kohta. Sel lele järgn e b teine küsimu s tik, mis on vasaku põlve kohta. Täname Teid, et olete vastanud lõpuni meie artriitide uuringu küsimustiku. Juhend edasisteks uuringu etappideks: Väljaheiteproovi kogumine: Saadame Teile kuni kahe nädala jooksul Teie poolt märgitud aadressile väljaheiteproovi kogumise komplekti koos juhistega. Väljaheiteproovi soovitame Teil koguda võimalusel samal hommikul (või äärmisel juhul eelmisel õhtul), kui plaanite minna Teile sobivasse verevõtupunkti verd ja süljeproovi loovutama . Vere- ja süljeproovi loovutamine: Kuna uuringu jaoks on oluline, et loovutaksite paastuverd, siis palume Teil 9 h enne vere loovutamist mitte süüa ega juua midagi peale puhta vee. Verevõtupunkti minnes, palume Teil sinna kaasa võtta isikut tõendav dokument (pass või ID-kaart) ja kodus kogutud väljaheiteproov. Viimase saate Te loovutada verevõtupunkti, kust see saadetakse koos vere ja süljeprooviga Eesti Geenivaramusse. Verevõtupunktis kogutakse Teilt kuni 22 ml venoosset verd. Pärast verevõtupunktis proovide loovutamist on Teie panus artriitide uuringusse antud ja rohkem ei ole Teil seoses uuringuga vaja midagi teha. Järgnevalt on välja toodud verevõtupunktid, kuhu saab viia kodus kogutud väljaheiteproovi ja loovutada uuringu jaoks vere ja süljeproovid. 1) 2) ... Täname Teid uuringus osalemast! Lugupidamisega Reedik Mägi Eesti geenivaramu teaduskeskus bioinformaatika professor uuringu vastutav uurija [email protected] Lisainfo: Kui soovite arutada oma elustiili, füüsilise või vaimse tervisega seotud küsimusi või soovite otsida abi mõnele oma terviseprobleemile, soovitame Teil pöörduda oma perearsti poole. Kui tunnete, et tahaksite vaimse tervise teemadel rohkem informatsiooni, külastage järgnevaid usaldusväärseid veebilehekülgi: https://peaasi.ee https://www.terviseinfo.ee/et/valdkonnad/vaimne-tervis https://lahendus.net/database https://geenidoonor.ee/mikrobioom https://toitumine.ee Eesti Geenivaramu r eumaatiliste haiguste uuringus osalemise ja uuringus jaoks proovide loovutamise juhend Hea geenidoonor! Eesti Geenivaramu kutsub Teid osalema reumaatiliste haiguste uuringus . Antud uuringus on neli erinevat uuringugruppi , Teie kuulute ühte neist. Uuringugruppidesse kutsume me geenidoonoreid, kellel on diagnoositud osteoartriit , reumatoidartriit , spondüüloartriit või mitte ühtegi nimetatud artriitidest (kontrollgrupp). Selleks, et uuringus osaleda, peaksite Te kõigepealt andma selleks vabatahtliku nõusoleku. Selleks tuleb Teil minna uuringu veebilehele, lugeda läbi uuringu nõusolekuvorm . Kui Teil tekib uuringu kohta täiendavaid küsimusi, saate Te nendele küsida vastuseid nõusolekuvormil väljatoodud kanalite kaudu. Kui Te soovite uuringus osaleda, siis peaksite Te uuringu nõusolekuvormi digitaalselt allkirjastama. Pärast nõusoleku andmist avaneb Teile täitmiseks uuringuküsimustik. Sõltuvalt sellest, millisesse uuringugruppi Te Eesti Geenivaramu andmetel kuulute , võtab küsimustiku vastamine aega ligikaudu ??? kuni ??? minutit. Pärast uuringuküsimustiku täitmist saadame me Teile uuringuküsimustiku lõpus Teie poolt antud aadressile väljaheiteproovi kogumise komplekti koos juhistega. Väljaheiteproovi soovitame Teil ko guda võimalusel samal hommikul (või äärmisel juhul eelmisel õhtul), kui plaanite minna Teile sobivasse verevõtupunkti verd ja süljeproovi loovutama . Kuna uuringu jaoks on oluline, et loovutaksite paastuverd, siis palume Teil 9 h enne vere loovutamist mitte süüa ega juua midagi peale puhta vee. Verevõtupunkti minnes, palume Teil sinna kaasa võtta isikut tõendav dokument (pass või ID-kaart ) ja kodus kogutud väljaheiteproov. Viimase saate Te loovutada verevõtupunkti, kust see saadetakse koos vere ja süljeprooviga Eesti Geenivaramusse. Verevõtupunktis kogutakse Teilt kuni ???? ml venoosset verd. Järgnevalt on välja toodud verevõtupunktid, kuhu saab viia kodus kogutud väljaheiteproovi ja loovutada uuringu jaoks vere ja süljeproovid. 1) 2) ... Täname Teid uuringus osalemast! Lugupidamisega Reedik Mägi Eesti geenivaramu teaduskeskus bioinformaatika professor uuringu vastutav uurija [email protected] VÄLJAHEITEPROOVI KODUS KOGUMISE JUHEND OLULINE!!! Kuna proovide analüüsimise juures on oluline säilitamise aeg, siis palume võimalusel koguda proov sama päeva hommikul, kui plaanite minna verevõtupunkti ver d ja süljeproovi loovutama. Palun võtke kogutud väljaheiteproov verevõtupunkti kaasa ja andke see sealse spetsialisti kätte. Väljaheiteproovi usaldusväärsete tulemuste saamiseks, tuleb täita kõiki proovikogumise nõudeid. Enne proovi võtmist loe juhend hoolikalt läbi ! Proovi kogumisel WC-potist, võib väljaheite hulka sattuda vett, uriini, WC-poti pesemise ja desinfitseerimisvahendite jääke, mis mõjutavad proovi analüüsitulemusi. Proovi sellest hoiduda. Proovid kogutakse steriilsesse tuubi, seega, är a puuduta tuubi sisepinda kätega! Kui tunne d vajadust urineerida, siis palume seda teha enne proovi võtmist, et vältida väljaheite proovi kogumise paberi läbivettimist. Proovituubi peab koguma ainult paberalusel olevat roeproovi, ainult siis on tagatud proovi kvaliteetne tulemus. Proovivõtu komplekti kuulub. Kuidas väljaheiteproovi koguda. 298737 -2827 0 0 Väljaheiteproovi kogumise aluspaber ( FecesCatcher ) 1. Pange kätte kummikindad! 3. Jälgige, et väljaheide, millest proovi kogute, satuks kogumispaberile. 4. Võtk e komplektist pipett väljaheite proovi kogumiseks. 2 pipetti väljaheite proovi kogumiseks 2 tuubi väljaheiteprooviga pipeti hoidmiseks Kummikindad väljaheite proovi kogumiseks Kilest kott (must) väljaheite proovi tuubide hoidmine. Bristoli skaala hindamisleht Mulliümbrik proovide transpordiks 2. Kleepige WC-poti istumisraamile väljaheite proovi kogumise aluspaber. NB! Paber on kokku volditud, paberi avamiseks tõmmake paber nooltega märgitud nurkadest ettevaatlikult liimiribadest lahti ja kleepige paberi küljes olevate liimiribadega istumisraamile. 0 119380 0 0 5. Suruge pipett ettevaatlikult väljaheitesse. 6. Koguge proovi vähemalt pipetil oleva nr 1 kriipsuni (pildil näidatud punase noolega). 7. Pühkige WC-paberiga pipeti välispind üleliigsest proovimaterjalist puhtaks. 8. Asetage pipett komplektiga kaasas olevasse keeratava korgiga tuubi. 9. Sulgege tuub korgiga. 10. Võtke teine pipett ning koguge proov samamoodi, nagu eespool kirjeldatud. 11. Asetage mõlemad proovituubid komplektis kaasas olevasse musta kilekotti. Märkige peale proovi võtmise kuupäev ja kellaaeg. Palun täitke ära kaasa pandud Bristoli skaalat hindav leht. 12. Tõmmake proovi kogumise aluspaber istumisraami küljest lahti ning laske WC-potti kukkuda. Jätke proovid toatemperatuurile ning võtke kaasa verevõtupunkti, kus andke see sealse spetsialisti kätte . Oodake umbes minut, seejärel laske paber veega alla. Patsiendi uu ringukood: ____________________________________________ (selle lisab spetsialist). Palun kirjeldage oma väljaheite tüüpi proovi kogumise hetkel kasutades Bristoli skaala numbereid (1- kõht kinni kuni 7- kõht lahti). Tüüp 1 Eraldi seisvad kõvad tükid, nagu pähklid (raske väljutada) Tüüp 2 Vorsti kujuline aga mügarik Tüüp 3 Nagu vorst aga pinnal asetsevate pragudega Tüüp 4 Nagu vorst või madu, sile ja pehme Tüüp 5 Pehmed tükid selgete piirjoontega (kerge väljutada) Tüüp 6 Kohevad tükid säbruliste äärtega, kohev tekstuur Tüüp 7 Täiesti vedel, ilma kõvade tükkideta. Mitu tundi on möödas viimasest einest? ................................. Uuringu käigus tekkivate küsimuste kohta saate vajalikku täiendavat informatsiooni uuringu juhilt: Reedik Mägi, PhD, Bioinformaatika professor, uuringu vastutav uurija. Tartu Ülikooli g enoomika instituut, Eesti geenivaramu teaduskeskus, Riia 23b, Tartu 51010, telefon +372 737 4045, e-post: [email protected] Kaaskiri Eesti bioeetika ja inimuuringute nõukogule projekti “ Süsteemne endotokseemia kui kroonilise põletiku põhjustaja – artriidi biomarkerid ja uued ravieesmärgid (ENDOTARGET)” täiendatud taotlusele hinnangu küsimiseks Jätkutaotlus nr 1 1. Uurimistöö peamine eesmärk (sama nagu põhitaotlusel): Eestikeelne kokkuvõte: Selle projekti eesmärk on uurida seoseid soolestiku mikrobioota , soolestiku läbilaskvuse ja süsteemse endotokseemia (SE) vahel. Lisaks püüame mõista nende mõju osteoartriiti (OA), reumatoidartriiti (RA) ja spondüloartriiti haigestumisele (SA) ning haiguse aktiivusele , samuti nende mõju haiguste ennetamise ja ravimeetodite valikutele. Uurime haigestumiseni viivaid sündmusi, kasutades Eesti geenivaramus olemasolevaid vere plasma ja väljaheiteproove ning kogume ka täiendavaid andmeid ja proove, et saada teine ajapunkt ning kinnitada meie hüpoteese. Projektis tahetakse leida meid huvitavate reumaatiliste haiguste ja süsteemse endotokseemia varajasi markereid, selleks hinnatakse nende seoseid geneetiliste variatsioonide, metaboloomi , mikrobioomi , veremarkerite, erinevate kliiniliste näitajatega. Seejärel, kasutatakse neid andmeid uuritud reumaatiliste haiguste riskiennustusmudelite koostamiseks. 2. Vastutav uurija (sama nagu põhitaotlusel): ees- ja perekonnanimi: Reedik Mägi teaduslik kraad: PhD amet: bioinformaatika professor töökoht: Genoomika instituut, Tartu Ülikool töökoha aadress: Riia 23b/2-517 telefoninumber: 7374045 e-post: [email protected] 3. Teave sama uuringu projekti varasema hindamise kohta Põhitaotlusele väljastatud EGV teaduskomitee kooskõlatused: koosoleku protokoll nr 16/2023 (16.11.2023) TÜ Eesti geenivaramu teaduskomitee otsus nr 2 (16.05.2024) TÜ Eesti geenivaramu teaduskomitee otsus nr 3 ( 20.06.2024 ) Uuringule on väljastatud Eesti bioeetika ja inimuuringute n õukogu l uba 21. Detsembril 2023 (otsus nr 1.1-12/4564). Taotluse sisu: Soovime saada Eesti bioeetika ja inimuuringute nõukogu kooskõlatust täiendatud taotlusele . Täiendus ed (taotluses markeeritud kollasega) on lisatud seoses t agasikutsutavate uuritavate kohor di – „ Kohort 1000 “ (n=1000 geenidoonorit) lisandumisega uuringusse. Sealhulgas tahame ENDOTARGETI uuringusse kaasatud geenidoonoritel t koguda t äiendava id proove ja andmeid ning neid analüüsid a koos Eesti Geenivaramus juba olemasolevate andmetega . Kokkuvõtvalt soovime projektis teha järgmised muudatused: Uuringu läbiviijad (taotluse punkt 4, lk 2-5) Lisatud uuringu läbiviija Sirkku Peltonen , Helsinki Ülikooli Haigla (HUS) reumatoloogia osakonna peaarst. Lisatud selgitus vajaduses t kaasata laboriteenuse pakkuja , kes valitakse hanke alusel ning kellelt tellitakse vereproovide kogumise ja analüüsimise teenus, väljaheite- ning süljeproovide kogumise teenus ning proovide säilitamise ja transportimise teenus. Uuringu finantseerimine (taotluse punkt 5, lk 5) Lisatud põhjendus u uritava te le kompensatsiooni maksmi se kohta. Uuritavatele ei maksta osalemise eest rahalist hüvitist, kuna osalemisega ei kaasne neile rahalisi kulusid . Uuringu metoodika (tao tl us e punkt 10 , lk 7 - 9 ) Lisandunud on tagasikutsutavate uuritavate kohort – „Kohort 1000“ (n=1000 geenidoonorit), kes valitakse „Kohort 6000“ uuritavatele teostatud endo t okseemia biomarkerite analüüside tulemuste põhjal EGV kogukohordi hulgast (n&gt;200 000). Tagasikutsutavad on geenidoonorid, kellel on diagnoositud reumatoidartriit , osteoartriit , spondüloartriit või kellel eelpool nimetatud diagnoos puudub (terved kontrollid). „Kohort 1000“ uuritavatelt plaanitakse koguda täiendavaid proove (venoosne veri, väljaheite- ja süljeproovid) ja elustiili ja terviseseisundiga seotud andmeid (Lisa 6: U uringuküsimustik). Läbiviidavate analüüside nimekirja on lisa ndunud „Kohort 1000“ uuritavatele teostatavad analüüsid: lisandu b „Kohort 1000“ uuritavatelt kogutud vereplasmast teostatav endotokseemia markerite analüüs; vereanalüüs reumaatiliste haiguste markerite tuvastamiseks ; soolestiku ja suu mikrobioomi koosluse ja funktsionaalsuse analüüs metagenoomi sekveneerimisega . Uuritavate valim ja värbamise viisi kirjeldus (taotlus e punk 11 , lk 9 - 10 ) Lisatud „Kohort 1000“ valimi ja värbamise kirjeldus. Lisatud selgitus, kuidas ja kelle hulgast toimub „Kohort 1000“ uuritavate valik . Uuringusse kaasamise või väljajätmise kriteeriumi d oleme kirjeldanud Lisas 1 (lisatud taotlusele). Lisatud on kirjeldus sekkumistest ja nendega kaasuvast koormuses t uuritavale (kontaktivõtmise viis, kutsete saatmise kordus, uuringute tüüp ja kogutava d analüüsid ) . Bioloogilise materjali väljastamine (taotlus e punk 12 , lk 10 - 12 ) Lisatud on kirjeldus, mitme geenidoonori ja mis tüüpi koeproove väljastatakse, ning kui palju ühe geenidoonori kohta koeproove kogutakse. Lisaks juba EGVs olemasolevatele plasmadele (Kohort 6000 jääkplasmad) soovime endotokseemia markereid analüüsida ka Kohort 1000 indiviididelt ENDOTARGETi uuringu käigus kogutud plasmadest. Sellest tulenevalt saadame plasmasid Helsingi Ülikooli Haigla (HUS) partneritele kahel korral: l isaks „Kohort 6000“ plasma proovidele (v arasemates projektidest ülejäänud plasmale dele ) saadetakse endo to kseemia markerite analüüsiks Soome ka „Kohort 1000“ kogutud vereplasmad . Selle k s taotletakse täiendavalt luba Tartu Ülikooli s enatilt. Reumaatiliste haiguste markerite analüüside läbiviimiseks kogutakse „Kohort 1000“ uuritavatelt lisaks kuni 10 ml veeni verd. Nende vereproovide kogumiseks ja analüüsimiseks sõlmitakse leping laboriteenuse pakkujaga. Soolestiku ja suu mikrobioomi koos luse ja funktsionaalsuse analüüsiks kogutak s e „Kohort 1000“ uuritavatelt väljaheite- ja süljeproov id . Kogutud proovidest eraldatakse DNA, millest saadetakse kuni 2 ug uuritava kohta edasiseks metagenoom i sekveneerimise ks vastavat teenust pakkuvale Euroopa Liidus asuvale laborile. Lisatud on täiendavat infot selle kohta, kellele koeproove väljastatakse. Lisatud kirjeldus, mida tehakse järelejäänud koeproovidega . Uurimisobjektid (taotluse punkt 13a (lk 14-17) Lisatud kirjeldus , kuidas tagatakse „Kohort 1000“ uuritavate uuringus osalemise vabatahtlikkus ja välditakse uuringus osalejate mõjutamist uuringus osalemiseks . Uuritavad ei ole uuringusse kaasamise hetkel patsiendid, arsti-patsiendi suh e uuritavaid uuringus osalemisel ei mõjuta. Uuringu kutsega saadetakse uuritavatele uuritava informeerimise leht ja teadliku nõusoleku vorm (Lisa 5), millega tagatakse uuritavale võimalus saada enne nõustumist täiendavat informatsiooni uuringu kohta. Lisatud nimekiri kogutavatest proovidest ja proovide kogumiseks kasutatav atest protseduur idest . Lisatud selgitus, kuidas tagatakse uuritavate õigused. Lisatud selgitus , mida tehakse proovidega pärast uuringu lõppemist. Isikuandmed ja andmestikud (taotluse punk 13b, lk 17-23) a. Lisatud k innit us , et uuritavatelt võetakse enne uuringus osalemist informeeritud nõusolek . U uringusse kaasatakse vaid need isikud, kes on vabatahtlikkuse alusel allkirjastanud u uritava informeerimise lehe ja teadliku nõusoleku vormi. b. Lisatud selgitus, miks on „Kohort 1000“ uuritavatelt kogutavad andmed asjakohased, mis eesmärgil neid kogutakse ja töödeldakse. c. Lisatud selgitus andmesubjektide tuvastatavuse kohta. Uuritavate isikuandmete tagasikodeerimine on vajalik nende kutsumiseks uuringusse. Lisaks peavad uuritavad ennast tuvastama vereproovi kogumispunktis proovide kogumise läbiviimiseks. d. Lisatud kirjeldus, millistest andmekogumise vormidest koostatakse „Kohort 1000“ uuritavate profiil. e . Lisatud kirjeldus, kuidas on tagatud uuritavate informeerimine nende õigustest ja võimalikest riskidest, mida andmete töötlemine võib kaasa tuua. f. Lisatud selgitus, kuidas toimub uuritavate andmete kogumine ning nende teavitamine võimalikest tagajärgedest ja kaitsemeetmetest. g. Lisatud selgitus, miks on asjakohane ja vajalik kasutada eelnevalt kogutud isikuandmeid ning miks ei ole võimalik uurida uurimisobjekte anonüümselt või pseudonüümiseeritud andmete alusel. Uuringus kasutatakse EGV andmebaasis olemasolevaid andmeid. Isikuandmeid kasutatakse geenidoonoritega ühenduse võtmiseks ja uuringutegevuste läbiviimiseks. Uurijatele (uuringu läbiviijatele, kes ei tegele uuritavate vastuvõttudega), väljastatakse ainult pseudonüümitud andmeid. h. Lisatud kirjeldus, kuidas on uurimistöö lõppedes plaanitud kogutud proovide ja isikuandmete hävitamine/ anonüümimine . 8) Andmekogu ja/või andmeallika andmete kasutamine (taotluse punk 14, lk 24) a. Lisatud selgitus isikuandmete töötlemise vajalikkusest. Isikuandmeid kasutatakse uuritavatega ühenduse võtmiseks ja uurimistöö läbiviimiseks vastavalt metoodikale. 9) Isikuandmete kaitse meetmete kirjeldus (sh. andmete hoidmi n e, säilitami n e, turvalisus ja kustutami ne) (taotluse punkt 15, lk 24-26) a. Lisatud kirjeldus „Kohort 1000“ uuritavatelt uuringu vajaduseks kogutud andmete ja proovide säilitamise tähtaegade kohta ning põhjendus isikuand mete depseudonüümi mise vajaduse kohta. 4) Muudatused taotluse l isades Seoses tagasikutsu tavate kohordi lisandumisega o n tehtud muu d atusi järgmistes lisades: Lisa 2 : „ List of additional markers measured from blood plasma“ - lisandunud on „ Kohort 1000“ uuritavate verest mõõdeta vad reaumaatiliste haiguste markerid . Lisa 3 : „List of variables and samples “ - punktis 1.4.3 „T eave uuritava haigus I oo ja kasutatavate ravimite kohta “ on lisa tud I CD10 koodid : M07*, E66*, E78*. Lisatud on punkt 2 „Uuringu käigus saadud andmed“. L isan dun ud on järgmised lisad: Lisa 4 : Kutse uuringusse (eraldi juhtudele ja tervetele kontrollidele) ja uuringu meeldetuletused. Lisa 5 : Uuritava informeerimise leht ja teadliku nõusoleku vorm Lisa 6 : Uuringu küsimustik Lisa 7 : U uringus osalemise ja uuringu jaoks proovide loovutamise juhend Esitatud dokumentide nimekiri Taotlus Eesti bioeetika ja inimuuringute nõukogule Lisa 1: Detailed inclusion and exclusion criteria Lisa 2: List of additional markers measured from blood plasma Lisa 3: List of variables and samples Lisa 4: Kutse uuringusse (eraldi juhtudele ja tervetele kontrollidele) Lisa 5: Uuritava informeerimise leht ja teadliku nõusoleku vorm Lisa 6: Uuringu küsimustik Lisa 7: Uuringus osalemise ja uuringu jaoks proovide loovutamise juhend Lugupidamisega Reedik Mägi Bioinformaatika professor Genoomika instituut, Tartu Ülikool /allkirjastatud digitaalselt/